BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G49810.1 Length=2298 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg485341 jgi|Araly1|485341|fgenesh2_kg.5__1333__AT3G49810.1 2996 0.0 Ahg496828 jgi|Araly1|496828|fgenesh2_kg.8__2644__AT5G65920.1 1072 0.0 Ahg330893 jgi|Araly1|330893|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000236 664 0.0 > Ahg485341 jgi|Araly1|485341|fgenesh2_kg.5__1333__AT3G49810.1 Length=2194 Score = 2996 bits (1622), Expect = 0.0 Identities = 1932/2076 (93%), Gaps = 44/2076 (2%) Strand=Plus/Plus Query 164 TTTGTACTGGGTTCGTTGA-tttttttttGGTTTCCTTCTCATTATTCTTCATGATTCCT 222 |||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 101 TTTGTACTGGGTTCTTTGATTTTTTTTTTTG-TTCCTTGTCATTATTCTTCATGATTTCT 159 Query 223 CCTTTTTTCTGTTTCTCGAAATTTGTGGTTATAAAATTCACAttttttttGGGAGCAGTT 282 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 160 CC-TTTTTCTGTTTCTCGAAATTTGTGGTTATAAAATTCACA---TTTTTGAGAGCAGTT 215 Query 283 GGG--T-TTCAATCATGTGTTTATGATGTTAT-ATTATTAACAAGAGTTGAATGAATCTT 338 ||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 216 GGGCTTCTTCAATCATGTGTTTATGATGTTTTGTTTATTAACAAGAGTTGAATGAATCTT 275 Query 339 CTTTTTGACCGTTgaaaagaga-aaaactaaattaaagcaaagaggaaaaagaagaagaa 397 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| Sbjct 276 CTTTTTGACCGTTGAAAAGAGAGAAAACAAAATTAAAGCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAA 335 Query 398 gaagattg-tg-ttgttgttgttgttTTAACGCTTCTTTCTGAGATAAAGACATGCGTTT 455 ||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 336 GAAGA-AGAAGATTG-TGTTGTTGTTTTAACGCTTCTTTGTGAGATAAAGACATGC-TTT 392 Query 456 CTTTTTCAGCTCACATTATTTTCCCAAATGTTGTGAGTTTGAGAAGAAAAGTCTGttttt 515 | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 393 -TCTATCA-AAGGCATTATTTTCCCAAATGTTGTGAGTTTGAGAAGAAACGTCTTTTTTT 450 Query 516 ttat-tgagatttttttgtttCTATAGATTCTATCGAAATGCCGATGTTTCAGCCGTTAA 574 || | ||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 451 TTTTGTGAGA-GATTTTGTTTCTTTAGATTCTTTAGAAATGCCGATGTTTCAGCCGTTAA 509 Query 575 AGAGAGATGGGTTAATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGATGGGCAAGTCTTAGATCTGGATA 634 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 510 AGAGAGATGGGTTGATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGATGGGCAAGTCTTAGATCTGGATA 569 Query 635 CTGCAGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAATGGTGGTGGTGTTGGAGTTGTTGATG 694 | || ||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||| Sbjct 570 CAGCGGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAA------T-G-G-TGGAGTTGTTGATG 620 Query 695 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 754 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 621 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 680 Query 755 TCATTTGTCCTATCTCCTTAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACTTTGTGTACTGGTCAAA 814 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 681 TCATTTGTCCTATCTCGTTAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACCTTGTGTACTGGTCAAA 740 Query 815 CCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTGACTTGTCCTACTA 874 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 741 CCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTGACTTGTCCTACTA 800 Query 875 CAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGATCT 934 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 801 CAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGATCT 860 Query 935 ATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGTTCTGAGGATGTTCAAGGAC 994 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 861 ATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGCTCTGAGGATGTTCAAGGAC 920 Query 995 GAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATGCTT 1054 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 921 GAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATGCGT 980 Query 1055 TGAGTGAGCTTAAACAGATTGTTATTGCTCATCTTATGGCGAGGAAGACTGTTGTTGAAG 1114 ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 981 TGAGTGAGCTTAAGCAGATTGTTGTTGCTCATCTTATGGCCAGGAAGACTGTTGTTGAAG 1040 Query 1115 AAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTGGAT 1174 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1041 AAGGAGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTGGAT 1100 Query 1175 CTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCGGCTTGA 1234 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1101 CTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTCAGTCTTGATCTTGATTCGGATTCGAAATCCGGGTTGA 1160 Query 1235 TGCAACCAGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAATGAGACTA 1294 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1161 TGCAACCGGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCCAATGAGACTA 1220 Query 1295 AGATCAATTGTGCTAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAGAGC 