BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G52140.4
Length=4765
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938089 jgi|Araly1|938089|scaffold_502280.1 4815 0.0
> Ahg938089 jgi|Araly1|938089|scaffold_502280.1
Length=4201
Score = 4815 bits (2607), Expect = 0.0
Identities = 2847/2959 (96%), Gaps = 32/2959 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1525 AGGATATTACGAGACAGGGCACTTTACAAAGTGTCTTCTGATTTTGTCGATGCAGCACTT 1584
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1272 AGGATCTTACGTGACAGGGCACTTTACAAAGTGTCTTCTGATTTTGTCGATGCAGCGCTT 1331
Query 1585 AACGGAGCTATTGGAGTAATCAGCCGGTGTATACCACCCATAAACCCAACTGATCCAGAG 1644
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 AACGGAGCTATTGGTGTAATCAGCCGTTGTATACCACCCATAAACCCAACTGATCCAGAG 1391
Query 1645 TGTTTGCACATGTATGTGCACAACAACATCTTTTTCAGTTTTGCTGTTGATGCCGACATT 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 TGTTTGCACATGTATGTGCACAACAACATCTTTTTCAGTTTTGCTGTTGATGCCGACATT 1451
Query 1705 GAACAGCTCTCCAAGAAACGTCCATCTAATCAAATGACGGAGAAGGTGTCCTCATCTGAA 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GAACAGCTCTCCAAGAAACGTCCATCTAATCAAGTGACGGAGAAGGTGTCCTCATCTGAA 1511
Query 1765 AAGGTTTCATGCACAGAAGGAACCTGCGATAATGAAGAGCATAACAACTGTAATGAGGCG 1824
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1512 AAGGTTTCATGCACAGATGCAACCTGCGATAATGAAGAGCATAACAGCTGTAATGAGGCG 1571
Query 1825 CCACTTGTTGAGAATGAGCAGGCTACGTATGCCTCTGCAAACAATGATTTGAAAGGCACA 1884
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 CCACTTGTTGAAAATGAGCAGGCAACGTATGCCTCTGCAAACAATGATTTGAAAGGCACA 1631
Query 1885 AAATTATATCAAGAAGCTGATGTCCCAGGGCTATATAATCTGGCAATGGCCATTATTGAT 1944
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AAGTTATATCAAGAAGCAGATGTCCCAGGGCTATATAATCTGGCAATGGCCATTATTGAT 1691
Query 1945 TACAGAGGCCATAGGGTTGTTGCTCAGAGTGTTCTACCGGGAATCCTTCAAGGGGATAAA 2004
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 TACAGAGGGCATAGGGTTGTTGCTCAGAGTGTTCTACCGGGAATCCTTCAAGGGGATAAA 1751
Query 2005 TCAGATGCGCTTTTGTACGGTTCAGTCGACAATGGCAAGAAAATATGCTGGAATGAAGAT 2064
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 TCAGATGCGCTTTTGTATGGTTCAGTCGACAATGGCAAGAAAATATGCTGGAATGAAGAT 1811
Query 2065 TTTCATGCTAAGGTGCTAGAGGCCGCAAAGCTTCTTCACATTAAGGAACATTCTGTTATC 2124
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 TTTCATGCTAAGGTGCTAGAGGCTGCAAAGCTTCTTCACATTAAGGAACATTCTGTTATT 1871
Query 2125 GATGCATCCGAAACTGTCTTTAAGTTGGCTGCACCAGTAGAGTGCAAAGGGATTGTTGGG 2184
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1872 GATGCATCCGAAACTGTCTTCAAGTTGGCTGCGCCAGTAGAGTGCAAGGGGATTGTTGGG 1931
Query 2185 AGTGATAACAGGCATTATCTCTTGGACTTGATGAGAGTGACACCTCGTGATGCCAATTAT 2244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1932 AGTGATAACAGGCATTATCTCTTGGACTTGATGAGAGTGACGCCTCGTGATGCCAATTAT 1991
Query 2245 ACGGGCCCAGAGTCACGCTTTTGTGTCCTAAGACCAGAACTGATCACATCATTTTGCCAG 2304
||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 ACGGGTCCAGAGTCCCGCTTTTGTGTTCTAAGACCAGAACTGATCACATCATTTTGCCAG 2051
