BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53090.1
Length=3685
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485684 jgi|Araly1|485684|fgenesh2_kg.5__1676__AT3G53090.1 4065 0.0
> Ahg485684 jgi|Araly1|485684|fgenesh2_kg.5__1676__AT3G53090.1
Length=3595
Score = 4065 bits (2201), Expect = 0.0
Identities = 2401/2498 (96%), Gaps = 11/2498 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 TAATTTCCGATTCCAATGGACCTGAATCGCAAACACAAGGTGTCTCTTAGAGGTGCCAGC 110
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 TAATTTCCGAATCCAATGGACCTGAATCGCAAACCCAAGGTGTCCCTTAGAGGTGCCAGC 60
Query 111 AGTGGGGAGATTTCAAGGGATGCTTTGCTTGCTAAAGTGTCTCAAGAAAGGGAGCTACGC 170
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGTGGGGAGATATCAAGGGATGCTTTGCTTGCTAAAGTCTCACAAGAAAGGGAGCTACGC 120
Query 171 AGTTATGCAAGACGCGCTAATGCTGCAT-CACTTTTTATTCAAAGAGTTTGGAGGTCTTA 229
|||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 AGTTTTGCAAGACGCGCTAATGCTGC-TGCTCTTTTTATTCAGAGAGTTTGGAGGTCTTA 179
Query 230 CATTGTGAGAAAGAAGGCAGCTATAGAGATCCAAGAGGAGTGGGAGAATTTACTGA-GTT 288
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||
Sbjct 180 TATTGTCAGAAAGAAGGCAGCTATAGAGATCCGAGAGCAGTGGGAGAATTTACT-ACGTT 238
Query 289 GCCATTCTG-TTACACTGACCAAAAGTTGGGTATCAAGCAGAGTATTGAGACCGTTTCTC 347
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GCCATTCTGATT-CACTGACCAAATGTTGGGTATCAAGCAGAGTATTGAGACCGTTTCTC 297
Query 348 TTCTTTGTCAGATCTTTGTCTGTCCAACATCAAAAGATACAGGCAAGAGAAATACACTGC 407
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 298 TTCTTTATCAGATCTTTATCTGTCCAACATCAAAAGATACAGTCTAGAGATATACACTGC 357
Query 408 ATGCAAACTTGCTTTAAGATTCTATTGGAAAGCATCAACTCTAATGATCAGGGGTACAAT 467
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 ATGCAAACTTGCTTTAAGATTCTTTTGGAAAGCATCAACTCTAATGATCAGGGGTACAAT 417
Query 468 TTTTGTTCACTAGCAGTTGGTACATCTGAAGATAGTAAAACATGGGCCTGTCAAACACGA 527
||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TTTTGCTCTCTAGCAGTTGGTACATTTGAAGAAAGTAAAACATGGGCCTGTCAAACACGA 477
Query 528 AGGATGGTTTCTCTCTGCTCTTTCCTTCTCACGGAGTGTAATTATTCGCAGGAAAGGATA 587
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 478 AGGATGGTTTCTCTCTGCTCTTTCCTTCTCATGGAGTGTAATTATTCACAGGAAAGGATA 537
Query 588 AAAGATGTTATTGGTGTCAATGCCCTTCTATTACGTATTCTTATTGTTTTAACTGATCCC 647
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AAAGATGTTATTGGTGTCTGTGCCCTTCTATTACGTATTCTTATTGTTTTAACTGATCCC 597
Query 648 AAAAGCTGGAAGATTATTACAAATGAAAACTTTGAAGATGCAGAAACAGCTAAAAAGATA 707
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 598 AAAAGCTGGAAGATCATTACAAAGGAAAACTTTGAAGATGCAGAAACAGCTGGAAAGATG 657
Query 708 ATTATTCAGTTTATAGGGAGCTGTAAAAGTGGATATTACTCAGCAGTTCGGAGATATATC 767
|| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 658 ATCATTCAGTTTATAGGGAACTTTAAAAGTGGATATTACTCAGCAGTTAGGAGATATATC 717
Query 768 AAGACATTAACCAAACATACAGACGAGAGACTAG-TGATTACTACAAGTGCAGTAACTTT 826
||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AAGACATTAACCAAACATAGAGATGAGAGACT-GCTGATTACTACAAGTGCAGTAACTTT 776
Query 827 GGCTCTACGACCATTCCACGTGAAACAGCCTGCTTTTGTTGATGACAACCAACCGGACAC 886
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 777 GGCTCTACGACCATTCCACGTGAAACAGCCTGCTTTTGTTGATGACTACCAACCGGACTC 836
