BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G50690.1
Length=1648
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485417 jgi|Araly1|485417|fgenesh2_kg.5__1409__AT3G50690.1 2591 0.0
> Ahg485417 jgi|Araly1|485417|fgenesh2_kg.5__1409__AT3G50690.1
Length=1644
Score = 2591 bits (1403), Expect = 0.0
Identities = 1571/1652 (95%), Gaps = 12/1652 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGAGATTTGGGAAAGAGCTGTAGAAGCGGCTCTAGATGGTCAAACAGATAGGTTA 60
||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGAGATTTGGGAAAAAGTTGTGGAAGCGGCTCTAGATGGTCAAACAGATAGGTTA 60
Query 61 GCTACACGAACGCTAACACTTGATGGTGCTGTGAAATGCGTTCAGGGACGTTTACCACCA 120
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 GCTACACGGACGCTAACACTTGATGGTGCTGTGAAACGCGTTCATGGACGTTTACCACCG 120
Query 121 CCTAGTGTTCTCGAGAAGTTTCAGAATCTTCAGCATCTTTCTGTAGCTAACATCGGTGTT 180
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 121 CCCAATGTTCTCGAGAAGTTTCAGAATCTTCAGCATCTTTCTATAGCTAACATCGGTATT 180
Query 181 TCTTCTCTGGAACAGTTTCCTAGACTTGGTAATTTACAGAAGCTAATCTTATCTGATAAT 240
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTCGCTGGAGCAGTTTCCTAGACTTGGTAATTTACAGAAGCTAATCTTATCTGATAAT 240
Query 241 CGGATCACTGTTGGTTTAGAGTTTCTTGTTGAAGCTGGGCTTGATTCGTT-CTGTGATTT 299
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 241 CGGATCACTGTTGGCTTGGAGTTTCTTGTTGAAGCTGGGCTTGATTCGTTGC-GTGATTT 299
Query 300 GGATTTATCTAATAACCGGATCCAGTTTGTTGAGGATCTAGCTCCTTTGGCGGAGTTGAA 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGATTTGTCTAATAACCGGATCCAGTTTGTTGAGGATCTAGCTCCTTTGGCGGAGTTGAA 359
Query 360 GCTTGTGTCTCTTGATCTGTATGAGTGTCCTGTGACTAGGCTTAAGGATTATCGATCTAG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCTTGTGTCTCTTGATCTGTATGAGTGTCCTGTCACTAGGGTTAAGGATTATCGATCTAG 419
Query 420 GGTTTTTGGGTTGATTAAAACTTTGAAGTATTTAGATAAGActgatgctgaagggaatga 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGTTTTTGGGTTGATTAAAACTTTGAAGTATTTAGATAAGACTGATGCTGAAGGGAATGA 479
Query 480 gaggcctgagtctgatgatgaagatgatgaggaagatgaagaggatgaagaagaagaaga 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||
Sbjct 480 GAGGCCTGAATCTGATGATGAAGATGATGAGGAAGATGAGGAGGATGAAGAGGAGGAGGA 539
Query 540 ggaaggtgatgaggaggatcctggaagtggggagatTGATGGAGATGAAAGAGCAGAGGC 599
||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GGAGGGTGATGAAGAGGATCCTGGAATTGGGGAGGTTGATGGAGATGAAAGAGCAGAGGC 599
Query 600 TCCTCGGATGAGTAATGGCCATAGTGAAAGGGTAGATGGTGTTGTTGATGTTGATGAGGA 659
|||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCCTAGGCTGAGTAATGGGCATAGTGAAAGGCTAGATGGTGTTGTTGATGTTGATGAGGA 659
Query 660 TGAAGAGAGTGATGCTGAGGATGATGAGTCAGAGCAGGCTACTGGAGTGAACGGGACGAG 719
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGAAGAGAGTGATGCAGAGGATGATGAGTCAGAGCAGGCTACTGGAGTGAACGGGACGAG 719
Query 720 TTATCGGGCTAATGGATTCCGTCTTGAAGCTGTTAATGGGGAAGAAGTAAGGGAAGATGA 779
||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 TTATCGGCCTAATGGATCCCGTCTTCAAGCTGTAAATGGGGAAGAAGTAGGGGAAGATGA 779