Query 2305 GCCGAATCATTGGAAAAATCAAAATTTAAAACCAAGGCTGATGAAGGGGGC-GATGATTC 2363
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2052 GCCGAATCATTGGAAAAATCGAAATTGAAAACCAAGACTGATGAA-GGGGCGGATGATTC 2110
Query 2364 TTCTAATGTTAGTGCTGATACTTCTAAAGTTGGTGATGCATTGATCGATGGAGAGGCAAA 2423
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2111 TTCTAATGTTAGTGCTGATATTTCTAAAGTTGGTGATACATTGATCGATGGAGAGGAAAA 2170
Query 2424 TGGGGCTTCAAATTCTGATCAGAAATCTATTTCAGACAAGCAAAATACCACTGCCGAAGA 2483
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2171 TGGGGCTTCAAATTCTGATCAGAAAACTATTTCAGACAAGCAAAATACCACCACCGAAGA 2230
Query 2484 TTATGCAGCCGGGTCT-TCTGAAAGTTCCAAATCATGTGATCAAATAGCATTTAACCCCA 2542
|| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TTCTGCAGCCGGGT-TGTCTGAAAGTTCCAAATCATGTGATGAAATAGCATTTAACCCCA 2289
Query 2543 ATGTCTTCACTGACTTCACATTAGGTGGCAATCAAGAGGAGATAGCTGCTGATGAAGAAA 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 ATGTCTTCACTGACTTCACATTAGGTGGCAATCAAGAGGAGATAGCTGCTGATGAAGAAA 2349
Query 2603 ATGTGAAGAAAGTTAGCTCATACCTTGTGGATGTGGTCCTTCCAAAGTTTATAGAAGATC 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2350 ATGTGAAGAAAGTTAGCTCATACCTTGTGGATGTGGTTCTTCCAAAATTTATAGAAGATC 2409
Query 2663 TTTGCACTCTCGAAGTTTCTCCAATGGATGGTCAGACTTTGACAGAAGCACTCCATGCTC 2722
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2410 TTTGCAGTCTCGAAGTTTCTCCAATGGATGGTCAGACTTTGACTGAAGCACTCCATGCTC 2469
Query 2723 ATGGTGTTAATGTTCGTTACATTGGAAGAGTTGCTAATGGGGTGAAGCATTTGCCTCATT 2782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 ATGGTGTTAATGTTCGTTACATTGGAAGAGTTGCTAATGGGGTGAAGCATTTGCCTCATT 2529
Query 2783 TGTGGGACCTTTGTCTGAATGAGATTACTGTAAGATCCGCAAAGCACATTTTGAAGGACA 2842
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2530 TGTGGGATCTTTGTCTGAATGAGATTACTGTAAGATCCGCGAAGCACATTTTGAAGGACA 2589
Query 2843 TTCTAAGAGATATAGAGGATCACGATATTGGATCAGCAGTCTCACATTTCCTCAATTGTT 2902
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 TTCTAAGAGACATAGAGGATCATGATATTGGATCAGCAGTCTCACATTTCCTCAATTGTT 2649
Query 2903 TCTTTGGAAACTATCAAACTGCTGGGGGAAAAGCTAGCGCCAACAGCTCTACTGCCAAAA 2962
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2650 TCTTTGGAAACTATCAAGCTGCTGGGGGAAAAGCT---------AG------TGCCAAAA 2694
Query 2963 ATCAAAAGAAGTTCTTTGGAGCCGATCAACCCATCACCAAGAAGGGTCAAGGAAGAGGGA 3022
|||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 ATCAAAAG-A---------AG--GATCAACCCATCACAAAGAAGGGTCAAGGAAGAGGGA 2742
Query 3023 AGGGAAAAGCTTCTTCAAAGAAAAGTTTTTCATCGTATATGATGGTTGACTCCAACATTC 3082
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2743 AGGGAAAATCTTCTTCAAAGAAAAGCTTTTCATCGTATATGATGGTTGACTCCAACATTC 2802
Query 3083 TATGGTCTGACATTCAGGAATTTGCCAAAGCGAAATATGAGTTTGAGTTGCCCGAGCTAT 3142
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2803 TATGGTCTGACATTCAGGAATTTGCCAAAGCTAAATATGAGTTTGAGTTGCCTGAGCTAT 2862
Query 3143 CAAGAACTACCGCTAAAAAAGTATCTGTTCTTCGTAATCTTTGCCAAAAGGTTGGTGTCA 3202
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 CAAGAACTACGGCTAAAAAAGTATCTGTTCTTCGTAATCTTTGCCAAAAGGTTGGTGTCA 2922
