BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G50240.1
Length=3378
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485379 jgi|Araly1|485379|fgenesh2_kg.5__1371__AT3G50240.1 5116 0.0
> Ahg485379 jgi|Araly1|485379|fgenesh2_kg.5__1371__AT3G50240.1
Length=3264
Score = 5116 bits (2770), Expect = 0.0
Identities = 3134/3303 (95%), Gaps = 51/3303 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTAAAGCTTCTTCTTCAC---TT-TT-T-CTTCTCCCGAGGAACAAGACGAAATTGAGAC 54
|||||||||||||||||| || || | |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GTAAAGCTTCTTCTTCACTTTTTCTTCTCCTTCTCCCGAGGAAGAAGACGAAATTGAGAC 60
Query 55 TCTGATTCAACTTTTCTTC-TCAT-ACTCGTCGAAGAAAAGGAG-ATTCCTCGATGGAAT 111
||||||||||||||||||| || | | | || |||||| || || ||| ||||||||||
Sbjct 61 TCTGATTCAACTTTTCTTCTTC-TGAATTGTAGAAGAAGAGAAGAATT--TCGATGGAAT 117
Query 112 CACATTCTTCCTTATCGTCCTCTTCTTCTTCTTCTCCTCCGTCGTCGTTGTCGTCGGAGA 171
|||| || | | ||| || | | | ||||||| | ||||||||||
Sbjct 118 CACA---TT-C-T-TCG------------TC-AC-CGT-CGTCGTC--T-TCGTCGGAGA 153
Query 172 GTTGTTGTGTTAAAGTAGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 231
|||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 154 GTTGTTCCGTGAAAGTCGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 213
Query 232 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACTCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATC 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 214 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACGCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATT 273
Query 292 CATTTACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCTTCTTTGATGTTTGAAG 351
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 274 CATTCACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCATCTTTGATGTTTGAAG 333
Query 352 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 334 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 393
Query 412 ATGGTCAGACAGGATCTGGAAAGACATACACTATGGGGACTGGTATTAAAGATGGTACAA 471
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 394 ATGGTCAGACAGGATCTGGGAAGACTTACACTATGGGGACTGCTTTTAAAGATGGTACAA 453
Query 472 AAAATGGGCTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAACAAAATTGATTCAGTAAAGC 531
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 454 GAAATGGGTTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAATAGAATTGATTCAGTAAAGC 513
Query 532 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 573
Query 592 ATTTGCTGGATAGTAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCCAATGGAACCCCTGGGAAGGTTG 651
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 574 ATTTGCTGG--A-TAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCTAATGGAACCCCTGGAAAGGTTG 630
Query 652 TTCTTAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 711
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 TTCTAAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 690
Query 712 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCTTCCTGCCTAGAGCAAGGAT 771
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 691 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCGTCCTGTTTAGAGCAAGGAT 750
Query 772 CTCTAACCAGGGCAACTGGGAGCACCAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 831
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 CTCTTACCAGGGCAACTGGGAGTACAAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 810
Query 832 TCTTCACGATTACCTTAGAACAAATGCGCAAGATATCTTCAATCTCAGTGGTTAAAGACA 891
|||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 811 TCTTCACGATCACCTTAGAACAGATGCGCAAAATCCCTTCGATCTCAGTGGTTAAAGACA 870
Query 892 CCGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACTTGGTAGATCTTG 951
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 871 CAGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACCTGGTAGATCTTG 930
Query 952 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 990
Query 1012 ACATCAATAGGGGACTTCTTGCACTTGGTAATGTTATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1071
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 ACATCAACAGGGGGCTTCTTGCACTTGGTAATGTCATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1050
Query 1072 GGCGAAAAGAAGGTGCACATGTTCCATACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1131
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 AGCGAAAAGAAGGTGCTCATGTTCCCTACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1110
Query 1132 ATTCTCTTGGTGGAAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1191
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ATTCTCTTGGTGGGAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1170
Query 1192 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAGTATGCAAATCGTGCTCGGAATATCCAGAACA 1251
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1171 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAATATGCAAATCGTGCCCGGAATATCCAGAACA 1230
Query 1252 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAAGAGCTAC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1231 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAACAGCTAC 1290
Query 1312 AATATCTACAAGCTACACTTTGTGCTCGTGGGGCAACCTCATCAGAGGAAGTGCAGGTAA 1371
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |
Sbjct 1291 AATATCTACAAGCTGCACTTTGTGCTCGTGGGGAAACC-C--CAGAGGAAGTGCAGGTTA 1347
Query 1372 TGCGAGAGAAAATCATGAAACTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1431
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 TGCGAGAGAAAATCATGAAGCTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1407
Query 1432 TCTATCGCAGCAAGAGAG-TGACTCTTGATTATTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1490
| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TTTATCGCAGCAAGAGAGCT-ACTCTTGATTCTTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1466
Query 1491 GTAATTTTTTCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGTTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1550
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 GTAAATTTTCCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGCTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1526
Query 1551 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGGTGCAGCAGAAGAGTGG 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1527 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGCCGCAGCAGAAGAGTGG 1586
