BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49500.1
Length=3786
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323531 jgi|Araly1|323531|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001075 5653 0.0
> Ahg323531 jgi|Araly1|323531|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001075
Length=3594
Score = 5653 bits (3061), Expect = 0.0
Identities = 3421/3598 (95%), Gaps = 11/3598 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 164 ATGGGGTCAGAGGGAAATATGAAGAAGTCGGTTGTGACACAAGTAAGCATTGGTGGATTT 223
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGGTCAGAGGGAAGTATGAAGAACTCGGTTGTGACACAAGTAAGCATTGGTGGATTT 60
Query 224 GGGGAATCCACTACTGCAAAACAACTCACAGATTACCTTGAAGATGAAGTAGGAATTGTT 283
|| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GGAGAGTCCACTACTGCTAAACAACTTACAGATTACCTTGAAGATGAAGTAGGACTTGTT 120
Query 284 TGGCGTTGCAGATTAAAAACTTCGTGGACTCCTCCTGGGTCTTATCCTAATTTTGAAATC 343
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGGCGATGCAGATTAAAAACTTCTTGGACTCCTCCTGGCTCTTATCCTAATTTTGAAATC 180
Query 344 GCAGACACTTCAAATATCCCC-AGTATTGATGAATATAAGAAAGTGGAGCCTCATGCCTT 402
||||||||||||| ||||||| | | ||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 GCAGACACTTCAAGTATCCCCAAAT-TTGATGATTACAAGAAAGTGGAGCCTCATGCGTT 239
Query 403 TGTCCATTTCGCAGTTTTTGAATCAGCTGGTCGTGCCATGGATGCTGCAGGGCAATGCAA 462
|||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 TGTCCATTTCGCAGTTCCTGAATCAGCAGCTCGTGCCATGGATGCTGCGGGGCAATGCAA 299
Query 463 CCTCATCTTGGATGGCCAGCCGTTAAAAGTCAGTTTGGGTCCTAAGAATCCATATTCCCT 522
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||
Sbjct 300 CCTCATCCTGGATGGCCAGCCGTTAAAAGTCAGCTTGGGGCCTAAGAACCCTTACACCCT 359
Query 523 TAATCAAAGAAGAAGAACGACTGTACCTTATAAGTTGGCTGGTATTACACTTGAGATTGG 582
||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 360 TAACCAGAGAAGAAGAACGACCACACCGTATAAGTTGGCTGGTATTTCACTTGAGATTGG 419
Query 583 GACATTGGTTTCTC-GGGATGAtttttttGTTTCTTGGAGAGCTGAAGGGGTTGATTTCC 641
||| |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 420 GACCTTGGTTTC-CAGGGATGAGTTTCTTGTTTCTTGGAGAGCTGACGGGGTTGATTTCC 478
Query 642 TGGTGGATCCTTTTGACAACACGTGCAAGTTTTGTTTCAGAAAGAGCACTGCCTTCTCTT 701
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 479 TGGTGGATCCTTTTGACAACACTTGCAAGTTTTGCTTCAGAAAGAGCACTGCGTTTTCTT 538
Query 702 TCAAGGATGCAGTGATGCATGCTGTGATCAATTGTGATTATAAGTTGGAGTTATTGGTGA 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 539 TCAAGGATGCAGTGATGCATGCTGTGATCAATTGTGATTATAAGCTGGAGTTATTGGTGA 598
Query 762 GAGATATACAAACAGTCAGGCAGTATAAAACCTTGCATGGCTTTGTGCTTATTTTGCAGC 821
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 599 GAGATATACAAACAGTCAGGCAGTATAAAAACTCGCATGGCTATGTACTTATTTTGCAGC 658
Query 822 TGGCTTCTTCACCCCGTGTCTGGTACAGAACTGCTGATGATGATATTTACGATACTGTCC 881
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 659 TGGCTTCGTCACCCCGTGTCTGGTACAGAACTGCTGATGATGATATTCACGATACTATCC 718
Query 882 CTGGCGATCTCTTGGATGATGATGATCCTTGGATCCGTACCACTGATTTTACTCAAGTTG 941
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 719 CTGTCGATCTCTTGGATGATGATGACCCTTGGATCCGTACCACTGATTTTACCCAAGTTG 778
Query 942 GGGCAATTGGTCGATGTCATTCATATCGAGTGCTCATATCTCCGCGGTATGAAAATAAAC 1001
