BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G52310.1
Length=2482
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485597 jgi|Araly1|485597|fgenesh2_kg.5__1589__AT3G52310.1 3354 0.0
> Ahg485597 jgi|Araly1|485597|fgenesh2_kg.5__1589__AT3G52310.1
Length=2308
Score = 3354 bits (1816), Expect = 0.0
Identities = 2135/2282 (94%), Gaps = 49/2282 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 177 ATGGGAACCTCATCATCATCATCAGGCTTGGTCAAGGCCAAATCTGAGACACTCGCAGAA 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGGAACCTCATCATCATCATCAGGCTTGGTCAAGGCCAAATCTGAGACACTTGCAGAA 60
Query 237 GCTCTTAAGTCCAGTTCACTTGATTTCAGCAACGGTGATGGCAGCAGCCACGGGAGCAAG 296
||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||| || |||||||| |||| ||||
Sbjct 61 GCTCTTAAGTCTACTTCACTTGATTTTAGCAACGATGACGGTAGCAGCCATGGGAACAAG 120
Query 297 CAGCATGTGAGGGCTAGGACATTATCATCGCCGAGCTACAGTAGCA-ACAGCAAAAACAG 355
|||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||
Sbjct 121 CAGCATGTGAGGGCAAAGACATTATCATCGCCAAGCCACAGTAGCAGCCA-CAAAAACAG 179
Query 356 ATGGAACACTCACATAAGGAAGGCCAAGAGTGCTCATCCTGCTCTTGACCTTGCTGGTCT 415
| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 180 AAGGAACACACACATAAGGAAGGCCAAGAGTGCACATCCTGCTCTTGACCTTGGTGGTCT 239
Query 416 CACTGGTGGTGCTGCTCTTAGCCGAGCCTCTAGTGCTTCTCTTGGACTATCCTTCTCTTT 475
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 240 CACTGGTGGTGCTGCTCTTAGCCGAGCCTCCAGTGCTTCCCTTGGACTTTCCTTCTCTTT 299
Query 476 CACTGGATTCACCGTGCCACACGAAGAGATAATTGCTTCAGAGCGCTGTAGCAATGACGA 535
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 CACTGGCTTCACCGTGCCACATGAAGAGATTATTGCTTCAGAGCGATGTAGCAATGACGA 359
Query 536 TATTTTGGAAGATATTGAAGCAGCAACCAGTAGC-GTGGTCAAGTTTCAGGCAGAACCAA 594
||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TATCTTGGAAGATATTGAAGCAGCAACTAGTA-CTGTGGTCAAGTTTCAGGCAGAACCAA 418
Query 595 CCTTTCCGATATATCTGAAGTTCATAGATATCACATACAAGGTGACAACCAAAGGAATGA 654
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 419 CCTTTCCGATATATCTTAAGTTCATAGATATCACATACAAGGTAACGACCAAAGGAATGA 478
Query 655 CATCTTCATCAGAAAAGAGCATCTTGAATGGGATTAGTGGTTCAGCATATCCAGGGGAGC 714
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CATCTTCATCAGAAAAGAGCATCTTGAATGGAATTAGTGGTTCAGCATATCCAGGGGAGC 538
Query 715 TTCTAGCTCTCATGGGACCTTCTGGAAGTGGCAAAACTACACTACTTAATGCGCTTGGTG 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTCTAGCTCTCATGGGACCTTCTGGAAGTGGCAAAACTACACTACTTAATGCGCTTGGTG 598
Query 775 GCAGATTTAATCAGCAGAACATTGGTGGG-TCGGTTAGCTATAATGATAAGCCATATTCT 833
|||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GCAGATTTAATCAGCAAAACATCCGTGGGTTC-GTTAGCTATAATGATAAGCCATATTCT 657
Query 834 AAGCACTTAAAAACCAGGATCGGATTTGTGACTCAAGATGATGTTCTGTTTCCTCACTTA 893
