BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G52250.1
Length=5366
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938101 jgi|Araly1|938101|scaffold_502292.1 7745 0.0
> Ahg938101 jgi|Araly1|938101|scaffold_502292.1
Length=5009
Score = 7745 bits (4194), Expect = 0.0
Identities = 4753/5018 (95%), Gaps = 57/5018 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 376 CGATTCTTCTGGATAACTTGATGCCGCAGGATCACGCTTCGTGGGATCGGAAAGAGCTCT 435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGATTCTTCTGGATAACTTGATGCCGCAGGATCACGCTTCGTGGGATCGGAAAGAGCTCT 60
Query 436 TGAGGCAAAGGAAACACGATAGGCCTGAACAA---TCTTTTGAATCCCCGCCTTTTCGAT 492
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||
Sbjct 61 TGAGGCAAAGGAAGCACGATAGGCCTGAACAATCTTCTTTTGATTCGCCGCCTTTTAGAT 120
Query 493 GGAGGGATTCG---------CCTTCTTCTCACCATGTTCCTC-GAGAGTTTTCTTCTCGT 542
||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGGGATTCGCCTTCTACTCCTTCTTCTCACCATGTTCC-CAGAGAGTTTTCTTCTCGT 179
Query 543 TTGGGATCTGGAGACTTCCGCAGACCTTCTTGTCATGGTAAGCAGGGTGGACGGCACCAG 602
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGGGGATCTGCAGACTTCCGCAGACCTTCTTGTCATGGTAAGCAGGGTGGACGGCACCAG 239
Query 603 TTTGTGGAGGAGACTAGTCATGGATACACATCTTCTCGGTCCAGTGCCCGAATGTTTGAT 662
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 240 TTTGTGGAGGAGACTAGTCATGGATACGCATCTTCTCGGTCCAGTGCCCGGATGTTTGAT 299
Query 663 -A--A-T--TATAGGCCATCAGCATCGCGTGGAGACTGGAGATATACCAGGAATTGCAGG 716
| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AATGATTACTATAGGCCATCAGCATCACGTGGAGACTGGAGATATACCAGGAATTGCAGG 359
Query 717 GATGATAGAGTTTCTGTAAGCCAAAAGGAATGGAAATGCAATACATGGGAGATGAGCAAC 776
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 360 GATGATCGAGTTTCTGTAAGCCAAAAGGAATGGAAATGCAATACATGGGAGATGAGTAAC 419
Query 777 GGATCTTCTAGAAGTTTTGAGAGGCCATTTGGTATTAGAAATGGTCGGAGGTCAGTTGAT 836
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGTCTTCCAGAAGTTTTGAGAGGCCATTTGGTATTAGAAATGGTCGGAGGTCAGTTGAT 479
Query 837 GAAAGGCCGCTACATGCTTCAGATACTCATTCTACCGTGGTGAACTCTTTGGATCCAGCC 896
||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GAAAGGCCGTTACATGCTTCAGATACTCATACTACTGTGGTGAACTCTTTGGATCCAGCC 539
Query 897 AACTCGGCTCATTATCTGGACAATGAGATCAGTACCCCAGTACGGTCTCTTAAAATTAAA 956
||||| ||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||| || || ||| |||||
Sbjct 540 AACTCCACTCATCAGCCGGACAATGAGATCTGTACCCCAGTACGCTCACTCAAATTTAAA 599
Query 957 AATGAGCATAAATTTTCAGATCAAAGGTTATCACTTCCTTCAGATCCTCATTCTGAATGT 1016
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 600 AATGAGCAGAAATTTTCAGATCAAAGGCTATCACTTCCTTCAGATCCTCATTCTGACTGT 659
Query 1017 ATTAGCTTGTTTGAACGGCCTTCTTCTGAGAACAATTATGGCAATAAGGTTTGTTCACCA 1076
||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GTTAGCTTGTTTGAACAGCCTCCTTCGGAGAACAATTATGGCAATAAGGTTTGTTCACCA 719
Query 1077 GCAAAGCAATGCAATGATTTGATGTATGGTCGAAGGTTAGTTAGTGATAATTCATTAGAT 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||
