BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G50590.1
Length=5231
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485406 jgi|Araly1|485406|fgenesh2_kg.5__1398__AT3G50590.1 4676 0.0
> Ahg485406 jgi|Araly1|485406|fgenesh2_kg.5__1398__AT3G50590.1
Length=5011
Score = 4676 bits (2532), Expect = 0.0
Identities = 2785/2905 (96%), Gaps = 25/2905 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2229 AAATTGACTCGTCATGTTCAATGGCAAGAAACACCCCGGGGATATGTCGCAGGGATATTA 2288
|||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131 AAATAG-CTCTTCAGGTTCAATGGCAAGAAACACCCCGGGGATATGTCGCAGGGATATTA 2189
Query 2289 ACAACCCAAAGGGTGCTGATGGTATCTCTTCTATGGGTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCT 2348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2190 ACAACCCAAAGGGTGCTGATGGTATCTCTTCTATGGGTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCT 2249
Query 2349 ACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATA 2408
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2250 ACAACAACTGCTGTATGTTTGCTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACCATTCTTTCTATA 2309
Query 2409 AGTACACCATACGCAGCCCTAGTTGGTGCCTTGAATGACCGCCTATTGCTTGCTCATCCC 2468
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||
Sbjct 2310 AGTACACCATACGCAGCCTTAGTTGGTGCGTTGAATGACCGCCTATTACTCGCTAATCCC 2369
Query 2469 ACTGATATAAGTCCGAAGCAGAAAAAGGGGATCGAAATCAAGAGCTGCCTTGTTGGGCTA 2528
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2370 ACTGATATAAGTCCGAAGCAGAAAAAGGGGATTGAAATCAAGAGCTGTCTTGTTGGGCTA 2429
Query 2529 CTTGAACCGCTTTTAATTGGATTTTCTACAATGCAACAAACATTTGAACAGAAAGTAGAC 2588
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2430 CTAGAACCGCTTTTAATTGGATTTTCTACAATGCAACAAACATTTGAACAGAAAGTGGAC 2489
Query 2589 CTTTCTGAAATATTGTATCAAATAACAACAAGGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGA 2648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2490 CTTTCTGAAATATTGTATCAAATAACAACAAGGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGA 2549
Query 2649 TCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCT 2708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 TCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCT 2609
Query 2709 CAAGCAGGCCCTCAATTCAACCAGGTATTACGTTGTGCATATGCGATAAAGGCTCTTCGG 2768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2610 CAAGCAGGCCCTCAATTCAACCAGGTATTACGTTGTGCATATGCAATAAAGGCTCTTCGG 2669
Query 2769 TTCTCCACGGCATTGTCAGTTTTAAAGGACGAGTTCTTGCGTTCTAGAGACTATCCAAAA 2828
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2670 TTCTCCACGGCATTGTCGGTTTTAAAGGACGAGTTCTTGCGTTCTAGAGACTATCCAAAA 2729
Query 2829 TGTCCTCCAACTTCTCTTTTGTTCCAGAGGTTCCGGCAGCTTGGATATGCCTGTATCAAA 2888
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2730 TGTCCTCCAACTTCTCTTTTGTTCCAGAGGTTCCGTCAGCTTGGATATGCCTGTATCAAA 2789
Query 2889 TATGGTCAATTCGATAGCGCAAAGGAAACTTTTGAAGTAATAGGCGACTATGAGAGCATG 2948
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2790 TATGGTCAATTTGATAGCGCAAAGGAAACTTTTGAAGTAATAGCCGACTATGAGAGCATG 2849