Query 887 GAATTTGGCTGTTGAAGAATATGTTTCTCTAATACTGACGATTCCTCGGCTTGTTTGCTA 946
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 837 GAATTTGGCTATTGAAGAATATGTTTCTCTAATACTGACGATTCCTCGGCTCGTTTTCTG 896
Query 947 CCTGCCAAGCGCTCTCATACGTGCACTGAAGCACAAGAGCATACTAATGCCAAGCTTTCA 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CCTGCCAAGCGCTCTCATACGTGCACTGAAGCACAAGAGCATACTAATGCCAAGCTTTCG 956
Query 1007 CACCATATTGCTTTTGAAGGACAAAATCTTGAACATAATATCGGAAATGGAGAATTCAGA 1066
||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 957 CACCATATTGCTTTTGAAGGACAAAATTTTGACCAGAATATCGGAAATGGAGCATTCAGA 1016
Query 1067 GAAGCAAAGTTGTACCATGGAGATACCTTCTGTTGGATGGGTTATCGGGAACATCATATC 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAAGCAAAGTTGTACCATGGAGATACCTTCTGTTGGATGGGTTATCGGGAACATCATATC 1076
Query 1127 CCTCGCAACAGTTAGTGAAACCGATTTTATGGATCCACAAGAATCAAATCCAGAGATGTT 1186
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CTTGGCAACAGTTAGTGAAACCGATTTTATGGATCCACAAGAATCAAATCCAGAGATGTT 1136
Query 1187 TTATGTCTTGTATGTTCATGTTATTGTGACTCTCGCCGAGAATCTATTGTCTCAGGTTGA 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TTATGTCTTGTATGTTCATGTTATTGTGACTCTCGCCGAGAATCTATTGTCTCAGGTTGA 1196
Query 1247 AAGTGTTGGAATTCAGGATATTCATCTTGATATTGAGGCCACATCGAATGAGACAGAGAA 1306
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 1197 AAATGTTGGAATTCAGGATAGTCATCTTGATATTGAGGCCACATCAAATGAGACTGGGAA 1256
Query 1307 AGGAAATTCAGTTAAGATTTCTTTTGTGGAAATGCTTCGACCAGTATGTCAACAGTGGCA 1366
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGGAAATTCAGATAAGATTTCTTTTGTGGAAATGCTTCGACCAGTATGTCAACAGTGGCA 1316
Query 1367 TCTCGCAAAACTGTTGGCAGCTTCTGGGAAAGAAATTCGTGTTATAGCAGATAAAGATGC 1426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TCTCGCAAAACTGTTGGCAGCTTCTGGGAAAGAAATTCGTGTTATAGCAGATAAAGATGC 1376
Query 1427 ATCAACGA-G--TAGTAAGAAAGGATCAGAAACACTAGGACTGCTTGATATAGCACGATT 1483
|||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ATCAACAACGAATAGTAAGAAAGGATCAGAAACACTAGGATTGCTTGATATAGCACGATT 1436
Query 1484 ATATTCATGCATGTTGAGAATCTTCTGCGTGATGAATCCTGTTCTAGGACCTTTGCCTGT 1543
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1437 ATATTCGTGCATGTTGAGAATCTTCTGCGTGCTGAATCCTGTCCTTGGACCTTTGCCTGT 1496
Query 1544 CCTTAACATGTTATCCTTCTGTCCTGGATACATTGTCTCTTTGTGGAATTCTCTAGAGAG 1603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CCTTAACATGTTATCCTTCTGTCCTGGATACATTGTCTCTTTGTGGAATTCTCTAGAGAG 1556
Query 1604 TGTCCTACTCCCTGAAAATGGTTGCACTGCTGACGATGCATCTCATGGATCTGCTAAAAC 1663
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGTCCTAATCCCTGAAAATGGTCGCACTGCTGACGATGCATCTCATGGATCTGCTAAAAC 1616
Query 1664 TTCATGGAATACAAGAAGTCCTTCTGAGAAGAAATTGAAACATCTCAAGAATGACAGTGT 1723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1617 TTCATGGAATACAAGAAGTCCTTCTGAGAAGAAATTGAAACATCTTAAGAATGACAGTGT 1676
Query 1724 CAACAAGTGGGTGAATGTGCTAAACAAGTTTTCTGGTAAATCACCGGGACCACGTGAACA 1783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1677 CAACAAGTGGGTGAATGTGCTAAACAAGTTTTCTGGTAAATCACCGGGACCGCGTGAACA 1736
Query 1784 TGTGGAGTGTACTAGTGATCAACCAGGATCAGGCCAGGTTAATGAGTCAACTAATGATGT 1843
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1737 TGTGGAGTGTACTAGTGATCAACCAGGATCAAGCCAGGTTAATGAGACAACTAATGATGT 1796
