BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G50950.2
Length=2750
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485448 jgi|Araly1|485448|fgenesh2_kg.5__1440__AT3G50950.1 4163 0.0
> Ahg485448 jgi|Araly1|485448|fgenesh2_kg.5__1440__AT3G50950.1
Length=2848
Score = 4163 bits (2254), Expect = 0.0
Identities = 2600/2761 (94%), Gaps = 48/2761 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 AGTAACCAAGAAAACGAGTAAGGTTGACTCTTGAC------TTGTTAAACCATTGACTTC 63
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTAACCAAGAAACCGAGTAAGGTTGACTCTTGACTTATAATTGTTAAACCATTGACTTC 60
Query 64 AATTTCGATAAAGTCTCTATGTAAGCTCATTTTTCTGAAACAAGTTTTGCTaaaaaaaTC 123
| || | | ||| | | |||||||| || | ||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 61 -A-TT---T--A-TCT-T-T-TAAGCTCA-TTCT-TGAAACAAG-TTTGCTAAAACGATC 106
Query 124 CAAAGATCTGAAGCTTCAGATCCTTC-TCGGCTAAG-GCTAAGTCACAACCTTTTGCAGG 181
||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| || |
Sbjct 107 CAATGATCTGAAGCTTCAGATCC-TCATCGGCTAAGAGCTAAGTCAC-ACC--TT----G 158
Query 182 GTCTGAGTAAATGGTGGACGCTGTTGTAACAGTGTTTTTAGAGAAAACCTTGAACATCCT 241
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 159 GTCTGAGAAAATGGTGGACGCTGTTGTAACAGTGTGTTTAGAGAAAGCCTTGAACATCCT 218
Query 242 CGAAGAAAAAGGCCGAACCGTATCGGACTACCGAAAACAGTTGGAAGATTTGCAAAGCGA 301
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 219 CGAAGAAAAAGGCCGAACCGTATCGGACTACCGAAAACAGTTAGAAGATTTGCAAAGGGA 278
Query 302 ATTGAAATATATGCAGTCTTTTCTCAAGGATGCAGAGAGGCAGAAGAGAACTAATGAAAC 361
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 GTTGCAATATATGCAGTCTTTTCTCAAGGATGCAGAGAGGCAGAAGAGAACTAATGAAAT 338
Query 362 GTTGCGTACTCTTGTTG-CGGATTTACGAGAACTGGTTTACGAAGCTGAGGATATACTTG 420
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 339 GTTGCGTAATCTTG-TGACGGATTTACGAGAACTGGTTTATGAAGCTGAGGACATACTTG 397
Query 421 TGGATTGTCAGCTCGCGGA---TG--G-TGATGA---TGGGAACGAGCAAAGGTCATCAA 471
||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 TGGATTGTCAGCTCGCGGATGGTGATGCTGATGATGGTGGGAACGAGCAAAGGTCATCAA 457
Query 472 ATGCGTGGCTTTCGCGGCTTCATCCTGCCCGGGTTCCGTTGCAGTACAAGAAAAGCAAAC 531
||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 ATGCGTGGCTTTCTCGGTTTAATCCTCCCCGGGTTTCATTGCAGTACAAGAAAAGCAAAC 517
Query 532 GTTTGCAAGAGATCAATGAGAGGATAACGAAAATAAAGAGTCAAGTAGAGCCTTATTTCG 591
||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 GTTTGAAAGAGATCAATGAGAGGATATCGAAGATAAAGAGTCAAGTAGAGCCTTATTTCA 577
Query 592 AATTCATAACGCCGAGTAATGTTGGAAGAGATAATGGAACTGATCGGTGGAGCTCTCCGG 651
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 AATTCAGAACGCCGAGTAATGTTGGAAGAGATAATGGAACTGATCGGTGGAGCTCTCCGG 637
Query 652 TGTATGATCATACTCAGGTGGTTGGTTTGGAAGGAGATAAAAGAAAAATCAAGGAGTGGC 711
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 TGTATAATCATACTCAGGTGGTTGGTTTGGAAGGAGATAAAAGAAAAATCAAGGAGTGGC 697
Query 712 TCTTTCGATCAAACGACAGCCAGCTTTTGATAATGGCCTTTGTTGGGATGGGAGGGCTAG 771
|||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 698 TCTTTCGATCAAACGAGAGCGAGCTATTGATCATGGCCTTTGTAGGGATGGGAGGACTAG 757
Query 772 GTAAAACTACAATCGCTCAAGAAGTGTTCAATGACAAAGAGATCGAACATCGTTTCGAAA 831
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 GTAAAACTACGATTGCTCAAGAAGTGTTCAATGACAAAGAGATCGAACATCGTTTCGAAA 817