Query 2949 CTAGATCTTTTTATATGCCACCTCAACCCTAGTGCTATGCGTCGTCTTGCCCAGAAATTG 3008
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2850 CTAGATCTTTTCATATGCCACCTCAACCCTAGTGCTATGCGTCGTCTTGCCCAGAAATTG 2909
Query 3009 GAAGAAGAAAGTGGAGATCCCGAGTTGAGACGATATTGTGAAAGGATTTTACGAGTACGG 3068
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2910 GAAGAAGAAAGCGGAGATCCTGAGTTGAGACGATATTGTGAAAGGATTTTAAGAGTACGG 2969
Query 3069 TCTACAGGATGGACCCAGGGAATTTTTGCTAATTTTGCAGCTGAGAGTATGGTTCCAAAA 3128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2970 TCTACAGGATGGACCCAGGGAATTTTTGCTAATTTTGCAGCTGAGAGTATGGTTCCAAAA 3029
Query 3129 GGACCAGAATGGGGTGGTGGCAACTGGGAAATCAAGACTCCAACCGACATGAAGAGCATA 3188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3030 GGACCAGAATGGGGTGGTGGCAACTGGGAAATCAAGACTCCAACCGACATGAAAAGCATA 3089
Query 3189 CCTAAGTGGGAGCTTGCTGGGGAAGTAATGCCATACATGAAGAATGAAGATGGAACCATC 3248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3090 CCTAAGTGGGAGCTTGCTGGGGAAGTAATGCCATACATGAAGAATGAAGATGGAACAATC 3149
Query 3249 CCCTCAATAGTAGCTGATCATATTGGTGTTTACTTGGGCTGTGTCAAAGGCAGAGTTAAT 3308
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3150 CCCTCAATAGTAGCTGATCATATTGGTGTTTACTTGGGCTGTGTTAAAGGCAGAGTTAAT 3209
Query 3309 GTGGTGGAAATTAAAGAAGACAGCTTAGTTTCTAAACCTGGAGGGCTTAGTTTGTTGGGT 3368
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 3210 GTGGTGGAGATTAAAGAAGACAGCTTAGTTTCTAAACCAGGAGTGCTTAGTTTGTTGGGT 3269
Query 3369 AAACCTGTATCGGATAAACCTCTGGCACTTCCTGCTGGTGAATCAAGTTCGATGATGGGT 3428
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3270 AAACCTGTATCGGATAAACCTTTGGCACTTCCTGCTGGCGAATCCAGTTCGTTGATGGGT 3329
Query 3429 CTGGAATCCCTTGGAAAACAAAACGTAGCTGATGAACAGGCAAAGGCTGCTGAGGAATTC 3488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3330 CTGGAATCCCTTGGAAAACAAAACGTAGCTGATGAACAGGCAAAGGCTGCTGAGGAATTC 3389
Query 3489 AAGAAAACAATGTATGGTGCTACTGGTGATGGCAGCAGCAGTGACGAGGAAGGTGTAACA 3548
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3390 AAGAAAACAATGTATGGTGCTGCTGGTGATGGCAGTAGCAGTGACGAGGAAGGTGTGACA 3449
Query 3549 AAACCTAAGAAGCTGCAGATTAGAATACGAGAAAAGCCAACATCTACCACCGTGGACGTC 3608
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3450 AAACCTAAGAAACTGCAGATTAGAATACGAGAAAAGCCAACATCTACCACCGTGGACGTC 3509
Query 3609 AATAAGCTTAAAGAAGCTGCTAAAACGTTTAAACTCGGAGATGGTCTAGGCTTAACAATG 3668
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3510 AATAAGCTTAAAGAAGCTGCTAAAACGTTTAAACTCGGAGATGGGCTAGGCTTAACAATG 3569
Query 3669 AGTAGAACAAAATCAATTAATGCTGGATCTCAGGATTTGGGTCAGATGTTAAGCCAGCCT 3728
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3570 AGTAGAACAAAATCAATTAATGCTGGATCCCAGGATTTGGGTCAGATGTTAAACCAGCCT 3629
Query 3729 TCTTCCTCAACAGTTGCAACTACAACTGCTCCAAGTTCTGCATCTGCTCCTGTTGATCCT 3788
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3630 TCTTCCTCAACAGCTGCAACTACAACTGCTCCCGGTTCTGCATCTGCTCCTGTTGATCCT 3689
Query 3789 TTTGCAATGAGCTCATGGACACAGCAACCTCAACCAGTTTCTCAACCAGCTCCACCTGGT 3848
||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3690 TTTGCGATGGGCTCATGGACACAACAACCTCAACCAGTTTCTCAACCAGCTCCACCTGGT 3749
