BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G54230.2
Length=3615
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485820 jgi|Araly1|485820|fgenesh2_kg.5__1812__AT3G54230.1 5319 0.0
> Ahg485820 jgi|Araly1|485820|fgenesh2_kg.5__1812__AT3G54230.1
Length=3450
Score = 5319 bits (2880), Expect = 0.0
Identities = 3227/3391 (95%), Gaps = 37/3391 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 127 TTTATACGGCTACTTCATCGCTCGAGCTCTCTCGTTTCTGTATCGATCGCAGCGTATCTG 186
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 69 TTTATACGGCTACTTCATCGCTCGAGCTCTCTCG-CTCTCTATCGATCGCTGCGTATCTG 127
Query 187 ATTTGTCACCGGTTTCAGCTCATCTTCATCTTCCATTCACTGGTGTCTTTGGTCCGGCGT 246
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 ATTTGTCACCGGTTTCAGCTCGTCTCCATCTTCCATTCACTGGTGTCTTTGGTCCGGCGT 187
Query 247 CGTT--GTGCTGCTTTCAGTTCATCACAGGAAAGAGCTTTAAATATTAAGCTTTGAATAT 304
| || | | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||| |||||
Sbjct 188 C-TTCGGGGTTGCTTTCAGTTCATCAGAGGAAAGAGCTTTAAACATTGAGGTTTCAATAT 246
Query 305 TCTCTCAGACCATCAAAGATTTGCTTGGTGCACTGGCCGGAAATGGATCCTAGTCGATAT 364
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 TCTCTTTGACCATCAAAGATTTGCTTGGTGTACTGGCGGGAAATGGATCCTAGTCGATAT 306
Query 365 GGTCGTCAGCAAGAATGGGATAATAACAGTGCTCCGGAGGGTTATGGTACTCAGCATGAT 424
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||
Sbjct 307 GGTCATCAGCAAGAATGGGATAATAACAGTGCTCCGGAGGGTTTTGGTTCTCAGCACGAT 366
Query 425 CCAAATCATCGGTTTGGCGTATCATATGATGACGGATATCCTGATGAAAGGTTGATGCGG 484
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 CCAAATCATCGGTTTGGCGTATCATATGATGAGGGATATCCTGATGAAAGGTTGATGCGG 426
Query 485 GATGATGTCTACAACTATCCACCTGGACATAATACTCTGGGTGACTTGCCTCAATCTAGA 544
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 427 GATGATGTCTACAATTATCCACCTGGGCATAATACTCTGGGTGCCTTGCCTCAATCTAGA 486
Query 545 AAGCGAAACTATGAAGAAAATTATC-CCAGTGAACTTCGCAGGCAAGAAAAGCCTTACAT 603
| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 AGGCGAAACTATGAAGAAAATTATCATC-GTGAACATCGCAGGCAAGAAAAGCCTTACAT 545
Query 604 CGATTCAAATTATGCTGCTGACTATTATCATGATAGTGAAGCTGGGAGTCGTAATGGACA 663
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 546 CGATTCAAATTATGCTGCTGACTATTATCACGATAGTGAAGCTGGGAGTCGTAATGGATA 605
Query 664 TTACCGTGATCATGAACACGAAAGGTCGTCCAGATATGATGGCTGCGATGACTATTCTTG 723
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 606 TTACCGTGATCATGAACACGAAAGGTCGTCCCGATATGATGGCCGCGATGACTATTCTTG 665
Query 724 TAATGATAACAACTATAGATCGAAAAATTACCATCATAGCAGAGATGATGGTCGTGAAAA 783
||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 TAACGATAATAACTATAGATCTAGAAATTACCATCATAGCAGAGATGATGGTCGTGAAAA 725
Query 784 AGATTATGATTATACTCGCCGAAGTTATGATTCTGAGTATGAAAG-GGCCAGTGTGAGAG 842
||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||
Sbjct 726 AGATTATGATTATTCTCGCCGGAGTTATGATTCTGATTATGAAAGAGG-CAGTGTAAGAG 784
Query 843 ATGGCAGTCGAAAGAGCCGTGATCCGCAGGACAGAGAACGGAATTCTCGAGATAGAGAAT 902
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 785 ATGGCAGTCGAAAGAGCCGTGATACGCAGGATAGAGAACGGAATTCACGAGATAGAGAAT 844