1354 | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1221 AAATCAATTGTGCGAGATTGATTAAAGGATTGGTGGAAGAGAAGGGGTTTAGAGCAGAGC 1280 Query 1355 TTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATAAGAGACATA 1414 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1281 TGGTTTCGAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATAAGAGACATA 1340 Query 1415 GAAATGGAGTATCTCCTGCACTTCGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTCATAAACAAGTTC 1474 |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1341 GAAATGGAGTTTCTCCTGCACTTGGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTCATAAACAAGTTC 1400 Query 1475 GAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAATTAGTTGATATCTTACCGTCTTTAG 1534 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1401 GAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAGTTAGTCGATATCTTACCGTCTTTAG 1460 Query 1535 ACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTGATGCTTTGTGTACAGACGTGGAAG 1594 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1461 ACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTGATGCTTTGTGTTCAGATATGGAAG 1520 Query 1595 GAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATACCTTATACAGTTAGGGTGCTGATGA 1654 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1521 GAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACGATACCGTATACCGTTAGGGTGCTGATGA 1580 Query 1655 GGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAG 1714 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1581 GGGTGTCTGAGAATTGCACTAGCTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAG 1640 Query 1715 CTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTTGGTCTTGCTGCAAAGCTGTTACTCG 1774 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1641 CTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTCGGTCTTGCTGCAAAGTTGTTACTCG 1700 Query 1775 TGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCAGAGCTACTTAAGCTTT 1834 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | Sbjct 1701 TGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCGGAGCTACTCAAGCTCT 1760 Query 1835 GTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCAAACTCACAAGGACAATCC 1894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1761 GTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCAAACTCACAAGGACAATCC 1820 Query 1895 AATAGCATTGGCACTGATT-GATCACAGGATTCAGCGGG-TTATCCATGAAACGGTAAAT 1952 ||||||| | | | | || |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1821 AATAGCAAAAGTT-TAAATCGA-CACATGATTCAGCGGGGTTATCAATGAAACGGTAAAT 1878 Query 1953 GTGCATTGCATTACGAATCTGCCTTTGCCC-TGATGTATATATAGATGATGAGTTTGAAG 2011 ||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1879 GTGCATTGC-----GAATCTTCCTCTGCCCCTGATGTATATATAGATGAAGAGTTTGAAG 1933 Query 2012 ATTGAGCTATTGGTTTTGGTGGTAACAATTCAAAGGAAGAGGCAATCAGCTGATGGAAAC 2071 || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| || ||||||||| Sbjct 1934 ATCGAGCTATTGGTTTTGGTGGTAACAATTCAAAAGAAGAAGAAATCCGCAGATGGAAAC 1993 Query 2072 ATGGGGAAGACGAAGAAACCGGGTGGTTGAGGGATCGGTATGTAATGTTACCATATTGGT 2131 | |||||||| |||| ||||||| || |||||||||||| ||||||| || | | | ||| Sbjct 1994 ACGGGGAAGATGAAGTAACCGGGCGGGTGAGGGATCGGTGTGTAATGCTATCTTGTCGGT 2053 Query 2132 TCGTTTTGCAATAAGCATTGGGAATTAGaaaaaaaCTGTGTAAAGTTACCGCCTCTGGCT 2191 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | Sbjct 2054 TCGTTATGCAATAAGCATTGGGAATTAGAAAAAA--TGTGTAAAGTTACTGCCTTTGGTT 2111 Query 2192 CAAATCAATTTCAGAAGAACAAAG-AAAAAGAAGAA 2226 ||| ||||||||||||||| || | ||||||||||| Sbjct 2112 CAA-TCAATTTCAGAAGAA-AAGGGAAAAAGAAGAA 2145 Score = 161 bits (87), Expect = 2e-38 Identities = 99/104 (95%), Gaps = 3/104 (3%) Strand=Plus/Plus Query 24 CAAACAAAAGAGAGAGTACGGGTTTCTTCTTCGTCATTCTCACGAATTCGTGAAtttatt 83 |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1 CAAACAAAAGAGAGAGTACGGG--T-TTCTTCGTCATTCTCACGAATTCGTGAATTTTTT 57 Query 84 tttgatttcgtcatctgggttttctcaaattctcttcctttttt 127 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 58 TTTGTTTTCGTCATCTGGGTTTTCTCAAATTCTCTTCCTTTTTT 101 Score = 62.1 bits (33), Expect = 2e-08 Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2265 TTTGGGTTCTTGTGAGAGGTTGTTTTGCTTTTT 2297 ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2162 TTTGGGTTCTTGTGAGAGGTTGTTTTGCTTTTT 2194 > Ahg496828 jgi|Araly1|496828|fgenesh2_kg.8__2644__AT5G65920.1 Length=1885 Score = 1072 bits (580), Expect = 0.0 Identities = 1014/1222 (83%), Gaps = 36/1222 (3%) Strand=Plus/Plus Query 695 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 754 ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| || |||| || ||||| ||||||| Sbjct 396 AGAAATTGGATTTGATGAAGATGATTTCTGAGCTGGAATTACCTGAAATACCCTCTGTTT 455 Query 755 TCATTTGTCCTATCTCCT-TAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACTTTGTGTACTGGTCAA 813 |||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 