Query 1611 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAACTAAATGAACTAAGTAAACGTCTT 1670
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAATTAAATGAACTAAGTAAACGTCTG 1646
Query 1671 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAGAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAT 1730
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAAAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAC 1706
Query 1731 TTCGaaaaaaaaaTGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGATGAGAGAGAT 1790
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1707 TTCGAGAAGAAAATGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGTTGAGAGAGAT 1766
Query 1791 ATGTTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGCTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1850
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767 CTATTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGTTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1826
Query 1851 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1886
Query 1911 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGGTCTTaaaacaaaagcaaaaaaGTGAAGATGCAGCAAAG 1970
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1887 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGATCTTAAAACAAAAGCAAAAAAGTGAAGATGCAGCAAAG 1946
Query 1971 CGTTTGAAAACTGAAATACAATGCATCAAGGCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2030
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 CGTTTGAAAGCTGAAATACAATGCATCAAGTCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2006
Query 2031 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAGTGGAAAGCTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2090
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAATGGAAAGTTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2066
Query 2091 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2126
Query 2151 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAAGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2210
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAGGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2186
Query 2211 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACC-TCATGATATATC-AGTGATTGCCAATG 2268
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | || ||||| | ||||||
Sbjct 2187 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACTATCA-GTTTT-TCCAGTGACTACCAATG 2244
Query 2269 GCCAACCACCAAGTCGACAGACGAATGAAAAATCTCTTCGGAAATGGCTGGATAACGAGC 2328
| |||||||||| | |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2245 GTCAACCACCAACTAGACAGATGAACGAAAAAACTCTTCGGAAATGGCTTGATAACGAGC 2304
Query 2329 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTAC 2388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2305 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTCC 2364
Query 2389 GAGCTGCACTGGCTGTAGAGTTAACATCGTTGAGACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAATT 2448
|||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2365 GAGCTGCATTGGCTGAAGAGTTAACATCGTTGAAACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAGTC 2424
Query 2449 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2484
Query 2509 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTGGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCCATGGGCTCTC 2568
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2485 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTAGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCTATGGCCTCTC 2544
Query 2569 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCCTACATGCTAAGCCTCGGTGGAACCACA 2628
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2545 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCGTACATGCTAAGACTCGGTGGAACCACG 2604
Query 2629 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2664
Query 2689 CAAGGTCCAAAATCTGGGAGAAAGACAGAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAGCTCAATG 2748
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2665 CAAGGTGCAAAATCTGGGAGAAAGACAAAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAACTCAATG 2724
Query 2749 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCCTTAAAGAGAAAA 2808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2725 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCGTTAAAGAGAAAA 2784
Query 2809 AGACAAGGGAGCAAACAGTGTCCATTGCGCTGGCTTCAACATCATCATCATACTCGGGAA 2868
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 AAACAAGGGAGCAAACAGTTTCCATTGCGCTGGCTTCATCATCATCATCATACTCGGGAA 2844
Query 2869 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAACGCTAGTGACGACCCATCATCTC 2928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||
Sbjct 2845 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAATGCTAGTGAC--CC-ATCATCTC 2901
Query 2929 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACACTGGGCCGGGTATAGTCA 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||
Sbjct 2902 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACGCTGGACCAGGTATAGTCA 2961
Query 2989 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2962 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3021
Query 3049 AGAAAATGGGACAGAGTGGCAAGCTATGGAAGTGGAAAAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3108
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3022 AGAAAATGGGACAGAGTGGGAAGCTATGGAAGTGGAAGAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3081
Query 3109 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAACG 3168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3082 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAATG 3141
Query 3169 ATGAGACCACTATGCACGTCATGTCTAAGAGTCATCATGATGATGAGGATGATCACTCGT 3228
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3142 ATGAGACCACTATGCACTTCATGTCTAAGAGTCATCATGATGATGATGATGATCACTCGT 3201
Query 3229 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCttttt 3288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3202 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCTTTTT 3261
Query 3289 ttt 3291
|||
Sbjct 3262 TTT 3264
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127530927123
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5