BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G51620.2
Length=2809
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485514 jgi|Araly1|485514|fgenesh2_kg.5__1506__AT3G51620.2 4290 0.0
> Ahg485514 jgi|Araly1|485514|fgenesh2_kg.5__1506__AT3G51620.2
Length=2631
Score = 4290 bits (2323), Expect = 0.0
Identities = 2530/2632 (96%), Gaps = 6/2632 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 176 tttggttagtttttag---gtttttgttgtttttC-ATGGCTGCGGATCTCGATGATTTG 231
|||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGGTTAGTTTTTAGTTTTTTTTTTTTGTATTTCAATGGCCGCGGATCTCGATGATTTG 60
Query 232 GAAGAAGAGAGTTCTTCCTCATTATCACCACCGCTTCTTCCGCCGCCTCGGTCTCCGTTG 291
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 GAAGAAGAGAGTTCGTCCTCATTGTCACCACCGCTTATTCCGCCGCCTCGGTCTCCGTCG 120
Query 292 AATCAGCCGGAGTTGTGGATGAGAGTTGAGGAAGCAACCCGTGAAATTATAGAGCAGGTT 351
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AATCAGCCGGAGTTTTGGATGAGAGTTGAGGAAGCAACCCGTGAAATTATAGAGCAGGTT 180
Query 352 CATCCAACTCTTGTCTCCGAGGATCGACGAAGAGATGTGATTCTATATGTTCAAAAACTT 411
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CATCCAACACTTGTGTCCGAGGATCGACGAAGAGATGTGATTCTATATGTTCAAAAACTT 240
Query 412 ATCAGAATGACACTTGGATGCGAGGTACATTCTTTTGGATCGGTTCCATTGAAAACGTAT 471
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCAGAATCACACTTGGATGCGAGGTACATTCTTTTGGATCGGTTCCATTGAAAACGTAT 300
Query 472 CTTCCTGATGGAGACATTGATCTCACTGCTTTTGGTGGGCTGTATCATGAGGAAGAACTG 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTCCTGATGGAGACATTGATCTCACTGCTTTTGGTGGGCTGTATCATGAGGAAGAACTG 360
Query 532 GCTGCCAAAGTTTTTGCTGTACTTGAGAGGGAAGAGCATAACTTGTCCTCCCAATTTGTG 591
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||
Sbjct 361 GCCGCCAAAGTTTTCGCTGTACTTGAGAGGGAAGAACATAACGTGTCTTCCCATTTTGTG 420
Query 592 GTTAAGGATGTGCAGTTAATACGGGCTGAGGTCAAGCTTGTTAAATGTCTGGTGCAAAAC 651
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTAAGGATGTGCAGTTAATACGGGCTGAGGTTAAGCTTGTTAAATGTCTGGTGCAAAAC 480
Query 652 ATCGTGGTTGATATCTCTTTCAATCAGATTGGTGGGATTTGCACCCTCTGCTTTCTCGAG 711
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 481 ATCGTTGTTGATATCTCTTTCAATCAGATTGGTGGGATTTGTACTCTCTGCTTTCTCGAG 540
Query 712 AAGATTGATCACCTCATTGGAAAGGACCATCTCTTTAAGCGAAGTATCATACTAATTAAA 771
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AAGATCGATCACCTCATTGGAAAGGACCATCTCTTCAAGCGAAGTATCATACTAATTAAA 600
Query 772 GCTTGGTGCTACTATGAGAGCCGTATTCTCGGGGCTTTCCATGGATTAATATCAACATAT 831
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTTGGTGCTACTACGAGAGCCGTATTCTCGGGGCTTTCCATGGATTAATATCAACATAT 660
Query 832 GCTTTGGAGACATTGGTCTTATATATCTTCCATCTGTTCCACTCATCATTGAATGGACCA 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GCTTTGGAGACATTGGTCTTATATATCTTCCATCTGTTTCACTCATCATTGAATGGTCCA 720
Query 892 CTAGCAGTTCTATACAAATTTTTGGACTACTTCAGCAAGTTTGACTGGGATAGCTATTGC 951
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 721 CTAGCAGTTCTATACAAATTTTTGGACTACTTCAGCAAGTTTGACTGGGATAACTATTGC 780
Query 952 ATTAGCCTGAATGGTCCTGTCTGCCTTTCCTCTCTACCAGATATTGTTGTTGAGACTCCG 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTAGCCTGAATGGTCCTGTCTGCCTTTCCTCTCTACCAGAAATTGTTGTTGAGACTCCG 840