Query 3849 GTAGCCGCGCCGATACCGGAAGACTTTTTCCAAAACACAATCCCATCTGTTGAGGTTGCC 3908
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3750 GTAGCTGCGCCGATACCGGAAGACTTTTTCCAAAACACTATCCCATCTGTTGAGGTTGCC 3809
Query 3909 AAGACATTGCCTCCTCCTGGCACTTATCTTTCGAAAATGGACCAAGCTGCTCGAGCTGCA 3968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3810 AAGACATTGCCTCCTCCTGGCACTTATCTTTCGAAAATGGACCAAGCTGC---A-----A 3861
Query 3969 ATAGCTGCACAGGGTGGTCCAAATCAAGCAAATAATACTCCTCTGCCTGATATTGGTCTT 4028
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 3862 -TAGCTGCACAGGGTGTTCCAAATCAAGCAAATAATACTACTCTTCCTGATATTGGTCTT 3920
Query 4029 CCCGATGGTGGTGTTCCTCAACAGTATCCTCAACAAACAAGTCAACAACCTGGTGCGCCA 4088
||||||||||| |||||||||||| | | || |||||||||||||||| |||
Sbjct 3921 CCCGATGGTGGCGTTCCTCAACAG-A-C---AA-------GTCAACAACCTGGTGCTCCA 3968
Query 4089 TTTCAGACTGTTGGACTTCCTGACGGCGGTGTTCGTCAACAGTATCCTGGTCAGAACCAG 4148
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3969 TTTCAGACTGTTGGACTTCCTGACGGCGGTGTTCCTCAACAGTATCCTGGTCAGACCCTG 4028
Query 4149 GTGCCATCTCAGGTTCCCGTTTCTACACAGCCTCTTGATCTTAGCGTTCTTGGAGTTCCA 4208
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4029 GGGCCATCCCAGGTTCCCGTTTCTACACAGCCTCTTGATCTTAGCGTTCTTGGAGTTCCA 4088
Query 4209 AATACCGGCGATTCTGGTAAGCCTCCTGGACAACCTCAATCGCCTCCTGCATCAGTTCGT 4268
||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4089 AATACTGGTGATTCTGGAAAGCCTCCCGGACAACCTCAATCGCCTCCTGCATCAGTTCGT 4148
Query 4269 CCTGGACAGGTTCCACGTGGAGCTGCAGCTCCGGTTTGTTTCAAGACTGGACTTGCCCAT 4328
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4149 CCTGGACAGGTTCCACGTGGAGCTGCAGCTCCTGTTTGTTTCAAGACTGGACTTGCACAT 4208
Query 4329 CTTGAACAAAACCAGCTTCCAGATGCACTGTCTTGCTTTGACGAAGCATTCTTGGCTCTG 4388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4209 CTTGAACAAAACCAGCTTCCAGATGCACTGTCTTGCTTCGACGAAGCATTCTTGGCTCTG 4268
Query 4389 GCTAAGGATCAATCGCGTGGTGCAGATATCAAAGCTCAAGCCACAATCTGTGCTCAGTAC 4448
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4269 GCTAAGGATCAATCACGTGGAGCAGATATCAAAGCTCAAGCCACAATCTGTGCTCAGTAC 4328
Query 4449 AAGATAGCTGTAACTCTCCTTCGGGAAATCTTGAGGCTACAAAGAGTCCAAGGTGCAAGT 4508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4329 AAGATAGCTGTAACTCTCCTTCGGGAAATCTTGAGGCTACAAAGAGTCCAAGGTGCAAGT 4388
Query 4509 GCATTAAGCGCAAAGGACGAAATGGCAAGACTTTCAAGGCATCTAGCTTCACTGCCACTA 4568
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4389 GCATTAAGCGCAAAAGACGAAATGGCAAGACTTTCAAGGCATCTAGCTTCACTGCCACTA 4448
Query 4569 CTAGCCAAGCACCGTATAAACTGCATACGTACTGCAATCAAAAGAAACATGGAAGTTCAA 4628
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4449 CTAGCAAAGCACCGCATAAACTGCATACGCACTGCAATCAAAAGAAATATGGAAGTTCAA 4508
Query 4629 AACTATGGCTACTCAAAGCAGATGCTGGAACTTCTTTTATCAAAGGCACCAGCGAGTAAG 4688
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4509 AACTATGGCTACTCAAAGCAGATGCTGGAACTTCTTTTATCAAAGGCACCAGCGAGCAGG 4568
Query 4689 CAAGAGGAATTAAGAGGACTAGTCGATCTCTGTGTCCAGAGAGGCACATCGAACAAATCC 4748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4569 CAAGAGGAATTAAGAGGACTAGTCGATCTCTGTGTCCAGAGAGGCACATCGAACAAATCC 4628
