BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51570.1
Length=3681
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485509 jgi|Araly1|485509|fgenesh2_kg.5__1501__AT3G51570.1 4464 0.0
> Ahg485509 jgi|Araly1|485509|fgenesh2_kg.5__1501__AT3G51570.1
Length=3588
Score = 4464 bits (2417), Expect = 0.0
Identities = 2655/2772 (96%), Gaps = 7/2772 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGAGGCCTCTTCCTCTTCCGAGGTAAAAGCACTTCCTTTGCCGCCGCAGCATCAA 60
|||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGAGGCCTC-T--TCTTCCCAGGTCAAAGCACTTCCCTTGCCACCGCAGCATCAA 57
Query 61 GTGTTTGTAAATTTCAGAGGAGAAGAGTTGCGGAACAGCTTTGTTAGCCATCTCAGAAGT 120
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 58 GTGTTTGTCAATTTCAGAGGAGAAGAGCTGCGGAACAGCTTCGTTAGCCATCTCAGAAGT 117
Query 121 GCATTGGTTAGGCATGGGGTCAACATCTTCATAGACACGAATGAGGAAAAAGGTAAACCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 118 GCATTGGTTAGGCATGGGGTCAACATCTTCATAGACACGAATGAGCAGAAAGGTAAACCT 177
Query 181 TTACATGTGTTTTTCCAGAGGATTGAAGAGTCGAGGATCGCTTTGGCCATTTTTTC-CGT 239
|||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 178 TTACATGTCTTTTTCGAGAGGATTGAAGAGTCGAGGATCGCTTTGGCCATTTTTTCTC-T 236
Query 240 TAGGTACACCGAATCGAAATGGTGCTTGAACGAGCTAGTGAAGATGAAGGAATGCATGGA 299
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TAGGTACACCGAGTCGAAATGGTGCTTGAACGAGCTGGTGAAGATGAAGGAATGCATGGA 296
Query 300 CAAGGGAAAGCTCCTCATCATTCCCATTTTCTACAAGGTTAAAGCATACGAAGTTCGGTA 359
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CAAGGGAAAACTCCTCATCATTCCCATCTTCTACAAGGTTAAAGCATACGAAGTTCGGTA 356
Query 360 TCAGAAGGGACGGTTTGGTTGTGTTTTCAAGAATTTGCGCAATGTTGATGTTCACAAGAA 419
||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 357 TCAGAAGGGACGGTTCGGTTATGTATTCAAAAATTTGCGCAATGCTGATGTTCACCAGAA 416
Query 420 AAACCAGTGGTCTGAAGCTTTGAGCTCTGTTGCAGACCGGATCGGCTTCTCCTTTGATGG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 417 AAACCAGTGGTCTGAAGCTTTGAGCTCTGTTGCAGACCGGATCGGCTTCCCCTTCGATGG 476
Query 480 AAAGAGCGACGAGCACAACTTCATCAATGGTATTGTTGAAGAGGTTAAAGAAGCGCTGAG 539
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AAAGAGCGACGAGAACAACTTCATCAATGGTATTGTTGAAGAGGTTAAAGAAGCGCTGAG 536
Query 540 CAAGATTTTGTTGGACAAAACCAAAGATGCTTTCGTCTATCATTCGAAAAACAATTCAAT 599
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 537 CAAAATTTTGTTGGACAAAACCAAAGATGCTTTCTTCTATCATTCGAAAAACACTTCAAT 596
Query 600 GTCCGTAGGAAGAGAAAAGCACGAGATTTATGGACTCAAACAACGGTTAGAAGAATTAAA 659
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 597 GTCCTTAGGAAGAGAAAAGCATGAGATTTATGGACTCAAACAACGGTTAGAAGAATTGAA 656
Query 660 GGAGAAGCTAGATCTTGATTGTGAGGAGACTCGGATTTTGGGAGTTGTTGGGATGCCCGG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GGAGAAGCTAGATCTTGATTGTGAGGAGACTCGGATTTTGGGAGTTGTTGGGATGCCCGG 716
Query 720 TATTGGTAAAACCACTCTTGCAAGGGAGATTTATGAAACTTTGCGGTGCAAGTTCTTAAG 779
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TATTGGTAAAACTACTCTTGCAAGGGAGATATATGAATCTTTGCGGTGCAAGTTCTTAAG 776
Query 780 GCATGGATTAATCCAAGATATTCGTAGAACATCGAAGGAGCACGGGTTGGATTGCTTGCC 839
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 GCATGGGTTAATCCAAGATATTCGTAGAACATCGAAGGAGCTCGGGTTGGATTGCTTGCC 836
