BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51310.1
Length=2588
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485482 jgi|Araly1|485482|fgenesh2_kg.5__1474__AT3G51310.1 4115 0.0
> Ahg485482 jgi|Araly1|485482|fgenesh2_kg.5__1474__AT3G51310.1
Length=2579
Score = 4115 bits (2228), Expect = 0.0
Identities = 2478/2596 (95%), Gaps = 28/2596 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAAAATTCGGTCAAAATTGAGACTTCTCTCTGTAGAGTAAAGTAGTGAGGAACATAGAAT 63
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||
Sbjct 1 GAAAATTCGGTCAAAATTGAGACTT-TCTCTGTAGAGTAAAGTAGTGA-GAA-ACAGAAT 57
Query 64 GATCGCCGACGACGATGAGAAGTGGCTTGCCGCCGCAATCGCCGCCGTTAAGCAAAATGC 123
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 GATCGCCGACGACGATGAGAAGTGGCTTTCCGCCGCCATCGCCGCCGTTAAGCAAAATGC 117
Query 124 TTTCTATATGCAGCGCGCTATCGACTCCAACAATCTCAAAGACGCTCTAAAGTTTTCTGC 183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TTTCTATATGCAGCGCGCTATCGACTCCAACAATCTGAAAGACGCTCTAAAGTTTTCTGC 177
Query 184 TCAAATGCTCAGCGAGCTTCGTACTTCCAAGCTTTCTCCTCATAAATACTATGAACTCTA 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TCAAATGCTCAGCGAGCTTCGTACTTCCAAGCTTTCTCCTCATAAATACTATGAACTCTA 237
Query 244 TATGCGAGTTTTTAATGAATTGGGGACTTTGGAGATATTCTTCAAGGAAGAGAC-GGGAC 302
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 238 TATTCGAGTTTTTAATGAACTGGGGACTTTGGAGATATTCTTCAAGGAAGAGACAGGG-C 296
Query 303 GTGGTTGCTCCATCGCAGAGCTCTACGAGTTAGTTCAGCATGCCGGTAACATTTTGCCAA 362
| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GCGGTTGCTCCATTGCGGAGCTTTACGAGTTAGTGCAGCATGCCGGTAACATTTTGCCAA 356
Query 363 GATTGTATCTTTTATGTACCATAGGATCTGTATATATCAAATCCAAGGATGTTACTGCTA 422
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 357 GATTGTATCTTCTCTGTACCATAGGATCTGTATATATCAAATCCAAGGACGTTACTGCTA 416
Query 423 CGGATATACTTAAGGATCTTGTTGAAATGTGTCGAGCTGTTCAACATCCCTTGCGTGGTC 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 417 CGGATATACTTAAGGATCTTGTTGAAATGTGTCGAGCTGTTCAACATCCTTTACGTGGTC 476
Query 483 TTTTCTTGAGAAGTTATCTTGCTCAAGTTACTAGGGATAAGTTACCCAGCATTGGTTCTG 542
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TTTTCTTGCGAAGTTATCTTGCTCAAGTTACTAGGGATAAGTTACCCAGCATTGGTTCTG 536
Query 543 ACTTGGAAGGAGATGGTGATGCACACATGAATGCTTTAGAGTTCGTGCTTCAAAATTTTA 602
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 ACTTGGATGGAGATGGTGATGCACACATGAATGCTTTAGAGTTCGTGCTTCAAAATTTTA 596
Query 603 CCGAGATGAACAAATTATGGGTTCGAATGCAACATCAGGGACCTAGTCGGGAGAAAGAAA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 597 CCGAGATGAACAAATTATGGGTTCGAATGCAACATCAGGGACCTAGTCGGGAGAAGGACA 656
Query 663 AACGTGAGAAAGAAAGGAATGAACTACGTGATCTTGTTGGTAAGAACCTTCATGTACTGA 722
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 657 AACGGGAGAAAGAAAGGAATGAACTACGTGATCTTGTTGGGAAGAACCTTCATGTACTGA 716
Query 723 GTCAGTTAGAAGGTGTTGACCTTGGAATCTACAGAGATACTGTTCTTCCTAGAATACTGG 782
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GTCAGTTGGAAGGTGTTGACCTTGGAATCTACAGAGATACTGTTCTTCCTAGAATACTGG 776
Query 783 AGCAGGTTGTCAACTGTAAGGATGAACTTGCACAGTGCTACCTTATGGATTGCATTATTC 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 777 AGCAGGTTGTCAACTGTAAGGATGAACTTGCACAGTGCTACCTAATGGATTGCATTATTC 836
