BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49650.1
Length=3001
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937776 jgi|Araly1|937776|scaffold_501967.1 3910 0.0
> Ahg937776 jgi|Araly1|937776|scaffold_501967.1
Length=2501
Score = 3910 bits (2117), Expect = 0.0
Identities = 2377/2502 (95%), Gaps = 20/2502 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 287 TTTTGGCTCTATACTGACGAAATGCCAAGCATTAGAGCTCCAGCTGCGAAGAAGACCACT 346
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTCGTTCTATACTGACGAAATGCCAAGCATTAGAGCTCCAGCTGCGAAGAAGACCACT 60
Query 347 ACACTCACGGTTGCTGTGAAATGTAGACCGTTAATGGAGAAAGAACGTGGTAGAGACATT 406
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACACTCACGGTCGCTGTGAAATGTAGACCGTTAATGGAGAAAGAACGTGGTAGAGACATT 120
Query 407 GTTCGAGTGAATAACTCTAAGGAAGTGGTTGTGTTAGACCCAGACTTATCCAAGGATTAT 466
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GTTCGAGTGAATAACTCTAAGGAAGTGATTGTGCTAGACCCTGACTTATCCAAAGATTAT 180
Query 467 CTTGACCGAATTCAGAATCGGACTAAAGAGAAGAAATATTGTTTTGATCATGCTTTTGGA 526
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 CTTGACCGAATTCAGAATCGGACAAAAGAGAAGAAATATTGTTTTGATCATGCATTTGGT 240
Query 527 CCTGAGAGCACCAACAAGAATGTGTATAGGAGTATGTCTTCTGTGATCTCTAGTGTTGTT 586
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTGAGAGCACGAACAAGAATGTATATAGGAGTATGTCTTCTGTGATCTCTAGTGTTGTT 300
Query 587 CATGGACTCAATGCTACAGTTTTTGCCTATGGTTCCACTGGAAGTGGCAAAACATATACA 646
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CATGGACTCAATGCTACAGTGTTTGCCTATGGTTCCACTGGAAGTGGCAAAACATATACA 360
Query 647 ATGGTTGGAACTCGAAGTGATCCTGGATTGATGGTTCTCAGCTTGAATACTATTTTTGAT 706
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 361 ATGGTTGGAACACGAAGTGATCCTGGATTGATGGTTCTCAGCCTGAATACCATTTTTGAT 420
Query 707 ATGATCAAGAGTGACAAGAGCTCAGATGAGTTTGAAGTGACTTGCTCATATCTTGAAGTT 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 421 ATGATCAAGAGTGACAAGAGCTCAGATGAGTTTGAAGTGACTTGCTCATATCTGGAAGTC 480
Query 767 TACAATGAAGTTATCTACGATCTGCTTGAAAAATCCTCTGGTCATTTAGAGCTTAGAGAG 826
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 481 TACAATGAAGTTATATACGATCTGCTTGAAAAATCATCTGGTCATTTGGAGCTCAGAGAG 540
Query 827 GATCCAGAGCAGGGAATAGTAGTTGCAGGCCTGCGATCAATAAAGGTCCATTCTGCTGAT 886
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 541 GATCCAGAGCAGGGGATAGTAGTTGCTGGCCTGCGATCAATCAAGGTCTATTCTGCTGAT 600
Query 887 AGGATTCTTGAGCTGCTGAACTTGGGGAACAGTAGACGAAAAACTGAGAGCACAGAGATG 946
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 CGGATTCTTGAACTGCTGAACTTAGGGAACAGTAGACGAAAAACTGAGAGTACAGAGATG 660
Query 947 AATGGAACATCATCAAGGTCTCATGCAGTTCTAGAGATTGCAGTCAAAAGAAGGCAAAAG 1006
|||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 AATGGAACGTCATCAAGATCCCATGCAGTTCTGGAGATTGCAGTAAAAAGAAGGCAAAAG 720
Query 1007 AATCAAAATCAAGTCATGAGAGGGAAACTCGCCCTTGTAGATCTTGCTGGGAGTGAAAGA 1066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 721 AATCAAAATCAAGTCATGAGAGGGAAACTCGCCCTTGTAGATCTTGCTGGCAGTGAAAGG 780
