BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49160.1
Length=2445
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485273 jgi|Araly1|485273|fgenesh2_kg.5__1265__AT3G49160.1 3306 0.0
> Ahg485273 jgi|Araly1|485273|fgenesh2_kg.5__1265__AT3G49160.1
Length=2341
Score = 3306 bits (1790), Expect = 0.0
Identities = 2083/2226 (94%), Gaps = 14/2226 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 91 tcttcttcttctCCTCAAGACGAGAGCGAAGACATTATCTGAACAAAGCGCTTCTCC--A 148
||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || ||||| |||| ||||||| |
Sbjct 31 TCTTCTTCTTCTCCTCAGGACGAGAACGAAGAGATAATTTGAACGAAGCACTTCTCCATA 90
Query 149 TAACAAAGGTGATTCAATTAGTCGATATGGTAGGACTTGATTCAAGCCACTTGTTGAGAG 208
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 91 TAACAAAGGTGATCCAATTAGTCGATATGGTAGGAATTGATTCAAGTCACTTGCTGAGAG 150
Query 209 ACAAGATCCTTTGCTTCTCCAGCAGGTCTCACATAAACAACCAACATAAGAAGACAAGTT 268
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 151 ACAAGATCCTTTGCTTCACCAGCAGGTCTCACATGAACAACCAACATAGGAAGACTAGTT 210
Query 269 ATGCATTATCACTTAATCACATGAAACTTCCTATTCAGAGAACCTTAGCTTTTGCCTTAG 328
| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||
Sbjct 211 CTTCATTATCACTTAATCAGATGAAACTTCCTATTCCGAGAATCGTAGCTTTTGCCTCAG 270
Query 329 CTCGCGG-GAAAGGCGAAGCTGAAAGTTTCAGCAGATTGGAAGCCACCTTTGGTGATAAT 387
| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 271 CCCGCGGTG-AAGGAGAAGCTGAAAGTTTCAGCAGATTGGAAGCTACCTTTGGTGATAAT 329
Query 388 ACCTCCACAGAATGTACCTGGAGTTTTGACTTTCCAGATTCTAAAGATGCTATGTCTCAT 447
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| || | ||||||
Sbjct 330 ACCTCCACAGAATGTACCTGGAGTTTTGATTTTCCACAGTCTAAAGTTGAGGTTTCTCAT 389
Query 448 CTCAAGTCAGAAGCAGACCTCTCTGGAAGCAATGGGGCCAATAATGTGGCTAGTGTTATC 507
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 390 CTCCAGTCAGAAGCACACCTCTCTGGAAGCAATGGGGATAGTAATGTGGCTAGTGTTATC 449
Query 508 GAAAAACTGAATGCTCTTCGGTCACATCTCTTAGCAGCAGAGAAATGGAA-TGCTTCTCA 566
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||
Sbjct 450 GAAAAACTGAATGCTCTTCGGTCACATCTATTAGCAGCAGAGAAGTGGAACT-CTTCTCA 508
Query 567 ACTACACTTATGTGACAGTAAGTATCTGGAATGTGCAACAAACTTAGTTCATTATATGGC 626
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 GCTACACTTATGTGACAGTAAATATCTGGAATGTGCAACAAACTTAGTTCATTATATGGC 568
Query 627 TTTGAGATCTCTGGACATTGAGCAGCTCAACAGTCATCTAGCTTCTCTTGGTCTGTCAAG 686
|||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 569 TTTGAGGTCCCTGGACATTGAGCAGCTGAACAACCATCTTGCTTCTCTTGGTCTGTCAAG 628
Query 687 TTTAGACAACAACAATCTGGATGTTCTCGCCCACCTTAACGCCTCTATTAATCTTTTGAT 746
|||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 629 TTTAGACAACAACAATCTCGATGTTCTAGCCCGCCTTAACGCATCTATTAATCTGTTGAT 688