Query 780 TGGGGATGATAGTGAGTCTGGTGAGGAGGAAGTAGGGGAAGATAATGATGTGGTTGAGGT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGGGGATGATAGTGAGTCTGGTGAGGAGGAAGTAGGGGAAGATAATGATGTGGTTGAGGT 839
Query 840 TCatgagattgaagatagtgagaatgaggaagatggggttgatgatgaagaagatgatga 899
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCATGAGATTGAAGATAGTGATAATGAGGAAGATGGGGTTGATGATGAAGAAGATGATGA 899
Query 900 agaggatgaggaggaagaggaagttgatAATGCTGATCGTGGTCTTGGTGGGTCAGGGAG 959
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGAGGATGAGGAGGAAGAGGAAGTTGATAATGATGATCGTGGTCTTGGTGGGTCAGGGAG 959
Query 960 CACAAGCAGGTTGATGAACGCAGGAGAGATTGATGGGCATGAACAAGGAGATGACGATGA 1019
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 960 CACAGGCAGGTTGATGAATGCAGGAGAGATTGATGGGCATGAGCAAGGGGATGACGATGA 1019
Query 1020 AGATGGTGATGGCGAGACTGGGGAAGATGACCAAGGGGTTGAGGATGATGGAGAGTTTGC 1079
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1020 AGACGGTGATGGTGAGACTGGGGAAGATGACCAAGGGGTTGAGGACGATGGAGAGTTTGC 1079
Query 1080 GGATGAAGATGATGATGTTGAAGAGGAGGATGAAGAATCTGGTGAAGGGTACCTTGTTCA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGATGAAGATGATGATGTTGAAGAGGAGGATGAAGAATCCGGTGAAGGGTACCTTGTTCA 1139
Query 1140 GCCAGTTTCTCAAGTGGAAGATCATGATGCTGTGGGTAATGACATCGAGCCGATCAATGA 1199
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCCAATCTCTCAAGTGGAAGATCATGATGCTGTGGGTAGTGACATCGAGCCGATCAATGA 1199
Query 1200 GGACAATGATCCAGATGAAGAAGAAGAAGTCGAAGATGACCTGCCAATTCCTGACCAGTC 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1200 GGACAATGATCCAGATGAAGAAGAAGAAGTCGAAGATGACCTGCCAATCCCTGACAAGTC 1259
Query 1260 CTTGGCTTCATCATCTCGCCCAAAGAGAAAACGAgatgacgatgatgacggtgaggatga 1319
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1260 CTTGCCATCATCATCTCGCCCAAAGAGAAAACGAGATGACGATGATGATGGTGAGGACGA 1319
Query 1320 tgacgatgatgatgaGGAACGTTGAACATACAGATCAGAATCTCTAGTTTGATGAGTTTT 1379
||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGACGATGATGATGATGATTGTTGATGATACAGATCAGAATCTCTAGTTTGATGAGTTTT 1379
Query 1380 AGATGGAA-AAGAAGCTCGGCTCCTTCTTGATTCAGGCGGCTATATCTGAATGTTCAAAT 1438
|||||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1380 AGATGGAAGAA-AAGCTCTGCTCCTTCTGGATTAAGGCGGCTATATATGAATGTTCAAAT 1438
Query 1439 GTCAGTTATGGTCAGGCTGGTAGATTTTCAAATGACGGTTACTCAGCTTGGATTTACCGC 1498
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTCAGTTATGGTCAGGCTGGTGGATTTTCAAATGACGGTTACTCAGCTTGGATTTACCGC 1498
Query 1499 CCTTTTAGAAACCCCACTTTATGGAGGGAAAG-aaaaacacaaaaaaacacaaaGGAAGA 1557
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1499 CTTTTTAGAAACCCCACTTTATGGAGGGAAAGGAAAAACACAAA----CACAAAGGAAGA 1554
Query 1558 GTTTCGAGACCTTGTTTCTCTGTTAGAGGGTCTTGTAAGAATGCTTATGTGGATAAATCT 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1555 GTTTCGAGACCTTGTTTCTCTGTTAGAGGGTCTTGTAAGAATGCTT--GTGGATAAATCT 1612
Query 1618 TTT-GAGTTATATCGTCTTTTGTTTTACATCC 1648
||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TTTTGAGTTATATCGTCTTTTGTTTTACATCC 1644
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61782377390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5