BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53240.1
Length=3109
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485699 jgi|Araly1|485699|fgenesh2_kg.5__1691__AT3G53240.1 3993 0.0
> Ahg485699 jgi|Araly1|485699|fgenesh2_kg.5__1691__AT3G53240.1
Length=2660
Score = 3993 bits (2162), Expect = 0.0
Identities = 2518/2687 (94%), Gaps = 36/2687 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 387 GAATCCATACGTCCCCCAGATCCTCTTCCCCAATTGAACCTAACTTTTTTCTATCCCTTT 446
|||||||||| | |||| ||| ||||||| | | |||| ||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1 GAATCCATACATTCCCCTGATGCTCTTCCTCTACTGAATTTAACTTTGTTCCATCCCTTT 60
Query 447 GAAGAGCTTCAGAGTCTCAACTTGTCGTCGGGGTACTTCAAAGGCTGGTTCGACGAAAGA 506
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GAGGAGCTTCAGAGTCTCAACTTGTCGTCCGGATACTTCAAAGGCTGGTTCGACAAAAGA 120
Query 507 AAAGGTGGTAAGGGCCTGGGAAGTTT-AAGAAATCTTGAGACTCTGGATCTCGGTGTCAA 565
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAAGGTGGTAAGGGCCTGGGAAGTTTCAA-AAATCTTGAGACTCTGGATCTCGGTGTCAA 179
Query 566 CTTTTACGATACCAGTGTCTTGCCATACTTGAATGAGGCTGTGTCGCTCAAGACTTTGAT 625
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 CTTTTACGATAGCAGTGTCTTCCCATACTTGAATGAGGCTGTGTCTCTCAAGACTTTGAT 239
Query 626 TCTCCATGACAACTTATTTAAGGGTGGCTTTCCTGTTCAAGAACTAATAAATCTGACAAG 685
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 240 TCTCCGTGACAACTTATTTAAGGGTGGCTTTCCTGTTCAAGAACTAAGAAATCTAACAAG 299
Query 686 TTTGGAAGTACTAGATCTGAAATTCAAC-AAGTTCAGTGGCCAGTTACCAACACAAGAGC 744
|||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 TTTGGAAGTACTGGATCTAAAATTCAACGAA-TTCAGTGGCCAGTTACCAACACAAGAAC 358
Query 745 TCACTAATCTGCGAAACCTCAGAGCCTTGGATCTAAGCAATAATAAATTCTCTGGTTCAT 804
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || || ||||
Sbjct 359 TCACCAATCTGCGAAACCTCAGAGCTTTGGATCTAAGC---AAT-AA---TC-AGTTC-- 408
Query 805 TGCAAAAACAAGGAATTTGTAGATTAGAGCAGTTGCAAGAGCTTCGTCTTAGTCGAAACA 864
| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 T-------C-TGGAATTTGTAGATTGGAGCAGTTGCAAGAGCTTCGTCTTAGTCGAAACA 460
Query 865 GATTTGAGGGTGAAATCCCACTCTGTTTTTCGAGATTCTCCAAACTCCGAGTTCTTGATC 924
|||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 461 GATTTGTGGGTGAAATTCCGCTCTGTTTTTCGAGGTTCTCCAAACTCCAAGTTCTTGATC 520
Query 925 TATCATCAAATCACCTAAGTGGGAAGATTCCATATTTCATCAGTGACTTCAAATCCATGG 984
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 TATCATCGAATCACCTAAGTGGGAAGATTCCATATTTCATCAGTGACTTCAAATCCATGG 580
Query 985 AATACTTATCACTTCTCGATAATGACTTTGAAGGCTTGTTCTCGTTGGGTTTGATCACTG 1044
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 AATACTTATCACTACTCGATAATGAATTTGAAGGCTTGTTCTCGTTGGGTTTGATCACCA 640
Query 1045 AATTAACAGAGCTCAAGGTTTTTAAACTCTCTTCCAGGTCTGGTATGCTGCAAATAGTAG 1104
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 641 AATTAGCAGAGCTCAAGGTTTTTAAACTCTCTTCCAGGTCTGGTATGCTGCAAGTAGAAG 700
Query 1105 AGACTAACGTTTCCGGTGGTCTGCAATCGCAGCTAAGTAGTATTAT-GTTGTCACACTGC 1163
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||
Sbjct 701 AGACTAACGTTTCCAGTGGCCTGCAATCGCAGCTAAGTAGTA-TCTCATTGCCACACTGC 759
Query 1164 AACCTTGGAAAAATCCCTGGTTTTCTTTGGTATCAGCAGGAATTGCGGGTCATCGATCTC 1223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 760 AACCTTGGAAAAATCCCTGGTTTTCTTTGGTATCAGAAGGAATTGTGGGTCATCGATCTC 819