Query 1844 ATGGGATGTGGAAACTCTGAGGGGTGGTCCTGTAGGTATCTCCAAAGAAGTGTCATGCCT 1903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ATGGGATGTGGAAACTCTGAGGGGTGGTCCTGTAGGTATCTCCAAAGAAGTGTCATGCCT 1856
Query 1904 GCTTCATCTATTTTGTGCAACCTATGCACATTTACTCGTTGTTCTTGATGACATACAGTT 1963
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GCTTCATCTATTTTGTGCAACCTATGCGCATTTACTCGTTGTTCTTGATGACATACAGTT 1916
Query 1964 TTATGAAAAGCAGGTCCCCTTTATGCTAGAGAAGCAACAGAGAATTGCATCAATGCTTAA 2023
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TTATGAAAAGCAGGTCCCCTTTATGCTAGAGAAACAACGGAGAATTGCATCAATGCTTAA 1976
Query 2024 TACACTCGTGTACTATGGATTGTTGCGAGGCACAGGTCCTGAGAGTAGACAACTGATGGA 2083
||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TACACTCGTTTACAATGGATTGTTGCGAGGCATAGGTCCTGAGAGTAGACAACTGATGGA 2036
Query 2084 TTCTGCTATCAGATGTTTGCATTTATTGTATGAAAGAGATTGCAGGCACCCTTTTTGTGC 2143
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2037 TTCTGCTATCAGATGTTTGCATTTATTGTATGAAAGAGATTGCAGGCACCCTTTTTGTCC 2096
Query 2144 TTCTGCCCTGTGGCTCTCACCTGGTAGAACTAGTAGACCTCCAATTGCATTTGCTGCCAG 2203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TTCTGCCCTGTGGCTCTCACCTGGTAGAACTAGTAGACCTCCAATTGCATTTGCTGCCAG 2156
Query 2204 GACTCATGAGGTTTTACCAACCAGTGATGTTCTTACAACTCCAAGCATGGGTTCTGTTAT 2263
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 AACTCATGAGGTTTTACCAGCCAGTGATGTTCTTACGTCTCCAAGCATGGGTTCTGTTAT 2216
Query 2264 AACAATTACTCCGCATGTCTTTCCATTTGAGGAGAGGGTCCATGTGTTTAGAGAGTTTAT 2323
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AACAATTACTCCGCATGTCTTTCCATTTGAGGAAAGGGTCCATGTGTTTAGAGAGTTTAT 2276
Query 2324 AAGCAAGGATAAAGCTTCAAGGAAAATGGCTGGTGAAGTGGATGCACCTGGTGCGAGGTC 2383
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2277 AAGCAGGGATAAAGCTTCAAGGAAAATGGCTGGTGAAGTGGATGCACCTGGTGCAAGGTC 2336
Query 2384 AATAGAGATAGTTGTTCGTCGAGGTCATGTGGTTGAAGATGGATTTCAACAACTGAATTC 2443
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 AATAGAGATAGTCGTTCGTCGAGGTCATGTGGTTGAAGATGGATTTCAACAACTGAATTC 2396
Query 2444 AATTGGTAGCAGGCTAAAATCATCCATCCATGTCTCGTTTGTGAATGAATCTGGCCTTCC 2503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2397 AATTGGTAGCAGGCTAAAATCATCCATCCATGTCTCGTTTGTGAATGAGTCTGGCCTTCC 2456
Query 2504 TGAGGCTGGCCTAGACTATGGTGGGCTTTCAAAAGAGT 2541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TGAGGCTGGCCTAGACTATGGTGGGCTTTCAAAAGAGT 2494
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
Identities = 1081/1109 (97%), Gaps = 4/1109 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2577 GAGTATGGGTTATTCTCGCAAACCCCTACTTCAGATAGGTTGCTTGTTCCTAGCCCATCT 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491 GAGTATGGGTTATTCTCGCAAACCCCTACTTCAGATAGGTTGCTTGTTCCTAGCCCATCT 2550
Query 2637 GCACGGCACCTTGAGAATGGGATTCAGATGATTGAGTTTCTTGGAAGAATTGTTGGAAAA 2696
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 GCACGGCACCTTGAGAACGGAATTCAGATGATTGAGTTTCTTGGAAGAATTGTTGGAAAA 2610
Query 2697 GCTCTATATGAGGGAATACTGCTGGATTACTCTTTTTCACACGTTTTCATCCAGAAGCTT 2756
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611 GCTCTATACGAGGGAATACTGCTGGATTACTCTTTTTCACACGTTTTCATCCAGAAGCTT 2670
Query 2757 TTGGGGCGTTATAGCTTTATTGATGAACTATCAGGGCTTGATCCAGAGCTCTACAGGAAC 2816