456 TCATCTGTCCAATCT-CTCTAGAGCCGATGCAAGATCCAGTGACCTTGTGTACTGGTCAA 514 Query 814 ACCTATGAAAGGT-TAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTG-ACTTGTCCTA 871 ||||| || |||| | ||||||| |||||||||||| |||| || ||| || || || | Sbjct 515 ACCTACGAGAGGTCT-AACATTCTCAAATGGTTTAATTTAGGGCA-TTGTACATGCCCAA 572 Query 872 CTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGA 931 | || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||| || |||| Sbjct 573 CGACGATGCAAGAGCTTTGGGATGATTTGGTCACTCCTAACAAGACTCTTCACCAATTGA 632 Query 932 TCTATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGTTCTGAGGATGTTCAAG 991 |||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 633 TCTACACTTGGTTTTCACAAAAGTATGTTTTGATGAAGAAACGATCTGAAGATGTGCAAG 692 Query 992 GACGAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAA-GCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCAT 1050 || ||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||||||| |||| | ||||||| Sbjct 693 GAAGAGCTATTGAGATATTGGGTACATTG-AGAAAGGCTAAAGGGAAAGCAAAGGTTCAT 751 Query 1051 GCTTTGAGTGAGCTTAAAC-AGATTGTTATTGCTCATC-TTATGGCGAGGAAGACTGTTG 1108 ||||| || |||||||| | || |||| || ||||| | ||| || | ||||||||||| Sbjct 752 GCTTTAAGCGAGCTTAAGCAAG-TTGTGATGGCTCA-CACTATTGCTAAGAAGACTGTTG 809 Query 1109 TTGAAGAAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTG 1168 |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 810 TTGATGAAGGTGGAGTCTTTGTGATCTCTTCTCTTTTAAGTCCTTTTACTTCTCATGCTG 869 Query 1169 TTGGATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCG 1228 |||||||||||| | | || |||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| | | Sbjct 870 TTGGATCTGAGGCTATCGCGATTCTTGTTAATCTTGAGCTTGATTCTGATTCCAAAGCTG 929 Query 1229 GCTTGATGCAACCAGCTA-AGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAAT 1287 | |||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||| || | | Sbjct 930 GATTGATGCAACCAGCTAGAG-TTTCGTTGATGGTTGATATGTTGAATGATGGTTCGATT 988 Query 1288 GAGACTAAGATCAATTGTGCTAGATTGATTAG--AGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTA 1345 || ||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||| |||| Sbjct 989 GAAACTAAAATCAATTGTGCTAGATTGAT-AGGTAGG-TTGGTGGAGGAGAAAGGTTTTA 1046 Query 1346 GAGCAGAGCTTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATA 1405 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1047 GAGCAGAGCTTGTTTCTAGTCATAGTTTGCTTGTTGGATTAATGAGATTGGTTAAAGATA 1106 Query 1406 AGAGAC-ATAGAAATGGAGTATCTCCTGCACTT--CGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTC 1462 ||||| | ||||| ||||| || ||||| || || ||||| ||| || |||| |||| Sbjct 1107 GGAGACGA-AGAAACGGAGTTTCCCCTGCG-TTAACG-TTGCTCAAATCGGTTTCTGTTC 1163 Query 1463 ATAAACAAGTTCGAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAATTAGTTGATATCT 1522 |||| |||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | | Sbjct 1164 ATAAGCAAGTTAGAAACTTGTTGGTTAGGATTGGAGCAGTTCCTCAATTGGTTGATGTTT 1223 Query 1523 TACCGTCTTTAGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTG-ATGCTTTGTGT 1581 | || | |||||| || || |||||||| | |||||| || || ||| || | |||||| Sbjct 1224 TGCCATGTTTAGATCCAGAGTGTTTGGAATCAGCTCTATTCGTG-TTGGATTCGTTGTGT 1282 Query 1582 ACAGAC-GTGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATACCTTATACAGT 1640 ||| | | |||| ||| | ||| | ||||| || | |||||| || || |||| || Sbjct 1283 TTAGAAAGCG-AAGGGAGAATCGCTTTGAAAGATTCGGTAAACACGATTCCGCATACCGT 1341 Query 1641 TAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTC 1700 |||| | ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||| | || || || ||||| Sbjct 1342 TAGGTTACTGATGAAGGTATCTGAGAAATGCACAAACTATGCGATATCAATACTCTGGTC 1401 Query 1701 TGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTTGGTCTTG-CTG 1759 || |||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||| Sbjct 1402 AGTTTGCAAATTAGCTTCTGAAGAATGTTCATCTCTTGCTGTTGAAGTTGGT-TTGGCTG 1460 Query 1760 CAAAGCTGT-TACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCA 1818 ||||||| | | || |||||||| || || || || |||| |||||||| || || || Sbjct 1461 CAAAGCT-TCTGCTTGTGATCCAAAGTGGATGCGACCCAGCTTTGAAGCAACGTTCGGCT 1519 Query 1819 GAGCTACTT-AAGCTT-TGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCA 1876 |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| | Sbjct 1520 GAGCTA-TTGAAG-TTATGTAGTCTACATTATTCAGACTCAATGTTTATCTCCAAATGTA 1577 Query 1877 AACTCACAAGGACAATCCAATA 1898 |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1578 AACTCACAAGAACAATCCAATA 1599 > Ahg330893 jgi|Araly1|330893|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000236 Length=1185 Score = 664 bits (359), Expect = 0.0 Identities = 392/408 (96%), Gaps = 2/408 (0%) Strand=Plus/Plus Query 992 GACGAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATG 1051 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 393 GACGAGCTA-TGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATG 