BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51550.1
Length=3123
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485507 jgi|Araly1|485507|fgenesh2_kg.5__1499__AT3G51550.1 4741 0.0
> Ahg485507 jgi|Araly1|485507|fgenesh2_kg.5__1499__AT3G51550.1
Length=3063
Score = 4741 bits (2567), Expect = 0.0
Identities = 2922/3089 (95%), Gaps = 41/3089 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 33 aaaatatctctgtcttctccaaaaactctctcCGATTTCATCGCTTAGGGTTTCTTCCCC 92
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAATATCTCTGTCTTCTCCAAAAACTCTCTCCGATTTCATCGCTTAGGGTTTCTTCCCC 60
Query 93 GATTCTTCAGATCTGAGAAGAAGATCTTCCCGGAGAAGTGCTCTTGATCGATGAAGATCA 152
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATTCTTCAGATCTGAGAAGAAGATCTTCCCGGAG-ACTGCTCTTGATCGATGAAGATCA 119
Query 153 CAGAGGGACGATTCCGtctctctcttcttcttcttcttcttctCATATCTGCAGCAACTT 212
| ||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 120 CGGAGGGACAATTCCG----TCTC-TC-TCTTCTTCTTC-TCT--TATCTGCAGCAACTT 170
Query 213 TAATCTCAGCTGCTGATTACTCTCCAACAGAGAAAATCCTATTGAATTGCGGTGGTGGTG 272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||
Sbjct 171 TAATCTCAGCTGCTGATTACTCTCCAACAGAGAAAATTTTGTTGAATTGC---GGTGGTG 227
Query 273 CTTCTAATCTAACCGACACAGATAACCGTATATGGATCTCCGATGTCAAATCAAAATTCT 332
||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 CTTCTGATCTCGTTGACACAGATAACCGTACATGGATCTCCGATGTCAAATCAAAATTCT 287
Query 333 TATCATCTTCCTC-TGAAGACTCTAAAACATCACCAGCGTTAACACAAGATCCTTCCGTT 391
|||| ||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TATCTTCTTCATCAT-CAGACTCCAAAACATCACCAGCGTTAACACAAGATCCTTCCGTT 346
Query 392 CCCGAAGTTCCTTACATGACGGCGAGAGTTTTCCGATCTCCTTTCACTTACACTTTCCCT 451
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 347 CCCGAAATTCCTTACATGACGGCGAGAGTTTTCCGATCTCCTTTCACTTATACTTTCCCT 406
Query 452 GTAGCATCAGGTCGTAAATTCGTGCGTCTCTACTTCTACCCAAACTCGTACGACGGTCTC 511
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 407 GTAGCATCAGGTCGTAAATTCGTGCGTCTCTACTTCTATCCAAATTCATACGACGGTCTC 466
Query 512 AACGCTACCAACTCGTTATTCTCCGTCTCCTTTGGTCCTTACACTCTTCTCAAGAA-TTT 570
|| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 467 AATGCTACGAACTCGTTGTTCTCTGTCTCCTTTGGTCCTTACACTCTTCTCAAGAACTTT 526
Query 571 CAGTGCTTCTCAGACGGCGGAGGCGTTGACTTACGCTTTCATCATCAAGGAGTTTGTTGT 630
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 -AGCGCTGCTCAGACGGCGGAGGCGTTGACTTACGCTTTCATCATCAAGGAGTTTGTTGT 585
Query 631 CAACGTTGAAGGTGGAACGTTGAACATGACGTTTACACCGGAATCAGCTCCGTCTAATGC 690
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 586 GAATGTTGAAGGTGGAACATTGAACATGACGTTTACACCGGAATCAACTCCGTCTAATGC 645
Query 691 GTATGCGTTTGTTAATGGGATTGAGGTTACTTCAATGCCTGATATGTATAGTAGTACTGA 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 646 GTATGCGTTTGTTAATGGGATTGAGGTTACTTCAATGCCTGATATTTATAGTAGTACTGA 705