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AAGCACTTGAAAACCAGGATCGGATTTGTGACTCAAGATGATGTTCTGTTTCCTCACTTA 717
Query 894 ACTGTAAAAGAGACACTGACCTACACAGCTCTGTTACGTCTTCCTAAAACTCTCACAG-A 952
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 718 ACTGTAAAAGAGACACTGACCTACACAGCTCTTTTACGTCTTCCTAAAACTCTCAC-GAA 776
Query 953 GCAGGAGAAAGAACAAAGAGCTGCTAGTGTGATACAAGAGCTTGGATTGGAACGGTGCCA 1012
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 777 GCAGGAGAAGGAACAAAGAGCTGTTAGTGTGATACAAGAGCTTGGATTGGAAAGGTGCCA 836
Query 1013 AGACACAATGATTGGAGGGTCATTTGTGCGCGGTGTCTCAGGTGGGGAGAGGAAAAGGGT 1072
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 837 AGACACAATGATTGGAGGGTCATTTGTACGCGGTGTCTCAGGTGGGGAGAGGAAAAGAGT 896
Query 1073 TTGTATTGGGAATGAAATCATGACTAATCCTTCACTTCTTCTCCTTGATGAACCCACCTC 1132
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TTGTATTGGGAATGAGATCATGACTAATCCTTCACTTCTTCTCCTTGATGAACCCACCTC 956
Query 1133 TAGTTTGGACTCTACTACCGCTCTTAAGATTGTTCAGATGCTACATTGTATAGCAAAGGC 1192
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 957 TAGTTTGGACTCTACTACCGCTCTTAAAATTGTTCAGATGCTACAAAGTATAGCAAAGGC 1016
Query 1193 GGGTAAAACAATTGTAACAACAATCCACCAACCGTCTAGTAGGCTCTTTCACAGATTTGA 1252
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1017 GGGAAAAACTATTGTAACAACAATCCACCAACCGTCAAGTAGGCTCTTCCATAGATTTGA 1076
Query 1253 CAAGCTGGTTGTACTCAGCAGAGGAAGCTTGCTTTACTTTGGGAAAGCATCAGAAGCAAT 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CAAGCTGGTTGTACTCAGCAGAGGAAGCTTGCTTTACTTTGGGAAAGCATCAGAAGCAAT 1136
Query 1313 GTCTTATTTCTCTTCCATAGGATGTTCTCCTCTACTCGCCATGAACCCAGCAGAGTTCTT 1372
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTCTTATTTCGCTTCCATAGGATGTTCTCCTCTACTCACCATGAACCCAGCAGAGTTCTT 1196
Query 1373 GCTGGACTTAGTTAATGGAAACATGAACGATATCTCCGTACCTTCAGCTCTT-AA-AG-- 1428
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| || ||
Sbjct 1197 GCTGGACTTAGCTAATGGAAACATGAACGATATCTCCATACCCTCAACTCTTAAAGAGAA 1256
Query 1429 -A-GAAAAT--G-AA-----G-A--TA-ATTCG-T-TT---AG----AGCTTTATGTAAG 1465
| ||| || | || | | | || | | || || |||| |||||||
Sbjct 1257 AATGAAGATGGGAAATTCTTGCAGCGAGATGGGATCTTCCAAGCCAAAGCTATATGTAAT 1316
Query 1466 AAATGTTAA-----ATG-TGATGTTGAAACACAGTATCTTGAGGAAGCTTACAAGACACA 1519
||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAATGCTAACTGTGATGTTGATGCTGAAACACAGTATCTTGAAGAAGCTTACAAGACACA 1376
Query 1520 GATTGCAGTTATGGAAAAGATGAAACTTATGGCTCCAGTTCCTCTTGATGAAGAAGTTAA 1579
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GATTGCAGTCATGGAAAAGATGAAACTTATGACCCCAGTTCCTCTTGATGAAGAAGTTAA 1436
Query 1580 ACTGATGATAACTTGCCCCAAACGTGAATGGGGATTAAGCTGGTGGGAACAGTATTGTTT 1639
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1437 ATTGATGGTAACTTGCCCCAAACGTGAATGGGGATTAAGCTGGTGGGGACAGTATTGTTT 1496
Query 1640 ACTTTCCTTAAGAGGAATTAAAGAACGGAGACATGACTATTTCAGCTGGTTAAGAGTCAC 1699
