BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49710.1
Length=2166
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937795 jgi|Araly1|937795|scaffold_501986.1 3502 0.0
> Ahg937795 jgi|Araly1|937795|scaffold_501986.1
Length=2207
Score = 3502 bits (1896), Expect = 0.0
Identities = 2079/2169 (96%), Gaps = 6/2169 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATCAGACGCCATGGAAGTTCAAAACTTTTCGAGACCTTCTACTGAAAT-CTGTAGC 59
||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 22 ATGAACCAGACGCAATGGAAGTTCAAATCTTTTCGAGACCTTCTACTGAAATGC-GTAGC 80
Query 60 GGAGAGAGATCTCTTCACTGGGAAATCACTTCACGCGCTCTACGTGAAATCCATTGTAGC 119
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 GGAGAGAGATCTCTTCACAGGGAAATCACTTCACGCGCTCTACGTGAAATCCATTGTAGC 140
Query 120 TTCGTCCACTTATCTCTCAAATCACTTCGTGAATCTCTACTCCAAATGTGGTCGCCTTTC 179
||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||| | |||||
Sbjct 141 TTCTTCTACTTATCTCTCAAACCACTTCGTGAACCTTTACTCCAAGTGTGGTTGTCTTTC 200
Query 180 CTACGCACGAGCCGCGTTCTACTCCACGGAAGAACCCAATGTCTTCTCTTACAATGTAAT 239
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 CTACGCACGAGCCGCGTTCGACTCCACGGAAGAACCCAATGTCTTCTCTTACAATGTAAT 260
Query 240 TGTCAAAGCTTACGCGAAAGATTCGAAAATCCATATTGCACGCCAGTTGTTCGACGAAAT 299
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 261 TGTCAAAGCTTATGCGAAAGATTCGAAAATACATATTGCACGTCAGTTGTTCGACGAAAA 320
Query 300 TCCCCAACCAGACACTGTCTCTTACAATACTCTTATCTCGGGGTACGCTGATGCTAGAGA 359
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 TCCGCAACCAGACACTGTTTCTTACAATACTCTTATATCGGGGTACGCTGATGCTAGAGA 380
Query 360 AACTTTTGCCGCAATGGTTCTGTTTAAGAGAATGAGAAAATTGGGATTTGAGGTTGATGG 419
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 AACTGTTGCCGCGATGGTTCTGTTTAAGAGAATGAGAGAATTGGGATTTGAGGTTGATGG 440
Query 420 GTTTACGTTATCAGGGTTGATAGCAGCTTGTTGTGACCGTGTTGATTTGATAAAGCAGCT 479
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 441 GTTTACGTTGTCAGGGTTGATAGCAGCTTGTTGTGACCGTGTCGATTTGATAAAGCAGCT 500
Query 480 TCACTGTTTCTCTGTCTCGGGAGGGTTTGATTCGTACTCGTCTGTGAATAACGCGTTTGT 539
||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 501 TCATTGTTTCGCTGTCTCGGGAGGGTTTGATTCATACTCGTCTGTGAATAATGCGTTTGT 560
Query 540 TACGTATTATAGTAAAGGCGGGCTTTTGAGAGAGGCGGTATCGGTGTTTTATGGGATGGA 599
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 561 TACGTATTACAGTAAAGGTGGGCTTTTGAGAGAGGCGGTATCGGTGTTCTATGGGATGGA 620
Query 600 TGAATTAAGAGATGAAGTTTCGTGGAATTCGATGATTGTGGCTTATGGGCAGCACAAGGA 659
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 621 TGGATTAAGAGATGAAGTTTCGTGGAATTCGATGATTGTGGCTTATGGGCAGCATAAGGA 680
Query 660 AGGAGCAAAGGCATTAGCTTTGTATAAAGAAATGATCTTTAAAGGATTCAAGATTGATAT 719
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 681 AGGAGCTAAGGCTTTAGCTTTGTATAAAGAAATGATTTTTAAAGGATTTAAGATTGATAT 740
Query 720 GTTTACATTGGCAAGTGTTTTAAATGCTCTCACTAGCTTGGATCATTTGATCGGTGGCCG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTTTACATTGGCAAGTGTTTTAAATGCTCTCACTAGCTTGGATCATTTGATCGGTGGCCG 800
Query 780 TCAGTTCCACGGTAAGCTGATCAAGGCTGGATTTCACCAGAACTCACATGTGGGAAGTGG 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 801 TCAGTTCCACGGTAAGCTGATCAAGGCTGGATTTCACCAGAATTCACATGTGGGAAGTGG 860
Query 840 TTTGATTGATTTTTACTCAAAATGCGGGGGTTGTGATGGTATGTATGATAGTGAGAAGGT 899
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 861 TTTGATTGATTTTTACTCAAAATGTGGGGGTCGTGATGGTATGTCTGATAGTGAGAAGGT 920
Query 900 ATTTCAAGAGATTCTATCGCCGGATTTGGTTGTTTGGAATACGATGATTTCTGGATATTC 959
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 GTTTCAAGAGATTCTGTCGCCGGATTTGGTTCTTTGGAATACGATGATTTCTGGATATTC 980
Query 960 AATGAACGAGGAACTCTCTGAAGAAGCTGTGAAGAGTTTTAGACAGATGCAACGTATTGG 1019
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 981 AATGAACGAGGAACACTCTGAAGAAGCTGTGAAGAGTTTTAGACAGATGCAACGAATTGG 1040
Query 1020 ACATAGACCTGATGATTGCAGTTTTGTCTGTGTCACAAGCGCTTGCTCGAATCTCTCCTC 1079
