BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53360.1
Length=2307
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485710 jgi|Araly1|485710|fgenesh2_kg.5__1702__AT3G53360.1 3642 0.0
> Ahg485710 jgi|Araly1|485710|fgenesh2_kg.5__1702__AT3G53360.1
Length=2310
Score = 3642 bits (1972), Expect = 0.0
Identities = 2189/2296 (95%), Gaps = 6/2296 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 ATGTTACGGTTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACTGGCAACATCAAGT 69
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTAAGATTGGGAGCTAGAGTTTCCGTCAGCAACAGTCAGATACCGGCAACATCAAGT 60
Query 70 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAATTAATGAATGATCACATTAATTCCCTATGTA-A 128
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 61 GTTGTATCAACCATCAAGACCGAAGAGTTAATGAATGATCACATAAATTCCCTATGTAGA 120
Query 129 AAGTAATTTCTACCGGGAAGCA-TTGGAAGCGTTTGATTTTGCGCAGAAGAACTCAAGCT 187
|| || ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 AA-TAGTTTCTACAGGGAAGCACTT-GAAGCGTTTGATTTTGCACAGAAGAACTCAAGCT 178
Query 188 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTACATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 247
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCAAGATAAGGTTAAGAACCTATATCTCTTTAATTTGTGCTTGCTCTTCATCGAGATCTC 238
Query 248 TAGCACAAGGCAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 307
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TAGCACAAGGTAGAAAGATACATGATCACATTTTGAATTCCAACTGCAAGTATGATACTA 298
Query 308 TTCTTAATAATCACATTCTAAGTATGTATGGAAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCCAGAG 367
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 299 TTCTTAATAACCACATTCTTAGTATGTATGGGAAATGTGGCTCGCTGAGGGATGCTAGAG 358
Query 368 AGGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 427
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AAGTTTTTGATTTTATGCCTGAAAGGAATTTGGTCTCTTACACATCTGTCATTACTGGCT 418
Query 428 ATTCACAGAACGGTCAGGGAGCCGAGGCTATCAGATTATACTTGAAAATGCTTCAGGAAG 487
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 419 ATTCACAGAACGGTCAGGAAGCCGAGGCAATCACATTGTACTTGAAAATGCTTCAGGCAG 478
Query 488 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGCATTATCAAAGCATGTGCCAGTAG-TAGT 546
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | | ||
Sbjct 479 ATTTAGTTCCTGACCAGTTTGCATTTGGAAGTATCATCAAAGCATGTGCTTGT-GCTGGT 537
Query 547 GATGTTGGGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 606
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GATGTTGTGTTAGGGAAGCAACTGCATGCTCAAGTCATTAAGTTGGAATCCAGTTCTCAT 597
Query 607 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CTTATTGCTCAAAATGCTCTGATTGCTATGTATGTTCGCTTCAATCAAATGTCAGATGCT 657
Query 667 AGCAGAGTGTTTTATGGTATCCCAATGAAGGATCTAATTTCGTGGAGTTCAATCATTGCA 726
|||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 658 AGCAAAGTGTTCTATGGTATCCCAGCGAAGGATCTTATTTCGTGGAGCTCAATCATCGCA 717
Query 727 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGCCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGGTTCTCGCAACTTGGGTTTGAGTTTGAAGCCCTGAGTCACCTAAAAGAAATGTTGTCT 777
Query 787 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TTTGGTGTTTTCCATCCAAATGAATATATATTTGGTAGTTCTTTAAAAGCTTGTAGCAGT 837
Query 847 CTCCTTAGACCAGATTATGGAAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTCGGAGTTAGCT 906
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 838 CTCCTTAGACCAGATTATGGTAGCCAAATACATGGGTTATGCATTAAGTTGGAGTTAACT 897
Query 907 GGAAACGCAATTGCAGGCTGTTCGCTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGAAT 966
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 898 GGAAACGCTATTGCAGGCTGTTCACTCTGTGACATGTATGCTAGATGCGGTTTCCTGGAT 957
Query 967 TCTGCAAGGAGAGTGTTTGATCAGATAGAAAGACCCGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1026
|||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TCTGCAAGGAGAGTATTTAATCAAATAGAAAGACCTGATACAGCATCATGGAATGTGATC 1017
Query 1027 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAGGCTGTATCAGTTTTCTCTCAGATG 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1018 ATTGCTGGACTTGCAAATAATGGTTACGCTGATGAAGCTGTATCAGTTTTCTCTGAGATG 1077
Query 1087 AGGAGTTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1146
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AGGAATTCTGGTTTTATTCCTGATGCCATCTCCTTGCGTTCTTTGCTTTGTGCTCAGACA 1137
