BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G53360.1 Length=2307 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg485710 jgi|Araly1|485710|fgenesh2_kg.5__1702__AT3G53360.1 3642 0.0 > Ahg485710 jgi|Araly1|485710|fgenesh2_kg.5__1702__AT3G53360.1 Length=2310 Score = 3642 bits (1972), Expect = 0.0 Identities = 2189/2296 (95%), Gaps = 6/2296 (0%) Strand=Plus/Plus Query 10 ATGTTACGGTTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACTGGCAACATCAAGT 69 |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1 ATGTTAAGATTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACCGGCAACATCAAGT 60 Query 70 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAATTAATGAATGATCACATTAATTCCCTATGTA-A 128 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 61 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAGTTAATGAATGATCACATAAATTCCCTATGTAGA 120 Query 129 AAGTAATTTCTACCGGGAAGCA-TTGGAAGCGTTTGATTTTGCGCAGAAGAACTCAAGCT 187 || || ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 121 AA-TAGTTTCTACAGGGAAGCACTT-GAAGCGTTTGATTTTGCACAGAAGAACTCAAGCT 178 Query 188 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTACATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 247 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTATATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 238 Query 248 TAGCACAAGGCAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 307 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 TAGCACAAGGTAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 298 Query 308 TTCTTAATAATCACATTCTAAGTATGTATGGAAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCCAGAG 367 |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 299 TTCTTAATAACCACATTCTTAGTATGTATGGGAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCTAGAG 358 Query 368 AGGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 427 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 AAGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 418 Query 428 ATTCACAGAACGGTCAGGGAGCCGAGGCTATCAGATTATACTTGAAAATGCTTCAGGAAG 487 |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| || Sbjct 419 ATTCACAGAACGGTCAGGAAGCCGAGGCAATCACATTGTACTTGAAAATGCTTCAGGCAG 478 Query 488 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGCATTATCAAAGCATGTGCCAGTAG-TAGT 546 ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | | || Sbjct 479 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGTATCATCAAAGCATGTGCTTGT-GCTGGT 537 Query 547 GATGTTGGGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 606 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GATGTTGTGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 597 Query 607 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 666 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 657 Query 667 AGCAGAGTGTTTTATGGTATCCCAATGAAGGATCTAATTTCGTGGAGTTCAATCATTGCA 726 |||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 658 AGCAAAGTGTTCTATGGTATCCCAGCGAAGGATCTTATTTCGTGGAGCTCAATCATCGCA 717 Query 727 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGCCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 786 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 718 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGTCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 777 Query 787 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 846 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 837 Query 847 CTCCTTAGACCAGATTATGGAAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTCGGAGTTAGCT 906 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || Sbjct 838 CTCCTTAGACCAGATTATGGTAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTTGGAGTTAACT 897 Query 907 GGAAACGCAATTGCAGGCTGTTCGCTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGAAT 966 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 898 GGAAACGCTATTGCAGGCTGTTCACTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGGAT 957 Query 967 TCTGCAAGGAGAGTGTTTGATCAGATAGAAAGACCCGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1026 |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 TCTGCAAGGAGAGTATTTAATCAAATAGAAAGACCTGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1017 Query 1027 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAGGCTGTATCAGTTTTCTCTCAGATG 1086 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1018 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAAGCTGTATCAGTTTTCTCTGAGATG 1077 Query 1087 AGGAGTTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1146 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 AGGAATTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1137 Query 1147 AAACCAATGGCTTTGTCTCAAGGAATGCAAATTCACTCTTACATTATCAAGTGGGGTTTC 1206 |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 1138 AAACCAATGGCTTTGTGTCAAGGTATGCAAATTCACTCTTTCATTATCAAGTGTGGTTTC 1197 Query 1207 CTGGCAGATCTTACGGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCAGACTTG 1266 |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1198 CTGGCAGATCTTTCAGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCGGACTTG 1257 Query 1267 TATTGTTGTTTTAATTTATTTGAAGATTTCAGAAACAACGCAGATTCTGTTTCTTGGAAT 1326 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 1258 TATTGTTGCTTTAATTTATTTGAAGACTTCAGAAACAAAGCGGATTCTGTTTCTTGGAAT 1317 Query 1327 ACTATTCTGACGGCTTGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1386 ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 GCTATTTTGACAGCATGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1377 Query 1387 CTGATGCTTGTGTCTGAATGTGAGCCAGATCACATAACTATGGGTAATCTGTTGCGGGGT 1446 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1378 CTGATGCTTGTGTCTGAATGCGAGCCAGATCACATAACCATGGGTAATCTGTTACGGGGC 1437 Query 1447 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAGTTGGGAAGCCAAGTCCATTGCTATAGTTTGAAAACC 1506 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1438 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAATTGGGAAGTCAAGTCCATTGCTATAGTTGGAAAACC 1497 Query 1507 GGGTTGGCGCCTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGA 1566 ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GGGTTGGTGCTTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGG 1557 Query 1567 TCACTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAACAGAGATGTAGTTTCGTGG 1626 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1558 TCATTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAATGGAGATGTAGTTTCGTGG 1617 Query 1627 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1686 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1677 Query 1687 AAGGAAATGAAAAGTGCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACTTTTGTCGGTGTTCTTACT 1746 | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1678 AGGGAAATGAAAAGTTCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACATTTGTCGGTGTTCTTACT 1737 Query 1747 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAACTGTATGCGACCATGCAAACT 1806 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| Sbjct 1738 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAGCTGTATGCAATCATGCAAACT 1797 Query 1807 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTGGACTTACTGGCTCGT 1866 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| Sbjct 1798 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTCGATTTGCTGGCTCGT 1857 Query 1867 GCTGGCCGTTTAAATGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1926 ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 GCTGGCCATTTAAACGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1917 Query 1927 GTCGTGTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACCCAAGGAAATGTTCATCTCGCCCAA 1986 || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1918 GTTGTCTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACACAAGGAAATGTTGATCTTGCCCAA 1977 Query 1987 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAAATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2046 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAGATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2037 Query 2047 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAAATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2106 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAGATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2097 Query 2107 AAAAAGCATGATGTTaaaaaaaTTCCAGGACAGAGCTGGATCGAAATTGAGGACAAAATT 2166 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2098 AAAAAGCATGATGTTAAAAAAATTCCAGGACAGAGCTGGATCGATGTTGAGGACAAAATT 2157 Query 2167 CATATATTCTTTGCTGAGGATATTTTTCATCCAGAGAGGGACGATATATATACAGTCCTG 2226 ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2158 CATATATTCTTTGCTGAAGATGTTCTTCATCCAGAGAGGGATGATATATATACAGTCCTG 2217 Query 2227 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCGCAACACAAGAAAAGACTCCAG 2286 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 2218 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCCCAACACAAGAAAAGATTCCAG 2277 Query 2287 TTTATCCATGAAACCG 2302 |||||||||||||||| Sbjct 2278 TTTATCCATGAAACCG 2293 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 86883848845 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5