BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51480.1
Length=3338
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485499 jgi|Araly1|485499|fgenesh2_kg.5__1491__AT3G51480.1 4874 0.0
> Ahg485499 jgi|Araly1|485499|fgenesh2_kg.5__1491__AT3G51480.1
Length=3074
Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0
Identities = 2956/3105 (95%), Gaps = 37/3105 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 240 TCTGAGTGGTATGTTTAGTATTTGAAGGAGCTTCTCACTGTGATGTGGAAGTAATCATAT 299
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTGAGTGGTATGTTTGGTATTTGAAGGAGCTTCTGACCGTGATGTGGAAGTAATCATAT 60
Query 300 GAGATTAG-AAGTGGGTTGGGGGAAATATGAAGGATTTGAGTGAGTGAGAGTTGAATCTG 358
|||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 61 GAGATT-GAAAGTGGGTT-TGGGAAAGATGAAGGATTTGAGTGAGTGAGA---G----T- 110
Query 359 TGAGTACCATTACATAAAGAAGATCTCCACTTTACACCTACTATAATGGGCACTCAATTA 418
|| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 111 TG-G------------AAGAGGATCTCCACTTTGCACCTACTATAATGGGTACTCGATTA 157
Query 419 CTTCCTCCACCATTGCCTCATGCTTAGTGAGAGAAAGTGACAGG-AATCTCCTGAAATTG 477
|||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| || || || | || ||||
Sbjct 158 CTTCCTCCACCATTCCCTCACGCTTAAT--CAGAAAGTGACCGGAAAGCTTC-GATATTG 214
Query 478 AGAAGATGAAGTGGTTTCTGCTTATGCTCATCATCTGCAATGCTGTTCCT-TTACAAGGA 536
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||||
Sbjct 215 AGAAGATGAAGTGGTTTCTGCTTATGATCATCATCTGCGATGCAGTT-CTCTTACAAGGA 273
Query 537 CTCACCAAAATTGTCTCTGCGAGACCCCAAGTTGTGAACATCGGTTCGGTTTTCACATTT 596
||| |||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 274 CTCGCCAACAGTGTCTCCGAGAGACCCCAAGTTGTGAACATCGGCGCGGTTTTCACATTT 333
Query 597 AATTCTCTCATTGGTAAAGTCATCAAAGTTGCTATGGATGCTGCTGTTGAAGACGTCAAT 656
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 334 AATTCTCTCATCGGTAAAGTCATCAAAGTTGCTATGGATGCTGCTGTTGAAGACGTCAAT 393
Query 657 GCTAGCCCCAGCATTCTTAACACCACTACACTTAGGATCATCATGCATGACACCAAATAC 716
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 394 GCTAGCCCCAACATTCTTAACACCACTACACTTAAGATCATCATGCATGACACCAAATTC 453
Query 717 AATGGATTCATGAGCATCATGGAACCTCTGCAGTTCATGGAATCTGAGACAGTGGCCATA 776
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 454 AATGGATTCATGAGCATCATGGAACCTCTACAGTTCATGGAGTCTGAGACAGTGGCCATA 513
Query 777 ATTGGCCCTCAGAGATCTACGACCGCCCGTGTAGTAGCTCATGTTGCAACAGAACTAAAA 836
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 ATTGGCCCTCAGAGATCTACGACCGCCTGTGTAGTAGCTCATGTTGCAACAGAACTAAAA 573
Query 837 ATTCCTATACTATCCTTCTCTGCCACAGACCCTACTATGTCTCCTCTGCAGTTCCCTTTC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 ATTCCTATACTATCCTTCTCTGCCACAGACCCTACTATGTCTCCTCTGCAGTTCCCTTTC 633
Query 897 TTCATCAGAACTTCACAAAATGATCTCTTTCAGATGGCCGCCATAGCAGATATTGTTCAA 956
