BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49810.1
Length=2298
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485341 jgi|Araly1|485341|fgenesh2_kg.5__1333__AT3G49810.1 2996 0.0
Ahg496828 jgi|Araly1|496828|fgenesh2_kg.8__2644__AT5G65920.1 1072 0.0
Ahg330893 jgi|Araly1|330893|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000236 664 0.0
> Ahg485341 jgi|Araly1|485341|fgenesh2_kg.5__1333__AT3G49810.1
Length=2194
Score = 2996 bits (1622), Expect = 0.0
Identities = 1932/2076 (93%), Gaps = 44/2076 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 164 TTTGTACTGGGTTCGTTGA-tttttttttGGTTTCCTTCTCATTATTCTTCATGATTCCT 222
|||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 101 TTTGTACTGGGTTCTTTGATTTTTTTTTTTG-TTCCTTGTCATTATTCTTCATGATTTCT 159
Query 223 CCTTTTTTCTGTTTCTCGAAATTTGTGGTTATAAAATTCACAttttttttGGGAGCAGTT 282
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 160 CC-TTTTTCTGTTTCTCGAAATTTGTGGTTATAAAATTCACA---TTTTTGAGAGCAGTT 215
Query 283 GGG--T-TTCAATCATGTGTTTATGATGTTAT-ATTATTAACAAGAGTTGAATGAATCTT 338
||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 GGGCTTCTTCAATCATGTGTTTATGATGTTTTGTTTATTAACAAGAGTTGAATGAATCTT 275
Query 339 CTTTTTGACCGTTgaaaagaga-aaaactaaattaaagcaaagaggaaaaagaagaagaa 397
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 276 CTTTTTGACCGTTGAAAAGAGAGAAAACAAAATTAAAGCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAA 335
Query 398 gaagattg-tg-ttgttgttgttgttTTAACGCTTCTTTCTGAGATAAAGACATGCGTTT 455
||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 336 GAAGA-AGAAGATTG-TGTTGTTGTTTTAACGCTTCTTTGTGAGATAAAGACATGC-TTT 392
Query 456 CTTTTTCAGCTCACATTATTTTCCCAAATGTTGTGAGTTTGAGAAGAAAAGTCTGttttt 515
| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 393 -TCTATCA-AAGGCATTATTTTCCCAAATGTTGTGAGTTTGAGAAGAAACGTCTTTTTTT 450
Query 516 ttat-tgagatttttttgtttCTATAGATTCTATCGAAATGCCGATGTTTCAGCCGTTAA 574
|| | ||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 TTTTGTGAGA-GATTTTGTTTCTTTAGATTCTTTAGAAATGCCGATGTTTCAGCCGTTAA 509
Query 575 AGAGAGATGGGTTAATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGATGGGCAAGTCTTAGATCTGGATA 634
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 AGAGAGATGGGTTGATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGATGGGCAAGTCTTAGATCTGGATA 569
Query 635 CTGCAGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAATGGTGGTGGTGTTGGAGTTGTTGATG 694
| || ||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||
Sbjct 570 CAGCGGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAA------T-G-G-TGGAGTTGTTGATG 620
Query 695 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 680
Query 755 TCATTTGTCCTATCTCCTTAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACTTTGTGTACTGGTCAAA 814
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 681 TCATTTGTCCTATCTCGTTAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACCTTGTGTACTGGTCAAA 740
Query 815 CCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTGACTTGTCCTACTA 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 CCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTGACTTGTCCTACTA 800
Query 875 CAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGATCT 934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 CAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGATCT 860
Query 935 ATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGTTCTGAGGATGTTCAAGGAC 994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 861 ATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGCTCTGAGGATGTTCAAGGAC 920
Query 995 GAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATGCTT 1054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 921 GAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATGCGT 980