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 ACACAGACCTGATGATTGCAGTTTTGTCTGTGTCACAAGCGCTTGCTCGAATCTCTCCTC 1100
Query 1080 TCCTTCTCAGTGCAAGCAGATTCATGGCTTGGCGATCAAATCTC-ACATCCCTTCGAATA 1138
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||
Sbjct 1101 TCCTTCTCAGGGCAAGCAGATTCATGGCTTGGCTATCAAATC-CAACATTCCTTCGAATA 1159
Query 1139 GAATCTCTGTGAACAACGCGTTGATTTCGTTGTATTACAAAAGCGGAAACCTGCAAGACG 1198
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1160 GAATCTCTGTGAACAACGCATTGATTTCGTTGTATTACAAAAGCGGAAACCTGCTAGACG 1219
Query 1199 CAAGGTGGGTATTTGATAGAATGCCGGAACTTAATGCGGTATCTTTCAATTGTATGATCA 1258
||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1220 CAAGGCGGGTATTTGATCGAATGCCAGAGCTTAATGCTGTATCTTTCAATTGTATGATTA 1279
Query 1259 AAGGTTATGCGCAGCACGGGCATGGAACAGAAGCTTTGCTTTTATACCAACGGATGCTGG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 AAGGTTATGCGCAGCACGGGCATGGAACAGAAGCTTTGCGTTTATACCAACGGATGCTGG 1339
Query 1319 ACTCGGGTATTGCGCCTAACAAGATAACCTTTGTAGCCGTTCTTTCTGCTTGTGCGCACT 1378
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1340 ACTCGGGTATTGCGCCAAACAATATAACCTTTGTAGCCATTCTTTCTGCTTGTGCACACT 1399
Query 1379 GTGGTAAGGTCGACGAGGGTCAGGAGTACTTCAACACCATGAAGGAGACGTTCAAGATCG 1438
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GTGGTAAGGTCGACGAGGGTCAGAAGTACTTCAACACTATGAAGGAGACGTTCAAGATCG 1459
Query 1439 AACCAGAGGCTGAGCACTATTCTTGTATGATTGATCTTTTAGGCCGAGCAGGGAAGCTAG 1498
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 AACCAGAGGCAGAGCACTATTCTTGTATGATTGATCTTTTAGGCCGAGCAGGGAAGCTAG 1519
Query 1499 AAGAGGCAGAGAGATTCATAGATGCAATGCCTTATAAGCCAGGCTCTGTTGCTTGGGCTG 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AAGAGGCAGAGAGATTCATAGATGCAATGCCTTATAAGCCAGGCTCTGTTGCTTGGGCTG 1579
Query 1559 CTTTGCTCGGGGCTTGTAGGAAACACAAAAACATGGCTCTTGCAGAGAGAGCAGCTAATG 1618
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1580 CGTTGCTCGGGGCCTGTAGGAAACACAAAAACATGGCTCTTGCAGAGAGAGCAGCTAAGG 1639
Query 1619 AGCTTATGGTGATGCAACCATTAGCTGCCACGCCATATGTGATGCTAGCAAACATGTATG 1678
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 AGCTTATGGTGATGCAACCCTTAGCTGCCACGCCGTATGTGATGCTAGCAAACATGTATG 1699
Query 1679 CAGATGCCA-GGAAATGGGAAGAGATGGCCTCGGTGAGGAAATCAATGAGGGGGAAAAGG 1737
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 CAGATG-CAGGGAAATGGGAAGAGATGGCCTCAGTGAGGAAATCAATGAGGGGGAAAAGG 1758
Query 1738 ATAAGGAAGAAACCGGGATGTAGTTGGATCGAAGTGAAGAAGAAAAAGCATGTATTCGTC 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 ATAAGGAAGAAACCGGGATGTAGTTGGATCGAAGTGAAGAAGAAAAAGCATGTATTCGTC 1818
Query 1798 GCAGAAGATTGGTCTCATCCGATGATACGAGAAGTGAATGAATATCTAGAGGAGATGATG 1857
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 GCAGAAGATTGGTCTCATCCGATGATACGGGAAGTGAATGAATATCTAGAGGAGATGATG 1878
Query 1858 AAGAAGATGAAGAAAGTTGGGTATGTGATGGATAAGAAATGGGCAATGGTAAAAGAGGAT 1917
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 AAGAAGATGAAGAAAGCTGGGTATGTGATGGATAAGAAATGGGCAATGGTAAAAGAGGAT 1938
Query 1918 GAAGCAGGCGAAGGGGACGAAGAAATGCGGTTAGGACATCACAGCGAGAAGCTAGCGGTG 1977
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1939 GAAGCAGGCGAAGGAGAAGAAGAGATGCGGTTAGGACATCATAGCGAGAAGCTAGCGGTG 1998
Query 1978 GCTTTTGGGTTGATGTCGACTAGAGATGGAGAAGAATTAGTTGTAGTTAAGAATTTGAGG 2037
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1999 GCCTTTGGGTTGATGTCGACAAGAGATGGAGAAGAATTAGTTGTGGTGAAGAATTTGAGG 2058
Query 2038 ATATGTGGGGATTGTCACAATGCTATCAAGTTTATGTCTGCGGTTGCAGGTAGAGAGATC 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2059 ATATGTGGGGATTGTCACAATGCTATCAAGTTTATGTCTGCAGTTGCAGGTAGAGAGATC 2118
Query 2098 ATTGTAAGAGATAACCTTCGGTTTCATTGCTTCAAAGATGGCAAGTGTTCATGTGGGGAT 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 ATTGTAAGAGATAACCTTCGGTTTCATTGCTTCAAAGATGGCAAGTGTTCATGTGGGGAT 2178
Query 2158 TATTGGTGA 2166
|||||||||
Sbjct 2179 TATTGGTGA 2187
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81513124300
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5