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 634 TTCATCAGAACTTCACAAAATGATCTCTTCCAGATGGCCGCCATAGCAGACATTGTTCAA 693
Query 957 TTCTATGGTTGGAGAGAGGTGGTAGCAATATACGGCGATGATGATTATGGCCGAAATGGG 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 694 TTCTATGGTTGGAGAGAGGTGGTAGCAATATACGGCGATGATGATTATGGACGAAATGGG 753
Query 1017 GTAGCTGCCTTGGGAGACAGGTTATCAGAGAAGCGCTGCAGAATCTCATACAAAGCAGCT 1076
||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 GTAGCTGCCTTGGGAGATAGGTTAGCGGAGAAGCGCTGCAGAATCTCATACAAAGCAGCT 813
Query 1077 TTGCCCCCCGC-ACCTACCAGAGAGAATATCACCGATTTGCTGATTAAGGTAGCTTTGAG 1135
|| |||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 TTACCCCCC-CAACCTACCAGAGAGAACATCACAGATTTGCTGATTAAGGTAGCTTTGAG 872
Query 1136 TGAGTCAAGGATTATCGTCGTTCACGCTTCTTTCATCTGGGGCCTAGAGTTGTTCAATGT 1195
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 873 TGAGTCAAGGATCATTGTCGTTCACGCTTCTTTCATCTGGGGCTTAGAGTTGTTCAATGT 932
Query 1196 GGCTCGGAATCTTGGTATGATGAGCACTGGTTATGTGTGGATTGCTACCAACTGGCTTTC 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 933 GGCTCGGAATCTTGGTATGATGAGCACTGGTTACGTGTGGATTGCTACAAACTGGCTTTC 992
Query 1256 TACAATTATAGACACAGACTCTCCTCTCCCATTGGACACCATAAATAACATTCAAGGGGT 1315
|||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 TACAATCATAGACACAGACTCTCCTTTGCCATTAGACACCATAAATAACATTCAAGGGGT 1052
Query 1316 CATTACACTGCGCCTGCACACTCCCAACTCTATCATGAAGCAGAACTTCGTTCAAAGGTG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 CATTACACTGCGCCTGCACACTCCCAACTCTATCATGAAGCAGAACTTCGTTCAAAGGTG 1112
Query 1376 GCATAACTTAACTCATGTTGGACTTAGCACTTATGCACTGTATGCTTATGACACTGTCTG 1435
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113 GCATAACTTAACTCATGTTGGACTGAGCACTTATGGACTGTATGCTTATGACACTGTCTG 1172
Query 1436 GCTGCTTGCTCAGGCGATTGATGATTTCTTCAAAAAAGGTGGAAACGTTTCCTTTTCGAA 1495
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1173 GCTGCTTGCTCACGCGATTGATGATTTCTTCCAAAAAGGTGGAAGCGTTTCCTTTTCGAA 1232
Query 1496 GAATCCGATTATATCTGAGCTTGGGGGTGGAAACTTGCACCTTGATGCTCTGAAAGTCTT 1555
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 GAATCCGATTGTATCTGAGCTTGGGGGTGGAAACTTGCACCTTGATGCTCTGAAAGTCTT 1292
Query 1556 TGATGGAGGAAAGATATTTCTTGAGAGCATCTTACAGGTTGATAGAATTGGCTTAACCGG 1615
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1293 TGATGGAGGCAAGATATTTCTTGAGAGCATCTTACAGGTTGATAGAATCGGCTTAACCGG 1352
Query 1616 TAGGATGAAGTTTACTAGTGACAGAAACCTTGTAAATCCAGCATTTGATGTGCTTAATGT 1675
||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 TAGGATGAAGTTTACCAGAGACAGAAACCTTGTAGATCCAGCATTTGATGTGCTTAATGT 1412
Query 1676 CATTGGCACTGGTTACACGACTATTGGTTACTGGTTTAATCATTCAGGCTTGTCTGTGAT 1735
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 CATTGGCACTGGTTACACGACCATTGGTTACTGGTATAATCATTCAGGCTTGTCTGTGAT 1472