Query 1055 TGAGTGAGCTTAAACAGATTGTTATTGCTCATCTTATGGCGAGGAAGACTGTTGTTGAAG 1114
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 981 TGAGTGAGCTTAAGCAGATTGTTGTTGCTCATCTTATGGCCAGGAAGACTGTTGTTGAAG 1040
Query 1115 AAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTGGAT 1174
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 AAGGAGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTGGAT 1100
Query 1175 CTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCGGCTTGA 1234
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1101 CTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTCAGTCTTGATCTTGATTCGGATTCGAAATCCGGGTTGA 1160
Query 1235 TGCAACCAGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAATGAGACTA 1294
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1161 TGCAACCGGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCCAATGAGACTA 1220
Query 1295 AGATCAATTGTGCTAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAGAGC 1354
| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1221 AAATCAATTGTGCGAGATTGATTAAAGGATTGGTGGAAGAGAAGGGGTTTAGAGCAGAGC 1280
Query 1355 TTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATAAGAGACATA 1414
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 TGGTTTCGAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATAAGAGACATA 1340
Query 1415 GAAATGGAGTATCTCCTGCACTTCGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTCATAAACAAGTTC 1474
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GAAATGGAGTTTCTCCTGCACTTGGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTCATAAACAAGTTC 1400
Query 1475 GAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAATTAGTTGATATCTTACCGTCTTTAG 1534
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1401 GAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAGTTAGTCGATATCTTACCGTCTTTAG 1460
Query 1535 ACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTGATGCTTTGTGTACAGACGTGGAAG 1594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1461 ACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTGATGCTTTGTGTTCAGATATGGAAG 1520
Query 1595 GAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATACCTTATACAGTTAGGGTGCTGATGA 1654
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1521 GAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACGATACCGTATACCGTTAGGGTGCTGATGA 1580
Query 1655 GGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAG 1714
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 GGGTGTCTGAGAATTGCACTAGCTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAG 1640
Query 1715 CTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTTGGTCTTGCTGCAAAGCTGTTACTCG 1774
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1641 CTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTCGGTCTTGCTGCAAAGTTGTTACTCG 1700
Query 1775 TGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCAGAGCTACTTAAGCTTT 1834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 1701 TGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCGGAGCTACTCAAGCTCT 1760
Query 1835 GTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCAAACTCACAAGGACAATCC 1894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 GTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCAAACTCACAAGGACAATCC 1820
Query 1895 AATAGCATTGGCACTGATT-GATCACAGGATTCAGCGGG-TTATCCATGAAACGGTAAAT 1952
||||||| | | | | || |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1821 AATAGCAAAAGTT-TAAATCGA-CACATGATTCAGCGGGGTTATCAATGAAACGGTAAAT 1878
Query 1953 GTGCATTGCATTACGAATCTGCCTTTGCCC-TGATGTATATATAGATGATGAGTTTGAAG 2011
||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1879 GTGCATTGC-----GAATCTTCCTCTGCCCCTGATGTATATATAGATGAAGAGTTTGAAG 1933
Query 2012 ATTGAGCTATTGGTTTTGGTGGTAACAATTCAAAGGAAGAGGCAATCAGCTGATGGAAAC 2071