Query 832 GAAGGATATGGGTGTCTGTGTCCCAGACTTTTACTGAAGAACAGATCATGAGAAGCATAT 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 818 GAAGGATATGGGTGTCTGTGTCCCAGACTTTTACCGAAGAACAGATCATGAGAAGCATTT 877
Query 892 TGAGGAACTTGGGGGACGCGAGTGTTGGAGATGATATTGGAACATTGCTGAGAAAAATCC 951
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 TGCGGAACTTGGGGGACGCGAGCGTTGGAGATGATCTTGGAACATTGCTGAGAAAAATCC 937
Query 952 AGCAGTATCTTTTGGGGAAAAGGTACTTGATAGTTATGGACGATGTATGGGACAAGAATT 1011
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 938 AGCAGTATCTTTTGGGGAAAAGGTACTTGATTGTTATGGACGATGTGTGGGACAAGAATT 997
Query 1012 TGAGCTGGTGGGACAAGATCTACCAAGGACTGCCTAGAGGACAAGGAGGTAGCGTTATCG 1071
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 998 TGAGTTGGTGGGACAAGATCTACCAAGGACTGCCTAGAGGACAAGGTGGTAGCGTTATCG 1057
Query 1072 TGACCACAAGGTCGGAATCTGTAGCGAAAAGGGTGCAAGCGAGAGACGACAAGACTCACC 1131
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1058 TGACCACAAGGTCGGAATCTGTCGCGGTAAGGGTGCAAGC--GAGA-GACAAGACTCACC 1114
Query 1132 GTCCAGAGCTCCTTAGTCCTGATAACAGTTGGCTGCTGTTTTGTAATGTGGCATTTGCAG 1191
| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1115 GACCACAGCTCCTCAGTTCTGATAACAGTTGGCTGCTGTTTTGTAAGGTGGCATTTGCAG 1174
Query 1192 CAAATGACGGTACTTGTGAGCGTCCCGAGCTAGAGGATGTTGGCAAGGAGATTGTAACGA 1251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1175 CAAATGACGGTACTTGTGAGCGTCCCGAGCTAGAGGATGTCGGCAAGGAGATTGTAACAA 1234
Query 1252 AATGCAAAGGTTTGCCTTTGACAATCAAAGCGGTTGGTGGGTTACTTCTGTGCAAAGACC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1235 AATGCAAAGGTTTGCCTTTGACAATCAAAGCAGTTGGTGGATTACTTTTGTGCAAAGACC 1294
Query 1312 ATGTCTATCATGAATGGAGACGAATTGCAGAGCATTTTCAGGATGAGCTAAGAGGAAACA 1371
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295 ATGTCTATCATGAATGGAGACGAATAGCAGATCATTTTCAGGATGAGCTAAGAGGAAACA 1354
Query 1372 CTTCTGAAACTGACAATGTTATGTCTTCTCTGCAGTTGAGCTACGATGAACTCCCTTCCC 1431
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1355 CTTCTGAAACTGACAATGTGATGTCTTCTCTGCAATTGAGCTACGACGAACTCCCTCCCC 1414
Query 1432 ACCTTAAGTCGTGCATTCTCACGCTTTCGCTCTATCCAGAAGACTGTGTTATACCAAAAC 1491
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 ACCTTAAGTCGTGCTTTCTCACGCTTTCTCTCTATCCAGAAGACTGTGTTATACCAAAAC 1474
Query 1492 AACAACTAGTACATGGATGGATCGGAGAAGGTTTTGTCATGTGGAGAAACGGAAGATCTG 1551
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1475 AGCAACTCGTACATGGATGGATCGGAGAAGGTTTTGTCATATGGAGAAACGGAAGATCTG 1534
Query 1552 CAACTGAATCTGGAGAAGACTGCTTTTCCGGGCTCACAAACAGGTGTCTAATAGAAGTTG 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 CAACTGAATCTGGAGAAGACTGCTTTTCCGGGCTCACAAACAGGTGTCTAATAGAAGTTG 1594
Query 1612 TAGACAAAACCTATAGCGGAACCATCATCACTTGCAAGATTCATGACATGGTTCGTGATT 1671
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 TTGACAAAACCTATAGTGGAACCATCATCACTTGCAAGATTCATGACATGGTTCGTGATT 1654
Query 1672 TGGTGATCGATATAGCCAAGAAGGATTCGTTCTCTAACCCGGAAGGCCTCAACTGTCGTC 1731
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1655 TGGTGATTGATATAGCCAAGAAGGATTCGTTCTCTAACCCAGAAGGCCTCAACTGTCGTC 1714
Query 1732 ACCTTGGGATTAGTGGAAACTTTGATGAGAAGCAGATCAAAGTTAACCATAAGCTGAGAG 1791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1715 ACCTTGGGATTAGTGGAAACTTTGATGAGAAGCAGATCAAAGTTAATCATAAGCTGAGAG 1774
Query 1792 GCGTAGTGTCAACAACTAAGACAGGTGAAGTGAACAAGCTCAACTCAGACTTAGCTAAGA 1851