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 779 GGGCAATTGGTCGATGCCATTCATATCGAGTGCTCATATCTCCGCGGTATGAAAAGAAAC 838
Query 1002 TGAGAACAGCCTTAGATTATTTTAGGATGCGGAGGGTGCAAGAGGAACGTGTGAGGTGGC 1061
||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 839 TGACAACAGCCTTAGATTATCTAAGGATGCGGAGGGTGCAAGAGGAACGTGTGAAGTGGC 898
Query 1062 CTCCCCGTATCCGTAATGAGCCTTGTTTTGGGGAGCCTGTGTCAGATCATTTCTTCTGCA 1121
||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CTCCCCGGATCCGTAATGAGCCCAGTTTTGGGGAGCTTGTGTCAGATCATTTCTTCTGCA 958
Query 1122 TTCATCACAAGGAAGGAATCTCTTTTGAGATCATGTTTCTAGTAAATTCGGTATTGCACA 1181
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTCATCACAAGGAAGGAATCTCCTTTGAGATCATGTTCCTAGTAAATTCGGTATTGCACA 1018
Query 1182 GGGGTGTCTTTAACCAGTTTCAGTTGACTGAGCGATTCTTTGATCTTCTAAGAAACCAAC 1241
|||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1019 GGGGGGTTTTTAACCAGTTTCAGCTGACTGAGCGTTTCTTTGATCTTCTCAGAAACCAGC 1078
Query 1242 CCAAGGACGTCAATATAGCTTCTCTCAAGCATCTCTGTACCTATAAACGACCAGTTTTTG 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CCAAGGACGTCAATATAGCTTCTCTCAAGCATCTCTGTACCTATAAACGACCAGTTTTTG 1138
Query 1302 ATGCGTACAAGAGGTTGAAGCTTGTTCAGGAATGGATTCAGAAAAATCCAAAGCTTTTAG 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATGCGTACAAGAGGTTGAAGCTTGTTCAGGAATGGATTCTGAAAAATCCAAAGCTTTTAG 1198
Query 1362 GGAGTCATGAACAATCTGAGGATATCTCTGAGATCAGAAGACTAGTAATTACCCCAACCA 1421
|| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1199 GGGGTCATGAACAGTCTGAGGATATCTCTGAGATCAGAAGGCTAGTGATTACCCCAACCA 1258
Query 1422 GAGCCTATTGCCTACCCCCAGAAGTTGAGCTCTCCAACAGGGTACTCAGGAGATACAAAG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1259 GAGCCTATTGCCTACCCCCAGAAGTTGAGCTCTCCAACAGGGTACTCAGGAAATACAAAG 1318
Query 1482 CTGTTGCTGAAAGATTTTTGCGGGTAACTTTCATGGATGAAAGTATGCAGACCATAAATT 1541
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTGTTGCTGAAAGATTTTTGCGCGTAACTTTCATGGACGAAAGTATGCAGACCATAAATT 1378
Query 1542 CGAATGTTCTCTCTTACTTTGTTGCTCCTATTGTGAAGGATTTGACATCAAGTTCTTTCT 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1379 CGAATGTTCTCTCTTACTTTGTTGCTCCTATTGTGAAGGATCTGACATCAAGCTCTTTCT 1438
Query 1602 CCCAGAAGACCTACGTTTTTAAAAGAGTGAAGAGCATATTAACCGATGGGTTTAAACTAT 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1439 CCCAGAAGACCTACGTTTTTAAAAGAGTGAAGAGCATATTAACCGATGGGTTTAATCTAT 1498
Query 1662 GTGGTAGAAAATACAGTTTTCTAGCATTCTCAGCCAATCAACTGAGAGACCGCTCTGCAT 1721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1499 GTGGTAGAAAATACAGTTTTCTAGCATTCTCAGCCAATCAACTGAGAGACAGCTCTGCAT 1558
Query 1722 GGTTCTTTGCTGAAGACGGGAAAACACGTGTGTCAGATATAAAAACATGGATGGGGAAGT 1781
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GGTTCTTTGCTGAAGACGGGAAAACACGAGTGTCAGATATAAAAACATGGATGGGGAAGT 1618
Query 1782 TCAAAGACAAGAATGTGGCAAAATGTGCTGCTAGGATGGGCCTGTGCTTCTCCTCCACAT 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCAAAGACAAGAATGTGGCAAAATGTGCTGCTAGGATGGGCCTGTGCTTCTCCTCCACAT 1678
Query 1842 ATGCCACTGTAGATGTCATGCCTCACGAGGTTGACACTGAGGTTCCAGATATTGAGAGAA 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1679 ATGCCACTGTAGATGTCATGCCTCACGAGGTTGACACCGAGCTTCCAGACATTGAGAGAA 1738
Query 1902 ATGGGTATGTTTTCTCTGACGGAATTGGTACAATCACACCTGACCTCGCTGACGAAGTAA 1961
