BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49240.1
Length=2122
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485282 jgi|Araly1|485282|fgenesh2_kg.5__1274__AT3G49240.1 3221 0.0
> Ahg485282 jgi|Araly1|485282|fgenesh2_kg.5__1274__AT3G49240.1
Length=2136
Score = 3221 bits (1744), Expect = 0.0
Identities = 1994/2114 (94%), Gaps = 20/2114 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 CTCCTAAAACCCTAACAAGAACCCTTATCTCTCTCATTTCCTCTGAAAGGAATCATTTTT 78
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 27 CTCCTAAAACCCTAACAAGAACCCTTACCTCTCTCATTTCCTCTCAAAGGAATCATTTTT 86
Query 79 CCACTCAGAAAATCTCAAACATTTCAACCATGTCGATTTCTAAAGCCGCCTTTTTAAACC 138
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 87 CCACTGAGAAAATCTCAAACATTTCCACCATGTCGATCTCTAAAGCCGCCTTTTTCAACC 146
Query 139 ACCTTCAAACACTATCAAGATCCTACCGCCACCGTGTTCTGCCGCAGCCATTTCTCGCCG 198
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 147 ACCTTCAAACACTAGCAAGATCCTACCGCCACCGTGTTCCGCCGCAGCCATTTCTCGCCG 206
Query 199 TCCGATACATGTCATTCGCGACTCAGGAAGAAGCCGCCGCTGAACGTCGCCGTCGTAAGC 258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 TCCGATACATGTCATTCGCGACTCAGGAAGAAGCCGCTGCTGAACGTCGCCGTCGTAAGC 266
Query 259 GTCGTCTTCGTATGGAGCCACCGGTTAATTCATTCAACAGATCTCAG---CAAC---A-- 310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 267 GTCGTCTTCGTATGGAGCCACCGGTTAATTCATTCAACAGATCTCAGCAACAACAGAATC 326
Query 311 A-CAATCTCAAATCCCTCGACCAATTCAAAACCCTAATATCCCGAAATTACCTGAATCTG 369
| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 327 AGCAATCTCAAATCCATAGACCAATTCAGAACCCTAATATCCCCAAGTTGCCTGAATCTG 386
Query 370 TCTCTGCTCTCGTTGGGAAACGTCTCGATCTTCATAATCATATCCTGAAATTGATCCGAG 429
| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 387 TGGCTTCCCTCGTTGGGAAACGTCTCGATCTCCATAATCATATCTTGAAATTGATCCGAG 446
Query 430 AGAATGATTTAGAAGAAGCTGCTCTGTACACTCGTCACTCTGTGTATTCGAATTGCCGTC 489
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 447 AGAATGATTTGGAAGAAGCTGCTTTGTACACTCGTCACTCTGTGTATTCGAATTGCCGGC 506
Query 490 CCACGATTTTCACTGTGAATACTGTTTTAGCGGCGCAGCTTCGACAAGCTAAGTATGGAG 549
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 507 CGACGATTTTCACGGTGAACGCTGTTTTAGCGGCGCAGCTTCGACAGGCGAAGTATGGAG 566
Query 550 CGCTTCTGCAATTGCATGGATTCATTAATCAAGCTGGTATTGCACCTAATATCATCACAT 609
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 567 CGCTTCTGCAATTGCATGGTTTCATTAACCAAGCTGGTATTGCTCCTAATATCATCACCT 626
Query 610 ACAATTTGATATTCCAGGCTTATCTTGATGTAAGGAAACCTGAAATTGCGTTGGAGCATT 669
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 ACAATTTGATTTTCCAGGCTTATCTTGATGTTAGGAAACCTGAAATTGCGTTGGAGCATT 686
Query 670 ACAAGTTGTTTATAGATAATGCTCCATTGAATCCTTCTATTGCTACTTTTAGGATTTTAG 729
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 687 ACAAGTTGTTTATAGATAATGCGCCGTTGAATCCTTCTCTTGCTACTTATAGGATTTTAG 746
Query 730 TTAAGGGTTTAGTTAGTAATGACAATCTTGAGAAAGCAATGGAGATTAAAGAGGATATGG 789
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 747 TTAAAGGTTTAGTTAGTAATGATAATCTTGAGAAAGCAATGGAGATTAAGGAGGATATGG 806
Query 790 CTGTTAAAGGTTTTGTGGTGGATCCTGTTGTTTATAGTTATCTAATGATGGGGTGTGTGA 849
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 GTGTTAGAGGTTTGGTGGTGGATCCTGTTGTTTATAGCTATCTAATGATGGGGTGTGTGA 866
Query 850 AGAATTCTGATGCTGATGGTGTGTTAAAGCTTTATCAGGAGTT-AAAGGAGAAGCTTGGT 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 867 AGAATTCTGATGCTGATGGTGTGTTAAAGCTTTATGAGGAGTTGAAA-GAGAAGCTTGGT 925
Query 909 GGGTTTGTTGATGATGGTGTGGTTTATGGGCAATTGATGAAGGGGTATTTCATGAAGGAG 968
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 GGATTTGTTGATGATGGTGTGGTTTATGGGCAATTGATGAAGGGGTATTTCATGAAGGAA 985
Query 969 ATGGAGAAAGAGGCTATGGAGTGTTATGAGGAAGCTGTTGGAGAGAATTCAAAGGTTAGG 1028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 986 ATGGAGAAAGAGGCTATGGAGTGTTATGAGGAAGCTATTGGAGAGAATTCAAAGGTTAAG 1045