Query 4749 ATTGACCCGCTTGAAGATCCTTCTCAGTTATGCTCAGCTACGCTCAGCAGATTATCGACT 4808
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4629 ATCGACCCACTTGAAGATCCTTCTCAGTTATGCTCAGCTACGCTCAGCAGATTATCGACT 4688
Query 4809 ATTGGATACGATGTTTGTGATCTCTGTGGTGCTAAGTTTGCTGCTCTTTCGTCGCCCGGT 4868
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4689 ATTGGATACGATGTTTGTGATCTCTGTGGCGCAAAGTTTGCTGCTCTTTCATCGCCCGGT 4748
Query 4869 TGTATCATATGCGGTATGGGAAGCATCAAACGCTCTGATGCACTCGCTGGACCTGCACCT 4928
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4749 TGTATCATATGCGGTATGGGAAGCATCAAACGGTCTGATGCACTCGCTGGACCCGCACCT 4808
Query 4929 GTATCCACACCGTTTGGCTAAAGGTTATAGACACTATCACCGTTGGTGTTAATCAACATC 4988
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| | | || ||||||||||||||||||
Sbjct 4809 GTATCCACACCGTTCGGCTAAACGTTATAGACATTGTTACGGTTGGTGTTAATCAACATT 4868
Query 4989 TAAGCAAATTTCAAACTGGTTACATGTACGAACTCATTCGATCGATTTTGTGGG-TTTGA 5047
|||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4869 TAAGCAAATTTCAAACTGGTTACATGCAAGAAC--ATTCGATCGATTTTGTGGGGTTTGA 4926
Query 5048 TTTTGATTTATTCGTCTGTATATGATTTGATTATTTGTATCTGTTTATTTTCCGTACGTA 5107
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4927 TTTTGGTTTATTCGTCTGTATATGATTTGATCATTTGTATCTGTTTATTTTCCGTACGTA 4986
Query 5108 GCTAATACAATTTGTTGAGATATTT 5132
||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 4987 GCTAATACAGTTTGTTGAGAGATTT 5011
Score = 1810 bits (980), Expect = 0.0
Identities = 1059/1098 (96%), Gaps = 2/1098 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AAAACCTTCGTGTACCTTCGTATTCTCTGCATTGGATTTGAAGCAAATTGATGAACTAGT 75
|||||||||||||| |||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 AAAACCTTCGTGTATCTTCATATCCTCAGCATCGGATTTGAAGCAAATTGATGAACTCGT 60
Query 76 AATCTCACACGGATCTAAGAGCAGAAGTTATGGAGTGGGCAACGGTGCAGCATCTGGATC 135
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AATCTCACAGGGATCTAAGAGCAGGAGTTATGGAGTGGGCAACGGTGCAGCATCTGGATC 120
Query 136 TGCGTCATGTAGGTCGCGGTGTGAGCAAGCCACTACAACCTCATACGGCGGCGTTTCATC 195
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGCGTCATGTAGGTCGCGGTGTGAGCAAGCCGCTGCAACCACATACGGCGGCGTTTCATC 180
Query 196 CTTCTCAAGCCGTTATCGCTGTTGCCGTTGGCTCTCACATCATGGAATTTGATGCATTAA 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTTCTCAAGCCGTTATCGCTGTTGCCGTTGGCTCTCACATCATGGAATTTGATGCATTAA 240
Query 256 CGGGATGTAAGATCGCGTCTATTGATATTGGATCTCCAGCTGTTAGAATGTTGTATAGTC 315
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGGGGTGTAAGATCGCGTCGATTGACATTGGATCTCCAGCTGTTAGAATGTTGTATAGTC 300
Query 316 CTACTAGCAGCAATGCTGTTGTTGCCATTCTTGAGGATTGTACAATTAGGTCTTGTGATT 375
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTACTAGCAGCAATGCTGTTGTTGCAATTCTTGAGGATTGTACAATTAGGTCTTGTGATT 360
Query 376 TTGAAACGGAGCAGACTTGTGTATTGCACTCACCGGAGAAGAGGAGTGAGCACATTTCCT 435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGAAACGGAGCAGACTTGTGTATTGCACTCACCGGAGAAGAGGAGTGAGCACATTTCCT 420
Query 436 CAGATACTGAAGTTCATCTTGCTGTGACGCCACTTCAACCTGTTGTGTTCTTT-GGATTC 494