Query 903 GGGATTCACGTGATAGGGAGTGGGACAAAAGATGTTACAGCCGCGAAAGAGATGAGAGTC 962
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 GGGACTCACGTGATAGGGAGTGGGACAAAAGATGTTTCAGCCGCGAAAGAGATGAGAGTC 904
Query 963 CTCATAAGAGATATGAGAAGTCACGATCTCGATCTACCGGACGTGGGGAGTTCTCTAGAT 1022
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 905 CTCATAAGAGATATGAGAAATCACGATCTCGATCTACCGGACGTGGTGAGTTCTCTAGAT 964
Query 1023 CAAGATCTCCTAGAGGTCGGAGCCATGGGCGGAGTTACCGGGAGGACAGCTATGAGGGGG 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 CAAGATCTCCTAGAGGTCGGAGCCATGGGCGGAGTTACCGGGAGGACAGCTATGAGGGGG 1024
Query 1083 ATCACTGGAATGAAAGTGAGAGGCGAAGAGAATATGAAGATAGACATAACCAGGATCATT 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1025 ATCACTGGAATGAAAGTGAGAGGCGAAGAGAATATGAAGATAGACATGACCAGGATCATT 1084
Query 1143 TTTCTGCTACCCCATCCGCCACTGTTGTTGTGAAGGGTCTCTCTATGAAATCAACAGAAG 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1085 TTTCTGCTACCCCATCCGCCACTGTTGTTGTGAAGGGTCTCTCGATGAAATCAACAGAAG 1144
Query 1203 AAGATCTATACCAGATTCTGGCTGAATGGGGTCCTTTGCATCATGTTCGTGTTATTCGGG 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1145 AAGATCTATACCAGATTCTGGCTGAATGGGGTCCTTTGCATCATGTTCGTGTGATTCGGG 1204
Query 1263 AGCAAAATTCTGGGATTTCTCGTGGATTTGCTTTTATTGATTTCCCCACGGTGGATGCCG 1322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1205 AGCAAAATTCTGGGATTTCTCGTGGATTTGCTTTTATTGATTTCTCCACTGTGGATGCCG 1264
Query 1323 CACGCACCATGATGGATAGAATTGAGCATGATGGTATAGTTTTGGATGGAAGGAAACTTA 1382
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1265 CACGCACCATGATGGATAGACTTGAGCATGATGGTATAGTTTTGGATGGAAGGAAGC-TA 1323
Query 1383 TG-TTCCATTACAGCAGCCAACCTACTGGTAGGGCTGGTGTGTCCCGTAGGCAGGAACAT 1441
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 AGTTTCCATTACAGCAGCCAACCTATTGGTAGGGCTGGTGTGTCCCGTAGGCAGGAACAT 1383
Query 1442 GCTTCTAGACGCAGTTATGGTGGAAGTCGAAACATGATAGTTCCCACAGATTGGATCTGT 1501
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 GCTTCTAGACACAGTTATGGTGGAAGTCGAAACATGATAGTTCCCACAGATTGGATCTGT 1443
Query 1502 ACAATCTGTGGCTGTATCAATTTTGCGCGGCGAACCTCTTGCTTTCAGTGTAATGAACCA 1561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 ACAATCTGTGGCTGTATCAATTTTGCGCGGCGAACCTCCTGCTTTCAGTGTAATGAACCA 1503
Query 1562 AAGACCAAGGATTCTCCTTCAGCGGATGTAGGTTTATCAAACTCTGCAGCAGGAAAACGA 1621
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1504 AAGACCAAGGATTCTCCTTCAGCTGATGTAGGTTTATCAAACTCAGCACCAGGAAAACGA 1563
Query 1622 ATTTCTGAGACAGGTCCAACTCATGTCCTGGTTGTACGTGGGTTGGATGAAGATGCTGAT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 ATTTCTGAGACAGGTCCAACTCATGTCCTGGTTGTACGTGGGTTGGATGAAGATGCTGAT 1623
Query 1682 GAGGAAATGCTTCGGTATGAATTTTCCAAACATGCTCCTATCAAGGATCTTCGTCTTGTG 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GAGGAAATGCTTCGGTATGAATTTTCCAAACATGCTCCTATCAAGGATCTTCGTCTTGTG 1683
Query 1742 AGAGACAAATTCACTCATGTTTCACGAGGATTTGCATTCGTGCATTTCTATTCGGTTGAG 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1684 AGAGACAAATTCACTCATGTTTCACGAGGATTTGCATTCGTACATTTCTGTTCGGTTGAG 1743