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| || |||||||||
Sbjct 1934 ATCGAGCTATTGGTTTTGGTGGTAACAATTCAAAAGAAGAAGAAATCCGCAGATGGAAAC 1993
Query 2072 ATGGGGAAGACGAAGAAACCGGGTGGTTGAGGGATCGGTATGTAATGTTACCATATTGGT 2131
| |||||||| |||| ||||||| || |||||||||||| ||||||| || | | | |||
Sbjct 1994 ACGGGGAAGATGAAGTAACCGGGCGGGTGAGGGATCGGTGTGTAATGCTATCTTGTCGGT 2053
Query 2132 TCGTTTTGCAATAAGCATTGGGAATTAGaaaaaaaCTGTGTAAAGTTACCGCCTCTGGCT 2191
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |
Sbjct 2054 TCGTTATGCAATAAGCATTGGGAATTAGAAAAAA--TGTGTAAAGTTACTGCCTTTGGTT 2111
Query 2192 CAAATCAATTTCAGAAGAACAAAG-AAAAAGAAGAA 2226
||| ||||||||||||||| || | |||||||||||
Sbjct 2112 CAA-TCAATTTCAGAAGAA-AAGGGAAAAAGAAGAA 2145
Score = 161 bits (87), Expect = 2e-38
Identities = 99/104 (95%), Gaps = 3/104 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 CAAACAAAAGAGAGAGTACGGGTTTCTTCTTCGTCATTCTCACGAATTCGTGAAtttatt 83
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 CAAACAAAAGAGAGAGTACGGG--T-TTCTTCGTCATTCTCACGAATTCGTGAATTTTTT 57
Query 84 tttgatttcgtcatctgggttttctcaaattctcttcctttttt 127
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 TTTGTTTTCGTCATCTGGGTTTTCTCAAATTCTCTTCCTTTTTT 101
Score = 62.1 bits (33), Expect = 2e-08
Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2265 TTTGGGTTCTTGTGAGAGGTTGTTTTGCTTTTT 2297
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 TTTGGGTTCTTGTGAGAGGTTGTTTTGCTTTTT 2194
> Ahg496828 jgi|Araly1|496828|fgenesh2_kg.8__2644__AT5G65920.1
Length=1885
Score = 1072 bits (580), Expect = 0.0
Identities = 1014/1222 (83%), Gaps = 36/1222 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 695 AGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGATTTACAAGATATACCTTCTGTTT 754
||||||||||| ||| ||||||||| ||||| || |||| || ||||| |||||||
Sbjct 396 AGAAATTGGATTTGATGAAGATGATTTCTGAGCTGGAATTACCTGAAATACCCTCTGTTT 455
Query 755 TCATTTGTCCTATCTCCT-TAGAGCCGATGCAAGATCCTGTGACTTTGTGTACTGGTCAA 813
|||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 456 TCATCTGTCCAATCT-CTCTAGAGCCGATGCAAGATCCAGTGACCTTGTGTACTGGTCAA 514
Query 814 ACCTATGAAAGGT-TAAACATTCACAAATGGTTTAACCTAGGTCACTTG-ACTTGTCCTA 871
||||| || |||| | ||||||| |||||||||||| |||| || ||| || || || |
Sbjct 515 ACCTACGAGAGGTCT-AACATTCTCAAATGGTTTAATTTAGGGCA-TTGTACATGCCCAA 572
Query 872 CTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAATAAAACTCTTCATCATTTGA 931
| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||| || ||||
Sbjct 573 CGACGATGCAAGAGCTTTGGGATGATTTGGTCACTCCTAACAAGACTCTTCACCAATTGA 632
Query 932 TCTATACTTGGTTCTCTCAGAAGTATGTGTTGATGAAGAAACGTTCTGAGGATGTTCAAG 991
|||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 633 TCTACACTTGGTTTTCACAAAAGTATGTTTTGATGAAGAAACGATCTGAAGATGTGCAAG 692
Query 992 GACGAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAA-GCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCAT 1050
|| ||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||||||| |||| | |||||||
Sbjct 693 GAAGAGCTATTGAGATATTGGGTACATTG-AGAAAGGCTAAAGGGAAAGCAAAGGTTCAT 751
Query 1051 GCTTTGAGTGAGCTTAAAC-AGATTGTTATTGCTCATC-TTATGGCGAGGAAGACTGTTG 1108
||||| || |||||||| | || |||| || ||||| | ||| || | |||||||||||
Sbjct 752 GCTTTAAGCGAGCTTAAGCAAG-TTGTGATGGCTCA-CACTATTGCTAAGAAGACTGTTG 809
Query 1109 TTGAAGAAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTG 1168
|||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 810 TTGATGAAGGTGGAGTCTTTGTGATCTCTTCTCTTTTAAGTCCTTTTACTTCTCATGCTG 869
Query 1169 TTGGATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCG 1228
|||||||||||| | | || |||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| | |
Sbjct 870 TTGGATCTGAGGCTATCGCGATTCTTGTTAATCTTGAGCTTGATTCTGATTCCAAAGCTG 929
Query 1229 GCTTGATGCAACCAGCTA-AGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAAT 1287
