BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53180.1
Length=2984
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485693 jgi|Araly1|485693|fgenesh2_kg.5__1685__AT3G53180.1 4392 0.0
> Ahg485693 jgi|Araly1|485693|fgenesh2_kg.5__1685__AT3G53180.1
Length=2846
Score = 4392 bits (2378), Expect = 0.0
Identities = 2653/2785 (95%), Gaps = 21/2785 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 172 GAGATGGAGTTT-AGTGAGTTAAAGGAAGCAATAGAGAAGATAGAGCTCGTTGATGCTCA 230
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 GAGATGGAGTTTAAG-GAGTTAAAAGAAGCAATAGAGAAGATAGAGCTCGTTGATGCTCA 132
Query 231 CGCACACAACATTGTCTCTCTTGACTCATCTTTTCCGTTCATCGGAACTTTCTCCGAGGC 290
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 133 CGCACACAACATTGTCTCTCTTGATTCGTCTTTCCCGTTCATCGGAACTTTCTCCGAGGC 192
Query 291 TGCCGGCGACGCTTTAACCTTCGCTCCTCATTCTCTCTCCTTCAAGAGGAACTTGAGGGA 350
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 193 TGCCGGCGAAGCTTTAACCTTCGCTCCTCATTCTCTCTCTTTCAAGAGGAATTTGAGGGA 252
Query 351 GATTGCTCAACTTTATGGCACTGAAGTATCTTTAGAAGCGGTTGAGGAACATCGTAAAAC 410
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 253 GATTGCTCAACTCTATGGCACTGAAGTATCTTTAGAAGCGATTGAGGAACATCGTAAAAC 312
Query 411 CTCGGGTTTGGATTCTTTTACTTCCAAGTGTTTTAAAGAAGCTCGAATCTCTGCTCTCCT 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 CTCGGGTTTGGATTCTTTTACTTCCAAGTGTTTTAAAGAAGCTCGAATCTCTGCTCTCCT 372
Query 471 CATTGATGATGGATTAAAGCTAGACAAGAAACATGATATTGAATGGCATAGAAACTTTGT 530
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 CATTGATGATGGATTGAAGCTAGACAAGAAACATGACATTGAATGGCATAGAAACTTTGT 432
Query 531 TCCATTCGTTGGTAGAGTGTTGCGTATCGAAACTCTTGCCGAGCAAATCCTCGAAGAGGA 590
|||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 TCCATTTGTTGGTCGAGTCTTGCGTATCGAAACTCTCGCCGAGCAAATCCTCGAAGAGGA 492
Query 591 GTGTCCTG--G-TGGTTATTTCTATGGTTCTGAGAGTACTGAACCGCCTGTTTGGGATTT 647
|||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 GTGTCCTGATGATGGTTATTTCTATGGTTCTAAGAGTACTGAACCGCCTGTTTGGGATTT 552
Query 648 AGATTCTTTCACCAAAACCTTTGTTGAAAGATTAAATTCGCTTGTTCCAGAGATTGTTGC 707
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 553 GGATTCTTTCACAAAAACCTTTGTTGAAAGATTAAATTCGCTTGTTCCAAAGATTGTTGC 612
Query 708 TTTGAAAACTATTGCTGCATATCGTAGCGGTTTGGATATTGATACTTATGTGAGTAAAGA 767
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 TTTGAAAACTATTGCTGCTTATCGTAGCGGTTTGGATATTGATACTTATGTGAGTAAAGC 672
Query 768 AGTTGCTGAGAATGGCCTTGTTGAAGTCTTGCGAGCTGGAAAG-CCTGTCCGCATAGGAA 826
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||
Sbjct 673 TGTTGCTGAGAATGGCCTAGTTGAAGTCTTGCGAGCTGG-AAGTCCTGTCCGTATAGGAA 731
Query 827 ACAAGGGCTTGATTGACTACATCCTTACCATTAGTTTGGAGGTCGCTGTGCGTCGCGACT 886
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 ACAAAGGCTTGATTGATTACATTGTTACCATTAGTTTGGAGGTCGCTGTGCGTCGCGACT 791
Query 887 TGCCCTTGCAGATTCACACCGGTTTTGGTGACAAGGATTTGGATTTGAGGTTGTCGAATC 946
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 792 TGCCCTTGCAGATTCACACCGGTTTTGGTGACAGGGATTTGGATTTGAGGTTGTCAAATC 851
Query 947 CTCTTCACCTTAGAACCCTTCTTGAAGACAAAAGATTTGGAAAGTGTCGTATAGTTCTTC 1006
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 852 CTCTTCACCTTAGAAACCTTCTTGAAGACAAAAGATTTGCAAAGTGTCGTATCGTTCTTC 911
Query 1007 TTCATGCAGCTTATCCATTCTCAAAGGAAGCATCCTTTCTGTCTTCAGTTTATCCTCAGG 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 TTCATGCAGCTTATCCATTCTCAAAGGAAGCATCCTTTCTGTCTTCAGTTTATCCTCAGG 971