Query 751 TGGGACTTTGACTATGGTTGGATCATCTGGC-TCTGTTACTATTGATAACAGTACTGCTC 809
|||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 706 TGGGACTTTGACGATGGTGGGATCATCT-ACTTCTATTACTATTGACAACAGTACTGCTC 764
Query 810 TTGAGAATGTGTATAGGCTCAATGTTGGAGGGAATGATATCTCGCCTTCCGCGGATACGG 869
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 765 TTGAGAATGTTTATAGGCTTAATGTTGGAGGGAATGATATCTCGCCTTCTGCCGATACGG 824
Query 870 GTTTGTATAGGTCGTGGTATGATGATCAGCCTTATATATTTGGTGCAGGACTTGGTATTC 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 825 GTTTGTATAGGTCGTGGTATGATGATCAGCCTTATATATTTGGTGCAGGACTTGGGATTC 884
Query 930 CAGAGACTGCTGATCCCAACATGACGATTAAGTATCCTACGGGGACTCCTACTTATGTTG 989
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 885 CAGAGACTGCTGATCCTAACATGACCATTAAGTATCCTACGGGGACTCCTACGTATGTTG 944
Query 990 CTCCTGTGGATGTTTATTCAACCGCGAGGTCTATGGGTCCAACAGCTCAGATCAATCTCA 1049
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 945 CTCCTGTCGATGTTTATTCAACCGCTAGGTCGATGGGTCCAACAGCTCAAATCAATCTCA 1004
Query 1050 ACTACAATCTTACTTGGATTTTCAGCATTGACTC-TGGTTTCACTTACCTTGTTAGACTT 1108
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1005 ACTACAATCTTACTTGGATTTTCAGCATTGACTCGGGGTTT-ACTTACCTTGTTAGGCTT 1063
Query 1109 CATTTCTGTGAGGTTTCTTCGAATATCACTAAGATCAACCAACGGGTGTTTACAATCTAC 1168
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 CATTTCTGTGAGGTTTCTTCCAACATCACTAAGATCAACCAACGGGTGTTTACAATCTAT 1123
Query 1169 CTCAACAATCAAACTGCTGAGCCTGAAGCTGATGTGATTGCTTGGACTAGTTCAAACGGG 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 CTCAACAATCAAACTGCTGAGCCTGAAGCTGATATTATTGCTTGGACTAGTTCAAACGGG 1183
Query 1229 GTTCCGTTTCACAAGGATTACGTGGTGAATCCTCCAGAGGGAAATGGACAGCAAGATTTG 1288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1184 GTTCCGTTTCACAAGGATTACGTGGTGAATCCTCCAGTGGGAAATGGACAGCAAGATATG 1243
Query 1289 TGGCTTGCTCTTCATCCTAACCCAG-TTAACAAGCCGGAGTATTATGATTCTCTTCTTAA 1347
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1244 TGGCTTGCTCTTCATCCTAACCC-GATTAACAAGCCGGAGTATTATGATTCTATTCTTAA 1302
Query 1348 TGGAGTGGAGATATTCAAGATGAATACTTCTGATGGTAATCTGGCTGGTACCAATCCTAT 1407
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||
Sbjct 1303 TGGAGTAGAGATATTCAAGATGAATACATCTGATGGTAATTTGGCAGGTCCCAATCCTAT 1362
Query 1408 ACCTGGTCCACAGGTGACTGCTGATCCATCTAAAGTCCTACGCCCGACTACTAGGAAATC 1467
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| || |||||||
Sbjct 1363 ACCTGGTCCACAGGTGACTGCAGATCCATCCAAAGTCCTAAGCCCAACTTCTGGGAAATC 1422
Query 1468 GAAAAGCAATACGGCTATTATTGCAGGCGCAGCCAGTGGTGCAGTTGTTCTGGCCCTTAT 1527
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1423 AAAAAGCAATACGGCTATTGTTGCAGGCGCAGCCAGTGGTGCGGTTGTTCTGGCCCTTAT 1482
Query 1528 CATTGGGTTT-TGTGTGTTTGGTGCTTACCGCAGACGTAAGCGTGGTGATTACCAGCCTG 1586
|| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 CA-TCGGTTTCTGTGTGTTTGGTGCTTACCGCAGACGTAAGCGTGGTGATTACCAGCCTG 1541
Query 1587 CTAGTGATGCAACATCAGGGTGGCTTCCACTATCTCTGTATGGAAACTCACATTCTGCTG 1646
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 CAAGTGATGCAACATCAGGGTGGCTTCCACTTTCTCTGTATGGAAACTCACATTCTGCTG 1601
Query 1647 GCTCGGCGAAGACAAACACAACAGGAAGTTATGCCTCGTCCCTTCCGTCAAATCTTTGCC 1706
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GCTCGGCCAAGACAAACACAACAGGAAGTTATGCCTCTTCCCTTCCGTCAAATCTTTGCC 1661
Query 1707 GTCACTTCTCGTTTGCTGAGATCAAAGCTGCCACTAAAAACTTTGATGAGTCCCGGGTGC 1766
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 GTCACTTTTCGTTTGCTGAGATTAAAGCAGCCACTAAAAACTTTGATGAGTCCCGGGTGC 1721
Query 1767 TTGGTGTTGGTGGTTTCGGCAAGGTTTACAGAGGAGAGATTGATGGCGGAACTACAAAGG 1826
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TTGGTGTTGGAGGTTTTGGCAAGGTTTACAGAGGAGAGATTGATGGCGGAACTACAAAGG 1781
Query 1827 TAGCCATCAAGAGAGGCAACCCAATGTCCGAGCAAGGTGTACATGAGTTCCAGACTGAGA 1886
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1782 TAGCCATCAAGAGAGGAAACCCAATGTCTGAGCAAGGTGTACACGAGTTCCAGACTGAGA 1841
Query 1887 TTGAAATGCTTTCAAAGCTTAGACATCGTCATCTTGTGTCCTTGATTGGATACTGTGAAG 1946
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TTGAAATGCTTTCAAAGCTTAGACACCGTCACCTTGTGTCCTTGATTGGATACTGTGAAG 1901
Query 1947 AGAACTGCGAAATGATCTTAGTCTATGATTACATGGCTCATGGTACAATGAGGGAGCATC 2006
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 AGAACTGCGAAATGATCTTAGTGTATGATTACATGGCTCATGGTACAATGAGGGAGCATC 1961
Query 2007 TCTACAAAACCCAGAATCCTTCTCTTCCATGGAAGCAACGTCTTGAGATATGCATTGGAG 2066
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1962 TCTACAAAACCCAGAATCCTTCTCTTCCGTGGAAGCAACGTCTTGAGATATGCATCGGGG 2021
Query 2067 CAGCCCGAGGTTTACACTATCTACACACTGGTGCAAAACACACAATCATCCATAGAGATG 2126
||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2022 CAGCCCGGGGCTTGCATTATCTACACACTGGTGCAAAACACACAATCATCCACAGAGATG 2081
Query 2127 TGAAGACAACAAACATTCTATTGGATGAGAAATGGGTGGCCAAGGTCTCTGATTTTGGTC 2186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2082 TGAAGACAACAAACATTCTATTGGATGAGAAATGGGTGGCCAAGGTCTCTGATTTCGGGC 2141
Query 2187 TATCGAAGACTGGTCCTACACTAGACCACACACACGTAAGCACAGTTGTGAAAGGAAGTT 2246
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2142 TCTCAAAGACTGGTCCTACACTAGACCACACACACGTAAGCACGGTCGTGAAAGGAAGTT 2201
Query 2247 TCGGTTATCTTGACCCAGAGTATTTCAGACGGCAGCAACTGACTGAGAAATCCGATGTCT 2306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TCGGTTATCTTGACCCAGAGTATTTCAGACGGCAGCAACTGACTGAGAAATCCGATGTCT 2261
Query 2307 ACTCCTTTGGCGTTGTTCTATTCGAAGCTCTATGCGCTCGTCCAGCCTTGAACCCAACAC 2366
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2262 ACTCCTTTGGCGTCGTTCTATTCGAAGCCCTATGCGCACGGCCAGCCTTGAACCCAACAC 2321