Sbjct 720 GCAAAGCAATGCAATGATTTGATGTATGGTCGGAGGTTAGCTAATGACAATTCATTAGAT 779
Query 1137 GCTCCAATCCCCAATGCAGAGCTGGAGGGGACTTGGGAACAACTTCGCCTGAAAGACCCG 1196
||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||
Sbjct 780 CCTCCAGTCCTCAATGCAGAGCTGGCGGGGACTTGGGAGCAACTTCACCCGAAAGACCCG 839
Query 1197 CAAGATAACAATAGTTTACATGGTATCAATGATATAGACGGTGATAGGAAATGTGCAAAG 1256
|||||||| ||| | ||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 840 CAAGATAATAATGGGTTACATGGTATCAGTGATTTAGACGGTGCTACGAAATGTGCAAAG 899
Query 1257 GAGAG-TTCTCTGGGAGCAACTGGGAAACTTCCACTGTGGAATAGTTCTGGGAGTTTTGC 1315
||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 900 GAG-GCTTCTCTGGGAGCAATTGGGAAACTTCCACTGTGGAACAGTTCTGGGAGTTTTGC 958
Query 1316 ATCTCAGAGTTCAGGTTTTAGTCATTCAAGTAGCTTGAAAAGCTTGGGGGCTGTTGATTC 1375
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATCTCAGAGTTCTGGTTTTAGTCATTCAAGTAGCTTAAAAAGCTTGGGGGCTGTTGATTC 1018
Query 1376 CAGCGATCGGAAGATTGAGGTTCTTCCTAAAATTGTTACTGTGACTCAATCTTCTTCAGG 1435
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CAGCGATCGGAAAATTGAGGTTCTTCCTAAAATTGTTACTGTGACTCAATCTTCTTCAGG 1078
Query 1436 AGACGCTACTGCCTGTGCCACAACTACTCATCTTTCTGAGGAGATGAGTTCTAGAAAGAA 1495
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGACGCTACTGCATGTGCCACAACTACTCATCTTTCTGAGGAGATGAGTTCTAGAAAGAA 1138
Query 1496 ACAACGTCTCGGGTGGGGTGAGGGACTGGCGAAATATGAGAAAAAGAAAGTTGATGTTAA 1555
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ACAACGTCTCGGGTGGGGTGAGGGCCTGGCGAAATATGAGAAAAAGAAAGTTGATGTTAA 1198
Query 1556 CCCAAATGAAGATGGAACAACATTGATGGAAAACGGTTTAGAGGAACTACATTCGTTAAA 1615
| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1199 CACAAATGAAGATGGAACGACATTGTTGGAAAACAGTTCAGAGGAACTGCATTCTTTGAA 1258
Query 1616 CAAAAATATTGCTGATAAAAGTCCCACAGCAGCCATTGTTCCAGATTATGGTTCCCCTAC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAAAAATATTGCTGATAAAAGTCCCACAGCAGCCATTGTTCCAGATTATGGTTCCCCTAC 1318
Query 1676 AACACCATCCTCTGTAGCTTGCAGTTCATCACCAGGGTTTGCTGATAAATCATCTCCGAA 1735
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1319 AACTCCATCCTCTGTAGCTTGCAGTTCATCACCAGGGTTTGCAGATAAATCATCTCCGAA 1378
Query 1736 GGCTGCTATAGCTGCTAGTGATGTCAGTAACATGTGCCGTTCGCCTAGTCCCGTGTCTAG 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGCTGCTATAGCTGCTAGTGATGTCAGTAACATGTACCGCTCACCTAGTCCCGTGTCTAG 1438
Query 1796 TATTCACCTTGAACGATTCCCAATCAATATCGAGGAGCTCGATAACATCTCAATGGAGCG 1855
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TATTCACCTTGAACGATTCCCAATTAATATAGAGGAGCTTGATAACATCTCAATGGAGCG 1498
Query 1856 TTTTGGCTGTTTACTCAATGAGTTACTTGGTACTGATGATTCTGGTACAGGGGATTCCAG 1915
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TTTTGGCTGTTTGCTCAATGAGTTGCTTGGTACTGATGACCCTGGTACAGGGGATTCCAG 1558
Query 1916 TTCTGTCCAATTGACATCAATGAACACATTACTTGCCTGGAAAGGTGAAATTTTGAAAGC 1975
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCTGCCCAATTGACATCAATGAACAGATTACTTGCCTGGAAAGGTGAAATTTTGAAAGC 1618