Query 1067 TTTACCTTGATTTCGGCTTGGCGGTTCCAAAGCTTAGTGTCCATGGTATGGTTTCTTCAG 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 TTTACCTTGATTTCGGCTTGGCGGTTCCAAAGCTTAGTGTCCATGGTATGGTTTCTTCAG 1031
Query 1127 TTAAAGAGCTCCTTGACTTAGCATCAATAAAGAAGGTTATGTTCAGCACTGATGGGTATG 1186
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 TTAAAGAGCTCCTTGACTTAGCCTCAATAAAGAAGGTTATGTTCAGCACTGATGGGTATG 1091
Query 1187 CATCTCCTGAGACCTACTATTTAGGTGCAAAGAAAGCACGTGAGGTTATCTTCTTAGTTC 1246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1092 CATCTCCTGAGACCTACTATTTAGGTGCAAAGAAAGCACGTGAGGTCATCTTCTTAGTTC 1151
Query 1247 TGAGTGATGCTTGTGCCAGTGGTGATCTCTCACTCATGGAAGCTATTGATGCAGCTAAAG 1306
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 TGAGTGATGCGTGTGCCAGTAGTGATCTCTCACTCATGGAAGCTATTGATGCAGCTAAAG 1211
Query 1307 ACATATTCTCACGAAATTCTATTGGATTTTATAAGCTTAATATAGACACAGATTCTTCTA 1366
|||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| || |||||| ||
Sbjct 1212 ACATTTTTTCACGAAATTCGATTAAATTTTATAAGCTTAAAATAGACTCAAATTCTTGTA 1271
Query 1367 GTCCACAAAATATAATATCTCCCAAATT-GAAGATAAAGGAGCCTGATGTTCAAGAAGAT 1425
||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 GTCCACAAAGTATAATATCTCCCAAATTAGA-GATGAAGGAGCCTGATGTTCAAGAAGAT 1330
Query 1426 AGTAGTTCTTTTGTACGCATTATTTGGGTTGATACATCTGGACAACAAAGATGCCGTGCT 1485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1331 AGTAGTTCTTTTGTACGCATTATTTGGGTTGATACATCTGGACAACAACGATGCCGTGCT 1390
Query 1486 GTTCAAGCGCAGCGTTTTAACAGAAGTGTGAAGAAGAACGGCGTTGGTCTGACCTTTGCA 1545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1391 GTTCAAGCGCAGCGTTTTAACAGAAGTGTGAAGAAGAACGGCGTCGGTCTGACTTTTGCA 1450
Query 1546 TCAATGGGGATGACTTCATTTACTGATGGACCAGCAGAAGAGTCTAAATTGACAGGTGTG 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1451 TCAATGGGGATGACTTCATTTACTGATGGACCAGCAGAAGAGTCTAATTTGACGGGTGTG 1510
Query 1606 GGTGAGATTAGACTTGTTCCAGATCTATCAACCAAGCAGACAATACCTTGGACGAAGCAA 1665
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 GGTGAGATTAGACTGGTTCCAGATCTCTCAACCAAGCAGACAATACCTTGGACGAAGCAA 1570
Query 1666 GAGAGCATGGTTTTAGCTGATATGCAATTGAAGCCTGGTGAAGCATGGGGGTACTGTCCA 1725
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1571 GAGAGCATGGTTTTAGCTGACATGCAATTGAAGCCTGGTGAAGCATGGGAGTACTGTCCA 1630
Query 1726 CGAGAGACCTTAAGAAGGGTCGCAAAAGTTCTCAAAGATGAATTTGACTTGGTAATGAAC 1785
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1631 AGAGAGACCTTAAGAAGGGTCGCAAAAGTTCTCAAAGATGAATTTAACTTGGTAATGAAC 1690
Query 1786 GCTGGTTTTGAGAATGAGTTTTATCTCCTCAAGAACGTTGTGCGGGAAGGGAAAGAAGAG 1845
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 GCTGGTTTTGAGAATGAGTTTTATCTCCTCAAAAACGTTGTGCGGGAAGGGAAAGAAGAG 1750
Query 1846 TATATGCCTTTTGACTTTGGTCCTTACTGTGCCACATCCTCATTCGATGCTGCATCTCCG 1905
||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1751 TATGTGCCTTTTGAATTTGGTCCTTACTGTTCCACATCCTCATTCGATGTTGCATCTCCG 1810
Query 1906 ATCTTCCATGATATTGTACCCGCACTCGAGTCCTTGAACATCGAAGTTGAACAGTTTCAT 1965
|| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1811 ATTTTCCACGAAATTGTACCCGCGCTCGAGTCCTTGAACATTGAAGTTGAACAGTTTCAT 1870
Query 1966 GCTGAATCCGGGAAAGGTCAGTTTGAAGTATCTCTCGGTCACACCATTGCATCCCATGCT 2025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1871 GCTGAATCCGGGAAAGGTCAGTTTGAAGTATCTCTCGGTCACACCGTTGCATCCCATGCT 1930