Query 1067 GCTGCTGAGACAAACAATGGAGGTCAAAAATTGAGGGATGGAGCAAATATCAATCGCTCA 1126
||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 781 GCTGCTGAGACGAACAACGGAGGTCAAAAACTAAGGGATGGAGCCAATATTAATCGCTCA 840
Query 1127 CTCCTTGCACTAGCAAATTGCATAAATGCTTTGGGGAAGCAACACAAAAAGGGTCTTGCT 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 CTCCTTGCACTAGCAAATTGCATAAATGCTTTGGGGAAGCAACACAAGAAGGGTCTTGCT 900
Query 1187 TATGTACCATACCGAAACAGCAAACTTACGCGGATTCTCAAAGATGGTCTGAGTGGGAAC 1246
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TATGTCCCATACAGAAACAGCAAACTTACGCGGATTCTTAAAGATGGTCTGAGTGGGAAC 960
Query 1247 TCCCAGACAGTGATGGTTGCAACTATATCACCTGCTGATAGTCAGTATCATCATACTGTA 1306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 TCCCAGACAGTGATGGTTGCAACTATATCACCTGCTGATAGTCAGTACCATCATACTGTG 1020
Query 1307 AACACATTGAAATATGCTGACCGAGCAAAAGAGATTAAGACACACATCCAGAAAAATATT 1366
||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1021 AACACCTTGAAATATGCTGACCGGGCTAAAGAGATTAAGACACACATTCAGAAAAATATT 1080
Query 1367 GGTACCATCGATACTCATATGTCAGACTACCAACGAATGATCGACAATCTTCAAAGTGAG 1426
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGTACCATCGACACTCATATGTCAGACTACCAACGAATGATAGACAATCTTCAAAGTGAG 1140
Query 1427 GTTTCTCAGCTGAAGACACAACTAGCTGAAAAAGAGTCGCAGCTAAGCATCAAACCTTTT 1486
|||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 GTTTCTCAGCTGAAGAAACAGCTAGCAGAAAAGGAGTCACAGCTAAGTATCAAACCTTTT 1200
Query 1487 GAAAGAGGTGTTGAACGTGAACTTTCTTGGTTGGATGGTTTAAGCCACCAGATCAGTGAA 1546
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAAAGAGGTGTTGAACGTGAACTTTCGTGGTTGGATGGTTTAAGCCACCAGATCAGTGAA 1260
Query 1547 AATGTTCAAGACCGTATAAACTTACAGAAGGCGTTATTTGAGCTTGAGGAAACTAACCTC 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATGTTCAAGACCGTATAAACTTACAGAAGGCTTTATTTGAGCTTGAGGAAACTAACCTG 1320
Query 1607 AGAAATCGCACTGAACTTCAGCATCTTGATGATGCAATTGCGAAACAGGCGACAGAGAAA 1666
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGAAATCGCACTGAACTTCAGCATCTCGATGATGCAATTGCGAAACAGGCGACAGAGAAA 1380
Query 1667 GATGTTGTCGAAGCTCTAAGTAGCAGACGACAAGTAATACTTGATAATATCCGCGACAAT 1726
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GATGTTGTCGAAGCTTTAAGTAGCAGACGACAAGTTATACTTGATAATATCCGCGACAAT 1440
Query 1727 GATGAAGCCGGTGTTAACTACCAGAGGGATATTGAAGAAAATGAAAAACATCGTTGCGAA 1786
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GATGAAGCCGGTGTTAACTACCAGAGAGATATTGAAGAAAATGAAAAACATCGTTGCGAA 1500
Query 1787 CTACAGGATATGCTCAATGAAGCAATAAATAACAATGGAAACAAAACGTATCTGCATATT 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1501 CTACAGGATATGCTCAATGAAGCAATAAATAACAACGGAAACAAAACTTATCTGCATATT 1560
Query 1847 CTTAATCAGTATAAGCTCCTGGGGATGGGTAATACGGAACTACAGTTTGAAATGGCAATG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTTAATCAGTATAAGCTCCTGGGGATGGGTAATACGGAACTACAGTTTGAAATGGCAATG 1620
Query 1907 AGGGACCAAATTATTTACAACCAAAGGGAAGCCCAGAGAAACCTATGGAATTTGCTCATG 1966
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AGGGACCAAATCATTTACAACCAAAGGGAAGCCCAGAGAAACCTATGGAATTTGCTCATG 1680