Query 747 GAACGATCAAAACGCTGTGACGGAGTCTTGGACTAATGTATATCCCAAGGGAAAAAGTAC 806
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 689 GAACGATCAAAATGCTGTGACGGAGTCTTGGACTAATGCATATCCCAAGGGAAAAAGTAC 748
Query 807 TAAGAAGAATGATAAAGGGAGGGTATTATCATACAAAGAGTCATTACTTGGTAAACTTCG 866
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 TAAGAAGAAAGATAAAGGGAGGGTATTATCATACAAAGAGTCATTACTTGGTAAACTTCG 808
Query 867 TGAGGGAAGAAGTACTCATATCATGGTAACTATTGGTGAAGAAGCAACTTTGAGTGAAAC 926
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TGAAGGAAGAAGTACTCATATCATGGTAACTGTTGGTGAAGAAGCAACTTTGAGTGAAAC 868
Query 927 ATTTATAACTGATATTCTTAAAGCTGGAACATCTGTTATCCGTATAAACTGTGCACATGG 986
||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 869 ATTTATAACCGATATTCTTAAGGCTGGAACATCCATTATCCGCATAAACTGTGCACATGG 928
Query 987 AGATCCAAGTATTTGGGGTGAGATCATCAAAAGAGTAAGAAGAACTTCTCAGATGTTAGA 1046
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 929 AGATCCAAGCATTTGGGGTGAGATCATCAAAAGAGTAAGAAGAACTTCTCAGATGCTAGA 988
Query 1047 GATGCCATGTCGCGTTCATATGGATTTAGCAGGACCAAAACTCAGAACTGGTACCTTAAA 1106
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 GATGCCATGCCGTGTTCATATGGATTTAGCGGGACCAAAACTCAGAACTGGTACCTTAAA 1048
Query 1107 ACCTGGTCCGTGTGTGATGAAAATTTCACCAAAGAAAGATGCTTATGGAAATGTTGTTTC 1166
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 ACCTGGTCCCTGTGTGATGAAAGTTTCACCAAAGAAAGATGCTTATGGAAATGTTGTTTC 1108
Query 1167 TCCTGCTTTGGTATGGCTCTGCCTCACAGGAACAGAACCTCCTGCT--CATGTTTCCCCT 1224
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||
Sbjct 1109 TCCTGCTTTGGTATGGCTTTGCCTCACAGGAACAGAACCTCCTACTCACAT-TTTTCCC- 1166
Query 1225 GATGCTACTATATCGGTCCAAGGCCAAGATTTTCTTGCTGGTCTCCAAATTGGTGATTCT 1284
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 GATGCTACTATATCGGTCCAAGACCAAGATTTTCTTGCTGGTCTCCAAATTGGTGATTCT 1226
Query 1285 ATAAGACTATGTGACGCTAGAGGGAGAAAGAGGAGACTTAAAATCTCAAAAGAGTTTCAT 1344
|||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1227 ATAAAACTATTTGACGCTAGAGGAAGAAAGAGGAGACTTAAAATCTCAAAAGAGTTTCCT 1286
Query 1345 GTTTTCAACAGTACCGGGTTTGTGGCTGAATGTTTCGACACTGCTTACATAGAAAG--TG 1402
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||
Sbjct 1287 GTTTTCTCCAGTACCGGGTTTGTGGCTGAATGTTTCGACACTTCTT--ATATAAAGTCTG 1344
Query 1403 GAACTGAGTTAAGTGTTAAGGGAAAGAAAGGGAGACGTTTAGTTGGACGAGTAGTAGATG 1462
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1345 GAACTGAGTTAAGCGCTAAGGGAAAGAAAGGGAGACGTTTGGTTGGACGAGTAGTAGATG 1404
Query 1463 TTCCTCCCAAAGAATCTTTTGTAAGGCTAAAAGTTGGAGATTTACTAGTCATAACCCGAG 1522
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1405 TTCCTCCCAAGGAATCTTTTGTAAGGCTTAAAGTTGGAGATTTACTTGTCATAACCCGAG 1464
Query 1523 AAGGATCGCTCGATGAACCATCTGTAACTGTTCCAGGAGCTCATAGGTTAACTTGTCCTT 1582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 AAGGATCGCTCGATGAACCATCTGTAACTGTTCCAGGAGCTCATAGGTTAACTTGTCCTT 1524