Query 2026 GCCGACAACTTGGTCTACACACGTGAAGTTATAAGATCGGTTGCAAGGAAACAGGGATTG 2085
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||
Sbjct 1931 GCCGATAACTTGGTTTACACACGTGAAGTTATAAGAGCGGTTGCAAGAAAACATGGACTG 1990
Query 2086 CTCGCAACCTTTGTTCCAAAGTATGATTATTGTGACATTGGTTCTGGATCACATGTGCAT 2145
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 CTCGCGACCTTTGTTCCAAAGTATGATTTTTGTGACATTGGTTCTGGATCACATGTGCAT 2050
Query 2146 CTAAGTCTTTGGAAAAACGGCGAAAATGTCTTCCCGGCATCTAATAACTCATCTTCTCAT 2205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2051 CTAAGTCTTTGGAAAAACGGCGAAAATGTCTTCCCGGCATCTAATAACTCATCTGCTCAC 2110
Query 2206 GGAATCTCTTCCGTTGGAGAAGAGTTCATGGCCGGAGTTCTATTTCATCTTCCATCAATC 2265
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2111 GGAATCTCTTCCGTTGGGGAAGAGTTCATGGCCGGAGTTCTATTTCACCTTCCATCAATC 2170
Query 2266 TTAGCTATTATAGCTCCACTCCCAAACAGCTACGACCGAATCCAACCTAATACATGGAGT 2325
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 TTAGCAATTATAGCTCCACTCCCAAACAGCTATGACCGAATCCAACCTAATACATGGAGT 2230
Query 2326 GGAGCATTCCAATGTTGGGGCAAAGAAAACCGCGAAGCAGCGTTAAGAGCAGCTTCTCCA 2385
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2231 GGAGCATTCCAATGCTGGGGCAAAGAAAACCGCGAAGCGGCAATAAGAGCAGCTTCTCCA 2290
Query 2386 CCAGGAACTCCTGATGGTTTAGTTACTAACTTTGAGATAAAGTCTTTTGATGGCTCTGCA 2445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 CCAGGAACTCCTGATGGTTTAGTTACTAACTTTGAGATAAAGTCTTTTGATGGCTCTGCA 2350
Query 2446 AATCCTCACCTTGGTTTGGCTGTTATAATGGCTGCTGGTATTGATGGTCTCCGGCGACAT 2505
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 AATCCTCACCTTGGTCTGGCCGTTATAATGGCTGCCGGTATTGATGGTCTCCGGCGACAT 2410
Query 2506 CTTCAACTTCCTACTCCAATAGATATAAATCCGGCGGATGTGGCTGCTACATTGAACAGA 2565
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 CTCCAACTTCCTACTCCAATAGATATAAATCCGGCAGATGTGGCTGCTACATTGAACAGA 2470
Query 2566 CTTCCGGAAACGCTCTCAGAAGCTGTTGAAGCTCTGGACAAAGACAAAGTTCTCCACGAT 2625
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2471 CTTCCTGAAACGCTCTCAGAAGCTGTTGAAGCTCTGGACAAAGACGAAGTTCTCCACGAT 2530
Query 2626 TTGCTCGGACAAAAGCTTTTAGTTGCCATAAAAGGAGTCCGTAAGGCTGAGGTCGAGTAT 2685
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct 2531 TTGCTTGGACAAAAGCTTTTAGTTGCCATAAAAGGAGTCCGTAAGTCTGAGTTTGAGTAT 2590
Query 2686 TATTCGAAGAATCCGGATGCATATAAGCAACTCATTCACCGATACTAATCCTTTGAGCAT 2745
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 TATTCGAAGAATCCAGATGCATATAAGCAACTCATTCACAGATACTAATCCTTTGAGCAT 2650
Query 2746 CTCTATGATGATTGTTGGATCATTTGGTTTTATTGTGGACTTTGTGTCACATGAAGGGTC 2805
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2651 CTGGATGATGATTGTTCGATCATTTGGTTTTATTGTGGACTTTGTGTCACATGAAGGGTC 2710
Query 2806 GTATTTGCAAAATACTTGAC-A-T-AAAGATGTGGTTCAGAAAATTAATAAACTAAATTT 2862
|||||||||||||||||| | | | |||||||||| ||||||| || | ||||||||||
Sbjct 2711 GTATTTGCAAAATACTTGCCTACTTAAAGATGTGGATCAGAAATTTTTTTAACTAAATTT 2770
Query 2863 CATATTTCGAGACGCATGCTCATGCTGGAGTACTATTTGTATTTCTTACTTTTTCGTCCC 2922
||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2771 CATATTTCGAGACGCATGCTCATGCTG-A--A------GTATTTCTTACTTTTTCTTCCC 2821
Query 2923 ATGCTTTCAAAAGCCTCAAGAATAT 2947
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 ATGCTTTCAAAAGCCTCAAGAATAT 2846
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112670944710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5