BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53590.1
Length=2352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938262 jgi|Araly1|938262|scaffold_502453.1 3768 0.0
> Ahg938262 jgi|Araly1|938262|scaffold_502453.1
Length=2381
Score = 3768 bits (2040), Expect = 0.0
Identities = 2254/2356 (96%), Gaps = 20/2356 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGGAACAACCTGACTGGGCGTATTCCGTTGGAGATAGGAAGAATTTCTTCCTTGAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 ATGTGGAACAACCTGACTGGGCGTATTCCTTTGGAGATAGGAAGAATTTCTTCCTTGAAA 81
Query 61 CTCCTACTGTTGAATGGGAACAAGTTCACGGGTAGTTTACCCCCTGAACTTGGTAACCTT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 82 CTCCTACTGTTGAATGGGAACAAGTTCACGGGTAGTTTACCCCCTGAACTTGGTAATCTT 141
Query 121 CAAAACCTAAACAGGCTTCAAGTAGATGAGAATAACATAACAGGTTCAGTTCCATTTTCA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CAAAACCTAAACAGGCTTCAAGTAGATGAGAACAACATAACAGGTTCAGTTCCATTTTCA 201
Query 181 TTTGGAAACTTGAGAAGCATAAAACATCTCCACTTAAACAATAACACGATAAGTGGAGAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 202 TTTGGAAACTTGAGAAGCATAAAACATCTCCACTTGAATAATAACACTATAAGCGGAGAA 261
Query 241 ATTCCTGTTGAGCTATCCAAATTGCCCAAGCTTGTTCACATGATACTGGACAACAATAAC 300
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 262 ATTCCGGTTGAGCTATCCAAATTGCCCAAGCTTGTTCACCTGATTCTGGACAACAATAAC 321
Query 301 TTGACTGGGACATTGCCGCTAGAGTTAGCTCAATTGCCATCCTTGACCATACTTCAGCTG 360
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 TTGACTGGGACATTGCCGCCAGAGTTAGCTCAATTGCCATCCTTGACCATACTTCAGCTG 381
Query 361 GATAACAACAACTTCGAAGGTTCAACTATTCCAGAGGCTTACGGACACTTTTCTAGATTA 420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 382 GATAACAACAACTTCGAAGGTTCAACGATTCCAGAGGCTTATGGAGACTTTTCTAGATTA 441
Query 421 GTAAAATTAAGTTTAAGGAACTGTGGACTGCAAGGATCTATTCCTGATTTAAGCAGGATA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GTAAAATTAAGTTTAAGGAACTGTGGACTGCAAGGATCAATTCCTGATTTAAGCAGGATA 501
Query 481 GAAAATCTTAGCTATCTAGACCTAAGTTGGAACCACCTCACAGGCACTATACCAGAATCC 540
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 502 CCAAATCTTAGCTATCTAGACCTAAGTTGGAACAACCTCACAGGGACTATACCAGAATCC 561
Query 541 AAGCTTTCTGACAATATGACAACAATTGAACTATCTTATAACCACCTAACTGGATCTATA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 562 AAGCTTTCTGACAATATGACAACAATTGAACTATCTTATAACCAACTAACTGGATCTATA 621
Query 601 CCACAAAGTTTCTCAGATTTGAACTCTCTTCAATTACTGTCACTTGAGAACAACAGTTTA 660
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 CCACAAAGTTTCTCAGAGTTGGGCTCTCTTCAATTACTGTCACTTGAGAACAACAGTTTA 681
Query 661 TCTGGTTCTGTCCCAACAGAAATTTGGCAGGACAAGTCTTTCGAGAATAACAAGCTGCAA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 TCTGGTTCTGTCCCAACAGAAATTTGGCAGGACAAGTCTTTCGAGAATAACAAGCTGCAA 741
Query 721 GTTGATCTCAGGAACAACAACTTCTCTGATGCCACAGGAAACCTGAGAACACCAGACAAT 780