Query 1976 TGTGGAGATGACTGAATCAGAAATTGATCTCCTTGAAAACAAACATAGGACACTAAAGCT 2035
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1619 TGTGGAGATGACTGAATCGGAAATTGATCTCCTTGAAAACAAACATAGGACGCTAAAGCT 1678
Query 2036 TGAAGGTAGAAGACACT-CTCGTGTTGTTGGACCCAGTTCATACTGT-TGTGATGGAGAT 2093
||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||
Sbjct 1679 TGAAGGTGGAAGACACTGC-CGTGTTGTTCAACCCAGTTCATACT-TCTGTGACGGAGAT 1736
Query 2094 GCAAATGTGCCCAAGGAGCAGGCTTCTTGTAGTTTGGATCCTAAGGCAACAGCTTCTTCT 2153
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1737 GCAAATGTTCCCAAGGAGCAGGCTTCTTGTATTTTGGATCCTAAGGCAGCAGCTTCCTCT 1796
Query 2154 GTAGCTAAAACACTGGTGAGAGCTCCTGTGCATCAGGCTGGTTTAGCCAAGGTTCCTGCT 2213
|||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1797 GTAGCTGAAACACTGGTGAGATCTCCTGTTCATCAGGCCGGTTTAGCCAAGGTTCCTGTT 1856
Query 2214 GATGTTTTTGAAGATAGTCCTGGGGAAGTTAAACCTCTATCCCAATCTTTTGCCACTGTT 2273
||||||| |||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GATGTTTCTGAAGATAATCCTGGAGCAGTTAAATCTCTATCCCAATCTTTTGCCACTGTC 1916
Query 2274 GAAAG-AGAGGAAGATATACTGCCCATACCATCTATGAAGGCAGCTGTTTCTTCGAAAGA 2332
|||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 1917 AAAAGCA-ATGAAGATATACTGCCCATACCGTCTATGAAGGCAGCCGCTTCTTCCAAAGA 1975
Query 2333 GATTAACACACCTGCTTTTGCCAATCAGGAAACTATTGAGGTTTCTTCTGCTGATGACAG 2392
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1976 GATTAACACACCTGCTTTTGTCAATCAGGAAACTATTGAGGTTTCTTCTGCTGATGATAG 2035
Query 2393 CATGGCCTCCAAAGAAGACTTGTTCTGGGCTAAGTTATTATCTGCCAATAAGAAATATGC 2452
|||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CATGGCCTCCAATGAAGACTTGCTCTGTGCGAAGTTATTATCTGCCAATAAGAAATATGC 2095
Query 2453 TTGTGAATCATCTGGAGTATTCAATCAATTGCTTCCAAGAGATTTTAATTCGTCTGACAA 2512
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 2096 TTGTGAATCATCTGGAGTATTCAATGAGTTGCTTCCAAAAGATTTCAGTTCGTCTGACAA 2155
Query 2513 CTCAAGATTCCCTGGCATATGTCAAACGCAGTTTGATTCTCATGTCCAAGAAAAAATTGC 2572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2156 CTCAAGATTCCCTGGCATATGTCAAACGCAGTTTGATTCTCATGTCAAAGAAAAAATTGC 2215
Query 2573 AGATAGGGTAGGCCTATTGAGAGCTAGGGAGAAAATTTTACTCCTTCAGTTTAAAGCGTT 2632
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AGATAGGGTAGACCTTTTGAGAGCTAGGGAGAAAATTTTACTCCTTCAGTTTAAAGCGTT 2275
Query 2633 TCAGCTCTCATGGAAGAAAGATTTGGATCAGCTAGCTTTAGCAAAGTACCAATCAAAGTC 2692
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TCAGCTCTCATGGAAGAAAGATTTGGATCAGCTAGCTTTAACAAAGTACCAATCAAAGTC 2335
Query 2693 TAGCaaaaaaaCAGAACTATATCCGAATGCAAAAAATGGAGGGTATCTGAAGCTTCCCCA 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TAGCAAAAAAACAGAACTATATCCGAATGCAAAAAATGGAGGGTATCTGAAGCTTCCCCA 2395
Query 2753 ATCTGTACGCCTGAGGTTCTCTTCTTCAGCTCCAAGAAGGGATAGTGTAGTCCCCACAAC 2812
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 ACCTGTACGCCTGAGGTTCTCTTCTTCAGCTCCAAGAAGGGATAGTGTAGTCCCCACAAC 2455