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACTTTCCTTAAGAGGAATCAAAGAACGGAGACATGACTATTTCAGCTGGTTAAGAGTCAC 1556
Query 1700 TCAAGTTCTATCCACTGCTATCATCTTAGGTTTACTCTGGTGGCAATCAGACAT--AACA 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1557 TCAAGTTCTATCCACTGCTATCATCTTAGGTTTACTCTGGTGGCAATCAGACATTCAACA 1616
Query 1758 TCCCAAAGGCCTACAAGATCAGG--G--CTACTCTTCTTTATTGCTGTATTCTGGGGTTT 1813
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1617 TCCCAAAGGCCTACAAGATCAGGTAGGGCTACTCTTCTTTATTGCCGTATTCTGGGGATT 1676
Query 1814 CTTTCCGGTATTCACAGCGATCTTCACATTTCCTCAGGAGAGAGCAATGCTGAGCAAGGA 1873
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CTTTTCGGTATTCACGGCGATCTTCACATTTCCTCAAGAGAGAGCAATGCTGAGCAAGGA 1736
Query 1874 ACGAGAGTCAAATATGTATAGATTAAGTGCATATTTTGTGGCTAGAACCACAAGTGACCT 1933
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1737 ACGAGAGTCAAATATGTATATATTAAGTGCATATTTTGTGGCTAGAACCACAAGCGACCT 1796
Query 1934 GCCACTTGACTTGATATTACCTGTGCTTTTCCTAGTTGTTGTATATTTCATGGCTGGATT 1993
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GCCACTTGACTTGATATTACCTGTGATTTTCCTAGTTGTTGTATATTTCATGGCTGGATT 1856
Query 1994 GAGATTAAGAGCTGAATCTTTTTTCCTAAGTGTGCTCACGGTCTTTTTATGCATCGTTGC 2053
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1857 GAGATTAAGAGCTGAATCCTTTTTCCTAAGTGTGCTCACGGTCTTCCTATGCATCGTTGC 1916
Query 2054 AGCTCAGGGACTTGGATTAGCAATAGGGGCGAGCTTAATGGACCTGAAGAAGGCCACAAC 2113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AGCTCAGGGACTTGGATTAGCAATAGGGGCGAGCTTAATGGACCTGAAGAAGGCCACAAC 1976
Query 2114 TTTAGCATCGGTAACCGTAATGACTTTCATGCTCGCTGGTGGCTATTTCGTGAAGAAAGT 2173
||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1977 TTTAGCATCAGTAACTGTAATGACTTTTATGCTCGCTGGTGGCTACTTCGTGAAGAAAGT 2036
Query 2174 TCCATTTTTCATTGCTTGGATACGTTTCATGTCATTCAACTACCACACATACAAGCTCCT 2233
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TCCATTTTTTATTGCTTGGATACGTTTCATGTCCTTCAACTACCACACATACAAGCTCCT 2096
Query 2234 TGTAAAGGTACAATATGAAGAAATCATGGAAAGCGTAAACGGGGAAGAAATAGAGAGTGG 2293
||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2097 TGTGAAGGTACAATATGAAGAAATCATGCAAAACGTAAACGGGGAAGAAATTGAGAGTGG 2156
Query 2294 GCTTAAGGAAGTGAGTGCTCTTGTAGCCATGATTATTGGCTACCGTCTCGTAGCCTACTT 2353
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2157 GCTTAAGGAAGTGAGCGCTCTTGTAGCTATGATTATAGGCTACCGTCTCGTAGCCTACAT 2216
Query 2354 TTCTCTTCGAAGGATGAAGCTCCACTCTTCAACTTGA-GTTTAGAGACAAAAATTGTTCA 2412
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2217 TTCTCTTCGAAGGATGAAGCTCCACTCTTCAACTT-ACGTTTAGAGACAAAAATTGTCCA 2275
Query 2413 TT 2414
||
Sbjct 2276 TT 2277
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93549641720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5