BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51490.2
Length=2582
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg898048 jgi|Araly1|898048|Al_scaffold_0005_2014 3509 0.0
> Ahg898048 jgi|Araly1|898048|Al_scaffold_0005_2014
Length=2193
Score = 3509 bits (1900), Expect = 0.0
Identities = 2117/2218 (95%), Gaps = 29/2218 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 236 ATGAGGAGTGTAGTGCTTGTTGCTTTAGCCGCTGCGATAGGGAATATGTTGCAGGGCTGG 295
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGAGTGTAGTGTTTGTTGCTTTAGCCGCTGCCATAGGGAATATGTTGCAGGGCTGG 60
Query 296 GACAATGCCACCATTGCAGGAGCTGTAATTTACATTAAGAAAGAATTTCATTTGGAGAAA 355
||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACAATGCCACCATTGCTGGAGCTGTAATTTATATAAAGAAAGAATTTCATTTGGAGAAA 120
Query 356 GAACCAAAGATAGAAGGACTGATCGTGGCAATGTCTCTCATTGGAGCCACTTTGATCACA 415
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAACCAAAGATAGAAGGACTGATCGTAGCAATGTCTCTCATTGGAGCCACTTTGATCACA 180
Query 416 ACTTTCTCTGGTCCTGTCTCTGACAAAGTAGGAAGGCGATCAATGCTTATACTCTCCTCT 475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTTCTCTGGTCCTGTCTCTGACAAAGTAGGAAGGCGTTCCATGCTTATACTCTCCTCT 240
Query 476 GTTCTCTATTTTCTGAGTAGCATTGTTATGTTTTGGTCTCCCAATGTCTACGTTCTCCTT 535
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTCTCTATTTTCTGAGTAGCATCGTTATGTTTTGGTCTCCCAATGTCTACGTTCTCCTT 300
Query 536 TTCGCAAGGCTTCTTGATGGTTTTGGGATCGGTTTAGCTGTCACTCTCGTCCCAATCTAC 595
||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCGCAAGGCTGCTTGATGGCTTTGGGATCGGTCTAGCTGTCACTCTCGTCCCAATCTAC 360
Query 596 ATCTCTGAGACCGCACCTTCTGAGATCAGAGGATTACTCAACACTTTCCCGCAGTTTTGT 655
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 ATCTCTGAGACTGCACCTTCTGAGATCAGAGGATTACTCAACACTTTCCCGCAGTTCTGT 420
Query 656 GGATCCGGTGGGATGTTTTTGTCGTATTGTCTTGTGTTTGGGATGTCGCTTCAAGAATCA 715
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGATCTGGTGGGATGTTTTTGTCATATTGTCTTGTGTTTGGGATGTCGCTTCAAGAATCA 480
Query 716 CCAAGCTGGAGGCTGATGCTTGGTGTTTTGTCAATTCCGTCCATTGCCTACTTTGTACTT 775
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCGAGCTGGAGGCTGATGCTTGGTGTTTTGTCAATTCCGTCCATTGCCTACTTTGTACTT 540
Query 776 GCGGCTTTCTTCTTGCCTGAATCTCCAAGGTGGCTTGTCAGCAAAGGCCGTATGGATGAA 835
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GCGGCTTTCTTCTTGCCTGAATCTCCCAGGTGGCTTGTCAGCAAAGGCCGGATGGATGAA 600
Query 836 GCTAGACAGGTTCTGCAGAGACTCCGTGGCAGAGAAGATGTTTCAGGCGAGCTTGCTCTG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTAGACAGGTTCTGCAGAGACTCCGTGGCAGAGAAGATGTTTCAGGCGAGCTTGCTCTG 660
Query 896 CTGGTTGAAGGGCTTGGGGTGGGAAAAGACACGTCGATAGAAGAATATGTGATTGGACCA 955