Query 2813 AGAGCTCGTAAGTTATATGGAAAAGCTACTTCCGGGTACCCATCTAAAGCCTTTTAGAGA 2872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2456 AGAGCTCGTAAGTTATATGGAAAAGCTACTTCCGGGTACCCATCTAAAGCCTTATAGAGA 2515
Query 2873 CATTTTGAAAATGCCTGCTATGATTTTGGATGAGAAAGAGAGGGTGATGTCGAGGTTTAT 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 CATTTTGAAAATGCCTGCTATGATTTTGGATGAGAAAGAGAGGGTGATGTCGAGGTTTAT 2575
Query 2933 TTCTAGCAATGGACTGATTGAAGATCCATGTGACGTTGAGAAGGAAAGAACAATGATTAA 2992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 TTCTAGCAATGGACTGATTGAAGATCCATGTGACGTTGAGAAGGAAAGAACAATGATTAA 2635
Query 2993 TCCTTGGACCTCAGAGGAGAAAGAAATCTTTCTGAATTTGCTAGCAATGCATGGGAAGGA 3052
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2636 TCCTTGGACCTCAGAGGAGAAAGAAATATTTCTGAATTTGCTAGCATTGCATGGGAAGGA 2695
Query 3053 TTTCAAGAAGATTGCTTCATCTCTTACCCAAAAGACAACTGCGGACTGTATTGATTACTA 3112
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TTTCAAGAAGATTGCTTCATATCTTACCCAAAAGACAACTGCGGACTGTATTGATTACTA 2755
Query 3113 CTACAAAAACCACAAGTCTGATTGTTTTGGGAAAATAAAGAAGCAGCGTGCTTATGGTAA 3172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 CTACAAAAACCACAAGTCTGATTGTTTTGGGAAAATAAAGAAGCAGCGTGCTTATGGTAA 2815
Query 3173 GGAAGGGAAGCACACCTACATGTTGGCTCCACGAAAAAAGTGGAAACGTGAGATGGGGGC 3232
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 GGAAGGGAAGCACACCTACATGTTAGCGCCACGAAAAAAGTGGAAACGTGAGATGGGGGC 2875
Query 3233 TGCCTCTCTTGATATTTTAGGGGATGTCTCCATTATAGCAGCAAACGCTGGAAAGGTTGC 3292
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2876 TGCCTCTCTTGATATTTTAGGGGATGTCTCCATTATAGCAGCAAACGCCGGAAAGGTTGC 2935
Query 3293 ATCAACCAGGCCGATCTCTTCCAAAAAGATCACCCTTAGAGGTTGCAGCAGTGCTAATTC 3352
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 ATCAACCAGGCTGATCTCTTCCAAAAGGATCACCCTTAGAGGTTGCAGCAGTGCTAATTC 2995
Query 3353 ATTGCAGCACGATGGAAATAACTCTGAAGGGTGCTCCTACAGTTTTGATTTCCCACGTAA 3412
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2996 ATTGCAGAACGATGGAAATAACTCTGAAGGGTGCTCCTACAGTTTCGATTTCCCTCGTAA 3055
Query 3413 GAGAACTGCTGGTGCAGATGTTTTAGCTGTTGGTCCTTTGTCACCAGAGCAGATAAATTC 3472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 3056 GAGAACTGCTGGTGCAGATGTTTTAGCTGTTGGTCCTTTGTCATCAGAGCAGATTAATTC 3115
Query 3473 TTGCTTAAGGACTTCTGTGAGCTCTAGAGAGAGGTGTATGGATCATCTGAAGTTTAATCA 3532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3116 TTGCTTAAGGACTTCTGTGAGCTCTAGAGAGAGGTGTATGGATCATCTAAAGTTTAATCA 3175
Query 3533 TGTCGTAAAGAAACCTCGGATATCTCATACTCTACATAATGAGAACAGCAATACTCTACA 3592
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 TGTCGTAAAAAAACCTCGGATATCTCACACTCTACATAATGAGAACAGCAAT-------- 3227
Query 3593 CAATGAGAACAGCAACGAAGAAGATGACTCATGTTCGGAAGAGAGCTGTGGGGAAACAGG 3652
|| | | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 ----GA-A---G-AA-GA------TGACTCATGTTCGGAAGAGAGCTGTGGGGAAACAGG 3271
Query 3653 TCCTATTCACTGGACAGATGATGAGAGATCTGCCTTTATACAGGGTTTTTCGCTTTTTGG 3712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 3272 TCCTATTCACTGGACAGATGATGAGAGATCTGCCTTTATACAGGGGTTCTCGCTTTTTGG 3331
