BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G53700.1
Length=2605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938279 jgi|Araly1|938279|scaffold_502470.1 3690 0.0
> Ahg938279 jgi|Araly1|938279|scaffold_502470.1
Length=2310
Score = 3690 bits (1998), Expect = 0.0
Identities = 2201/2300 (96%), Gaps = 10/2300 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 CTGAAAACTATGGCTTTCTCTTCATGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 74
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 18 CTG-AAACTATGGCTTTCTCTTCGTGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 76
Query 75 GTAACCCTAACTCATCATTCCTTCTCTCTCAATCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCC 134
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 GTAACCCTAACTCACCATTCCTTCTCTCTCAAGCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCT 136
Query 135 TTCGCTTCTCCTCACTCAGCAGCTCTCTCCTCTACCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 194
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 TTCGCTTCTCCTAACTCAGCAGCTCTCTCCTCTTCCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 196
Query 195 CGTAGCCAGCCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 254
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 CGTAGCCAGGCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 256
Query 255 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTATACGAAGAGATTCTCCTTCGGCTAGGTCGGTCTGGT 314
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 257 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTTTACGAGGAGATTCTCCTCCGGTTGGGTCGGTCTGGT 316
Query 315 TCGTTTGATGACATGAAGAAA-ATTCTTGAAGACATGAAGAGTTCCA-GATGCGAAATGG 372
||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 317 TCGTTTGATGATATG-AGAAAGATTCTGGAAGATATGAAGAACT-CAGGATGCGAAATGG 374
Query 373 GTACTTCTACTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAGTTCGAATTGCAAGATGAGA 432
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 375 GTACTTCTCCTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAATTCGAATTGCATGATGAGA 434
Query 433 TTTTAAGTGTTGTTGATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 492
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TTTTAGGTGTTGTTCATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 494
Query 493 ATAACCGGATGTTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAGTCTGAAACTCGTTGAGATTTCTC 552
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 495 ATAACCGGATGCTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAATCTGAAACTTGTTGAGATTGCTC 554
Query 553 ACGCGAAGATGAGTGTCTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATCA 612
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 555 ACGCGAAGATGAGTGTTTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATTA 614
Query 613 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCTA 672
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 615 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCGA 674
Query 673 GTTACGGTCTTGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGGTTATGCAAGGCTATATTGAAG 732
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 675 GTTACGGTCTAGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGATTATGCAAGGCTACATTGAAG 734
Query 733 AAGGGGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGTTGTTCAT 792
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 735 AAGGTGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGGTGTTCAT 794
Query 793 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTTTGTAAGGAAGGGAGAGTCGAAG 852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 795 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTCTGCAAGGAAGGGAGAGTTGAAG 854
Query 853 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTTCCGGATCAGTACA 912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 855 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTCCCGGATCAGTATA 914
Query 913 CGTTTAATACGTTAGTTAATGGTTTGTGTAAAGCAGGGCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 972
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 CGTTTAACACGTTAGTTAACGGTTTGTGTAAAGCAGGCCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 974
Query 973 TTATGGATGTGATGCTTCAAGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACTTATAACTCGGTGA 1032
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 975 TTATGGATGTGATGCTTCAGGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACATATAACTCGGTGA 1034
Query 1033 TTTCGGGTTTGTGTAAGCTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1092
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TCTCGGGTTTGTGTAAACTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1094
Query 1093 TTACTAGAGATTGTTCTCCGAACACGGTTACTTACAACACTTTGATCAGCACGTTATGTA 1152
| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1095 TCACTAGAGATTGTTCTCCAAACACGGTTACTTATAACACTTTGATCAGCACATTATGCA 1154
Query 1153 AAGAGAATCAGGTCGAGGAAGCTACGGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATCC 1212
| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1155 AGGAGAATCAGGTTGAGGAAGCCACTGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATTC 1214
Query 1213 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTTTGATCCAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1272
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTCTGATACAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1274
Query 1273 GGGTTGCGATGGAGTTGTTTGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1332
|||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 GGGTCGCGATGGAGCTGTTCGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1334
Query 1333 CTTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTGAACA 1392
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1335 CGTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTAAACA 1394
Query 1393 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCACGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1452
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCTCGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1454
Query 1453 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAGACTAGAGAAGCCGAGGAGATATTTGATGAGATGG 1512
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 1455 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAAATTAGAGAAGCCGAAGAGATATTCGATGAAATGG 1514
Query 1513 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCTGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1572
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCCGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1574
Query 1573 AAAGCAGGCGAGTAGAGGACGCGGCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1632
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 AAAGCAGGCGAGTTGAAGACGCGTCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1634
Query 1633 AACCTGACAAGTACACATACAACTCGCTTTTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1692
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 AACCTGACAAGTTCACATACAACTCGCTTCTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1694
Query 1693 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAATGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAACGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1754
Query 1753 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1814
Query 1813 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTAATTTGACACCGCATGCTTATAATCCGGTGA 1872
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1815 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTGCTTTGACACCGCATGCTTATAACCCGGTGA 1874
Query 1873 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1934
Query 1933 TTGAACAGAATGAAGCTCCACCAGATGCAGTATCCTACAGAATCGTTTTCCGTGGGCTAT 1992
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1935 TTGAACAGAATGAAGCTGCACCAGATGCAGTATCTTACAGAATTGTTTTCCGTGGGCTAT 1994
Query 1993 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2054
Query 2053 GATTTGTACCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2112
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 GGTTTGTGCCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2114
Query 2113 TGGAAGAAACACTAGTCAAGTTAGTGAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2172
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 TGGAAGAGACACTAGTCAAGTTAGTTAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2174
Query 2173 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2175 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2234
Query 2233 CTCTTGGCGGCGTCTTGGACAGTCGCCAGCCGAGGAGAACCTACCGGTCAAGATGATAGA 2292
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2235 CTCTTGGCGGTGTCTTGGACAGTCGTCAGCCGAGGAGAACTTACCGGTCAAGATGATA-- 2292
Query 2293 TACCTTTAGAAAAA-GTATC 2311
|||||||||||| |||||
Sbjct 2293 --CCTTTAGAAAAAAGTATC 2310
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98234741855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5