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 GCGTTGTGTCAACAACTAAGACAGGTGAGGTGAACAAGCTCAACTCAGACTTAGCTAAGA 1834
Query 1852 AATTCACAGACTGCAAATATCTTCGGGTTCTCGATATCTCGAAA-TCCATATTTGATGCT 1910
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 1835 AATTCACAGATTGCAAATATCTTCGGGTTCTCGATATCTC-AAAGTCAATATTTGATGCT 1893
Query 1911 CCTCTGTCTGAGATTTTGGATGAGATTGCAAGCCTTCAACACTTAGCATGTCTTAGTTTG 1970
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1894 CCTCTGTCTGAGATTTTGGATGAGATTACAAGCCTTCAACACTTAGCATGTCTTAGTATG 1953
Query 1971 AGCAACACACATCCGTTGATCCAGTTTCCTCGTTCCATGGAAGATCTCCACAACCTTCAG 2030
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1954 AGCAACACACATCCGCTGATCCAGTTTCCTCGTTCCATGGAAGATCTCCACAATCTTCAG 2013
Query 2031 ATTCTAGACGCAAGCTACTGTCAGAATCTGAAACAACTTCAACCTTGCATCGTCTTGTTC 2090
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2014 ATTCTAGACGCAAGCTACTGTCAGAATCTGAAACAACTTCAACCTTGCATTGTCTTGTTC 2073
Query 2091 AAGAAACTCCTTGTACTTGACATGACGAACTGTGGATCCCTTGAATGCTTCCCCAAGGGT 2150
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2074 AAGAAACTCCTTGTACTTGACATGACGAATTGTGGATCACTTGAGTGCTTCCCCAAGGGT 2133
Query 2151 ATCGGAAGTCTCGTGAAGCTCGAAGTTCTGTTGGGATTTAAGCCAGCCAGGTCCAACAAT 2210
|| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 ATTGGAAGTCTCGTGAACCTCGAAGTGCTGTTGGGATTTAAGCCAGCCAGGTCCAACAAT 2193
Query 2211 GGGTGCAAGCTCAGTGAAGTGAAAAATCTCACAAACCTTCGGAAACTTGGTCTTTCTCTG 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 GGGTGCAAGCTCAGTGAAGTGAAAAATCTCACAAACCTCCGGAAACTTGGTCTTTCTCTG 2253
Query 2271 ACTCGTGGCGATCAGATAGAAGAGGAGGAGCTTGATTCTTTGATAAACCTAAGCAAGCTG 2330
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 ACTCGTGGCGATCAGATCGAAGAGGATGAGCTTGATTCTTTGATAAACCTAAGCAAGCTT 2313
Query 2331 ATGTCCATTTCGATCAACTGCTATGATAGCTACGGCGATGATCTCATAACCAAAATAGAC 2390
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2314 ATGTCCATTTCGATCAACTGCTACGATAGCTACGGCGATGATCTCATAACCAAAATTGAT 2373
Query 2391 GCCCTTACTCCTCCACACCAGCTCCATGAGCTTTCTCTACAATTCTATCCTGGAAAGTCG 2450
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 GCGCTCACTCCTCCACACCAGCTCCATGAGCTTTCTCTACAATTCTATCCTGGAAAGTCG 2433
Query 2451 AGTCCATCGTGGTTGAGTCCTCACAAGCTTCCGATGTTGAGGTACATGTCAATATGTTCA 2510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2434 AGTCCATCGTGGTTGAGTCCTCACAAGCTTCCGATGTTGAGGTACATGTCAATATGCTCA 2493
Query 2511 GGTAATTTGGTGAAAATGCAGGAACCATTCTGGGGAAACGAGAATACTCACTGGAGAATT 2570
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2494 GGTAATTTGGTGAAAATGCATGAACGATTCTGGGGAATTGAAAATACTCACTGGAGAATC 2553
Query 2571 GAAGGTTTAATGTTAAGTTCATTGTCGGACCTAGACATGGACTGGGAAGTGCTGCAACAG 2630
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2554 GAAGGTTTAATGTTAAGTTCGTTGTCGGACCTAGACATGGACTGGGAAGCGCTGCAACAG 2613
Query 2631 TCAATGCCGTACCTGAGGACCGTGACCGCAAACTGGTGTCCAGAGCTAGAGTCTTTCGCG 2690
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2614 TCAATGCCATACCTGAGGACTGTGACCGCAAACTGGTGTCCAGAGCTAGAGTCTTTCCCG 2673
Query 2691 ATTGAAGATGTTGGCTTTAGAGGCGGAGTGTGGATGAAAACACCAT-TGCACAGAACCTG 2749
|| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2674 ATCGAAGATGTCGGCTTTAGAGGCGGAGTGTGGACGAAAACACC-TCTGCACAGAACCTG 2732
Query 2750 A 2750
|
Sbjct 2733 A 2733
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103757827380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5