BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G52640.2
Length=2502
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485634 jgi|Araly1|485634|fgenesh2_kg.5__1626__AT3G52640.1 1692 0.0
> Ahg485634 jgi|Araly1|485634|fgenesh2_kg.5__1626__AT3G52640.1
Length=2521
Score = 1692 bits (916), Expect = 0.0
Identities = 979/1010 (97%), Gaps = 2/1010 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 492 AGGGTGTCAACTGATTTGAGCTTTGCTAGCAAAATTGGTGGTGTTCTAGTTGAATCAGGA 551
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 617 AGGGTGTCAAGTGATTTGAGCTTTGCTAGCAAAATTGGTGGTGTTCTAGTTCAATCAGGA 676
Query 552 TCTAATTTCCAACAAAAGTTAAAAGGGTTTTCTCCTGATAAAAGGTTTCCTCAAGCCCAG 611
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 677 TCTAATTTCCAACAAAAGTTAAAAGGCTTTTCTCCTGATAAAAAGTTTCCTCAAGCGCAG 736
Query 612 TTTTCACCCTATGAAAACGTTGAGTACAAATGGAATTCAGCTGCATCAAGCATCATGTGG 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 TTTTCACCCTATGAAAACGTTGAGTACAAATGGAATTCAGCTGCATCAAGCATCATGTGG 796
Query 672 AGAAATTATAATTTTCCTGTGTACTTATTGTCAGAAAGTGGCATATCAGCTGTGCATGAG 731
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 797 AAAAATTATAATTTTCCTGTGTACTTATTGTCAGAAAGTGGCATATCAGCTGTGCAGGAG 856
Query 732 ATCCTTTCCAAGAAAAAGATGAAGCATGGAACATATACCAGTGATGTTGCTGAATTCAAT 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 857 ATCCTTTCCAAGAAAAAGATGAAGCATGGAACATATACCAGTGATGTTGCTGAGTTCAAT 916
Query 792 ATGGTTATGGAGACTACCAAAGCTGGAACACACAATTCGGAGGCTTGTTTGCAGGAGGGA 851
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 917 ATGGTTATGGAGACTACCAAAGCTGGAACACATAATTCGGAGGCTTGTTTGCAGGAAGGA 976
Query 852 ACTTGCCTCCCATTGGGCGGATATAGTGTTTGGTCCTCGCTTCCACCAATCAGTGTTTCG 911
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 ACTTGCCTGCCATTGGGCGGATATAGTGTTTGGTCCTCGCTTCCACCAATCAGTGTTTCG 1036
Query 912 TCTTCCAACAATCGCAAACCAGTTGTGCTGACTGTGGCCTCCATGGATACTGCATCATTT 971
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1037 TCTTCCAACAATCGCAAACCAGTTGTGCTCACTGTGGCCTCCATGGATTCTGCATCGTTT 1096
Query 972 TTCCGTGACAAAAGTTTTGGTGCAGATTCACCAATATCTGGTCTGGTAGCTCTTCTAGGA 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1097 TTCCGTGACAAAAGTTTTGGTGCAGATTCACCAATATCTGGTCTGGTAGCTCTTCTGGGA 1156
Query 1032 GCAGTTGATGCTCTTTCTCGAGTTGATGGTATT-AGTAATCTCAAAAAACAGCTTGTGTT 1090
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1157 GCAGTTGATGCTCTTTCTCGAGTTGATGGT-TTAAGTAATCTCAAAAAGCAGCTTGTGTT 1215
Query 1091 TTTGGTTCTGACCGGAGAGACATGGGGTTACCTTGGCAGCAGGAGGTTCTTACACGAATT 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 TTTGGTTCTGACCGGAGAGACATGGGGTTACCTTGGCAGCAGGAGGTTCTTACACGAATT 1275
Query 1151 AGATCTGCATTCAGATGCTGTCGCAGGCCTTAGCAATACTTCGATTGAAACGGTGCTTGA 1210
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 AGATCTGCATTCAGATGCTGTTGCAGGCCTTAGCGATATTTCGATTGAAACGGTGCTTGA 1335