Query 1029 ATGAGTGCTATGGCTTATAATTATGTGCTGGAGGCTTTGAGTGAGAATGGGAAGTTTGAT 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 ATGAGTGCTATGGCTTATAATTATGTGCTGGAGGCTTTGAGTGAGAATGGGAAGTTTGAT 1105
Query 1089 GAGGCTTTGAAGTTGTTTGATGCGGTGAAAAAGGAACATAATCCACCGAGGCATTTGGCT 1148
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1106 GAGGCTTTGAAGTTGTTTGATGCCGTGAAAAAGGAACATAATCCACCGAGGCGTTTGGCT 1165
Query 1149 GTAAATTTGGGAACTTTTAATGTGATGGTTAATGGGTACTGTGCTGGAGGAAAGTTTGAG 1208
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||
Sbjct 1166 GTAAATTTGGGAACTTTTAATGTGATGGTTGATGGGTATTGTGCACAAGGGAGGTTTGAG 1225
Query 1209 GAAGCTATGGAGGTTTTTAGGCAAATGGGTGATTTTAAGTGTAGTCCTGATACTTTATCG 1268
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1226 GAAGCTATGGAGGTTTTCAGGCAAATGGGTGATTTCAGGTGTAGTCCCGATACTTTATCT 1285
Query 1269 TTCAACAATCTGATGAATCAGCTGTGTGACAACG-AGTTGTTGGCTGAGGCTGAGAAGCT 1327
||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 TTCAACAATCTAATGAATCAGCTGTGCGACAATGGA-TTGTTGGCTGAGGCTGAGAAGCT 1344
Query 1328 TTATGGTGAAATGGAAGAGAAAAATGTGAAGCCTGATGAGTACACATATGGTTTGTTAAT 1387
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1345 TTACGGTGAAATGGAAGAGAAAAAGGTGAAGCCTGATGAGTACACATATGGGTTGTTAAT 1404
Query 1388 GGATACTTGTTTCAAGGAAGGTAAGATAGATGAAGGAGCTGCGTATTACAAAACAATGGT 1447
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GGATACTTGTTTCAAGGAAGGTAAGATAGATGAAGGCGCTGCGTATTACAAAACAATGGT 1464
Query 1448 TGAGTCTAATCTAAGACCAAATTTGGCTGTGTATAACCGTTTGCAAGATCAGTTGATCAA 1507
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1465 TGAGTCTAATCTAAGACCAAACTTGGCGGTGTATAACCGATTGCAAGATCAGTTAATTAA 1524
Query 1508 AGCTGGGAAACTCGACGATGCAAAATCTTTCTTCGATATGATGGTGAGCAAACTCAAGAT 1567
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 AGCTGGGAAACTCGACGATGCAAAATCCTTCTTCGATATGATGGTGAGCAAACTCAAGAT 1584
Query 1568 GGACGATGAGGCTTACAAATTCATCATGAGGGCGTTAAGTGAAGCTGGTAGACTCGACGA 1627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 GGACGATGAGGCTTACAAATTCATCATGAGGGCGTTAAATGAAGCTGGTAGACTCGACGA 1644
Query 1628 GATGCTCAAGATTGTGGATGAGATGCTGGATGATGACACGGTAAGAGTGAGTGAGGAACT 1687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1645 GATGCTCAAGATTGTGGATGAGATGCTGGATGATGACACGGTCAGAGTGAGTGAGGAACT 1704
Query 1688 GCAAGAGTTTGTgaaagaagaactgaggaaaggaggaagagagggagatctggagaaact 1747
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1705 GCAAGAGTTTGTGAAAGAAGAACTGAGAAAAGGAGGAAGAGAGGGAGATCTGGAGAAGCT 1764
Query 1748 aatggaagagaaagagagattgaaagcagaggcaaaggcgaaagagttagcagatgcaga 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1765 AATGGAAGAGAAAGAGAGATTGAAAGCAGAGGCAAAGGCGAAAGAGTTAGCAGATGCGGA 1824
Query 1808 agagaagaagaag-GCTCAAAGTATTAACATAGCTGCATTAATTCCTCCAAAAGCAGTGG 1866
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1825 AGAGAAGAAGAAGAG-TCAAAGTATTAACATAGCTGCATTAATTACTCCAAAAGTAGTGG 1883
Query 1867 AAGAAAAGAAAGAAACCGCAAAACTGCTTTGGGAAAACGAAGCTGGTGGTGTTGAAGAAG 1926
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1884 AAGAAAAGAAAGAGACGGCAAAACTGCTTTGGGAAAACGAAGCTGGTGGTGCCGAAGAAG 1943
Query 1927 CCGATGTGGTGGAGATGGCTAAAGGAGTAGAAGCAGGTGGATCCAATGGTCAGGATCCAC 1986
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1944 CCGATGTGGTGGAGATGACTCAAGGAGTAGAAGCAGGTGGATCCAACGGTCAGGATCCGC 2003
Query 1987 CGTCCTGCTGATCTTAtttttttCCTTGAATTCATTAGACTCT--AGTTATCTTC-T-TA 2042
||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||| | ||
Sbjct 2004 CGTCCTGCTGATCGTATTTTTTAC-TTGAATTTATTAGACTCTCTAGTTATCTTCCTATA 2062
Query 2043 TCATTCAACTTTTATGTAATTAGGGATTTGTTTGGGACAATAAGCTATGATTAATCTTTT 2102
| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 TTATTCAAGTTTTATGTAATTAGGGATTTGGTTGGGACAATAAGCTATGATTAATCTTTT 2122
Query 2103 GCTATAATGCAGGT 2116
||||||||||||||
Sbjct 2123 GCTATAATGCAGGT 2136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79837153520
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5