Query 3203 GTATTGCTGCTCGCAAATACGACTTCAGTGCAAACACGCCTTTTGAGACGTCAGATATTT 3262
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 GTATTGCTGCACGCAAATACGACTTCAGTGCAACCTCGCCTTTTGAGACGTCAGATATTT 2982
Query 3263 TGGATCTTCGGCCCGTAATTAAGCACTCCGTCCCTGTATGCTCTGAGGCTAAAGATCTTG 3322
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2983 TGGATCTTCGGCCCGTAATTAAGCACTCTGTCCCTGTATGCTGTGAGGCTAAAGATCTTG 3042
Query 3323 TTGAGATGGGGAAGGTCCAACTGGCTGAGGGCATGCTTAGTGAATCCTACACGTTCTTTT 3382
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 TTGAGATGGGAAAGGTCCAACTGGCTGAGGGCATGCTTAGTGAATCCTACACGTTCTTTT 3102
Query 3383 CAGAGGCATTTTCGATACTTCAACAGGTGACTGGTCCAATGCACAGGGAAGTTGCAAACT 3442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103 CAGAGGCATTTTCGATACTTCAACAGGTGACTGGTCCAATGCACAGGGAAGTTGCAAACT 3162
Query 3443 GCTGCAGGTACCTGGCTATGGTTTTGTACCATGCAGGAGATATGGCTGGGGCCATAATGC 3502
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3163 GCTGCAGGTACCTGGCCATGGTTTTGTACCATGCAGGAGATATGGCTGGGGCCATAATGC 3222
Query 3503 AGCAACACAAGGAACTCATTATTAATGAGCGATGCCTTGGTTTGGACCATCCTGATACTG 3562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3223 AGCAACACAAGGAACTCATTATTAATGAGCGATGCCTTGGTTTAGACCATCCTGATACTG 3282
Query 3563 CCCATAGCTATGGCAATATGGCTCTTTTCTACCATGGACTGAATCAGACAGAACTTGCTC 3622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 CCCATAGCTATGGCAATATGGCTCTTTTCTACCATGGACTGAATCAGACAGAACTTGCTC 3342
Query 3623 TACAAAACATGGGTCGAGCCTTGCTTCTACTTGGCCTTTCATCTGGCCCTGACCATCCAG 3682
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3343 TACAGAACATGGGTCGAGCCTTGCTTCTCCTTGGCCTTTCATCTGGCCCTGATCATCCAG 3402
Query 3683 ATGTTGCAGCTACATTTATAAATGTTGCCATGATGTATCAAGACATGGGCAAAATGGACA 3742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403 ATGTTGCAGCTACATTTATAAATGTTGCCATGATGTATCAAGACATGGGCAAAATGGACA 3462
Query 3743 CAGCTCTACGTTATCTTCAAGAGGCTTTGAAGAAAAATGAGAGACTTCTTGGTCCTGAAC 3802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 CAGCTCTACGTTATCTTCAAGAGGCTTTGAAGAAAAATGAGAGACTTCTTGGTCCTGAAC 3522
Query 3803 ACATTCAGACTGCAGTATGCTACCACGCTCTTGCCATTGCGTTCAACTGTATGGGTGCAT 3862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3523 ACATTCAGACTGCAGTATGCTACCACGCTCTTGCCATTGCGTTCAACTGTATGGGCGCAT 3582
Query 3863 TCAAGCTCTCACACCAGCATGAGAAGAAAACATACGACATACTTGTTAAACAATTGGGAG 3922
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3583 TCAAGCTCTCACACCAGCATGAGAAGAAAACCTACGACATACTTGTTAAACAATTGGGAG 3642
Query 3923 ACGATGATTCTAGGACACGAGACTCTCTAAATTGGATGAAGACGTTTAAGATGCGTGAGC 3982
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3643 ACGATGATTCTAGGACACGAGACTCTCTAAACTGGATGAAGACGTTTAAGATGCGTGAGC 3702
Query 3983 TTCAGATGACTGCACAAAAGCAGAAAGGACAGGCAGCTAATGCAGCCAACACGCAAAAGG 4042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3703 TTCAGATGACTGCACAAAAGCAGAAAGGACAGGCAGCCAATGCGGCCAACACGCAAAAGG 3762
Query 4043 CTATCGATCTCCTAAAGGCACATCCAGACCTGATACATGCGTTCCAAAACGCAGCTGCTA 4102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3763 CTATCGATCTCCTAAAGGCACATCCAGACCTGATACATGCGTTCCAAAACGCAGCAGCTA 3822