Query 1224 TCCAACAATATATTATCCGGAGTGTTCCCCACTTGGCTGCTGGAAAATAACACAGAGCTT 1283
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 TCCAACAATATGTTATCCGGAGTGTTCCCCACTTGGCTGCTGGAAAATAACACAGAGCTT 879
Query 1284 CAGGCCCTGTTGTTACAGAACAACTCATTCAAAACACTTACACTTCCAAGAACCATGCGC 1343
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 880 CAGGCACTGTTGTTACAGAACAACTCATACAAAACACTTACACTTCCAAGAACAATGCGC 939
Query 1344 AGGCTGCAGATTTTGGATCTTTCGGTGAA-TAATTTCAACAATCAACTCCCTAAGGATGT 1402
| | | ||| ||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 940 AAGTTACAGTTTTTGGATCTTTCGGCGAACT-ATTTTAACAATCAACTCCCTAAGGATGT 998
Query 1403 CGGTTTGATACTTGCGAGCTTGAGACATTTGAATCTCTCAAACAATGAGTTTCTAGGGAA 1462
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 999 CGGTTTGATACTTACGAGCTTGAGACATTTGAATCTCTCAAACAATGAGTTTCAAGGGAA 1058
Query 1463 CATGCCCTCCTCTATGGCCAGGATGGAAAATATTGAATTTATGGACCTATCTTACAACAA 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 CATGCCCTCCTCTATGGCCAGGATGGAAAATATTGAATTTATGGACCTATCTTACAACAA 1118
Query 1523 CTTCTCAGGGAAATTGCCAAGGAATCTTTTCACAGGTTGCTACTCATTGAGTTGGCTTAA 1582
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1119 CTTCTCAGGGAAATTGCCAAGAAATCTTTTCACAGGTTGTTATTCATTGAGTTGGCTTAA 1178
Query 1583 GCTCTCGCACAACAGATTCAGTGGCCCGATTATTCGGAAATCGAGTGATGAGACCTCTTT 1642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GCTCTCGCACAACAGATTCAGTGGCCCGATTATTCGGAAATCGAGTGATGAGACCTCTTT 1238
Query 1643 GATTACGCTGATCATGGACAATAACATGTTTACAGGGAAGATCCCTCGTACTCTACTCAA 1702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1239 GATTACGCTGATCATGGACAATAACATGTTTACAGGGAAGATCCCTCGCACTCTACTCAA 1298
Query 1703 CTTAAGGATGTTGAGTGTGATCGACTTATCAAACAACTTACTCACTGGTACAATTCCAAG 1762
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1299 CTTAAGGATGTTGAGCGTGATCGACTTATCAAACAATTTCCTCACAGGTACAATTCCAAG 1358
Query 1763 GTGGTTAGGCAATTTCTTTTTGGAAGTTCTGAGGATCTCCAACAACCGTCTACAAGGTGC 1822
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
Sbjct 1359 ATGGTTAGGCAAATTCTTTTTGGAAGTTCTGAGGATCTCAAACAACCGTTTACAAGGTAC 1418
Query 1823 CATACCACCGTCTTTGTTCAACATTCCTTACCTCTGGCTCTTGGACCTTTCTGGAAACTT 1882
|||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 AATACCACCTTCTTTGTTCAACATTCCATGCCTCTGGCTCTTGGACCTTTCTGGAAACTA 1478
Query 1883 CTTGTCGGGTAGCTTACCCCTGCGGTCCAGCTCAGATTACGGTTATATATTGGACTTGCA 1942
||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 CTTATCGGGTAGCTTACCCCCGCGGTCCAGCTCGGATTTCGGTTATATATTGGACTTGCA 1538
Query 1943 CAACAACAATCTCACTGGATCTATTCCAGACACGTTGTGGTACGGGCTACGGTTGCTTGA 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1539 CAACAACAATCTCACTGGATCTATTCCAGACACGTTGTGGGACGGGCTCCGGTTGCTTGA 1598
Query 2003 TCTGAGAAACAACAAACTGTCTGGAAACATTCCACTGTTCAGGAGCACCCCGAGCATCAG 2062
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 TCTGAGAAACAACAAACTGTCTGGAAACATACCACTGTTCAGGAGCACCCCGAGCATCAG 1658
Query 2063 TGTTGTTCTGTTGAGAGAG-AATAACTTGACAGGAAAGATTCCTGTTGAGCTGTGCGGTT 2121
||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 TGTTGTTCTGTTGAGGG-GTAATAACTTGACAGGAAAGATTCCTGTTGAGCTGTGCGGTT 1717
Query 2122 TAAGCAACGTAAGGATGTTGGATTTTGCTCACAATC-GATTGAATGAATCCATACCTTCG 2180