Query 1583 CCGGTTATTTGTTTGATTCAGTCAAGCCTGGTGAAACCATTGGTTTTGATGATGGAAAAA 1642
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CCGGTTATTTGTTTGATTCAGTCAAGCCTGGTGAAACCATTGGTTTTGATGATGGAAAAG 1584
Query 1643 TATGGGGAGTCATAAAAGGAACAAGTCCTTCAGAGGTAATTGTCTCCATAACTCATGCAC 1702
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1585 TATGGGGAGTAATAAAAGGAACAAGCCCTTCAGAGGTAATTGTCTCCATCACTCATGCTG 1644
Query 1703 GTCCAAAAGGTACAAAACTAGGATCAGAGAAGTCCATTAACATACCGCAGAGCGATATCC 1762
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 GTCCAAAAGGTACAAACCTAGGATCAGAGAAGTCCATTAACATACCGCAGAGCGATATCC 1704
Query 1763 ATTTCAAAGGCTTAACATCAAAAGATATTAAAGATCTTGATTATGTAGCTTCACATGCTG 1822
|||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1705 GTTTCAAAGGCCTGACATCAAAAGACATCAAAGATCTTGAATATGTAGCTTCACATGCGG 1764
Query 1823 ATATGGTTGGTATTTCTTTCATACGTGATGTCCATGATATAACCGTTCTTCGACAAGAGT 1882
| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1765 ACATGGTTGGCATTTCTTTCATACGCGATGTCCATGATATTACCGTTCTTCGACAAGAGT 1824
Query 1883 TGAAGAAAAGAAAACTAGATGATCTTGGTATTGTTTTAAAGATTGAAACGAAAAGTGGAT 1942
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1825 TGAAGAAAAGGAAACTAGAGGATCTTGGTATTGTTTTAAAGATTGAAACGGAAAGTGGAT 1884
Query 1943 TCAAGAATTTGTCTTTGATTCTTTTAGAAGCAATGAAGTGTTCGAATCCTTTAGGAATTA 2002
|||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1885 TCAAGAATATGTCCTTGATTCTATTAGAAGCAATGAAGTGTTCGAATCCTTTAGGAGTTA 1944
Query 2003 TGATAGCTAGAGGTGATCTTGCAGTGGAATGTGGATGGGAGAGATTGGCTAATATGCAGG 2062
|||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1945 TGATAGCTCGAGGCGATCTTGCGGTGGAATGTGGATGGGAGAGATTGGCTAATATACAGG 2004
Query 2063 AGGAGATTATAGCTATTTGTAAAGCTGCTCGTGTACCGGTGATTATGGCAACTCAGGTTC 2122
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 AAGAGATTATAGCTATTTGTAAAGCTGCTCGTGTACCGGTGATTATGGCAACTCAGGTTC 2064
Query 2123 TTGAATCACTTGTGAAATCCGGAGTTCCAACTAGAGCTGAGATTACTGATGCTGCAAATG 2182
|||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||
Sbjct 2065 TTGAATCACTCGTGAAATCCGGTGTTCCAACTCGAGCTGAGATCACAGATGCTTCAAATG 2124
Query 2183 CAAAAAGGGCGAGCTGTGTGATGTTAAACAAAGGCAAGAATATCGTTGAAGCTGTTTCAA 2242
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2125 CCAAAAGGGCGAGCTGTGTGATGTTGAACAAAGGCAAGAATATCGTTGAAGCTGTTTCGA 2184
Query 2243 TGTTGGATACTATTCTTCATACCAAGCTTATCTACAAGAAATCGGACTCTGAAAATCTCC 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2185 TGTTGGATACTATTCTTCATACCAAGCTTATCTACAAGAAACCAGACTCTGAAAATCTCC 2244
Query 2303 ATTGAT 2308
||||||
Sbjct 2245 ATTGAT 2250
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92140302655
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5