BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51050.1
Length=2455
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937965 jgi|Araly1|937965|scaffold_502156.1 3677 0.0
> Ahg937965 jgi|Araly1|937965|scaffold_502156.1
Length=2163
Score = 3677 bits (1991), Expect = 0.0
Identities = 2107/2164 (97%), Gaps = 3/2164 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 57 ATGCAAATCTGCCATTGATACATCTGCTTGCGGTTAGGGCAAAGATGAGGAAACGCGATT 116
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCAAATCTGCCATTGATACATCTGCTCGAGGTTAGGGCAAAGATGAGGAAACGCGATT 60
Query 117 TGGCTATTTTGATGCTCTCTGGATTTGCTATATTCTTCACTCTTCAGCACGAGGGTGATT 176
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TAGCAATTTTGATGCTCTCTGGATTTGCTATATTCTTCACTCTTCAGCACGAGGGTGATT 120
Query 177 TTGCGTTCAAAGAAGCATGGTTTCATTTGTATGATGAATACCCAGTCAAATACGAAGCTG 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTGCGTTCAAAGAAGCATGGTTTCATTTGTATGATGAATACCCAGTCAAATACGAAGCTG 180
Query 237 ATCGTCTCCCACCACCTATTGTAGCTGATCTTAATGGTGATGGAAAGAAGGAGGTTCTCG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCGTCTCCCACCACCTATTGTAGCTGATCTTAATGGTGATGGAAAGAAGGAGGTTCTCG 240
Query 297 TTGCTACTAATGATGCCAAAATTCAGGTTCTGGAGCCTCATTCCAGGCGTGTGGATGAAG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGCTACTAATGATGCCAAAATTCAGGTTCTGGAGCCTCATTCCAGGCGTGTGGATGAAG 300
Query 357 GTTTTAGTGAAGCACGTGTTCTTGCGGAAATCACTCTTTTGCCTGACAAGATCCGTGTTG 416
||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GTTTTAGTGAAGCACGTGTTCTTGCAGAGATCCCCCTTTTGCCTGACAAGATCCGTATTG 360
Query 417 CGTCAGGGAGACGTGCTGTGGCCATGGCCACAGGTGTTATTGATAGGTACTATAAAAATG 476
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 CATCAGGGAGACGTGCTGTGGCCATGGCCACAGGTGTTATTGATAGGTACTATAAAGATG 420
Query 477 GAACTCCCCAGAAGCAGGTTGTGGTCGTTGTTACCTCAGGTTGGTCTGTGCTCTGCTTTG 536
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAACTCCACAGAAGCAGGTTGTGGTCGTTGTTACCTCAGGTTGGTCTGTGCTCTGCTTTG 480
Query 537 ATCACAACCTGAAAAAGCTGTGGGAAACGAATCTGCAGGAGGATTTCCCACATAATGCAC 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATCACAACCTGAAAAAGCTGTGGGAAACGAATCTGCAGGAGGATTTCCCACATAATGCAC 540
Query 597 ACCATAGAGAGATAGCAATTTCGATAAGCAATTACACATTGAAGCATGGTGATACGGGTT 656
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACCATAGAGAGATAGCAATTTCGATTAGCAATTACACATTGAAGCATGGTGATACGGGTT 600
Query 657 TGGTTATTGTTGGTGGACGGATGGAGATGCAGCCATATAATCACATGGACCCATTTGAGG 716
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TAGTTATTGTTGGCGGACGGATGGAGATGCAGCCATATAATCACATGGACCCATTTGAGG 660
Query 717 AACTTGGCATGACAGCACAAAATGCTGATCAACACAGAAGAAGTGCTACTGAGAATCAGG 776
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AACTTGGCATGACAGCACAAAATGCTGAGCAACACAGAAGAAGTGCTACTGAGAATCAGG 720
Query 777 CCTCTGAAGATTCTGGAGCCATAAACTTGCGTCACTTTTCTGTCTATGCATTTGCTGGCA 836
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCTCTGAAGATTCTGGAGCGATAAACTTGCGTCACTTTTCTGTCTATGCATTTGCTGGCA 780
Query 837 AGACTGGCCTTCTTCGATGGAGTAAAAAGACTGATGATGTTGAAGCTCACACCTCAGATG 896
||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGACTGGCCTTCTACGATGGAGAAAAAAGACGGATGATGTTGAAGCTCACACCTCAGATG 840
Query 897 CATCACAATTAATTCCACAACACAATTACAAGCTTGATGTGCATGCTCTAAATAGCCGTC 956
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CATCACAACTAATTCCACAACACAATTACAAGCTTGATGTGCATGCTCTAAATAGCCGTC 900
Query 957 ACCCAGGAGAGTTTGAGTGCAGGGAATTTAGAGAATCAATTCTTAGTGTCATGCCCCATC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACCCAGGAGAGTTTGAGTGCAGGGAATTTAGAGAATCAATTCTTAGTGTCATGCCCCATC 960
Query 1017 GCTGGGACCGACGTGAAGATACATTATTGAAGCTTGCTCATTTCAGGCGACACAAGAGGA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 961 ACTGGGACCGACGTGAAGATACATTATTGAAGCTTGCTCATTTCAGGCGACATAAGAGGA 1020
Query 1077 AAACATTGAAGAAGCAGGCTGGTAGTAAGTCTACAGCTTATCCGTTTCACAAACCTGAGG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAACATTGAAGAAGCAGGCTGGTAGTAAGTCTACAGCATATCCGTTTCACAAACCTGAGG 1080