Query 843 AAGTCTTTCCTGATGATTTTCACCTTCAAACTCTCGATGTATTATTGGGAGCTTGTCCAC 902
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 837 AAGTCTTTCCTGATGATTTCCACCTTCAAACTCTCGATGTATTATTGGGTGCTTGTCCAC 896
Query 903 AACTTCAGCCGTCTGTTGATATCAAGACGGTTCTTTCGGGTCTAATGGAAAGGCTTTCGA 962
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AACTTCAGCCATCTGTTGATATCAAGACGGTCCTTTCGGGTCTAATGGAAAGGCTTTCGA 956
Query 963 ACTATGCTGCATCCAGTGTGGAAGCATTGCCTAATTTCCTGCAAGTAGAAGCCTTTTCAA 1022
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ACTATGCTGCATCCAGTGTGGAAGCGTTGCCTAATTTCCTGCAAGTAGAAGCCTTTTCAA 1016
Query 1023 AGTTAAATTATGCCATTGGGAAGGTTGTAGAAGCACAGGCGGACTTGCCGGCCGCAGCAT 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AGTTAAATTATGCCATTGGGAAGGTTGTAGAAGCACAGGTGGACTTGCCGGCCGCAGCAT 1076
Query 1083 CTGTAACATTGTATTTGTTTCTTCTAAAATTCACTCTCCATGTCTATTCCGATCGTCTGG 1142
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1077 CTGTAACATTGTATTTGTTTCTTCTGAAATTCACTCTCCATGTCTATTCCGATCGTTTGG 1136
Query 1143 ACTATGTGGACCAAGTTTTGGGATCATGTGTTACTCAACTATCTGCCACAGGAAAGCTTT 1202
||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1137 ACTATGTAGACGAAGTTTTGGGATCTTGTGTTACTCAACTATCGGCCACAGGAAAGCTTT 1196
Query 1203 GTGATGACAAGGCAGCAAAACAGATCGTCGCATTTCTTAGCGCTCCATTGGAAAAGTATA 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1197 GTGATGACAAGGCAGCAAAACAGATCGTCGCATTTCTTAGCGCTCCGTTGGAAAAGTATA 1256
Query 1263 ATAATGTAGTAACTATCTTGAAGCTTACCAACTATCCTCTAGTAATGGAATACCTTGACC 1322
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 ATAATGTTGTAACTATCTTGAAGCTCACAAACTATCCTCGAGTAATGGAATACCTTGACC 1316
Query 1323 GTGAGACAAACAAAGCAATGGCAATCATTCTAGTTCAGAGCGTTTTTAAAAATAATACTC 1382
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||
Sbjct 1317 ATGAGACAAACAAAGCAATGGCAATCATTATAGTTCAGAGCATTTTGAAAAACAATACTC 1376
Query 1383 ACATTGCTACTGCTGATGAGGTCGATGCATTGTTTGAACTGGCAAAGGGTCTCATGAAGG 1442
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1377 ATATTGCTACTGCTGATGAGGTCGATTCATTGTTTGAACTGGCAAAGGGTCTCATCAAGG 1436
Query 1443 ATTTTGACGGAACAA-TTGATGATGAGATTGATGAAGAAGATTTCCAGGAAGAGCAGAAC 1501
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATTTTGACGGAA-AAGTTGATGATGAGATTGATGAAGAAGATTTCCAGGAAGAGCAGAAC 1495
Query 1502 CTTGTTGCACGGCTTGTTAACAAGCTCTACATTGATGATCCAGAAGAAATGTCTAAGATT 1561
|||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1496 CTTGTTGCACGGCTTGTTCACAAGCTCTACAATGATGATCCAGAAGAAATGTATAAGATT 1555
Query 1562 ATTTTCACTGTAAGGAAGCACATCGTGGCTGGAGGACCTAAGCGTTTGCCTTTAACTATA 1621
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1556 ATTTTCACAGTAAGGAAGCACATCCTGGCTGGAGGACCTAAGCGTATGCCTTTAACTATA 1615
Query 1622 CCACCCCTTGTCTTTTCCGCGCTCAAGTTAATTCGGCGACTGCGAGGTGGAGATGAAAAC 1681
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1616 CCACCCCTTGTCTTTTCCGCTCTCAAGTTAATTCGGCGACTGAGAGGTGGAGATGAAAAC 1675
Query 1682 CCATTTGGAGATGATGCATCAGCAACACCGAAGAGAATTCTACAGCTGTTAAGCGAGAC- 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
Sbjct 1676 CCATTTGGAGATGATGCATCAGCAACACCGAAGAGAATTCTACAGCTTTTAAGTGAGGCA 1735