Query 4103 CTGGGAGGACAAATGCACTGAACTCTGCTGTCCTTGGGGAGACTCAACCACGGGGCAGAG 4162
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3823 CTGGGAGGTCAAATGCACTGAACTCGGCTGTCCTTGGGGAGACTCAACCACGGGGCAGAG 3882
Query 4163 GTTTTGATGAAAGAGCAGCTCGTGCTGCAGCTGAAGTTAGGAAGAAAGCAGCTGCAAAGG 4222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3883 GTTTTGATGAAAGAGCAGCTCGTGCTGCAGCTGAAGTTAGGAAGAAGGCAGCTGCTAAGG 3942
Query 4223 GGCTACTGGTTCGCCCCCAGGGTGGTGTTCCAGTTCAAGCCATGCCACCGCTCTCTCAGC 4282
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 3943 GGCTACTGGTTCGCCCCCAGGGTGGTGTTCCAGTACAAGCCATGCCACCACTCTCTCAAC 4002
Query 4283 TCCAAAACATGATCAATACCGCCACAGTTTCGTCTGAGAAAGGTGGAGAAAACGGGGAGG 4342
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 4003 TCCAAAACATGATCAATACCGCCACAGATTCGTCTGAGAAAGGTGGAGAAAATGGGGAAG 4062
Query 4343 CAAAGGTACAAGAGAAGAAAGAATCCTCTGAAAATGGGAAAACAGAAAACCTGGCTCCTG 4402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4063 CAAAGGTACAAGAGAAGAAAGAATCCTCTGAAAATGGAAAAACAGAAAACCTGGCTCCTG 4122
Query 4403 CAGGATTAGGTGCTGGTTTAACATCTTTGGATAAGAAGAAGCAAAAAGCCAAAAAATAAG 4462
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4123 CAGGATTAGGTGCTGGTTTAACATCTTTGGATAGGAAGAAGCAAAAAGCCAAAAAATAAG 4182
Query 4463 AAACAGTAGG-ATCTTGAA 4480
||| |||||| ||||||||
Sbjct 4183 AAAAAGTAGGGATCTTGAA 4201
Score = 1958 bits (1060), Expect = 0.0
Identities = 1222/1293 (95%), Gaps = 40/1293 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 200 AAATGGCTGGGAAGTCGAACAAATCGAAGGCCAAGAGAGCGGCTCAGAGCACTACCACCA 259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 19 AAATGGCTGGGAAGTCGAACAAATCGAAGGCCAAGAGAGCGGCTCAGAGCTCTACCACCA 78
Query 260 ATTCCACTACTGATGTTAAATCCGAtgctcctgctcctcctgttgctgctactgttcctg 319
||| ||||||||||| || | ||| | |||| | ||| |
Sbjct 79 ATT---CTACTGATGTT-AA----A------------TCC-GATGCT-C--CTG----T- 109
Query 320 ctactgctccggttactgctgctgctgctccggttgctactgctgctgctccggttactg 379
| ||||||||||||||||| | ||| | | ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 110 C-ACTGCTCCGGTTACTGC--C-CCTGTTAC---TGCCCCTGCTACTGCTCCGGTTACTG 162
Query 380 ctccCGATAATGGCACC-CTCACTGCTGTTGACTCTGCGGTGCCTGAAGCCAATGAAGTT 438
|||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 163 CTCCCGATAACGGCACCGC-CAATGCTGTTGACTCTGCGGTGTCTGAAGCCAATGAAGTT 221
Query 439 GCTCCTACGATTCCTAAGGCTGACGAAAGTGAGTCACAAGTTGAAAATAACGATGCCCAA 498
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||
Sbjct 222 CCTCCTACGATTCCTAAGGCTGACGAAAGTGAATCACAAGTAGCAAACAACGATGCCCAA 281
Query 499 CCCAAGCAAGGTGAACTCCGTCTTTATCCTGTGTCTGTCAAAACACAAAGTGGGGGTAAA 558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 282 CCCAAGCAAGGTGAACTCCGTCTTTATCCTGTGTCTGTCAAAACACAAAGTGGGGGTAAA 341
Query 559 ATGGAGCTTCAATTGAACCCTGGAGACTCTGTGATGGATATAAGGCAGTTCCTCCTTGAT 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 ATGGAGCTTCAATTGAACCCTGGAGACTCTGTGATGGATATAAGGCAGTTCCTCCTTGAT 401