451 Query 1052 CTTTGAGTGAGCTTAAACAGATTGTTATTGCTCATCTTATGGCGAGGAAGACTGTTGTTG 1111 | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 452 CGTTGAGTGAGCTTAAGCAGATTGTTGTTGCTCATCTTATGGCCAGGAAGACTGTTGTTG 511 Query 1112 AAGAAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTG 1171 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 512 AAGAAGGAGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTG 571 Query 1172 GATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCGGCT 1231 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 572 GATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTCAGTCTTGATCTTGATTCGGATTCGAAATCCGGGT 631 Query 1232 TGATGCAACCAGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAATGAGA 1291 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 632 TGATGCAACCGGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCCAATGAGA 691 Query 1292 CTAAGATCAATTGTGCTAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAG 1351 |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 692 CTAAAATCAATTGTGCGAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAG 751 Query 1352 AGCTTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTA 1399 |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 752 AGCTGGTTTCGAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTG-TTA 798 Score = 656 bits (355), Expect = 0.0 Identities = 388/402 (97%), Gaps = 9/402 (2%) Strand=Plus/Plus Query 553 ATGCCGATGTTTCAGCCGTTAAAGAGAGATGGGTTAATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGAT 612 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCCGATGTTTCAGCCGTTAAAGAGAGATGGGTTCATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGAT 60 Query 613 GGGCAAGTCTTAGATCTGGATACTGCAGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAATGGT 672 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGGCAAGTCTTAGATCTGGATACGGCGGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAA---- 116 Query 673 GGTGGTGTTGGAGTTGTTGATGAGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGAT 732 | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 117 --T-G-G-TGGAGTTGTTGATGAGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGAT 171 Query 733 TTACAAGATATACCTTCTGTTTTCATTTGTCCTATCTCCTTAGAGCCGATGCAAGATCCT 792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 172 TTACAAGATATACCTTCTGTTTTCATTTGTCCTATCTCGTTAGAGCCGATGCAAGATCCT 231 Query 793 GTGACTTTGTGTACTGGTCAAACCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTA 852 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 232 GTGACCTTGTGTACTGGTCAAACCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTA 291 Query 853 GGTCACTTGACTTGTCCTACTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAAT 912 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 292 GGTCACTTGACTTGTCCTACTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAAT 351 Query 913 AAAACTCTTCATCATTTGATCTATACTTGGTTCTCTCAGAAG 954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 352 AAAACTCTTCATCATTTGATCTATACTTGGTTCTCTCAGAAG 393 Score = 643 bits (348), Expect = 0.0 Identities = 376/390 (96%), Gaps = 0/390 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1510 TTAGTTGATATCTTACCGTCTTTAGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTT 1569 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 796 TTAGTCGATATCTTACCGTCTTTTGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTT 855 Query 1570 GATGCTTTGTGTACAGACGTGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATA 1629 |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 856 GATGCTTTGTGTTCAGATATGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACGATA 915 Query 1630 CCTTATACAGTTAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCG 1689 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 916 CCGTATACCGTTAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTATGCGCTGTCG 975 Query 1690 ATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTT 1749 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 976 ATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTC 1035 Query 1750 GGTCTTGCTGCAAAGCTGTTACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAG 1809 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1036 GGTCTTGCTGCAAAGTTGTTACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAG 1095 Query 1810 CGGTCAGCAGAGCTACTTAAGCTTTGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCC 1869 |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1096 CGGTCAGCGGAGCTACTCAAGCTCTGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCC 1155 Query 1870 AAATGCAAACTCACAAGGACAATCCAATAG 1899 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1156 AAATGCAAACTCACAAGGACAATCCAATAG 1185 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 86541036640 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5