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1718 TAAGGAACGTAAGGATGTTGGATTTTGCTCACAA-CAGATTGAATGAGTCCATACCTTCG 1776
Query 2181 TGTGTCACCAATCTATCATTTGGCTCAGGAGGACATAGTAATGCTGATTCAGATTGGTAT 2240
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TGTCTCACCAATCTATCATTTGGCTCAGGAGGACATAGTCATGCTGATTCAGATTGGTAT 1836
Query 2241 CCGGCGAGCTTGCTCTCAAACTTTATGGAGATATACACCGAAGTATATTACGAGTCTTTG 2300
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 1837 CCGGCGAGCATGCTCTCTAACTTTATGGAGATATACACTGAAGTATATTACAAGTCCCTA 1896
Query 2301 ATTGTGTCAGATCGGTTTTCTCTAGACTACTCGGTAGATTTTAATGTCCAAGTTGAATTT 2360
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 ATCGTGTCAGATCGGTTTTCTCTAGACTACTCGGTAGATTTTAATGTCCAAGTTGAATTT 1956
Query 2361 GCGGTGAAACAGAGATATGACTTGTACATGAGAGGAACTCTTAACCAGATGTTTGGCCTG 2420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 GCGGTGAAACAGAGATATGACTTGTACATGAGAGGAACTCTTAACCAGATGTTTGGCCTG 2016
Query 2421 GATCTGTCGAGCAACGAGTTAAGTGGTAATATCCCAGAAGAGCTAGGAGATCTTAAGAGA 2480
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 GATCTGTCAAGCAACGAGTTAAGTGGTAATATCCCAGAAGAGCTAGGAGATCTTAAGAGA 2076
Query 2481 GTACGCTCGCTGAATCTCTCACGCAATTCATTATCGGGTTCTATACCTGGAAGCTTCTCC 2540
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 GTACGCTCACTGAATCTCTCACGCAATTCATTATCGGGTGCTATACCTGGAAGCTTCTCC 2136
Query 2541 AACCTAAGAAGCATAGAGAGCTTGGATCTTTCTTTCAACAAGTTGCATGGAACCATTCCC 2600
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 AATCTAAGAAGCATAGAAAGTTTGGATCTTTCTTTCAACAAGTTGCATGGAACCATTCCC 2196
Query 2601 TCACAACTCACATTGTTGCAATCTCTTGTCGTCTTTAACGTGTCATACAACAATCTCTCA 2660
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2197 TCACAACTTACAATGTTGCAATCTCTTGTCGTCTTTAACGTGTCTTACAACGATCTCTCA 2256
Query 2661 GGTGTGATTCCGCAAGGAAAACAGTTCAACACCTTTGGTGAGAAGAGTTACTTAGGTAAT 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 GGTGTGATTCCGCAAGGAAAACAGTTCAACACCTTTGGTGAGAAGAGTTACTTAGGTAAT 2316
Query 2721 TTTCTTCTCTGTGGATCACCCACCAAAAGAAGCTGTGGTGGT---ACCACAATCAGCTCA 2777
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2317 GTTCTTCTCTGTGGATCACCCACCAACAGAAGCTGTGGTGGTGGTACCACAATCAGCTCA 2376
Query 2778 GGAAAAGAATATGAAGATGACGATGAAAGTGGATTACTCGATATTGTGGTATTGTGGTGG 2837
| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2377 GAAAAAGAAGATGAAGATGACGATGAAAGCGGATTAGTCGATATTGTGGTTTTGTGGTGG 2436
Query 2838 AGCCTCGGGACGACCTACGTAACGGTTATGATGGGGTTTTTGGTGTTTCTCTGCTTTGAT 2897
||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2437 AGCCTCGGGGCGACCTATGTAACGGTTTTGATGGGGTTTCTGGTGTTCCTCTGCTTTGAT 2496
Query 2898 TCTCCATGGCGCCGAGCATGGTTCTGCCTTGTTGATACTTTTATCGACCGCGTAAAAGAT 2957
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2497 TCTCCATGGCGCCGAGCATGGTTCCGCCTTGTTGATACTTTCATCGACCGCGTAAAAGAT 2556
Query 2958 GTACTGGGAGTTATCTAGAGAGGGTTCGTGGACGTGGAGGATGAAACAATAAAATGTAAT 3017
||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2557 GTACTGGGAGTTATCTAGAGATGGTTCACGGACGTAAAGGATGAAACAATAA---GTAAT 2613
Query 3018 AGTTGAATCTTGCAAATATTTTGATCATATTGTCAAATTTCTCCATC 3064
||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2614 TGTTCAATCTTGCAAATATTTTAATCTTATTGTCAAATTTCTCCATC 2660
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117432225335
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5