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATGGGTATGTTTTCTCTGATGGAATTGGTACAATCACACCTGACCTCGCTGACGAAGTAA 1798
Query 1962 TGGAGAAACTTAAGTTGGATGTGCACTACAGCCCTTGTGCTTATCAGATACGTTACGCAG 2021
|||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TGGAGAAACTTAAGTTGGATCTCCACTGTACCCCTTGTGCTTATCAGATACGTTACGCAG 1858
Query 2022 GTTTCAAAGGGGTTGTTGCTCGTTGGCCATCAAAAAGTGATGGAATCAGGCTAGCCCTTC 2081
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GTTTCAAAGGAGTTGTTGCTCGTTGGCCATCAAAAGGTGATGGAATCAGGCTAGCCCTTC 1918
Query 2082 GAGACAGTATGAAGAAGTTCTTTTCCAAACATACGATCTTGGAGATCTGTTCCTGGACGA 2141
|||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GAGATAGTATGAAGAAGTTCAATTCCAAACATACCATCTTGGAGATCTGTTCCTGGACGA 1978
Query 2142 GGTTTCAACCTGGGTTCTTAAATCGGCAGATAATTACCCTTCTATCCGTACTAGGTGTTC 2201
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |
Sbjct 1979 GGTTTCAACCTGGATTCTTAAATCGGCAGATAATTACCCTCCTTTCTGTACTAGGTGTGC 2038
Query 2202 CGGATGAAATATTCTGGGATATGCAGGAATCCATGCTCTATAAACTGAACCGCATCCTTG 2261
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CGGATGAAATATTTTGGGATATGCAGGAATCCATGCTCTATAAACTGAACCGCATCCTTG 2098
Query 2262 ATGATACAGATGTGGCATTTGAAGTTCTCACGGCATCATGTGCTGAACAGGGAAACACTG 2321
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ATGATACAGATGTGGCATTTGAAGTTCTCACAGCATCATGTGCTGAACAGGGAAACACTG 2158
Query 2322 CAGCTATCATGCTTAGTGCAGGTTTCAAACCAAAAACCGAGCCGCATCTACGCGGGATGT 2381
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2159 CAGCTATCATGCTAAGTGCAGGTTTCAAACCAAAAACTGAGCCACATCTACGCGGAATGT 2218
Query 2382 TGTCTTCAGTCAGAATTGCACAACTCTGGGGTCTCAGAGAAAAATCTCGTATTTTTGTTA 2441
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TGTCTTCAGTCAGAATTGCGCAACTCTGGGGTCTTAGAGAAAAATCTCGTATTTTTGTTA 2278
Query 2442 CTTCAGGAAGGTGGCTAATGGGTTGCCTAGACGAAGCAGGGATACTTGAACATGGCCAAT 2501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CTTCAGGAAGGTGGCTAATGGGTTGCCTAGACGAAGCAGGGATACTTGAACATGGCCAAT 2338
Query 2502 GCTTTATTCAAGTCTCTAAACCGTCTATAGAAAATTGTTTCTCCAAACATGGGTCTCGTT 2561
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GCTTTATCCAAGTCTCTAAACCGTCTATAGAAAATTGTTTCTCCAAACATGGGTCTCGTT 2398
Query 2562 TTAAGGAGACAAAGACAGATCTGGAAGTAGTTAAAGGCTATGTAGCCATTGCTAAGAATC 2621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2399 TTAAGGAGACAAAGACAGATCTGGAAGTAGTTAAAGGCTATGTAGCTATTGCTAAGAATC 2458
Query 2622 CTTGTCTTCACCCAGGGGATGTAAGGATTTTAGAAGCTGTTGATGTACCCCAGCTGCATC 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CTTGTCTTCACCCAGGGGATGTAAGGATTTTAGAAGCTGTTGATGTACCCCAGCTGCATC 2518
Query 2682 ACATGTATGACTGCCTTATTTTCCCTC-AGAAAGGTGATAGGCCGCATACAAACGAAGCT 2740
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2519 ACATGTATGACTGCCTTATTTTCCC-CAAGAAAGGTGATAGGCCCCATACAAACGAAGCT 2577
Query 2741 TCTGGCAGTGACCTTGACGGGGACCTGTACTTTGTGGCTTGGGATCAGAAACTCATCCCT 2800
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TCTGGTAGTGACCTTGACGGGGACCTGTACTTTGTGGCTTGGGATCAGAAACTCATCCCT 2637
Query 2801 CCCAACAGGAAAAGCTATCCGGCCATGCATTATGATGCAGCTGAAGAGAAGAGTTTAGGC 2860
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 CCCAACAAAAAAAGCTATCCGGCCATGCATTATGATGCCGCTGAAGAGAAGAGTTTAGGC 2697