Query 840 TGCATTACTCTTGGAAGAGTTACTCGGTGTGACAATTCCAGACATAGAATCTACTCGATG 899
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGCATTACTCTTGGAAGAGTTACTCGGTGTGAGAATTCCAGACATAGAATCTACTCGATG 896
Query 900 TGCATATGAATCTTACAAGATGGAACTACATACACATAAAGTTCTTGTTGTTCTCGACGA 959
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TGCATATGAATCTTACAAGATGGAACTATATACGCATAAAGTTCTTGTTGTTCTCGACGA 956
Query 960 TGTGAGTGACAAGGAACAGATAGATGTTCTTCTGGGGAGATGCAACTGGATTAGGCAGGG 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 957 TGTGAGTGACAAGGAACAGATAGATGTTCTTCTGGGGAGATGCGACTGGATTAGGCAGGG 1016
Query 1020 AAGCAGGATTGTCATTGCAACAAGCGACAAATCACTAATACAAGATGTGGCTGACTATAC 1079
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AAGTAGGGTTGTCATTGCAACAAGCGACAAATCACTAATCCAAGATGTGGCTGACTATAC 1076
Query 1080 TTATGTTGTCCCACAGTTGAACCACAAAGACGGCTTAGGTCACTTTGGGCGTTATGCCTT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTATGTTGTCCCACAGTTGAACCACAAAGACGGCTTAGGCCACTTTGGGCGTTATGCCTT 1136
Query 1140 TGATCGTCATTCCAACATACACAACAATGAAGTCATCATGAAGCTATCGAAAGAGTTTGT 1199
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1137 CGATCATCATTCCAACATACACAACAATGAAGTCATCATGAAGCTATCAAAAGAGTTTGT 1196
Query 1200 GCATTATGGTAGAGGTCATCCACTCGTTCTAAAGTTGTTGGGGGCAGATCTTAATGGGAA 1259
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GCATTATGGTAGAGGTCATCCACTTGTTCTAAAGTTGTTGGGGGCAGATCTTAATGGGAA 1256
Query 1260 AGACGAGGACCATTGGAAAACAAAATTGGCTACACTAGCAGAAAATTCCAGCCATAGTAT 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 AGACGAGGACCATTGGAAAACAAAATTGGCTACACTTGCAGAAAATTCCAGCCAGAGTAT 1316
Query 1320 TCGAGATGTGTTACAAGTAAGTTATGATGAACTGAGTCAAGTGCATAAAGATATATTTCT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TCGAGATGTGTTACAAGTAAGTTATGATGAGCTGAGTCAAGAGCATAAAGATATATTTCT 1376
Query 1380 CGACATAGCTTGTTTTAGATCGGAAGATGAGAGTTACATTGCTAGTCTACTGGATTCATC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CGACATAGCTTGTTTTAGATCGGAAGATGAGAGTTACATTGCTAGTCTACTGGATTCATC 1436
Query 1440 TGAAGCTGCAAGTGAAATAAAAGCTCTCATGAATAAATTCATGATTAATGTTTCCGAGGA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1437 TGAAGCTGCAAGTGAAATAAAAGCTCTCATGAATAAATTCATGATTAATGTTTCTGAGGA 1496
Query 1500 CCGAGTAGAGATGCATGATTTGCTATATACTTTCGCTAGGGAACTTTGCCGAAGAGCATA 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CCGAGTAGAGATGCATGATTTGCTATATACTTTCGCCAGGGAACTTTGCCGAAGAGCATA 1556
Query 1560 TGCTCAAGATGGAAGGGAGCCACATAGGTTGTGGCACCACCAAGACATAACTGATGTGCT 1619
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 CACTCAAGATAGAAGGGGGCCACATAGGTTGTGGCACCACCAAGACATAACGGATGTGCT 1616
Query 1620 AAAGAACATAGAGGAAGGCGCAGAAGTCAGAGGGATTTTCCTAAACATGAATGAAATGAA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AAAGAACATAGAGGAAGGCGCAGAAGTCAGAGGGATTTTCCTAAACATGAATGAAATGAA 1676
Query 1680 GAGGGAGATGAGCTTAGACAGTTGCACTTTCAAATCGATGTGTGGTCTCCGATACCTCAA 1739
||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1677 GAGAGAGATGAGCTTAGACAGTTGCACTTTCAAACCAATGCACGGTCTCCGATACCTCAA 1736
Query 1740 GATCTATAGCTCACATTGTCCTCAGCAATGTAAGCCTAACAATAAGATAAACCTCCCTGA 1799
|||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1737 GATCTATAGCTCTCATTGCCCTCAGCAATGTAAACCTAACAATAAGATAAACCTTCCTGA 1796
Query 1800 TGGGCTAAACTTCCCACTGAAAGAGGTTCGCTATCTCCACTGGCTAGAGTTCCCATTGAA 1859