Query 1736 GCCGGCTGACGAGATGGAGAACACATCTTTTTCGGGACAGAAGCTTCATAGTGTTGTCTG 1795
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1473 GCCGGCTGACGAGCTGGAGAACACATCTTTTTCGGGACAGAAGCTTCATAGTGTTATCTG 1532
Query 1796 GCCAGGACATTCAATAAAAATACCACGTGGCTGGGTGTTCTCGAACAATGGAAGGCATTT 1855
||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 GCCAGGACACACAATACAAATACCACGTGGATGGGTGTTCTCGAACAATGGAAGGCATTT 1592
Query 1856 GAGGATTGGAGTTCCAAATCGTTACAGGTTCGAAGAGGTAGTCTCAGTTAAAAGCAATGG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 GAGGATTGGAGTTCCAAATCGTTACAGGTTCGAAGAGGTAGTCTCAGTTAAAAGCAATGG 1652
Query 1916 GATGATCACTGGCTTCTGTGTGGATGTCTTCATTGCCGCTATTAACTTATTACCTTACGC 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 GATGATCACTGGCTTCTGTGTGGATGTCTTCATTGCCGCTATTAACTTATTACCTTACGC 1712
Query 1976 AGTCCCATTTGAGCTTGTAGCTTTTGGGAATGGTCATGACAACCCAAGTAACTCTGAGCT 2035
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1713 AGTCCCATTTGAGCTTGTAGCTTTCGGGAATGGTCATGACAATCCAAGTAACTCTGAGCT 1772
Query 2036 TGTGCGCTTGATAACGACTGGGGTCTATGATGCAGGTGTTGGTGATATCACCATCATAAC 2095
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1773 TGTGCGCTTGATAACGACTGGGGTCTACGATGCGGGTGTTGGTGATATCACCATCATCAC 1832
Query 2096 AGAGAGAACCAAAATGGCAGATTTTACTCAGCCGTATGTGGAGTCAGGGCTAGTGGTGGT 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 AGAGAGAACCAAAATGGCAGATTTTACTCAGCCGTATGTGGAGTCAGGGCTAGTGGTGGT 1892
Query 2156 GGCTCCTGTTCGGAAGTTGGGCTCCAGTGCTATGGCGTTCTTGAGGCCGTTCACACCCCA 2215
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 GGCTCCTGTTCGGAAGTTGGGTTCCAGTGCTATGGCGTTCTTGAGGCCGTTCACACCCCA 1952
Query 2216 GATGTGGCTTATTGCAGCTGCGTCTTTCCTCATAGTCGGTGCTGTCATTTGGTGTCTTGA 2275
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1953 GATGTGGCTTGTTGCAGCTGCATCTTTCCTCATAGTCGGTGCTGTCATTTGGTGTCTGGA 2012
Query 2276 GCACAAACACAATGACGAGTTTCGAGGCCCTCCTCGTAGACAAGTGATCACTACTTTCTG 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2013 GCACAAACACAATGACGAGTTTCGAGGCCCTCCTCGTAGACAAGTCATCACTACTTTCTG 2072
Query 2336 GTTTAGCTTTTCAACTCTTTTCTTCTCTCATAGAGAGACTACCACCAGCAACCTAGGAAG 2395
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2073 GTTCAGCTTTTCAACTCTTTTCTTCTCGCATAGAGAGACTACCACCAGTAACCTTGGAAG 2132
Query 2396 AATAGTGCTGATAATATGGCTATTCGTAGTTCTCATAATTAACTCTAGTTATACCGCAAG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2133 AATAGTGCTGATAATATGGCTATTCGTAGTTCTCATAATTAACTCAAGTTATACCGCAAG 2192
Query 2456 CCTCACGTCAATCCTCACAGTTCATCAGCTGTCTTCACCAATTAAAGGCATAGAAACTTT 2515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 CCTCACGTCAATCCTCACAGTTCATCAGCTGTCTTCGCCAATTAAAGGCATAGAAACTTT 2252
Query 2516 GCAAACAAACCATGATCCTATTGGGTATCCACAAGGCTCCTTTGTCAGAGACTATCTGAT 2575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2253 GCAAACAAACCATGATCCTATTGGGTATCCACAAGGCTCCTTTGTCAGAGACTATCTGGT 2312