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 421 CAGATACTGAAGTTCATCTTGCTGTGACGCCACTCCAACCTGTTGTGTT-TTTCGGATTC 479
Query 495 CCAAAACGAATGAGTGTCACAGTTGTTGGAACTGTTGAAGGTGGAAGAGCTCCAACCAAA 554
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 480 CCAAAAAGAATGAGTGTGACAGTTGTTGGAACTGTTGAAGGTGGAAGAGCTCCGACAAAA 539
Query 555 ATTAAGACAGATTTGAAGAAACCAATTGTGAACATTGCTTGCCATCCTCGACTACCTGTC 614
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 540 ATTAAGACAGACCTGAAGAAACCGATTGTGAACATTGCTTGCCATCCCCGACTCCCTGTC 599
Query 615 CTGTATGTAGCATATGCAGAGGGGTTGATACGAGCTTATAACATTCATACTTATGCTGTT 674
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTGTATGTAGCATATGCAGAGGGGTTGATAAGAGCTTATAACATTCATACTTATGCTGTT 659
Query 675 CATTATACACTACAGCTTGATAATACTATTAAACTTATCGGCGCAAGTTCGTTTGCTTTT 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CATTATACACTACAGCTTGATAATACTATTAAACTTATCGGCGCAAGTTCGTTTGCTTTT 719
Query 735 CACCCAACACTAGAATGGATTTTTGTTGGAGATAGGAGGGGTACACTTTTAGCGTGGGAT 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CACCCAACACTAGAATGGATTTTTGTTGGAGATAGGAGGGGTACACTTTTAGCGTGGGAT 779
Query 795 GTTTCAACTGAAAGACCTAATATGATTGGAATAACGCAAGTGGGTTCGCAACCCATCACT 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTTTCAACTGAAAGACCTAATATGATTGGAATAACGCAAGTGGGTTCGCAACCCATCACT 839
Query 855 TCAATTTCTTGGCTTCCTATGTTGCGTGTACTTGTCACTGTGTCCAAGGATGGATCTCTT 914
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCAATTTCTTGGCTTTCTATGTTGCGTGTACTTGTCACTGTGTCCAAGGATGGATCTCTT 899
Query 915 CAAGTGTGGAAGACACGAGTAATAATTAATCCCAATAGGCCTTCGACACAAACAAACTTC 974
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAAGTGTGGAAGACACGGGTAATAATCAATCCCAACAGGCCTTCGACACAAACAAACTTT 959
Query 975 TTTGAGCCTGCTGCTATGGAATCAATAGACATTCCTAAAATTCTCTCCCAACAGGGTGGC 1034
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 960 TTTGAGCCTGCTGCTATGGAATCAATAGACGTTCCTAGAATTCTCTCTCAACAGGGTGGG 1019
Query 1035 GAAGCTGTTTACCCTTTACCACGAATCAAAACTTTAGAAGTTCACCCAAAGCTGAACTTA 1094
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GAAGCTGTTTACCCCTTACCGCGAATCAAAACTTTAGAAGTTCACCCAAAGCTGAACTTA 1079
Query 1095 GCAGCTTTGATTTTTGCA 1112
||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GCAGCTTTGATTTTTGCA 1097
Score = 1507 bits (816), Expect = 0.0
Identities = 979/1049 (93%), Gaps = 45/1049 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1113 AACATGGTGGGTAATGAGAACACTCAAAATCGAGCAGCTCAGACTAGAGAAGGAAGGAAG 1172
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1133 AACATGGCGGGTAATGAGAACACTCAAAATCGAGCAGCTCAGACTAGGGAAGGAAGGAAG 1192
Query 1173 CAGCTCTTTGCAGTTTTGCAAAGTGCTAGGGGATCTTCAGCTTCTGTTCTAAAGGAAAAG 1232
||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||| ||||||||
Sbjct 1193 CAGCTCTTTGCAGTTCTGCAAAGTGCTAGGGG------A---TC--TTC---AGGAAAAG 1238
Query 1233 CTTTCGTCTATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTTCAAGCTCTGCTACAG 1292
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1239 CTTTCATCGATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTCCAAGCTCTGCTACAG 1298
Query 1293 GAG------CACAAGGGCCAGAGTCAGCTAACAATTTCAGATATCGCACGGAAGGCGTTC 1346