Query 1802 GATGCTACTAAGGCACTTGAAGCAACAAACAGAACAGCTCTTGAAAGGAATGGTAAAATT 1861
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 GATGCTACTAAGGCACTTGAAGCAACAAACGGAACAGCTCTTGAAAGGAATGGTAAAATT 1803
Query 1862 CTTAGAGTTGCGTATGCAAAGAGTGTTCATGGTTCTGGAACTGGTATATCAGCACCCTCG 1921
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 CTTAGAGTTGCATATGCAAAGAGTGTTCATGGTTCTGGAACTGGTATATCAGCACCCTCT 1863
Query 1922 CACTCCAACAACCTCGCTGCTGCTGCAATTGAAGCAGCAACGTTTTCTCAACAGTATGAC 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1864 CACTCCAACAACCTCGCTGCTGCTGCAATTGAAGCAGCAACATTTTCGCAACAGTATGAC 1923
Query 1982 GGTGTTGGATGGGCTCCAAAGGAATACAATACTGGTGAGAAACAAAACACTGGAGGGCAG 2041
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1924 GGTGTTGGATGGGCTCCAAAGGAATACAATCCTGATGAGAAACAAACCACTGGATGGCAG 1983
Query 2042 GCCCAGGGTGTTGGGGAAATTGAATCCCAGAAAGGGACTTCTGCTCCACAGTCTGGCTAT 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 GCCCAGGGTGTTGGGGAAATTGAATCCCAGAAAGGAACTTCTGCTCCACAGTCTGGCTAT 2043
Query 2102 GTGTGGGATGAAGCATCTGGTTATTACTATGATGCGGCTTCTGGATACTACTACGATGGA 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 GTGTGGGATGAAGCATCTGGTTATTACTATGATGCGGCTTCTGGATACTACTACGATGGA 2103
Query 2162 AATTCAGGTCTCTATTATGACAGCAATAGTGGGCTTTGGTACTCGTATGACCAGCAAACA 2221
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 AATTCAGGTCTTTATTATGACAGCAATAGTGGGCTTTGGTACTCGTATGACCAGCAAACG 2163
Query 2222 CAACAATATGTTCCTTGTCCTGATCAGAACAATGAGAGTAAAGTAACAGAAAACCAACCA 2281
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2164 CAACAATACGTTCCTTGTCCTGATCAGAACAATGAGAGTAAATTAACAGAAAACCAACCA 2223
Query 2282 GACTCTGCCAAGAAGGAGAAATCCAGTCAACAAAAGGTTATTATCTCGGCGGCTACTACC 2341
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 GACTCTGCCAAGAAGGAGAAATCCAGTCAACAAAAAGTTATTATCTCGGCGGCTACTACC 2283
Query 2342 CCTAATGTAGAAAAAGTTCTGTCCTTACCAGATGCGGTTCAGGCGGCTGCTGCAGCAGCA 2401
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2284 CCTAATGTAGAAAAAGCTCTGTCCTTACCAGATGCGGTTCAGGCGGCTGCAGCGGCAGCA 2343
Query 2402 ATTGCATCagagaagagagagaaagagagagtgaaagagaTAAAACTTGCATCAAAGACT 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2344 ATTGCATCAGAGAAGAGAGAGAAAGAGAGAGTGAAGGAGATAAAACTTGCGTCAAAGACT 2403
Query 2462 AGCCTACTCGCCAGCAAGaaaaaaaTGAGTAACGTTTTAACAATGTGGAAGCAGCGGAGC 2521
|||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 AGCCTACTGGCTAGCAAGAAAAAAATGAATAACGTTTTAACAATGTGGAAGCAGCGGAGC 2463
Query 2522 CATGAAACCCAAATACAACGTCCCTCACCCTCACTTGGTGACAATCCACCTACAGTT-TC 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2464 CATGAAACCCAAATACAACGTCCCTCACCCTCACTTGTTGACAATCCACCTACAGTTCT- 2522
Query 2581 GGCTGAAGCAAGGTCGTCTTTCTCCACTGGACAATCCATGGGCAAACTGAAATCTGATGT 2640
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2523 GGCTGAAGCGAGGTCGTCTTTCTCCACTGGACAATCCATGGAAAAACTGAAATCTGATGT 2582
Query 2641 AATTATTGCGAAGGAGAGAAGTACCTCCAATCATGGAGTTTCTGCCCTGACAACTGCAGA 2700
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2583 AATTATTGCGAAGGAGAGGAGTAATTCCAATCATGGAGTTTCTGCTCTGACAACTGCAGA 2642