Query 1741 -G----GTGGAAGTTCTATCTGATGTTTCCGCACCTGATTTGGCATTGCGCCTCTACTTG 1795
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AGTACCGTGGAAGTTCTATCTGATGTTTCCGCACCTGATTTGGCATTGCGCCTCTACTTG 1795
Query 1796 CAGTGTGCTCAGGCAGCAAATAACTGTGAGTTAGAAACAGTTGCTTATGAGTTCTTCACA 1855
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1796 CAGTGTGCTCAGGCAGCAAATGACTGTGAGTTAGAAACAGTCACTTATGAGTTCTTCACA 1855
Query 1856 AAGGCATATCTTCTGTATGAAGAAGAAATTTCAGATTCAAAGGCACAAGTAACAGCACTA 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AAGGCATATCTTCTGTATGAAGAAGAAATTTCAGATTCAAAGGCACAAGTAACAGCACTA 1915
Query 1916 CGTTTAATAATAGGGACACTCCAGAGGATGCGTGTATTTAATGTTGAGAACAGAGATACT 1975
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 CGTTTAATAATAGGGACACTCCAGCGGATGCGTGTATTTAATGTTGAGAACAGAGATACT 1975
Query 1976 CTGACTCACAAGGCGACAGGGTATTCTGCAAGACTCCTAAGGAAGCCAGATCAGTGTAGA 2035
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTGACTCACAAGGCGACAGGGTACTCTGCAAGACTCCTTAGGAAGCCAGATCAGTGTAGG 2035
Query 2036 GCTGTTTATGAATGTGCGCATCTCTTCTGGGCTGACGAATGCGAGAACCTGAAAGATGGA 2095
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2036 GCTGTTTATGAGTGTGCGCATCTCTTCTGGGCTGACGAATGCGAGAACCTAAAAGATGGA 2095
Query 2096 GAGAGGGTTGTGCTTTGCCTGAAGAGGGCACAAAGGATTGCAGATGCTGTTCAACAAATG 2155
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GAGAGGGTTGTGCTTTGTCTGAAGAGGGCACAAAGAATTGCAGATGCTGTTCAACAAATG 2155
Query 2156 GCCAACGCATCCCGTGGTACCAGTAGCACTGGGTCGGTGTCTCTATATGTCGAACTGCTG 2215
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GCCAATGCATCCCGTGGTACCAGTAGCACTGGGTCGGTGGCTCTATATGTCGAACTGCTG 2215
Query 2216 AACAAGTATCTCTACTTCCTGGAGAAAGGAAACCAACAAGTAACAGGCGATACAATCAAG 2275
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2216 AACAAGTATCTCTACTTCTTGGAGAAAGGAAACCCACAATTAACAGGCGATACAATCCAG 2275
Query 2276 AGCTTAGCTGAATTAATCAAAAGCGAGACAAAGAAGGTTGAGTCAGGCGCAGAGCCATTC 2335
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || || |||
Sbjct 2276 AGCTTAGCTGAATTAATCAGAAGCGAGACGAAGAAGGTTGAGTCAG----AG--CCGTTC 2329
Query 2336 ATAAATAGTACTCTACGTTACATCGAGTTTCAGAGACAGCAAGAAGATGGTGGCATGAAT 2395
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||
Sbjct 2330 ATAAATAGCACTCTGCGTTACATCGAGTTTCAGAGACAGCAAGA---TGG---CATGGAT 2383
Query 2396 GAGAAATACGAGAAAATCAAAATGGAATGGTTTGAATGAATTTATTTCTTGCATTCTGTT 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2384 GAGAAATACGAGAAAATCAAAATGGAATGGTTTGAATGAATTTCTTTCTTGCATTCTTTT 2443
Query 2456 AGGCAAATCATCAATAATCA-ATGGCTTCTCGTCTTGTTGCAGAAGCATGAAGAGTAATC 2514
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2444 TGGCACATCATCAATAATCATATGGCTTCTCGTCTTGTTGCAGAAGCATGAAGAGTAACC 2503
Query 2515 TTGAGAAATAAAACTTGTATCATTACTTTTCATTTCCTAGTTACACTCTCT--ACCAATA 2572
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2504 TTGAGAAATAAAACTTGTATCATTACTTTTCTTTTACTAGTTACACTCTCTCTACCAATA 2563
Query 2573 AACATGTTTGCAAAGT 2588
||||||||||||||||
Sbjct 2564 AACATGTTTGCAAAGT 2579
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97587207690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5