Query 1012 GAAAATGGAGGGGAAGATCTTCTGCTGACCAGTGAGTTCCTCAAGGAATGTCTGGAGATG 1071
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 841 GAAAATGGGGGGGATGATCTTCTGCTGACCAGTGAGTTCCTCAAGGAATGTATGGAGATG 900
Query 1072 TACTCTGTACCATCACGAGGATTTGAGACAAACCCACGCGGGTTTCAATCAAAGCATCTT 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TACTCTGTACCATCACGAGGATTTGAGACAAACCAACGTGGGTTTCAATCAAAGCATCTT 960
Query 1132 AATATAGTCGATCCGCTTAAAGAAACTAACAATCTTGGACGCAGCGTAAGCAAAGGTAAC 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AATATAGTCGATCCGCTTAAAGAAACTAACAATCTTGGACGCAGCGTAAGCAAAGGTAAC 1020
Query 1192 TTTTATCGTATACGAAGTGCATTCACATATGGTGCTCGGAAGCTTGGGCAACtttttttG 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1021 TTTTATCGTATACGAAGTGCATTCACATATGGTGCTCGGAAGCTTGGGCAAATTTTTTTG 1080
Query 1252 CAGTCAGATGAAGCCATAAGTTCTGAGCTTCGTAAGTTCTTCTCTAACATGCTACTCAGG 1311
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1081 CAGTCAGATGAAGCCATAAAATCTGAGCTTCGTAAGTTCTTCTCTAACATGTTACTCAGG 1140
Query 1312 CATGGGAGTGGCCAGAGGCCCGATGTCCATGATGCTATTCCATTTTTAAGGTACAACAGG 1371
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1141 CATGGGAGTGGCCAGAGGCCCGATGTCCTTGATGCTGTTCCATTTGTAAGGTACAACAGG 1200
Query 1372 TACAATGCCATATTGCCAGCTTCCAACCATTTCCAAGAAGGCCAAGTGGTTAATGAATCA 1431
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1201 TACAATGCCCTATCACCAGCTTCCAACCATTTCCAAGAAGGCCAAGTGGTTTATGAATCA 1260
Query 1432 GAATCCTCCAGTTCGTCTGGTGCTACTGGAAATGGTAGACATGACCAAGAAGACTCGTTG 1491
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAATCCTCCAGTTCTTCTGGTGCTACTGGAAATGGTAGACATGACCAAGAAGACTCGTTG 1320
Query 1492 GATGCAGGAGTAAGTATACCGAGTACAACTGGGCCTGATTTAAGTGGATCACCTGGTGAA 1551
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GATGCAGGAGTAAGTATATCGAGTACAACTGGGCATGAATTAAGTGGATCACCTGGTGAA 1380
Query 1552 ACAGTGCCTTCGGTTTCAGAGGAACGATTTTCGGGAGACGCAAAAGACTTGGCTACTTTG 1611
|||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACAGCCCCATCGGTTTCAGAGGAACGATTTTCGGGTGACGCAAAAGACTTGGCTACTTTG 1440
Query 1612 AGGATCCAAAAGTTAGAGATTTCCGATGATGCAATGAAATCTCCGTGCCTTAGTGATAAG 1671
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AGGATCCAAAAGCTAGAGATTTCCGATGATGCAATGAAATCTCCGTGCCTTAGTGATAAG 1500
Query 1672 GAAAGTGACTCTCCTTTGAATGGTAAGCATCATTCTTTTAATCAGATGAGAAATGGAGAA 1731
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GAAAGTGTCTCTCCTTTGAATGGTAAGCATCATTCTTTTCATCAGATGAGAAATGGAGAA 1560
Query 1732 GTTTTAAATGGAAACGGGGTGGGGAAACAGCAAGAGAATTCCTGGCATACTGGTTCCAGA 1791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1561 GTTTTAAATGGAAACGGGGTGGGGAAACAGCAAGAGAATTCCTGGCTTGCTGATTCCAGA 1620
Query 1792 AGAGTTAAAGATATACATATTAATGAGAATGAGAATGAGCATGTTGGTTATGAAGACCTG 1851
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1621 AGAGTTAAAGATATACATAGTAATGAGAATGAGAACGAGCATGTTGGTCATGAAGACCTG 1680
Query 1852 CCATTCGCAAGTGCAGTACCTTGGCCACAGGAGGACATGCATCTCCACTACTCAGGTCAT 1911
|| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CCGTTTACAGGTGCAGTACCTTGGCCACAGGAGGACATGCATCTCCACTACTCAGGTCAT 1740