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1299 GAGCATCATCACAAGGGCCAGAGTCAGCTAACAATTTCAGATATTGCACGGAAGGCGTTC 1358
Query 1347 TTGTATAGTCATTTTATGGAGGGTCATGCCAAAACTGCTCCAATATCAAGGTTACCCCTT 1406
||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 CTGTATAG--------T----GGCCATGCCAAAACTGCTCCAATATCAAGGTTACCCCTT 1406
Query 1407 ATTACGGTCGTGGATACAAAGGATCAACTTAAAGACATTCCTGTTTGCCAGCCATTTCAT 1466
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1407 ATTACCGTCGTGGATACAAAGGATCAACTTAAAGACATTCC----T-----CCATTTCAT 1457
Query 1467 TTGGAGCTGAATTTCTTCAATAAGCCAAATAGAGTTCTTCATTATCCTGTGAGGTCCTTT 1526
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1458 TTGGAGCTGAATTTCTTCAATAAGCCAAATAGAGTTCTTCATTATCCTGTGAGGGCCTTT 1517
Query 1527 TATATCGAGGGCCTTAACCTCATGGCTCACAATCTCTGTTCTGGAACAGACAACATCTAC 1586
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1518 TATATCGAGGGCCTTAACCTCATGGCACACAATCTCTGTTCTGGAACGGACAACATCTAC 1577
Query 1587 AAGAAGCTGTACACATCGATCCCCGGAAATGTTGAATATCATTCGAAACACATTGTTTAC 1646
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 AAGAAGCTGTACACATCGATTCCCGGAAATGTAGAATATCATTCGAAACACATTGTTTAC 1637
Query 1647 AGTCGTAAAAGGCACCTCTTTCTGGTTGTCTTTGAGTTCAGTGGTGCTACAAATGAAGTT 1706
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1638 AGTCGTAAAAGGCACCTCTTTCTGGTTGTCTTTGAGTTTAGTGGTGCTACGAATGAAGTT 1697
Query 1707 GTGCTTTACTGGGAAAATACAGGTTCCCAGCTGCCTAATAGCAAAGGAAGCACTGCTAAA 1766
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 GTGCTTTACTGGGAAAATACAGGTTCTCAGCTGCCTAATAGCAAAGGAAGCACTGCTAAA 1757
Query 1767 GGTTGTGATGCTGCCTTTATCGGCCCAAATGACGATCAATTTGCAATTCTTGACGAGGAT 1826
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 GGTTGTGATGCTGCCTTTATTGGCCCAAATGACGATCAATTTGCAATTCTTGACGAGGAT 1817
Query 1827 AAGACAGGACTGTCTATGTATATCCTCCCAAAACT-TACCACAATGGAAGAGAATGAGAA 1885
||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 AAGACAGGACTTTCTATGTATATCCTCCCAAAA-TATACCACAATGGAAGAGAATGAGAA 1876
Query 1886 GAATTTGTTATCTGAAGAAAACCAAAAGAAAGAGGCGGAT-CCTTCTGGAATTCAGGGTC 1944
|||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || || |||||||||||||
Sbjct 1877 GAATTTATTATCTGAAGAGAACCAAAACAAAGAGGCAGATGCC-TCGGGAATTCAGGGTC 1935
Query 1945 CACAACAATTCATGTTTGAGACAGAAGTCGATCGTGTTTTTTCCACACCGATAGAGTCCA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 CACAACAATTCATGTTTGAGACAGAAGTCGATCGTGTTTTTTCCACACCGATAGAGTCCA 1995
Query 2005 CTCTGATGTTTGCTTGTAATGGAACCCAAATTGGGCTGGCAAAGTTGTTTCAAGGCTACC 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 CTCTGATGTTTGCTTGTAATGGAACCCAAATTGGGCTGGCAAAGTTGTTTCAAGGCTACC 2055
Query 2065 GTCTCTCAGCTTCAGATGGTCATTATATTTCAACACAAGGTGAGGGACGAAAGTCAATCA 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 GTCTCTCAGCTTCAGATGGTCATTATATTTCAACACAAGGTGAGGGACGAAAGTCAATCA 2115
Query 2125 AGTTGAAGAAACATGAAATAGCTCTTCAG 2153
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 AGTTGAAGAAACATGAAATAGCTCTTCAG 2144
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 198051609892
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5