||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1797 TGGACTAAACTTCCCACTGAACGAGGTCCGATATCTCCACTGGCTACAGTTCCCATTGAA 1856
Query 1860 GGAAATTCCACCAGATTTCAACCCGCAAAATCTTGTCGACCTTAAGCTTCCCCACAGCAA 1919
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GGAAATTCCACCAGATTTCAACCCTCGAAATCTTGTCGACCTTAAGCTTCCCCACAGCAA 1916
Query 1920 GATTGAACGAATCTGGAGTGATGATAAGCATAAGGATACACCAAAATTAAAGTGGGTCAA 1979
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GATTGAACGAATCTGGAGTAATGATAAGGATAAGGATACACCAAAATTAAAGTGGGTCAA 1976
Query 1980 TCTCAGTCATTCAAGTAACTTGTGGGACATT-TCGGGGTTATCAAAGGCTCAACGTCTTG 2038
||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1977 TCTCAATCATTCAAGTAACTTGTGGGAC-TTGTCGGGGTTATCAAAGGCTCAAAGTCTTG 2035
Query 2039 TTTTCCTAAATCTAAAAGGGTGTACAAGTCTCAAGTCTCTTCCGGAGATAAATTTAGTCT 2098
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TTTTCCTAAATCTAAAAGGGTGCACAAGTCTCAAGTCTCTTCCGGAGATAAATTTAGTCT 2095
Query 2099 CTTTAGAAATTCTCATCCTCAGCAACTGCTCAAACCTTAAGGAATTCCGGGTGATCTCAC 2158
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CTTTGGAAATTCTCATCCTCAGCAACTGCTCAAACCTTAAAGAATTCCGGGTGATCTCAC 2155
Query 2159 AAAATCTAGAAACTCTATACTTGGATGGCACTTCAATTAAAGAACTTCCTTTGAACTTCA 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 AAAATCTAGAAACTCTATACTTGGATGGCACTTCAATAAAAGAACTTCCTTTGAACTTCA 2215
Query 2219 ATATACTCCAGAGACTTGTTATATTGAATATGAAAGGATGCGCGAAGCTGAAGGAGTTTC 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ATATACTCCAGAGACTTGTTATATTGAATATGAAAGGATGCACGAAGCTGAAGGAGTTTC 2275
Query 2279 CGGATTGTCTCGATGACTTGAAAGCTCTTAAAGAACTGATACTCTCAGATTGTTGGAAGC 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2276 CGGATTGTCTCGATGACTTGAAAGCTCTTAAAGAATTGATACTCTCAGATTGTTCGAAGC 2335
Query 2339 TCCAAAATTTTCCGGCAATCTGTGAAAGAATCAAGGTTTTAGAGATATTAAGATTGGATA 2398
||||||| ||||| |||||| | ||||| || | |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2336 TCCAAAAATTTCCTGCAATCCGCGAAAGCATTATGGTTTTAGAGATATTACGATTGGATG 2395
Query 2399 CTACAACCATAACAGAGATTCCGATGATATCGTCGTTACAATGTTTATGCTTAAGCAAGA 2458
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2396 CTACAACCATAACAGAGATTCCAATGATATCGTCGTTACAATGTTTATGCTTCAGTAAGA 2455
Query 2459 ATGATCACATCAGCTCCCTTCCAGATAACATCAGCCAACTTTCTCAACTAAAATGGTTGG 2518
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2456 ATGATCAGATCAGCTCCCTTCCAGATAACATCAGCCAACTTTTTCAACTAAAATGGTTGG 2515
Query 2519 ACTTGAAGTATTGTAAGAGTCTTACATCTATTCCAAAGCTTCCACCAAATCTTCAACACT 2578
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 ACTTGAAGTATTGTAAGAGACTTACATCTATTCCAAAGCTTCCACCAAATCTTCAACACT 2575
Query 2579 TAGATGCACACGGCTGTTGCTCACTTAAGACAGTCTCGAATCCACTGGCATGTCTTACTA 2638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2576 TAGATGCACACGGCTGTTGCTCACTTAAGACAGTCTCGAATCCACTGGCATGCCTTACTA 2635
Query 2639 CGGCTCAACAGATTTATTCTACATTCATCCTCACGAACTGCAACAAACTCGAAAGGAGTG 2698
| |||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 CAACTCAACAGATTTATTCAACATTCATTTTCTCTAACTGCAACAAACTCGAAAGGAGTG 2695
Query 2699 CTAAAGAAGAAATATCTTCCTTTGCTCAAAGGAAATGTCAGCTACTTTTAGATGCACAAA 2758
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 CAAAAGAAGAAATATCTTCCTTTGCTCAAAGGAAATGTCAGCTACTTTTAGATGCACAAA 2755