Query 2367 TTGCAAAGGAACAAGTGAGCTTAGCTGAGTGGGCACCATACTGCTACAAGAAAGGCATGC 2426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 TTGCAAAGGAACAAGTGAGCTTAGCTGAGTGGGCACCATACTGCTACAAGAAAGGCATGC 2381
Query 2427 TAGATCAAATCGTTGATCCCTACCTCAAGGGCAAGATCACACCAGAATGCTTCAAAAAGT 2486
| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2382 TTGATCAAATAGTCGATCCCTATCTCAAGGGCAAGATCACACCTGAATGCTTCAAAAAGT 2441
Query 2487 TTGCTGAAACCGCGATGAAGTGTGTTCTAGACCAGGGCATTGAGAGACCATCAATGGGAG 2546
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 TTGCTGAAACCGCGATGAAGTGTGTACTAGACCAGGGCATTGAGAGACCATCAATGGGAG 2501
Query 2547 ATGTTCTGTGGAACTTAGAATTTGCGTTGCAGCTCCAGGAAAGCGCAGAAGAGAACGGAA 2606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2502 ATGTTCTGTGGAACTTAGAATTTGCGTTGCAGCTCCAGGAAAGCGCAGAGGAGAGCGGAA 2561
Query 2607 AAGGAGTATGCGGTGACATGGACATGGATGAGATTAAGTACGATGATGGAAACTGTAAAG 2666
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2562 AAGGAGTGGGCGGTGACATGGACATGGATGAGATTAAGTACGATGATGGCAACTGTAAAG 2621
Query 2667 GAAAGAACGACAAGAGTTCTGATGTGTATGAAGGGAATGTGACGGACTCGAGGAGCAGTG 2726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 GAAAGAACGACAAGAGTTCTGATGTGTATGAAGGGAATGTGACGGACTCGAGGAGCAGTG 2681
Query 2727 GAATAGATATGAGCATCGGTGGTAGGAGTTTGGCCAGCGAAGATTCAGATGGACTCACTC 2786
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 GAATAGACATGAGCATCGGTGGTCGGAGTTTGGCCAGCGAAGATTCAGATGGACTCACTC 2741
Query 2787 CAAGTGCTGTGTTTTCTCAGATCATGAATCCAAAGGGACGTTAGAGAAGTCTTATAACAC 2846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2742 CAAGTGCTGTGTTTTCTCAGATCATGAATCCAAAGGGACGTTAGAGA-GTCTTAAAACAC 2800
Query 2847 GGTACAAC-ACTAC-TACCTTTCTAAACCGGCTCCATCCAAAGGAGACCGGTTCGTTTCT 2904
|||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2801 GGTACA-CTACTACCTACCTTTCTAAACCGGCTCCATCCAAAGGAGACGGGTTCGTTTCT 2859
Query 2905 Cttttttatattttttttcctcttaactatttattattattctctttgctgttatttatt 2964
| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2860 CCTTTTTATATTTTTT--C-TCTTAACTATTTATTATTATTCTCTTTGCTGTTATTTATT 2916
Query 2965 tagaattttggatttgtgtatttgATGC--C-ACGATGGAGAGTGTAAAAAATAATGTAt 3021
|||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2917 TAGAATTTTGGATT-GTGTATTTGATACTACCACGATGGAGAGTGTAAAAAATAATGTAT 2975
Query 3022 tttttttt----CTTCTTTCTACAAAAACATTAAACATGAATCGCGTCAATGTACTATTT 3077
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2976 TTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTACAAAA-CATTAAACATGAATCGCGTCAATGTACTATTT 3034
Query 3078 GGTTTGTTATCTATAACGTTTTTGGTAAT 3106
||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3035 CGTTTGTTATCTATAACGCTTTTGGTAAT 3063
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117965488765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5