Query 2701 AAGCTCGAGCAGCAGTACAACAGGAGGAACTTTGATGGGGGTGATGAGAGGTTCTTTTGG 2760
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AAGCTCGAGCAGCAGTACAACAGGAGGACCTTTGATGGGGGTGATGAGAGGTTCTTTTGG 2702
Query 2761 AGGAACTTTGGGTGGAGCTTCTTCTTCAGCTAGTGTACAAATGCCGCCAATATTACCTTC 2820
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 2703 AGGAACTGTGGGAGGAGCTTCTTCTTCAGCTAGTGTACAAGTGCCGCCAGTTTTACCTTC 2762
Query 2821 TGCTTCTCCAGCTTCGG-T----TT-CAGTTTCTGGGAGTGGGAGAAGAAGGTTCTCTGA 2874
||||||| ||| ||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 TGCTTCTTCAGTTTCGGCTCCGGTTTCAGTTTCCGGGAGTGGGAGAAGAAGGTTCTCTGA 2822
Query 2875 AACACCGACTGCAGGGCCTACTCATAGAGAACAGCCTCAGACATCATACCGGGACCGTGC 2934
|| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2823 AAAACCGACTGCAGTGCCTACTCACAGAGAACAGCCTCAGACATCATACAGGGACCGTGC 2882
Query 2935 TGCAGAAAGAAGAAACTTGTATGGCTCATCAACATCAAGTGGAAATGATGTTATTGATTC 2994
|||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 TGCAGAAAGAAGAAACTTATACGGCTCATCAACTTCAAGTGGAAATGATGTTATTGATTC 2942
Query 2995 AAGTGAGGATTTAATGGGGTTGAGGAAAGGTTCATCGGATCCAACACCATTTCCTCCTGG 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2943 AAGTGAGGATTTAATGGGGTTGAGGAAAGGTTCATTGGATCCAACACCTTTTCCTCCTGG 3002
Query 3055 TGTGGGTGGACGTGGGATTACAACAAGCACCGAAGTCAGTAGTTTCGATGTGATTACAGA 3114
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 TGTGGGTGGACGTGGGATTACAACAACCACCGAAGTCAGTAGTTTCGATGTGATTACAGA 3062
Query 3115 AGAGAGAGCAATAGATGAGAGTAACGTGGGAAACAGAATGCTGAGGAACATGGGTTGGCA 3174
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3063 AGAGAGAGCAATAGACGAGAGTAACGTGGGAAACAGAATGCTGAGGAACATGGGGTGGCA 3122
Query 3175 CGAAGGATCGGGTTTGGGGAAAGACGGGAGCGGAATGAAAGAACCGGTGCAAGCGCAAGG 3234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3123 TGAAGGATCGGGTTTGGGGAAAGACGGGAGCGGAATGAAAGAACCGGTGCAAGCACAAGG 3182
Query 3235 CGTTGATAGGAGAGCAGGACTTGGGAGTCAGCAGAAGAAAGTTGATGCTGAGTTTGAGGT 3294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CGTTGATAGGAGAGCAGGACTTGGGAGTCAGCAGAAGAAAGTTGATGCTGAGTTTGAGGT 3242
Query 3295 TCAGCCTGGTGACACTTACAGAACTCTTCTCCATAAGAAAGCACTTGCGAGATTTCGTGA 3354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3243 TCAGCCTGGTGACACTTACAGAACTCTTCTCCATAAGAAAGCACTTGCGAGGTTTCGTGA 3302
Query 3355 CATGTCTGACAATAATTGACTCTCTCTGTGTGTAAAGTCAGTTGGAAAC-TTCTAAATTC 3413
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || | ||
Sbjct 3303 CATGTCTGACAATAATTGACTGTTTCTGTGTGTAAAGTCAGTTAGAAATGTTTT---TTG 3359
Query 3414 C-G-TTGTGCTT-AAACTGTGAAAGTGATTTTGATTTTGTTCTTT----T-T---GTT-A 3461
| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |
Sbjct 3360 AAGGTTGTG-TTCAAACTGTGAAAGTGATTTTGACTTTGTTCTTTCAAGTCTTTTGTTGA 3418
Query 3462 A--ATTATTATTAATGAAAAGAGACAGATTA 3490
| |||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3419 ATTATTATTATTAATAAAAAGAGACGGATTA 3449
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136550571924
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5