| |||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 930 GATTGATGCAACCAGCTAGAG-TTTCGTTGATGGTTGATATGTTGAATGATGGTTCGATT 988
Query 1288 GAGACTAAGATCAATTGTGCTAGATTGATTAG--AGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTA 1345
|| ||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 989 GAAACTAAAATCAATTGTGCTAGATTGAT-AGGTAGG-TTGGTGGAGGAGAAAGGTTTTA 1046
Query 1346 GAGCAGAGCTTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTAAGGATA 1405
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1047 GAGCAGAGCTTGTTTCTAGTCATAGTTTGCTTGTTGGATTAATGAGATTGGTTAAAGATA 1106
Query 1406 AGAGAC-ATAGAAATGGAGTATCTCCTGCACTT--CGGTTGCTTAAACCGATTTCGGTTC 1462
||||| | ||||| ||||| || ||||| || || ||||| ||| || |||| ||||
Sbjct 1107 GGAGACGA-AGAAACGGAGTTTCCCCTGCG-TTAACG-TTGCTCAAATCGGTTTCTGTTC 1163
Query 1463 ATAAACAAGTTCGAAGCTTGATGGTTAGCATTGGAGCAGTGCCTCAATTAGTTGATATCT 1522
|||| |||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |
Sbjct 1164 ATAAGCAAGTTAGAAACTTGTTGGTTAGGATTGGAGCAGTTCCTCAATTGGTTGATGTTT 1223
Query 1523 TACCGTCTTTAGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTTG-ATGCTTTGTGT 1581
| || | |||||| || || |||||||| | |||||| || || ||| || | ||||||
Sbjct 1224 TGCCATGTTTAGATCCAGAGTGTTTGGAATCAGCTCTATTCGTG-TTGGATTCGTTGTGT 1282
Query 1582 ACAGAC-GTGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATACCTTATACAGT 1640
||| | | |||| ||| | ||| | ||||| || | |||||| || || |||| ||
Sbjct 1283 TTAGAAAGCG-AAGGGAGAATCGCTTTGAAAGATTCGGTAAACACGATTCCGCATACCGT 1341
Query 1641 TAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCGATTCTTTGGTC 1700
|||| | ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||| | || || || |||||
Sbjct 1342 TAGGTTACTGATGAAGGTATCTGAGAAATGCACAAACTATGCGATATCAATACTCTGGTC 1401
Query 1701 TGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTTGGTCTTG-CTG 1759
|| |||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 1402 AGTTTGCAAATTAGCTTCTGAAGAATGTTCATCTCTTGCTGTTGAAGTTGGT-TTGGCTG 1460
Query 1760 CAAAGCTGT-TACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAGCGGTCAGCA 1818
||||||| | | || |||||||| || || || || |||| |||||||| || || ||
Sbjct 1461 CAAAGCT-TCTGCTTGTGATCCAAAGTGGATGCGACCCAGCTTTGAAGCAACGTTCGGCT 1519
Query 1819 GAGCTACTT-AAGCTT-TGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCCAAATGCA 1876
|||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |
Sbjct 1520 GAGCTA-TTGAAG-TTATGTAGTCTACATTATTCAGACTCAATGTTTATCTCCAAATGTA 1577
Query 1877 AACTCACAAGGACAATCCAATA 1898
|||||||||| |||||||||||
Sbjct 1578 AACTCACAAGAACAATCCAATA 1599
> Ahg330893 jgi|Araly1|330893|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000236
Length=1185
Score = 664 bits (359), Expect = 0.0
Identities = 392/408 (96%), Gaps = 2/408 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 992 GACGAGCTATTGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATG 1051
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 GACGAGCTA-TGAGATTTTGGGGACTTTGAAGAAAGCTAAAGGTCAAGCTAGGGTTCATG 451
Query 1052 CTTTGAGTGAGCTTAAACAGATTGTTATTGCTCATCTTATGGCGAGGAAGACTGTTGTTG 1111
| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 452 CGTTGAGTGAGCTTAAGCAGATTGTTGTTGCTCATCTTATGGCCAGGAAGACTGTTGTTG 511
Query 1112 AAGAAGGTGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTG 1171
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 AAGAAGGAGGTGTCTCTGTGATCTCTTCTCTTTTGGGTCCTTTTACTTCTCATGCTGTTG 571
Query 1172 GATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTGAGTCTTGATCTTGATTCTGATTCGAAATCCGGCT 1231
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 572 GATCTGAGGTTGTTGCTATTCTTGTCAGTCTTGATCTTGATTCGGATTCGAAATCCGGGT 631
Query 1232 TGATGCAACCAGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCTAATGAGA 1291