Query 1211 AATAGGATCTGTTGGAAAAGGTTTAAGTGGAGGGATAAACACCTTCTTTGCTCATAAAAC 1270
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 AATAGGATCCGTTGGAAAAGGTTTAAGTGGAGGGATAAACACCTTCTTTGCTCATAAAAC 1395
Query 1271 AAGGGTTTCTTCAGTTACAAACATGACACTGGATGCTTTAAAGATAGCTCAGGATTCACT 1330
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1396 TAGAGTTTCTTCAGTTACAAACATGACACTGGATGCTTTAAAAATAGCTCAGGATTCACT 1455
Query 1331 TGCATCAAAAAACATCAAAATTCTTTCAGCAGATACTGCAAACCCTGGAATACCCCCATC 1390
|||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 TGCATCCAAGAACATAAAAATTCTTTCAGCTGATACTGCAAACCCTGGAATACCCCCATC 1515
Query 1391 CTCCTTGATGGCTTTCATGAGAAAGAACCCTCAGACTTCAGCTGTTGTACTTGAAGACTT 1450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 TTCCTTGATGGCTTTCATGAGAAAGAACCCTCAGACTTCAGCTGTTGTACTTGAAGACTT 1575
Query 1451 TGATACCAACTTTGTGAATAAGTTCTACCATAGTCACCTCGATGACTTGT 1500
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 TGATACCAAGTTTGTGAATAAGTTCTACCATAGTCACCTCGATGACTTGT 1625
Score = 1391 bits (753), Expect = 0.0
Identities = 851/898 (95%), Gaps = 8/898 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1588 CAAATATCAACTCCTCGTCTGTAGTAGCTGCTGCTTCTGTTGTGGCCCGAACACTTTACA 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1626 CAAATATCAACTCCTCGTCTGTAGTAGCTGCTGCTTCAGTTGTGGCCCGTACACTTTACA 1685
Query 1648 TCCTAGCAAGTGACAACAAAGATACAAGCAATTCAGCTCTGGGATCCATCCATGTCAATG 1707
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 TCCTTGCAAGTGACAACAAAGATACAAGCAATTCAGCTCTGGGATCCATCCATGTCAATG 1745
Query 1708 CTTCTTTCGTTGAAGAGCTTCTAACCTGTCTTTTAGCTTGTGAACCGGGCTTATCTTGCA 1767
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 CTTCTTTCATTGAAGAGCTTTTAACCTGTCTTTTAGCTTGTGAACCGGGCTTATCTTGCA 1805
Query 1768 ACTTGGTAAAAGACTATATTTCACCGACAAACACTTGTCCAGGCAACTATGCTGGCGTCA 1827
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1806 ACTTGGTAAAAGACTATATTTCACCAACAAACACTTGCCCAGGCAACTATGCTGGAGTCA 1865
Query 1828 TCCTCGGAGAACCTTCCTCCAAACCTTACCTTGGTTACGTCGGTGATGTTTCTAGATTCC 1887
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 TCCTCGGTGAACCTTCCTCCAAACCTTACCTTGGTTACGTCGGTGATGTTTCTAGATTCC 1925
Query 1888 TATGGAACTTTCTGGCAGATAAAACATCTGTCCAAAAGGGAAATACAACCTCAGTTTGTT 1947
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1926 TATGGAACTTTCTGGCAGATAAAACATCTGTCCAGAAGGGGAACACAACCTCAGTTTGTT 1985
Query 1948 CAAAAGGAGTCTGTAGCAAAA-CTGACGAAGTGTGCATCAAAGCAGAGAGCAACAAGGAA 2006
||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 CAAAAGGAGTCTGTAGCAAAATC-GACGAAGTATGCATTAAAGCAGAGAGCAACAAGGAG 2044
Query 2007 GGAACATGTGTTGTCTCCACAACCAGGTATGTTCCAGCTTATTCAACTCGATTGAAGTAT 2066
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2045 GGAACATGTGTGGTCTCCACAACCAGGTATGTTCCAGCTTATTCAACCCGATTGAAGTAT 2104