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTGGTGGAAGGGCTTGGGGTGGGAAAAGACACGTCGATAGAAGAATATGTGATTGGACCG 720
Query 956 GACAACGAGGAAAACGAGGGTGGAAATGAACTGCCGAGGAAAGATCAGATAAAACTATAT 1015
|||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GACAACGAAGAAAGCGAGGGTGGGCATGAGCTGCCGAGGAAAGATCAGATAAAACTATAC 780
Query 1016 GGTCCAGAGGATGGACAGTCATGGATGGCTAAGCCAGTGAAAGGACAGAGTTCTCTCGCA 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTCCAGAGGATGGACAGTCATGGATGGCTAAGCCAGTGAAAGGACAGAGTTCTCTCGCA 840
Query 1076 TTGGCTTCCCGACAAG-GCAGCATGTTACCGCGTGGCGGATCCCTCATGGACCCACTTGT 1134
||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGGCGTCCCGAC-AGAGCAGCATGTTACCGCGTGGCGGATCCCTCATGGACCCACTTGT 899
Query 1135 CACTCTCTTTGGTAGCATTCATGAGAATCTCCCTTCCGAGAACATGAACGCATCATCCCG 1194
|||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CACTCTCTTTGGTAGCATTCATGAAAAACTCCCTTCTGAAAACATGAACGCATCATCCCG 959
Query 1195 CAGCATGCTCTTCCCCAATATGGGAAGTATACTGGGAATGATGGGAAGGCAGGAGTCCCA 1254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 960 CAGCATGCTCTTCCCCAATATGGGAAGTATACTGGGAATGATGGGAAGACAGGAGTCCCA 1019
Query 1255 GTGGGATCCAGAGAGAAACAATGAAGATAGTTCTGACCAAGATGAAAACTTAAACAGTCC 1314
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1020 GTGGGATCCAGAGAGAAACAATGAAGATAGCTCTGACCAAGATGAAAACTTGAACAGTCC 1079
Query 1315 TCTGCTTTCTCCGCAAACCA---CTGAGCCGGATGACTACCACCAGCGGACCGTTGGTAC 1371
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TCTGCTTTCTCCGCCAACCACGTCTGAGCCGGATGACTACCACCAGCGGACCGTTGGTAC 1139
Query 1372 CATGCATAGGCGACAGAGCAGCTTGTTTATGGCAAACGTGGGTGAGACAGCGACGGCTAC 1431
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 CATGCAGAGGCGACAGAGCAGCTTGTTTATGGCAAACGTGGGTGAGACAGCGACAGCTAC 1199
Query 1432 AAGCATAGGCGGTGGATGGCAATTGGCGTGGAAGTATAATGACAAGGTTGGTGCAGATGG 1491
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AAGCATAGGCGGTGGATGCCAATTGGCGTGGAAGTATAACGACAAGGTTGGTGCAGATGG 1259
Query 1492 TAAGAGAGTCAATGGAGGGTTACAGAGAATGTATATTCACGAGGAAACCGCCAACAACAA 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TAAGAGAGTCAATGGAGGGTTACAGAGAATGTATATTCACGAGGAAACCGCCAACAACAA 1319
Query 1552 CACCAACAACATTCCTTTTTCGCGACGTGGATCACTTCTCTCCTTCCACCCAGAGGGTGA 1611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 1320 CACCAACAACATTCCTTTTTCGCGACGTGGATCACTTCTCTCCTTCCATCCAGAAGCTGA 1379
Query 1612 TGGTCATGATCAGGTGAATGGATACGTTCAGGCTGCTGCACTTGTGAGCCAAGCTTCGAT 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1380 TGGTCATGATCAGGTGAATGGATACGTTCAGGCTGCTGCACTTGTGAGCCAAGCTTCTAT 1439
Query 1672 GATGCCAGGAGGTAAAGGCGAGACCGCAATGTTGCCAAAGGAGGTTAAGGATGGTCCAGG 1731
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