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2671 TTGGGACGTTATAGCTTTATTGATGAACTATCAGGGCTTGATCCAGAGCTCTACAGGAAC 2730
Query 2817 CTCATGTATGTCAAGCATTATGATGGTGATTTGAAGGAACTCTGTCTGGATTTCACAGTC 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2731 CTCATGTATGTCAAGCATTATGATGGTGATTTGAAGGAACTCTGTCTGGATTTCACAGTC 2790
Query 2877 ACTGAAGAGTTTTGTGGAAAAATGAGCATAATTGAACTCAAACCCGGTGGGAAGGATACT 2936
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2791 ACTGAAGAGTTTTGTGGGAAAATGAGCATAACTGAGCTCAAACCCGGTGGGAAGGATATT 2850
Query 2937 TCAGTCACGAATGAGAACAAAATGCAATATATTCATGCAATGGCTGACTATAAACTTAAC 2996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2851 TCAGTCACGAATGAGAACAAAATGCAATATATTCATGCAATGGCTGACTATAAACTCAAC 2910
Query 2997 CGGCAGATTGTGCCCTTTTCAAATGCATTTTACAGAGGATTGACTGACCTTATATCTCCT 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911 CGGCAGATTGTGCCCTTTTCAAATGCATTTTACAGAGGATTGACTGACCTTATATCTCCT 2970
Query 3057 GCTTGGTTGAAACTATTTAATGCCCATGAATTTAATCAGTTACTCTCAGGAGGAAACCAT 3116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2971 GCTTGGTTGAAACTATTTAATGCCCATGAATTTAATCAGTTACTCTCTGGAGGAAACCAT 3030
Query 3117 GATATTGATGTTGATGACTTAAGGAGGAATACAAAATACACTGGTGGTTACAGTGATAGC 3176
||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3031 GATATCGATGTGGATGACTTACGGAGGAATACAAAATACACTGGTGGTTACAGTGATAGC 3090
Query 3177 AGTCGAACAATCAAAATCTTCTGGGAGGTCATGAAAGGCTTTGAACCGAGTGAACGTTGC 3236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3091 AGTCGAACAATCAAAATCTTCTGGGAGGTCATGAAAGGGTTTGAACCGAGTGAACGTTGC 3150
Query 3237 TTGCTCCTCAAATTTGTGACTAGTTGTTCTCGGGCACCACTCCTTGGTTTCAAATACTTG 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3151 TTGCTCCTCAAATTTGTGACTAGTTGTTCTCGGGCACCACTCCTTGGTTTCAAATACTTG 3210
Query 3297 CAGCCAACCTTCATCATCCATAAAGTCTCTTGTGATACCTCTCTTTGGGCTGCTATTGGA 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3211 CAGCCAACCTTCATCATCCATAAAGTCTCTTGTGATACCTCTCTTTGGGCTGCTATTGGA 3270
Query 3357 GGACAAGATGTAGAAAGACTTCCATCTGCTTCTACGTGCTACAATACTCTTAAGCTTCCA 3416
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3271 GGACAAGATGTAGAAAGGCTTCCATCTGCTTCTACGTGCTACAATACTCTTAAGCTTCCA 3330
Query 3417 ACGTATAAACGAGCAAGCACTATGAGGGAAAAACTATTGTATGCGATTACTTCAAATGCA 3476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 ACGTATAAACGAGCAAGCACTATGAGGGAAAAACTATTGTATGCGATTACTTCAAATGCA 3390
Query 3477 GGATTTGAACTCTCGTAGAGACCTCTAACCAGGTATTCATCTTGTTATGCACCTAGACCT 3536
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3391 GGATTTGAACTCTCGTAGAGACCTCGGACCAGGTATTCATCTTGTGATGCAACTAGACCT 3450
Query 3537 TTTATCCTTTATTCTATTCAATGTATATGGCTTCTGTCAAGTTAAACTAGTAAGGCTGGT 3596
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||
Sbjct 3451 TTTATCCTTTATTCTATTCAATCTATATGGCTTCTGTCA-GTTAAATTAGTAGGGCTGGT 3509
Query 3597 GTAAACAGTGTGTTTGGTTTATCTTAAGATTATGGGAACTTGTTTCTTCTTGGTAGTTGT 3656
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3510 GTACACAGTGTGTTTGGTTTATCTTAAGAT---GGGAACTTGGTTCTTCTTGGTAGTTGT 3566
Query 3657 ATATGAATATATGATAATCAACTAAGCTG 3685
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3567 ATATGAATATATGATAATCAACTAAGCTG 3595
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139214602034
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5