Query 3713 CAAGAATTTTGCTTCAATATCAAGGTACGTCGGGACAAGATCTCCAGATCAGTGTAAGGT 3772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3332 CAAGAATTTTGCTTCAATATCAAGGTACGTCGGGACAAGATCTCCAGATCAGTGTAAGGT 3391
Query 3773 TTTCTTCAGCAAAGTTCGGAAATGTCTTGGGTTGGAATCTATAAAGTTTGGATCTGGAAA 3832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||
Sbjct 3392 TTTCTTCAGCAAAGTTCGGAAATGTCTTGGGTTGGAATTTATACAGTCTGGATCTGGAAA 3451
Query 3833 TGTAAGCACATCCGTAAGTGTTGATAATGGCAATGAGGGTGGTGGGAGCGACTTGGAAGA 3892
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3452 TGTAAGCACGTCCGTAAGTGTTGATAATGGCAATGAGGGTGGTGGAAGCGACTTGGAAGA 3511
Query 3893 TCCTTGTCCTATGGAGAGTAACTCTGGCATA-GTGAATAATGGAGTTTGTGCCAAGATGG 3951
||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3512 TCCTTGTCCTATGGAGAGTAACTCTGGCATATGCGA-TAATGGAGTTTGTGCCAAGATGG 3570
Query 3952 GTATGAATTCTCCTACCTCACCTTTTAATATGAATCAGGATGGTGTTAATCAATCAGGCT 4011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||
Sbjct 3571 GTATGAATTCTCCTACCTCACCTTTTAATATGAATCGGGATGGTGCTAATCATTCAGGCT 3630
Query 4012 CTGCAAATGTGAAAGCCGACCTTAGTAGATCAGAAGAAGAGAATGGGCAGAAATATTTGT 4071
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3631 CTGCAAATGGGAAAGCCGACCTTAGTAGATCAGAACAAGAGAATGGGCAGACATATTTGT 3690
Query 4072 GTCTGAAAGATGATAATAATCTCGTGAACAATGCATATGTCAATGGCGGTTTCCCGAGTC 4131
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3691 GTGTGAAAGATGATAATAATCTCGTGAACAATGCATATATCAATGGCGGTTTCCCGAGTC 3750
Query 4132 TAGTTTCAGAATCTTGTAGAGATTTGGTAGATATTAATACTGTTGAGAGCCAGTCTCAGG 4191
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3751 TAGTTTCAGAATCTTGTAGAGATTTGGTAGACATTAATACTGTTGAGAGCCAGTCTCAGG 3810
Query 4192 CTGCCGGAAAAAGCAAGAGCAATGATCTCATGTCAATGGAAATCGATGAAGGTGTCTTAA 4251
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3811 CTGCCGGAAAAAGCAAGAGCAATGATCTAATGTCAATGGAAATCGATGAAGGTGTCTTAA 3870
Query 4252 CATCTGTCACTATATCTTCCGAGCCATTGTATTGTGGCCTAAGTGTTCTTTCCAATGTTA 4311
|||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3871 CATCTGTCGTTGTATCTTCTGAGCCCTTGTATTGTGGCCTAAGTGTTCTTTCCAATGTTA 3930
Query 4312 TTGTGGAAACCCCTACAGAAATCTCACGAAAGGGCTCAGGAGATCAAGGTGCTACAATGC 4371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3931 TTGTGGAAACCCCTACAGAAATCTCACGAAAGGGCTCAGGAGATCAAGGTGCTGCAATTC 3990
Query 4372 CTAAATTTAGTTCAAAGAATCAAGATGGAGTGATGCAAGCTGCAAACAGAACCAGAAATT 4431
||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3991 CTAAACTTAGTTCAAAGAATCAGGATGAAGTGATGCAAGCTGCAAACAGAACCAGAAATT 4050
Query 4432 CTGGCCTTGAACCTGAAAGTGCACCTTCAGGTTTCAGGTACCCTGAGTGTCTTCACCATG 4491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4051 CTGGCCTTGAACCTGAAAGTGCACCTTCAGGTTTCAGGTACCCTGAGTGTCTGCACCATG 4110
Query 4492 TTCCGATTGAGGTGTGTACGGAAAACCCTATAGGCGTCAGTGCACCACGAGGAAATCCAA 4551
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4111 TTCCGATTGAGGTGTGTACGGAAAACCCTATAGGCGTCAGTGTACCACGAGGAAATCCAA 4170