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 GTTGATCTCAGAAACAACAACTTCTCTGATGCCACAGGAAACCTGAGAACACCAGACAAT 801
Query 781 AATGTGAAAGTATCCCCAGGAATCTGCTTGTGCACAGCACCTCTTTCGATTGATTATAGG 840
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 AATGTCAAAGTATCCCCAGGAATCTGCTTGTGTACAGCACCTCTTTCGATTGATTATAGG 861
Query 841 CTAAAGAGCCCTAGCTTCTTTTTCTTTACTCCATATATTGAACGCCAATTCAGGGAGTAT 900
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 CTAAAGAGCCCTAGCTTCTTTTTCTTCACTCCATATATTGAACGCCAATTCAGGGAGTAT 921
Query 901 ATTACCTCGTCCCTCCAACTGGAGACTCATCAACTAGCGATTGATAGACTTGTCGATGAG 960
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||
Sbjct 922 ATTACCTCGTCCCTCCAATTGGAGACTCATCAACTAGCAATTGATAGACTTCTTGATGAG 981
Query 961 AACAGGCTGCGTCCAAGAATGTACTTAAAGCTAGTCCCCAAAGGCAGAATAACATTTAAC 1020
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 982 AACAGGCTGCGTCCAAGGATGTACCTAAAGCTAGTCCCCAAAGGCAAAATAACATTTAAC 1041
Query 1021 AAGAGTGAAGTCATACGTAT-ACGGGACAGGTTTATGTCATGGAGTTTTAATAAAACTGA 1079
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AAGAGTGAAGTCATACGTATCA-GGGACAGGTTTATGTCATGGAGTTTTAATAAAACTGA 1100
Query 1080 CTTTTTTGGACCATATGAGCTGCTGGACTTCCCTCTTCAAGGACCGTATGGCTCTGTCGT 1139
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1101 CTTTTTTGGACCCTATGAACTGCTGGACTTCCCTCTTCAAGGACCGTATGGCTCTATTGT 1160
Query 1140 CGCTGCCACTGTT-TTATCAGTGACTGCAACACTTCTATATGTTAGGAAACGTCGTGA-A 1197
| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1161 CACTGCCACTGTTATT-TCAGTGAGTGCAACACTTCTATATGTTAGGAAACGTCGTGACA 1219
Query 1198 AACTCACATACGCTCACCAAAAAACGTGTTTTCAGAACAATATCTCGGGAAATCAAAGGG 1257
|| || ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1220 AA-TCCCATACACTCACCAAAAAGCGTTTTTTCAGAGCAATATCTCGGGAAATTAAAGGG 1278
Query 1258 GTGAAGAAGTTCAGTTTTGTAGAACTGTCGGATGCAACTAATGGTTTTGACAGCTCCACA 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1279 GTGAAGAAGTTCAGTTTTGTAGAACTGTCGGATGCAACTAATGGTTTTGATAGCTCCACA 1338
Query 1318 CTGATTGGTAGAGGTAGCTATGGAAAGGTCTACAAAGGCATTTTGTCAAATAAAACCGAA 1377
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1339 ATGATCGGTAGAGGTAGCTATGGAAAGGTCTACAAAGGCATTTTGCCAAATAAAACTGAA 1398
Query 1378 GTTGCCATCAAACGAGGAGAAGAAACTTCTCTGCAGAGCGAAAAAGAGTTTCTGAATGAG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1399 GTTGCCATCAAACGAGGAGAAGAAACTTCTCTGCAGAGCGAGAAAGAGTTTCTGAATGAG 1458
Query 1438 ATCGATCTACTTTCGAGGTTACATCACCGGAATCTTGTGTCGCTTATTGGCTACAGTAGT 1497
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 ATCGATCTGCTTTCGAGGTTACATCACCGAAATCTTGTGTCGCTTATTGGCTACAGTAGT 1518
Query 1498 GACATCGGGGAACAGATGCTGGTATATGAGTATATGCCTAATGGAAATGTGCGTGATTGG 1557
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1519 GATATCGGGGAACAGATGCTGGTATATGAGTATATGCCTAATGGCAATGTGCGTGATTGG 1578
Query 1558 CTTTCAGTGGTTTTACATTGTCACGCAGCTAATGCTGCAGACACATTGAGCTTTAGCATG 1617