Query 2067 AACGATGGAGCTTGGACAATTCTACCACAGAACTCATCAGATTCTATGGGGATGGTTGAT 2126
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2105 AACGATGGAGCTTGGACAATTCTGCCCCAGAACTCATCAGATTCTATGGGGATGGTCGAT 2164
Query 2127 CCAGTGTGGACCGAAAGCAACTGGGACACTTTAAGGGTGCATGTGTACACAGTCCAGCAC 2186
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2165 CCAGTGTGGACCGAAAGCAACTGGGACACTATAAGGGTGCATGTGTACACAGTCCAACAC 2224
Query 2187 TCAGCATACGACAATGCAGTCCTCGTTGCAGGTATTACAGTCACAACGTTGGCTTACATC 2246
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2225 TCAGCATACGACAATGCAGTCCTTGTTGCAGGTATCATAGTCACAACGTTGGCGTACATC 2284
Query 2247 GGAATTTTGGCTGCTAAGTCAATCATCACAAAAGCCTTGAAGCAGGACTGAGACTTGTAT 2306
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2285 GGGATTTTGGCTGCTAAGTCAATCATCACAAAAGCCTTGAAGCAGGACTGAGATTTGTAT 2344
Query 2307 TTAATTCCCTCTCCTCTCGGCTCAAAATTACTTGTCAGTTTCCGTAAGACATTGCCTAAC 2366
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2345 TTAATCCCCTCTCCTCTCGGCCCAAAATTACTTGTCAGTTTCAGCAAGACATTGCCTAAT 2404
Query 2367 CAGCAACACCACCAATACCT-TAGTGGTAGAAACCTTTTTTCTCAACCAAGGTTATTAAA 2425
||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 TAGCAACACCACCAATAC-TATGGTTGTAGAAACCTTTTTTCTCAACCAAGGTTATTAAA 2463
Query 2426 ATAT-GTC-TTT-GAGCTAATTCATGTTAAA-TTCTTTATTACACTGGCAAGAAATTT 2479
| || ||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 AAATCGTCCTTTTGAGCTAATTCATATTAAAATTCTGTATTACACTGGCAAGAAATTT 2521
Score = 507 bits (274), Expect = 2e-142
Identities = 305/320 (95%), Gaps = 2/320 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 176 TGCTATGGCAATGGGACTTATTCGTCTTCTTTCTATAGCTTTTA-CACTTGTTCTACTTT 234
||||||||||||||||||| |||||||| || |||| || |||| ||||||||||| |||
Sbjct 127 TGCTATGGCAATGGGACTTCTTCGTCTTGTTGCTATTGC-TTTAGCACTTGTTCTAGTTT 185
Query 235 CAATCCTTCCTCTTCATCTCTCTCTCGCTGATGAGATAACATCTATTGAATCTGTACCTG 294
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 186 CAATCCTTCCTCTTCATGTCTCTCTCGCTGGTGAGATTACATCTATTGAATCTGTTCCTG 245
Query 295 ACCTTCAGAAGCTAATGTATGTTGCTGTTGATGGGTTTCCTTGTGTACGTCTTCTCAATC 354
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 246 ATCTTCAGAAGCTAATGTATGTTGCTGTTGATGGGTATCCTTGTGTACGGCTTCTCAATC 305
Query 355 TGTCTGGAGAGATTGGATGTTCAAATCCTGGAATAAATAAAGTGGTGGCTCCAATCATAA 414
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 TTTCTGGAGAGATTGGATGTTCAAATCCTGGAATAAATAAAGTGGTGGCTCCAATCATAA 365
Query 415 AATTAAAGGACGTTAAAGATTTGGTTCAGCCACACACTATTTTGGTTACAGCTGATGAAA 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 AATTAAAGGACGTTAAAGATTTGGTTCAGCCACACACTATTTTGGTTACAGCTGATGAAA 425
Query 475 TGGAAGATTTCTTTACCAGG 494
||||||||||||||||||||
Sbjct 426 TGGAAGATTTCTTTACCAGG 445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94311446620
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5