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 632 TGATGCAACCGGCTAAGGTTTCTTTGATTGTTGATATGTTGAATGATGGATCCAATGAGA 691
Query 1292 CTAAGATCAATTGTGCTAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAG 1351
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 CTAAAATCAATTGTGCGAGATTGATTAGAGGATTGGTGGAAGAGAAAGGGTTTAGAGCAG 751
Query 1352 AGCTTGTTTCAAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTGGTTA 1399
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 752 AGCTGGTTTCGAGTCATAGTTTGCTTGTTGGGTTAATGAGATTG-TTA 798
Score = 656 bits (355), Expect = 0.0
Identities = 388/402 (97%), Gaps = 9/402 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 553 ATGCCGATGTTTCAGCCGTTAAAGAGAGATGGGTTAATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGAT 612
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCGATGTTTCAGCCGTTAAAGAGAGATGGGTTCATAGGATTTGAAGGTGGTGGTGAT 60
Query 613 GGGCAAGTCTTAGATCTGGATACTGCAGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAATGGT 672
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGGCAAGTCTTAGATCTGGATACGGCGGTGAAAGATGGAGTTCTCGGTGGTGTTAA---- 116
Query 673 GGTGGTGTTGGAGTTGTTGATGAGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGAT 732
| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 --T-G-G-TGGAGTTGTTGATGAGAAATTGGATCTGAAGAAGATGATAAAGGAGCTAGAT 171
Query 733 TTACAAGATATACCTTCTGTTTTCATTTGTCCTATCTCCTTAGAGCCGATGCAAGATCCT 792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 172 TTACAAGATATACCTTCTGTTTTCATTTGTCCTATCTCGTTAGAGCCGATGCAAGATCCT 231
Query 793 GTGACTTTGTGTACTGGTCAAACCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTA 852
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GTGACCTTGTGTACTGGTCAAACCTATGAAAGGTTAAACATTCACAAATGGTTTAACCTA 291
Query 853 GGTCACTTGACTTGTCCTACTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAAT 912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GGTCACTTGACTTGTCCTACTACAATGCAAGAGCTTTGGGATGATACGGTAACTCCTAAT 351
Query 913 AAAACTCTTCATCATTTGATCTATACTTGGTTCTCTCAGAAG 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 AAAACTCTTCATCATTTGATCTATACTTGGTTCTCTCAGAAG 393
Score = 643 bits (348), Expect = 0.0
Identities = 376/390 (96%), Gaps = 0/390 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1510 TTAGTTGATATCTTACCGTCTTTAGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTT 1569
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 TTAGTCGATATCTTACCGTCTTTTGACCCGGAATGTTTGGAGTTAGCTCTGTTTGTTCTT 855
Query 1570 GATGCTTTGTGTACAGACGTGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACAATA 1629
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 856 GATGCTTTGTGTTCAGATATGGAAGGAAGAGTTGCTGTCAAAGACTCTGCAAACACGATA 915
Query 1630 CCTTATACAGTTAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTACGCGCTGTCG 1689
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 916 CCGTATACCGTTAGGGTGCTGATGAGGGTGTCTGAGAATTGCACTAACTATGCGCTGTCG 975
Query 1690 ATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTT 1749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 ATTCTTTGGTCTGTCTGCAAATTAGCTCCAGAAGAATGTTCACCACTTGCTGTTGAGGTC 1035
Query 1750 GGTCTTGCTGCAAAGCTGTTACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAG 1809
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GGTCTTGCTGCAAAGTTGTTACTCGTGATCCAGAGCGGGTGTGATGCAGCGTTGAAGCAG 1095
Query 1810 CGGTCAGCAGAGCTACTTAAGCTTTGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCC 1869
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 CGGTCAGCGGAGCTACTCAAGCTCTGTAGTCTACATTATTCAGACACCATGTTTATTTCC 1155
Query 1870 AAATGCAAACTCACAAGGACAATCCAATAG 1899
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 AAATGCAAACTCACAAGGACAATCCAATAG 1185
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86541036640
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5