Query 2861 CGTGCTGTCAACCACCAGGACATAATCGATTTCTTTGCAAGAAACTTGGCGAATGAGCAG 2920
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2698 CGTGCTGTCAACCACCAGGATATAATTGATTTCTTTGCAAGAAACATGGCGAATGAGCAT 2757
Query 2921 TTGGGCACAATTTGCAATGCACACGTCGTTCATGCTGATAGAAGTGAGTATGGAGCCATG 2980
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2758 TTGGGCACAATTTGTAATGCACATGTCGTTCATGCTGATAGAAGTGACTATGGAGCCATG 2817
Query 2981 GACGAAGAATGTTTGCTACTGGCAGAACTAGCTGCCACTGCAGTTGATTTCCCAAAGACA 3040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 GACGAAGAATGTTTGCTACTGGCAGAACTAGCTGCCACTGCAGTTGATTTCCCAAAGACA 2877
Query 3041 GGGAAAATTGTGTCAATGCCCTTCCACCTAAAACCAAAACTCTACCCAGATTTCATGGGA 3100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 GGGAAAATTGTGTCAATGCCCTTCCACCTAAAACCAAAACTCTACCCAGATTTCATGGGA 2937
Query 3101 AAAGAAGACTACCAAACTTACAAGTCGAACAAAATCTTGGGTCGGCTTTACAGACGGGTA 3160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2938 AAAGAAGACTACCAAACTTACAAGTCGAACAAAATCTTGGGCCGGCTTTACAGGCGGGTA 2997
Query 3161 AAAGAGGTTTATGATGAAGATGCAGAAGCTTCCTCAGAAGAAAGCACAGACCCAAGTGCC 3220
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2998 AAAGAAGTTTACGATGAAGATGCAGAAGCTTCCTCAGAAGAAAGCTCAGACCCAAGTGAC 3057
Query 3221 ATCCCTTATGACGCTGTTCTTGAAATACCGGGATTTGAAGATTTGATCCCTGAGGCATGG 3280
|||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3058 ATCCCTTATGACATTGATCTTGAAATACCAGGATTTGAAGATTTGATCCCCGAGGCATGG 3117
Query 3281 GGTCACAAATGTTTGTACGACGGGCAACTCATTGGTCTTCTTGGGCAATACAAGGTGCAG 3340
|| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3118 GGGCACAAATGTTTTTACGACAGGCAGCTCATTGGTCTTCTCGGGCAATACAAGGTCCAG 3177
Query 3341 AAAGAGGAAGAGATTGTGACGGGTCACATCTGGTCCATGCCCAAATACACAAGCAAGAAA 3400
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 3178 AAAGAGGAGGAGATTGTGACGGGTCATATCTGGTCTATGCCTAAATACACAAGTAAGAAA 3237
Query 3401 CAAGGCGAACTGAAAGAAAGACTGAAGCATTCTTATAATTCCCTTAAAAAGGAGTTCAGG 3460
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3238 CAAGGCGAACTGAAAGAAAGACTGAAGCATTCTTACAATTCCCTGAAAAAAGAGTTCAGA 3297
Query 3461 AAAGTATTTGAGGAAACAATCCCTG-ACCATGAAAATCTCAGCGAGGAGGaaaaaaaCAT 3519
|||||||||||||||||||||| || |||| ||| | |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 3298 AAAGTATTTGAGGAAACAATCC-TGGACCACGAAGAGCTCAGCGAAGAGGAAAAGAACAT 3356
Query 3520 CTTGTATGAGAAGAAGGCTTCAGCTTGGTATCATGTAACTTACCATCCCGAGTGGGTGAA 3579
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3357 TTTGTATGAGAAGAAGGCTTCAGCTTGGTATCATGTCACTTACCATCCCAAGTGGGTGAA 3416
Query 3580 GAAGTCTTTAGAGCTGCAAGATCCAGATGAGTC--C-AGTCATGCGGCGATGCTGAGTTT 3636
||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3417 GAAGTCTTTAGAGCTGCAAGATCCAGATGAGCCGTCTAGTCATGCGGTGATGCTGAGTTT 3476
Query 3637 TGCTTGGATTGCAGCTGATTATCTTGCAAGAATCAAAATCCGGTCACGGGAAATGGGAAG 3696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3477 TGCTTGGATTGCAGCTGATTATCTTGCAAGAATCAAAATCCGGTCAGGGGAAATGGGAAA 3536
Query 3697 TATCGACTCAGCCAAGCCTGTTGATTCTTTGGCTAAGTTTCTTGCTCAGCGTCTCTAA 3754
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3537 TATCGACTCAGCCAAGCCTGTTGATTCTTTGGCCAAGTTTCTTGCTCAACGTCTCTAA 3594
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143058416907
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5