Query 4552 ATTGCCATGCAGAGTCCGAGTCAGGAAATTCTCTTGTTGGACAAGTTGACGAAACACATG 4611
||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 4171 ATTGCCATGCAGAATCTGAGTCGGGAAATTCTCTTGTTGGAAAAGTTGTCGAAACACATG 4230
Query 4612 ACTTGGGTTGGCCCAAGAACAATCTGGAATTGGATGGGAGGCTTCAGGTTTTAGGCCATG 4671
||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 4231 ACTTGGGTTGGCCGAAGAACAATCTGGAATTGAATAGGAAGCTTCGGGTTTTAGGCCATG 4290
Query 4672 TAAACCCTGA-G--CAGATTGGTCTACTAAAAGCGACCAATACAGAATCTTGTCAAAATC 4728
|||||||||| | |||| ||||| |||||| || |||||| ||| ||||||||||| ||
Sbjct 4291 TAAACCCTGATGAGCAGAATGGTCAACTAAATGCAACCAATGCAGGATCTTGTCAAATTC 4350
Query 4729 CCCAGAGATCAGTCACCCAAGATCTGAGCAGGATAAGTAGATCAAAATCTGATTTGATCG 4788
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4351 CCCAGAGAGCAGTCACCCAAGATCTGAGCAGGATAAGTAGATCAAAATCCGATTTGATCG 4410
Query 4789 TAAAAACCCAACGTACAGGTGAAGGCTTCTCACTCACCAAGTGTACTAGTTCAGCTCCTA 4848
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4411 TAAAAACCCAACGTACAGGTGAAGGTTTCACACTCAACAAGTGTACTAGTTCAGCTCCTA 4470
Query 4849 AGCCTCTGGCAGTATCCCATAAAGAGGGCAGATCTGGTCATAGCAGGAGCCATTCGTTTA 4908
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4471 AGCCTCTGGCAGTATTCCATAAAGAGGGTAGATCTGGTCATAGCAGGAGCCATTCGTTTA 4530
Query 4909 GTTTGTCTGATACTGAGAGACTCCACAAGAATGGAGATGTGAAACTGTTTGGTACAGTAC 4968
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4531 GTTTGTCTGATACTGAGAGACTCGACAAGAATGGAGATGTGAAGCTGTTTGGTACAGTAC 4590
Query 4969 TTACTACTGATGAGAATGGAATAAAACAAAAACACAATCCATGTGGAATTGTCAGGTCAT 5028
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4591 TTACTGCTGATGAGAATGGAATAAAACAAAAACACAATCCATGTGGAATTGTCAGGTCAT 4650
Query 5029 CATCAACCTTGAGCAGGGACCATGATACAAGACATCATTACATTAATCAGCAACACCTTC 5088
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4651 CATCAGCCTTGAGCAGGGACCATGATACAAGACATCATTACATTAATCAGCAACACCTTC 4710
Query 5089 AGAACGTTCCCATTACGAGCTACGGTTTTTGGGATGGCAACAGAATTCAAACCGGGCTCA 5148
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4711 AGAATGTTCCCATTACGAGCTATGGGTTTTGGGATGGCAACAGAATTCAAACCGGGCTCA 4770
Query 5149 CATCTTTGCCAGAGTCGGCCAAGTTGCTTGCAAGTTGCCCTGAAGCATTTTCCACGCATC 5208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4771 CATCTTTGCCAGAGTCGGCCAAGTTGCTTGCAAGTTGCCCTGAAGCATTTTCCACGCATC 4830
Query 5209 TAAAGCAGCAAGTTGGTAACAGCAAAGAGATTCTGGTGGATGTTAATGGTGGAATTTTGA 5268
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||
Sbjct 4831 TTAAGCAGCAAGTTGGTAACAGCAAAGAGATTCTGCTTGATGTTCATGGTGGAGTTTTGA 4890
Query 5269 GCTTTGGTAAGCATAACGAAGATAGAGCTGAGTCCTCAAGCGCTAAGGATGAAGGTAACA 5328
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4891 GCTTTGGTAAGCATAATGAAGATAGAGCCGAGTCCTCAAGCGCTAAGGATGAAGGTAACA 4950
Query 5329 TAGGAGGGGTAAATGGTGTAGCAGAGGCAGCCACGTGA 5366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4951 TAGGAGGGGTAAATGGTGTAGCAGAGGCAGCCACGTGA 4988
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 203189382247
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5