Query 1137 AACACACACCCGCTGGAAAGGACTTGTCAAGAAAGATTCCAAAATTGATTGGAAAGGCTG 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AACACACACCCGCTGGAAAGGACTTGTCAAGAAAGATTCCAAAATTGATTGGAAAGGCTG 1140
Query 1197 CACGCTATGCTGGCTCGGCAAAACCCAAGAAGGGTATGCAATACATTCCGACGATAACTA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1141 CACGCTATGCTGGCTCGGCAAAACCCAAGAAGGGTATGCAATACATTCCGACTATAACTA 1200
Query 1257 ATTACACGAAGCTTTGGTGGGTTCCTAATGTTGTTGTGGCTCATCAAAAGGAAGGAATTG 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATTACACGAAGCTTTGGTGGGTTCCTAATGTTGTTGTGGCTCATCAAAAGGAAGGAATTG 1260
Query 1317 AAGCTATTCATTTGCCTACTGGTCGAACACTTTGCAAGCTTTCTCTACTTGAAGGTGGAC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAGCTATTCATTTGCCTACTGGTCGAACACTTTGCAAGCTTTCTCTACTTGAAGGTGGAC 1320
Query 1377 TTCACGCCGACATAAACGGAGATGGTGTTCTCGATCATGTCCAGACTGTCGGAGGCAATG 1436
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 TTCACGCCGACATAAACGGAGATGGTGTACTCGATCATGTCCAGACTGTTGGAGGCAATG 1380
Query 1437 TTGGAGAGAGAACTGTAGTGAGCGGGTCAATGGAAGTGTTGAAGCCTTGCTGGGCAGTGG 1496
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTGGAGAGAGAACTGTAGTGAGCGGATCAATGGAAGTGTTGAAGCCTTGCTGGGCAGTGG 1440
Query 1497 CAACCTCAGGCGTTCCCATCCGGGAACAGCTCTTTAACGTCTCGATCTGCCATCACTCCC 1556
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CAACCTCAGGTGTTCCCATCCGCGAACAGCTCTTCAACGTCTCGATCTGCCATCACTCCC 1500
Query 1557 CTTTTAACTTCTTGCACTATGGAGGAGATTACTCACGACACTTCGCCCAGGCAAGAGACA 1616
|||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTTTCAACTTCTTGCACTATGGAGGTGATTATTCACGACACTTCGCCCAGGCAAGAGACA 1560
Query 1617 CCTCTACTCTGGAGATCGCAACTCCCATTCTCATCCCCAGAGATGATGGACACAAACACC 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CCTCTACTCTGGAGATCGCAACTCCCATTCTCATCCCCAGAGATGATGGACACAAACACC 1620
Query 1677 GCAAAGGCAGTCACGGAGATGTAATCTTCTTGACAAACCGTGGAGAGGTGACATCATACA 1736
||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCAGAGGAAGTCACGGAGATGTAATCTTCTTAACAAACCGTGGAGAGGTGACATCATACA 1680
Query 1737 CGCCTGATGTGCACGGCCACGACGCAGTCTGGCAATGGCAGCTTCAGACAGAAGCCACAT 1796
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CGCCTGATGTGCACGGCCACGACGCCGTCTGGCAATGGCAGCTTCAGACAGAAGCCACAT 1740
Query 1797 GGTCGAATCTCCCGTCTCCATCGGGTTTAACTGAATCAGGGACGGTGGTCCCAACCCTGA 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1741 GGTCGAATCTCCCGTCTCCATCGGGTTTAACTGAATCAGGGACTGTGGTCCCAACCCTGA 1800
Query 1857 AACCATTCTCGTTGCGCATTCATGATAACCAGCCTATGATCCTTGCCGGGGGAGATCAAG 1916
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1801 AACCGTTCTCGTTGCGCATTCATGATAACCAGCCTATGATCCTTGCCGGAGGAGATCAAG 1860
Query 1917 CAGCGGTCATCATCTCTCCGGGAGGAAGCATATTGGCTTCCATCGAATTACCGTCTCAAC 1976
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1861 CAGCAGTCATCATCTCTCCGGGAGGAAGCATATTAGCTTCCATCGAGTTACCGTCTCAGC 1920
Query 1977 CGACTCATGCACTTATCACTGATGACTTCTCGAACGATGGTCTAACGGATGTGATTGTGA 2036
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CGACTCATGCACTTATCACTGACGACTTCTCGAACGATGGTCTAACGGATGTGATTGTGA 1980
Query 2037 TGACCTCAAATGGGGTTTACGGGTTTGTTCAAACCAGACAGCCAGGGGCTCTGTTCTTCA 2096
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TGACATCAAATGGGGTTTACGGGTTCGTTCAAACCAGACAGCCAGGGGCTCTGTTCTTCA 2040
Query 2097 GTTCGTTGGTGGGTTGTCTCTTAGTAGTTATGGCAGTTATTTTCGTTACTCAGCACTTAA 2156
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2041 GTTCGTTGGTGGGTTGTCTCTTAGTAGTAATGGCAGTTATTTTCGTTACTCAACACTTAA 2100
Query 2157 ACTCCATTCAAGGTAAGCCTCGACCATCATCTAGCTTTTAATAGAAATCTCG--TAGAGT 2214
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | || ||||||
Sbjct 2101 ACTCCATTCAAGGTAAGCCCCGACCTTCATCTAGCTTTTAATTGAAAAC-CGCATAGAGT 2159
Query 2215 TTTC 2218
||||
Sbjct 2160 TTTC 2163
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92521205105
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5