Query 619 GCTCCAGAGACGTGCTACTTCACTTGTTATGAGTTGTTACTCCGCAATAAAGATGGAGAG 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 GCTCCAGAGACGTGCTACTTCACTTGTTATGAGTTGTTACTCCGCAATAAAGATGGAGAG 461
Query 679 ACTCATCATTTGGAAGACTACAATGAGATCTCTGAAGTAGCTGACATCACCATTGGTGGT 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 462 ACTCATCATTTGGAAGACTACAATGAGATCTCTGAAGTAGCTGACATCACCCTTGGTGGT 521
Query 739 TGCTCCTTGGAAATGGTTGCAGCATTGTATGATGATAGATCTATCAGAGCGCATGTTCAC 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 TGCTCCTTGGAAATGGTTGCAGCATTGTATGATGATAGATCTATCAGAGCGCATGTTCAC 581
Query 799 CGTGCCAGAGATCTTTTGTCTCTTTCAACACTTCACTCTT-CTCTATCAACAACACTTGC 857
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 582 CGTGCCAGAGATCTTTTGTCGCTTTCAACACTTCACTCTTCCT-TATCAACAACACTTGC 640
Query 858 CTTGCAGTATGACGCAGCACTGAACAAAGTTCAGAACCCTGGAGATAAACCAAAGTCTGA 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 641 CTTGCAGTATGACGCAGCACTGAACAAAGTTCAGAACCCCGGAGATAAACCAAAGTCTGA 700
Query 918 CGTTCCAGAGCTGGAATGTTTGGGTTTTATGGAAGATGTGCCTGGCTCTCTCAAGAAGTT 977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 701 CGTTCCAGAGCTGGAATGTTTGGGTTTTATGGAAGATGTGCCTGGCTCTCTCAGGAAGTT 760
Query 978 AATAAATTCTACATCAGAAGAGATCAGATCTGTGGAAAACATTGTGTTCTCATCGTTCAA 1037
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 AATAAATTCTACATCAGAAGAGATCAAATCTGTGGAAAACATTGTGTTCTCATCGTTCAA 820
Query 1038 CCCTCCTCCAAGCCACAGAAGGCTTGTAGGAGATCTAATATATTTAGATGTTGTGACCTT 1097
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 821 CCCTCCTCCAAGCCACAGAAGGCTTGTAGGAGATTTAATATATTTGGATGTTGTGACCTT 880
Query 1098 GGAAGGTAACAAGTACTGCATAACAGGCACAACCAAAACATTTTATGTTAATTCCAGCTC 1157
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 GGAAGGTAACAAGTACTGCATTACAGGCACAACAAAAACATTTTATGTTAATTCCAGCTC 940
Query 1158 AGGGAATATTCTCGATCCAAGACCAAGTAAATCTGGATTTGAAGCAGCTACGCTGATTGG 1217
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 941 AGGGAATATTCTCGATCCAAGGCCAAATAAATCTGGACATGAAGCAGCTACGCTGATTGG 1000
Query 1218 ACTATTACAAAAGCTTAGCTCTAAGTTTAAAAAAGCTTTCCGTGAAGTCATGGAAAAGAA 1277
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 ACTATTGCAAAAACTTAGCTCTAAGTTTAAAAAAGCTTTCCGTGAAGTCATGGAAAAGAA 1060
Query 1278 AGCCTCTGCTCATCCGTTTGAAAATGTTCAATCGCTTTTGCCACCACACTCATGGCTAAG 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 AGCCTCTGCTCATCCGTTTGAAAATGTTCAATCGCTTTTGCCACCACACTCATGGCTAAG 1120
Query 1338 AACTTATCCAGTACCCGATCACAAGCGTGATGCAGCGAGAGCAGAAGAAGCACTTACCAT 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 AACTTATCCAGTACCCGATCACAAGCGTGATGCAGCGAGAGCAGAAGAAGCACTTACCAT 1180
Query 1398 TTCCTATGGTAGTGAGTTAATTGGCATGCAGAGAGATTGGAACGAAGAGTTGCAATCTTG 1457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TTCCTATGGTAGTGAGTTAATTGGCATGCAGAGAGATTGGAACGAAGAGTTGCAATCTTG 1240
Query 1458 CAGAGAGTTCCCTCACACTTCTCCTCAAGAGAG 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 CAGAGAGTTCCCTCACACTTCTCCTCAAGAGAG 1273
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 180316780874
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5