Query 2759 AGCGCTGCAATG 2770
||||||||||||
Sbjct 2756 AGCGCTGCAATG 2767
Score = 1267 bits (686), Expect = 0.0
Identities = 781/826 (95%), Gaps = 9/826 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2859 TTCTGATTCGGAGCCTTTGTTCAGTATATGCTTTCCTGGAAGTGAACTACCTTCATGGTT 2918
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2769 TTCTGATTCGGAGCCTTTGTTCAGTATTTGCTTTCCTGGAAGTGAACTACCTTCATGGTT 2828
Query 2919 CTGTCATGAAGCTGTTGGACCTGTATTAGAGCTCAGAATGCCTCCACATTGGCATGAAAA 2978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2829 CTGTCATGAAGCTGTTGGACCTGTATTAGAGCTCAGAATGCCTCCACATTGGCACGAAAA 2888
Query 2979 TAGGCTTGCCGGTGTAGCTCTATGTGCTGTTGTCACATTTCCAAAATCTCAAGAACAAAT 3038
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2889 TAGGCTTGCCAGTGTAGCTTTATGTGCTGTTGTCTCGTTTCCAAAATCTGAAGAACAAAT 2948
Query 3039 CAACTGTTTTTCAGTGAAATGCACATTCAAACTAGAAGTAAAAGAAGGGTCGTGGATCGA 3098
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2949 CAACTGTTTTTCGGTGAAATGCACATTCAAACTAGAAGTAAAAGAAGGGTCGTGGATCGA 3008
Query 3099 ATTTTCATTCCCAGTTGGAAGATGGAGTAATCAGGGCAATATAGTTGCGAATATTGCATC 3158
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 3009 ATTTTCATTCCCAGTTGGAAGATGGAGTAATCAGGACAATATAGTTGAGACTATTGCATC 3068
Query 3159 AGAGCATGTCTTTATTGGGTATATCAGCTGTTCAAAGATCTTTAAACGTCTTGAAAACCA 3218
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3069 AGAGCATGCCTTTATTGGGTATATCAGTTGTTCAAAGATCTTTAAACGTCTTGAAAACCA 3128
Query 3219 GTATTTTAGCAGCTCTAATCCTACAAGATCCACGCAATCTAGTAAATGTAGTCCTACTAA 3278
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3129 GCATTTTAGCAGCTCTAATCCTACAAAATCCACGCAATCTAGTAAATGTAGTCCTACTAA 3188
Query 3279 GGCCTCTCTTAATTTTATGGTCATAGATGGTACGAGTGAGCTACCGAGAATCGAAGTGCT 3338
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3189 GGCCTCCCTTAATTTTATGGTCATAGATGGTAAGAGTGAGATACCGAGAATCGAAGTGCT 3248
Query 3339 CAAGTGTGGCTTAAGGTTTTTCAAAGGTGTTGGGAGCAGTGGAAATTATTTAAAGAAGTT 3398
|||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3249 CAAGTGCGGCTTAAGGTTTTTTGAAGGTGCTGGGAGCAGTGGAAATTATTTAAAGAAGTT 3308
Query 3399 GGAAGTGAAAGAAGCTGAACAAAATCTAAGTGCTGAAAAAGTGTCAGAAGATTGGACGTA 3458
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3309 GGAAGTGAAAGAAGCTGAACAAAATCTAAGTGCTGTAAAAGTGTCAGAAGATTGGACGTA 3368
Query 3459 TGGATCAAGTAGCAGATGCAACCATGCTGTCAAAACATGTCCAGAACAGAGGCAAGTGAC 3518
|||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3369 TGGATCAAGTAGTAGATGCACCCATGTTGTCAAAACATGTCCAGAACAGAGCCAAGAGAC 3428
Query 3519 AGTCACCGCAGAGGTTGAAGCTTCTCCTGAAAAAGCTGACAATGCAGAATTTCAAATCAA 3578
||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3429 AGTTACCACAGAGGTTGAAGCTTCACCTGAAAAAGCTGACAATGCAGAATTTCAAATCAA 3488
Query 3579 GATCA-C-CCC-ACGTGAAGCTCAACCACAACCACAACCACGCCCATGTTCAAAAACTTT 3635
|||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 3489 TATCATCACCCCACGTGAAGCTCAACCACAACCAC------GCCCATGTGCGAAAACTTC 3542
Query 3636 GAAATGGGCATGTTTTACTTGTTGTGACTTCCAAAAACATCTATGA 3681
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3543 GAAATGGGTATGTTTTACTTGTTGTGACTTCCAAAAACATCTATGA 3588
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139062371742
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5