Query 2576 CCACGAACTCAATATCCATGTGTCAAGACTTGTCCCTCTCCGGTCTCCAGAGGAATATGA 2635
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 CCACGAACTCAATATCCATGTTTCAAGACTTGTCCCCCTTCGGTCTCCAGAGGAATATGA 2372
Query 2636 TAAGGCCTTGAGAGATGGTCCTGGGAAAGGTGGTGTTGCGGCTGTTGTTGATGAACGTGC 2695
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2373 TAAGGCCTTGAGAGATGGTCCCGGGAAAGGTGGTGTTGCTGCTGTTGTTGATGAACGTGC 2432
Query 2696 TTACATAGAGCTTTTCCTCTCAAACAGATGTGAGTTCGGCATAGTTGGTCAAGAGTTCAC 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 TTACATAGAGCTTTTCCTCTCAAACAGATGTGAGTTCGGCATAGTTGGTCAAGAGTTCAC 2492
Query 2756 GAAAAACGGATGGGGATTTGCATTTCCGCGTAACTCGCCATTGGCTGTGGACGTCTCCGC 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493 GAAAAACGGATGGGGATTTGCATTTCCGCGTAACTCGCCATTGGCTGTGGACGTCTCCGC 2552
Query 2816 TGCAATTTTGCAGCTATCAGAAAATGGAGATATGCAGAGAATTCGGGACAAATGGTTGCT 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2553 TGCAATTTTGCAGCTATCAGAAAATGGAGATATGCAGAGAATTCGGGACAAATGGTTGCT 2612
Query 2876 TAGAAAAGCTTGCTCTCTGCAAGGCGCAGAGATAGAAGTGGATAGGCTGGAGCTTAAGAG 2935
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2613 TAGAAAAGCATGCTCTCTGCAAGGCGCAGAGATAGAAGTGGATAGGCTGGAGCTTAAGAG 2672
Query 2936 CTTTTGGGGATTATTTGTGGTGTGTGGAGTGGCATGTGTTCTTGCTCTTGCAGTGTATAC 2995
||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673 CTTTTGGGGGTTGTTTGTGTTGTGTGGAGTGGCATGCGTTCTTGCTCTTGCAGTGTATAC 2732
Query 2996 AGTGTTGATGATACGTCAGTTTGGAC-AGCAATGCCCTGAAGAAGCAGAAGGGTCGATCA 3054
||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2733 AGTGTTGATGATACGTCAGTTCAGACGA-CAATGCCCTGAAGAAGCAGAGGGGTCGATCA 2791
Query 3055 GGAGAAGAAGCTCACCATCCGCGCGTATCCACTCCTTTCTCTCCTTTGTAAAAGAGAAAG 3114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2792 GGAGAAGAAGCTCACCATCCGCGCGTATCCACTCCTTTCTCTCCTTTGTGAAAGAGAAAG 2851
Query 3115 AAGAAGACGCCAAGGCTAGGTCCTCTAGGGAAAGGCAGCTTGAAGATATCTCTGCAAATG 3174
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2852 AAGAAGACGCCAAGGCTCGGTCCTCTAGGGAAAGGCAGCTTGAAGATATCTCTGCTAATG 2911
Query 3175 GTTCAAGTCGCTGCAACTAAAGTATTTCCAGCAAATTAGTTGCACCAAAGAGACCTCATA 3234
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2912 GTTCAAGTCGCTGCAACTAAAGTAGTTCCAGAAAATTAATTGCACCAGAGAGACCTCATA 2971
Query 3235 ATGGCTCTAGTATGTACATA-TCCCTCTTTGTTGTTACACTGTTTGTATTTAATCTCCTG 3293
|||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2972 ATGGCTATAGTATGTAC-TAATCCCTCTTTGTTGCTACACTGTTTGTATTCAATCTCATG 3030
Query 3294 GTGATTTGACTTGTACAACaaaaaaataaaaaTTTGGTTAATGTC 3338
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3031 GTGATTTGACTTGTACAACAAAAAA-TAAAAATTTGGTTAATGTC 3074
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126008624203
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5