Query 1912 TGTGTTTCTGGCACTCCGAATATGCTGTCTGACCTCTCAGGCGATTACGAGAGTCAGCTT 1971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TGTGTTTCTGGCACTCCGAATATGCTGTCTGACCTCTCAGGCGATTACGAGAGTCAGCTT 1800
Query 1972 AACAGTTTGCGATTTGGTCGCTGGTGGTTTGATTATGTCCAAAATGGTCCTATGTCTCCA 2031
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AACAGTTTGCGATTTGGGCGCTGGTGGTTTGATTATGTCCAAAATGGTCCTATGTCTCCA 1860
Query 2032 CTATCACCTCCTGGGCTGCCTCAGCTGCCGAACAACAATTCATGGGAAGTAATGCGGCAT 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1861 CTATCACCTCCTGGGCTGCCTCAGCTGCCGAACAACAATTCATGGGAAGTAATTCGGCAT 1920
Query 2092 GCTCTGCCATTCAGACGAAATGCGCCCACTCCAGTAAATGCAAATGGAGTTGTTCCGAGA 2151
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GCTCTGCCATTCAGGCGAAATGCGCCAACTCCAGTAAACGCCAATGGAGTTGTTCCGAGA 1980
Query 2152 CAGGTTTTCTTTCATGTGAACCCTCAGATGATTCCAGGTCCTGGTTTTGGTATCGAGGAA 2211
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CAGGTTTTTTTTCATGTGAACCCTCAGATGATTCCAGGTCCTGGTTTTGGTATCGAGGAA 2040
Query 2212 TTACCTAAGCCACGAGGAACTGGAACATACTTCCCCAATGCGAACCATTACAGGGATAGA 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 TTACCTAAGCCACGAGGAACTGGAACATACTTCCCCAATGCGAACCATTACAGGGATAGA 2100
Query 2272 CCGTTCTCCCCAAGAGGAAGGAACTCACACCAAGCTAGGTCGCCGCGTAACAATGGCCGA 2331
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CCGTTCTCCCCAAGAGGAAGGAGCTCACACCAAGCTAGGTCGCCGCGTAACAATGGCCGA 2160
Query 2332 AGCATG-TCACAAGCGCACTCAGAAATGAATTTTCCTGACAGAAACACCCGTGAGAGACA 2390
|||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2161 AGCATGGT-ACAGGCGCACTCAGAAATGAATTTTCCTGACAGAAACACTCGTGAGAGACA 2219
Query 2391 GCTTCATTATCCCAACCAAACAAATGGTTCATGCGATATGAGTCACACTGATTCACTTGA 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GCTTCATTATCCCAACCAAACAAATGGTTCATGTGATATGAGTCACACTGATTCACTTGA 2279
Query 2451 TAGCTTTCCTGATACCAATGGCTCTACAAATCATCCATATGAAAAGGCTCCAGACTTTAG 2510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2280 AAGCTTTCCTGATACCAATGGCTCTACAAATCATCCATATGAAAAGGCTCCAAATTTTAG 2339
Query 2511 GCCTACAGAGCCTCTACCAGTGGAAGTACTCTCCCCTCCTGAGGACAGCAAGCCAAGAGA 2570
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2340 GCCTACGGAGCCTCTACCAGTGGAAGTACTCTCCCCTCCTGAGGGCAGCAAGCCAAGAGA 2399
Query 2571 TAGCATTGAAGGTCATCATAATCGGCCACATCGTCCAAAACCTAGACCCTCCTCAACACA 2630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||
Sbjct 2400 TAGCATTGAAGGTCATCATAATCGGCCACATCGTCCAAAATCTATACCGTCATCCACACA 2459
Query 2631 GGAAGAACGGGTAACACCTACACAGTCATACCATTTGACGGATGATGATGAGTTCCCTCC 2690
|||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2460 GGAAGATCGGGTAACGCCTACGCAGTCATACCATTTGACAGATGATCATGAGTTCCCTCC 2519
Query 2691 TTTGTAGCTCTGGCCTGAATTACAAATGCATGCTCTCTAGACCGTTATAGGAACAGGTAT 2750
||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 TTTGTAGCTGTGGTCTGAATTACAAACGCTTGCTCTCTAGACCGTTATAGGAACAGGTAT 2579
Query 2751 AGTTTTCTAACTTGGTTTGTCTCCTAAGTTATTTGTTTTTACCTCCTGCAAG 2802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AGTTTTCTAACTTGGTTTGTCTCCTAAGTTATTTGTTTTTACCTCCTGCAAG 2631
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106005151835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5