Sbjct 1440 GATGCCAGGAGGTAAAGGCGAGACTGCAATGTTGCCAAAAGAGGTCAAGGATAGTCCAGG 1499
Query 1732 CTGGAGGGAGCTGAAAGAACCAGGGGTTAAGAGAGCTTTGATGGTTGGAGTTGGGCTTCA 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CTGGAGGGAGCTGAAAGAACCAGGGGTTAAGAGAGCTTTGATGGTTGGAGTTGGGCTTCA 1559
Query 1792 GATACTGCAACAGTTTGCAGGAATAAATGGAGTGATGTATTATACACCTCAAATATTGGA 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GATACTGCAACAGTTTGCAGGAATAAATGGAGTGATGTATTATACACCTCAAATATTGGA 1619
Query 1852 AGAAACAGGTGTGTCAAGTCTTTTGACAAACCTTGGAATAAGTGCAGAGTCTGCATCGCT 1911
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AGAAACAGGAGTGTCAAGTCTTTTGACAAACCTTGGAATAAGTGCAGAGTCTGCATCGCT 1679
Query 1912 TCTCATAAGCGCCTTAACCACACTCTTGATGCTTCCCTGCATTCTTGTCTCCATGAGGTT 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1680 TCTCATAAGCGCCTTAACCACACTCTTGATGCTTCCCTGCATTCTTGTTTCCATGAGGTC 1739
Query 1972 AATGGATGTAACTGGCAGAAGGTCTCTGATGCTTTCGACTATCCCCATTCTAATACTGTC 2031
| || | || | | | | | | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 --TC--TG-A--TG-C------T-T-T----C---C-ACTATCCCCATTCTAATACTGTC 1775
Query 2032 GCTGGTAACACTGGTGATAGGAAGCTTAGTGAATCTTGGAGGTTCAATAAACGCGTTGAT 2091
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 1776 GCTGGTAACACTGGTGATAGGAAGCTTGGTGAAGCTTGGAGGTACAACAAATGCGTTGAT 1835
Query 2092 ATCGACAGCAAGTGTTACGGTGTACCTAAGCTGTTTCGTGATGGGTTTTGGGGCAATTCC 2151
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1836 ATCGACAGCTAGTGTTACGGTGTACCTAAGCTGTTTCGTGATGGGTTTTGGGGCAATCCC 1895
Query 2152 AAACATCCTCTGCTCAGAGATATTCCCTACTTCTGTGCGCGGTCTCTGCATCACCATATG 2211
||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1896 AAACATCCTATGCTCAGAGATCTTCCCTACCTCTGTACGTGGTCTCTGCATCACCATCTG 1955
Query 2212 TGCCCTCACTTTCTGGATCTGTGACATAATCGTCACTTACACTCTCCCAGTCATGCTCAA 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 TGCCCTCACTTTCTGGATCTGTGACATAATCGTCACTTACACTCTCCCAGTCATGCTCAA 2015
Query 2272 ATCCATTGGCATCGCAGGAGTCTTTGGCATTTATGCAATCGTCTGTGCTGTCGCGTGGGT 2331
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2016 ATCCATTGGCATTGCGGGAGTCTTTGGCATTTATGCAATCGTCTGTGCTGTTGCATGGGT 2075
Query 2332 TTTTGTGTACCTCAAGGTACCAGAGACAAAGGGAATGCCCCTTGAAGTTATCTCTGAGTT 2391
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2076 TTTTGTGTACCTCAGGGTACCAGAGACAAAGGGAATGCCCCTTGAAGTTATCTCCGAGTT 2135
Query 2392 CTTCTCCGTCGGTGCAAAACAGCAAGACGCTGCAGCTTCATTTCTCTCTGATGGATGA 2449
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136 CTTCTCCGTCGGTGCAAAACAGCAAGACGCTGGAGCTTCATTTCTCTCTGATGGATGA 2193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97358666220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5