Query 1967 GGTTTAGGAGTTGAAGAGAAACAAGTGTTCGATCTCGCTGCAAAACAAGGAATCACAATC 2026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGTTTAGGAGTTGAAGAGAAACAAGTGTTCGATCTCGCTGCAAAACAAGGAATCACAATC 1740
Query 2027 GAAGACTGGAGTAGTATAGCGTTGTTTCCAGGACTTCCTTACCGGAAACAGACACCGAGT 2086
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GAAGACTGGAGTAGTATGGCGTCATTTCCAGGACTTCCTTACCGGAAACAGACACCGAGT 1800
Query 2087 TTCATACCAGCAAACATCCCTTTCGTGGGCCACTCATATTCTAAATCCTCCTGCACTTTC 2146
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1801 TTCATACCTGCAAACATCCCTTTCGTGGGACACTCATATTCTAAATCCTCATGCACGTTC 1860
Query 2147 CAGAGCTATCAAGACCCTTCTTCGAAAGGACAACAATGGGCTCCAACTCCTACTTTATGC 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 CAGAGCTATCAAGACCCTTCTTCGAAAGGACAACAATGGGCTCCAACTCCTACTTTATGC 1920
Query 2207 AGAGAAGAACACCACAGCTCTTACTACTTCATGAGACAGGAGCCACCAGCATTTGTCAAT 2266
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1921 AGAGAGGAACACCACAGCTCTTACTACTTCATGGGACGGGAGCCACCTGCATTTGTCAAT 1980
Query 2267 CTTAGGAAAAGCCACGATGGTTGGGTTGGTGGCAGCAGACCAGCTTCACGGATTGACACA 2326
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1981 CTTAGGAAAAGCCACGATGGTTGGGTTGGTGGTAGCAGACCAGCTTCACGGATCGACACA 2040
Query 2327 GGAGGCAATCATCGCCGAGTCTCATATCCACAAACTGTGAACAATTCTTCTCCTCGGATG 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GGAGGCAATCATCGCCGAGTCTCATATCCACAAACTGTGAACAATTCTTCTCCTCGGATG 2100
Query 2387 GCC--T-C--A---GG-TCCTACTTTTTACCAGACTCCTCAAAGGGAAATGTTGCTCAAC 2437
||| | | | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2101 GCCCCTTCGCATTTGGGTCCGACTTTTTACCAGACTCCTCAAAGGGAAATGTTGGTCAAC 2160
Query 2438 ACAACGAGTCCTTATAGTAGTCCGCGAGTGGGACTCATCAACGGGGCCACCACCCCGTCC 2497
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2161 ACAACGAGTCCTTATAGTAGCCCGCGAGCAGGACTCATCAACGGGGCCACCACTCCGTCC 2220
Query 2498 GTGCAACCTTTCTATGGAAGTCCTCGTGCCGTGACTGTGAGAAACGGTTCATACAACACT 2557
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2221 GTGCAACCTTTCTATGGAAGTCCTCGTGCCGTCACCGTGAGAAACGGTTCATACAACAAT 2280
Query 2558 CCACTCGCCCCCGCTGCAGTTTCAACTAAAGGTGCGAGAAACCAACAACGAGTGTTTGGA 2617
|||| ||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CCACGCGCCCCCACTGCAGTTTCATCCAATGGTGCTAGAAACCAACAACGAGTGTTTGGA 2340
Query 2618 ACGAGCCCACTCTCAGGAACCAAAGGCGTCAAGAACTCTTCATATGGACAGAACAGTCAC 2677
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 2341 ACGAGCCCACTCGCAGGAACCAAAGGCGTCAAGAACTCTTCGTATGGACAGAACAG-CGC 2399
Query 2678 -ACAAAGTTGTACAGAGGAGGAGG---------CACTAAAGGTCACAGTAAAGGAAACAA 2727
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2400 CACAAAGTTGTACAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCACTAAAGGGCACAATAAAGGAAACAA 2459
Query 2728 TACTCAACGCCAACACCAATGACATGAGACCAAAACATGGGT 2769
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AACTCAACGCCAACACCAATGACATGAGACCAAAACATGGGT 2501
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113318478875
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5