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1579 CTTTCAGTGGTTTTACATTGTCATGCAGCTAATGCTACAGACACATTGAGCTTTAGTATG 1638
Query 1618 AGGTCACATGTGGCGTTAGGTTCAGCTAAAGGGATTCTTTACCTTCACACTGAAGCAAAT 1677
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 AGGTCACATGTGGCGTTGGGTTCAGCTAAAGGGATTCTTTACCTTCACACTGAAGCAAAT 1698
Query 1678 CCGCCAGTTATTCACCGCGATATCAAAACCAGCAACATACTCTTGGACTGTCAGCTTCAT 1737
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1699 CCGCCTGTTATTCACCGCGATATCAAAACCAGCAACATACTCTTGGACTGTCAGCTTCGT 1758
Query 1738 GCTAAGGTTGCTGATTTTGGATTGTCACGGTTGGCTCCTGCTTTTGGGGAGGGAGATGGT 1797
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 GCTAAAGTTGCTGATTTTGGACTGTCACGGTTGGCTCCTGCTTTTGGGGAGGGAGATGGT 1818
Query 1798 GAGCCCGCCCATGTATCAACAGTAGTAAGAGGAACACCGGGATATCTGGATCCAGAGTAT 1857
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1819 GAGCCTGCCCATGTATCAACCGTAGTAAGAGGAACACCGGGATATCTGGATCCAGAATAC 1878
Query 1858 TTCATGACTCAGCAATTGACGGTGA-GAAGTGATGTGTACAGCTTTGGAGTAGTGTTGCT 1916
||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1879 TTCATGACTCAGCAATTGACGGTGAAGA-GCGATGTGTACAGCTTCGGAGTAGTATTGCT 1937
Query 1917 TGAGCTTTTGACTGGAATGCACCCATTCTTTGAGGGTACACATATTATCCGCGAGGTACT 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 TGAGCTTTTGACTGGAATGCACCCATTCTTTGAGGGTACACATATTATCCGCGAGGTACA 1997
Query 1977 TTTCTTGACTGAGCTCCCACGTAGATCTGATAATGGAGTAGCTAAATCTGTGAGGACCGC 2036
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | | | || | ||
Sbjct 1998 TTTCTTGACTGAGCTCCCACGTAAACCTGATAATGGAGT-G--A-----G-GACG---GC 2045
Query 2037 GAATGAATGTGGAACGGTTTTGTCAGTGGCGGATAGTCGGATGGGACAATGTTCGCCCGA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 GAATGAATGTGGAACGGTTTTGTCAGTGGCGGATAGTCGGATGGGACAATGTTCGCCCGA 2105
Query 2097 TAAAGTGAAGAAGTTGGCGGAATTAGCTTTATGGTGTTGTGAAGATAGACCAGAGACGAG 2156
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2106 TAAAGTGAAGAAGTTGGCGGAATTAGCGTTATGGTGTTGTGAGGATAGACCAGAGACGAG 2165
Query 2157 ACCACCAATGTCAAAAGTGGTGAAAGAACTTGAAGGTATTTGCCAATCTGTGCGAGAACC 2216
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 ACCACCAATGTCAAAAGTGGTGAAGGAACTTGAAGGTATTTGCCAATCTGTGCGAGAACC 2225
Query 2217 CGAAATGTTCTCAGAAACAACGAAATTACTCTGCTCCAAAACATCGCCGTCATCTTCTTC 2276
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 CGAAATGTTCTCAGAAACAACGAAATTGCTCTGCACCAAAACATCGCCGTCATCTTCTTC 2285
Query 2277 TGTACCCTCGCCATTGTCTTTACTTCCTGGAAGTAACTTGGACAGTGGCTTTTTCCACGC 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 CGTACCCTCGCCATTGTCTTTACTTCCTGGAAGTGACTTGGACAGTGGCTTTTTCCACGC 2345
Query 2337 TGTAAAACCTCGTTGA 2352
||||||||||||||||
Sbjct 2346 TGTAAAACCTCGTTGA 2361
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88597909870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5