Query 1147 AAACCAATGGCTTTGTCTCAAGGAATGCAAATTCACTCTTACATTATCAAGTGGGGTTTC 1206
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1138 AAACCAATGGCTTTGTGTCAAGGTATGCAAATTCACTCTTTCATTATCAAGTGTGGTTTC 1197
Query 1207 CTGGCAGATCTTACGGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCAGACTTG 1266
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1198 CTGGCAGATCTTTCAGTTTGCAACTCTCTGCTTACCATGTACACCTTCTGCTCGGACTTG 1257
Query 1267 TATTGTTGTTTTAATTTATTTGAAGATTTCAGAAACAACGCAGATTCTGTTTCTTGGAAT 1326
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TATTGTTGCTTTAATTTATTTGAAGACTTCAGAAACAAAGCGGATTCTGTTTCTTGGAAT 1317
Query 1327 ACTATTCTGACGGCTTGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1386
||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCTATTTTGACAGCATGTTTGCAACACGAACAGCCAGTAGAGATGTTGAGATTGTTTAAG 1377
Query 1387 CTGATGCTTGTGTCTGAATGTGAGCCAGATCACATAACTATGGGTAATCTGTTGCGGGGT 1446
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1378 CTGATGCTTGTGTCTGAATGCGAGCCAGATCACATAACCATGGGTAATCTGTTACGGGGC 1437
Query 1447 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAGTTGGGAAGCCAAGTCCATTGCTATAGTTTGAAAACC 1506
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1438 TGTGTGGAAATCTCATCTCTAAAATTGGGAAGTCAAGTCCATTGCTATAGTTGGAAAACC 1497
Query 1507 GGGTTGGCGCCTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGA 1566
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GGGTTGGTGCTTGAGCAATTTATAAAAAATGGACTGATTGATATGTATGCCAAGTGTGGG 1557
Query 1567 TCACTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAACAGAGATGTAGTTTCGTGG 1626
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1558 TCATTGGGGCAAGCGAGAAGGATTTTTGATTCAATGGATAATGGAGATGTAGTTTCGTGG 1617
Query 1627 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AGCACCTTGATAGTTGGATATGCACAGTCTGGATTTGGAGAGGAAGCTCTCATATTGTTC 1677
Query 1687 AAGGAAATGAAAAGTGCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACTTTTGTCGGTGTTCTTACT 1746
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGGGAAATGAAAAGTTCGGGCATAGAGCCAAATCATGTAACATTTGTCGGTGTTCTTACT 1737
Query 1747 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAACTGTATGCGACCATGCAAACT 1806
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||
Sbjct 1738 GCCTGTAGTCATGTTGGGCTGGTGGAAGAAGGCTTGAAGCTGTATGCAATCATGCAAACT 1797
Query 1807 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTGGACTTACTGGCTCGT 1866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1798 GAACACGGGATTTCACCAACAAAAGAGCACTGCTCTTGCGTGGTCGATTTGCTGGCTCGT 1857
Query 1867 GCTGGCCGTTTAAATGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1926
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GCTGGCCATTTAAACGAAGCTGAGAGATTCATCGATGAAATGAAGTTGGAACCTGATGTT 1917
Query 1927 GTCGTGTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACCCAAGGAAATGTTCATCTCGCCCAA 1986
|| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1918 GTTGTCTGGAAGACTCTACTGTCTGCATGTAAAACACAAGGAAATGTTGATCTTGCCCAA 1977
Query 1987 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAAATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2046
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 AAAGCTGCTGAAAATATTCTGAAGATCGATCCTTTCAACTCTACAGCTCATGTATTGCTC 2037
Query 2047 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAAATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2106
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TGCAGCATGCATGCTTCTTCTGGAAATTGGGAAGATGCTGCATTGTTGAGGAGCTCAATG 2097
Query 2107 AAAAAGCATGATGTTaaaaaaaTTCCAGGACAGAGCTGGATCGAAATTGAGGACAAAATT 2166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2098 AAAAAGCATGATGTTAAAAAAATTCCAGGACAGAGCTGGATCGATGTTGAGGACAAAATT 2157
Query 2167 CATATATTCTTTGCTGAGGATATTTTTCATCCAGAGAGGGACGATATATATACAGTCCTG 2226
||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CATATATTCTTTGCTGAAGATGTTCTTCATCCAGAGAGGGATGATATATATACAGTCCTG 2217
Query 2227 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCGCAACACAAGAAAAGACTCCAG 2286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2218 CACAACATCTGGTCGCAGATGCTAGATGAGTGTAATCCCCAACACAAGAAAAGATTCCAG 2277
Query 2287 TTTATCCATGAAACCG 2302
||||||||||||||||
Sbjct 2278 TTTATCCATGAAACCG 2293
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86883848845
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5