BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G54440.3
Length=3613
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485844 jgi|Araly1|485844|fgenesh2_kg.5__1836__AT3G54440.1 5437 0.0
> Ahg485844 jgi|Araly1|485844|fgenesh2_kg.5__1836__AT3G54440.1
Length=3543
Score = 5437 bits (2944), Expect = 0.0
Identities = 3201/3325 (96%), Gaps = 17/3325 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 216 AGGGGCTTTGAGGTACTGGTATCAGCGGAACAACGTGGATCTCACCGTATCAAAATCTGC 275
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 AGGGGCTTTGAGGTACTGGTATCAGCGCAATAACGTGGATCTCACCGTATCAAAATCTGC 288
Query 276 TGTTTGGAATGATGATGCTGTTCAAGCTGCTCTTGATAGCGCTGCTTTTTGGGTTGACGG 335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 289 TGTTTGGAATGATGATGCTGTTCAAGCTGCTCTTGATAGCGCTGCTTTTTGGGTCGATGG 348
Query 336 CTTGCCCTTTGTTAAGTCTTTATCTGGTTACTGGAAGTTTTTCTTGGCTCCTAAACCTGC 395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 CTTGCCCTTTGTTAAGTCTTTATCTGGTTACTGGAAGTTTTTCTTGGCTCCTAAACCTGC 408
Query 396 TAATGTTCCTGACAAATTTTATGATGCTGCCTTTTCTGATTCAGACTGGAATGCTTTACA 455
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 409 TAATGTTCCTGACAAATTTTATGATGCTGCATTTCCTGATTCAGACTGGAACGCTTTACC 468
Query 456 GGTTCCTTCCAACTGGCAGTGTCATGGATTTGATCGGCCTATCTATACGAATGTGGTGTA 515
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 CGTTCCTTCCAATTGGCAGTGTCATGGATTTGATCGGCCTATCTATACGAATGTGGTGTA 528
Query 516 CCCTTTCCCGAATGATCCTCCTTATGTTCCTGAGGATAATCCTACTGGTTGCTACAGAAC 575
||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 CCCTTTCCCGAATGACCCGCCTCATGTTCCTGAGGATAATCCTACTGGTTGCTACAGAAC 588
Query 576 CTACTTCCAGATTCCCAAAGAATGGAAGGACAGAAGAATACTTCTTCACTTTGAAGCTGT 635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 CTACTTCCAGATTCCCAAAGAATGGAAGGACAGAAGAATACTTCTTCACTTTGAAGCTGT 648
Query 636 AGACTCCGCATTCTTTGCTTGGATAAATGGCAACCCTGTTGGGTACAGTCAAGACAGCAG 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 AGACTCCGCATTCTTTGCTTGGATAAATGGCAACCCTGTTGGGTACAGTCAAGACAGCAG 708
Query 696 GTTACCTGCTGAATTTGAAATATCTGATTATTGCTATCCATGGGACTCGGGAAAACAAAA 755
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 709 GTTACCGGCTGAATTTGAAATATCTGATTATTGCTATCCATGGGACTCGGGGAAACAAAA 768
Query 756 TGTTCTTGCTGTTCAAGTCTTTAGATGGAGTGATGGTTCATACCTTGAAGACCAAGATCA 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TGTTCTTGCTGTTCAAGTCTTTAGATGGAGTGATGGTTCATACCTTGAAGACCAAGATCA 828
Query 816 TTGGTGGTTGTCTGGTATTCATCGAGATGTGCTTTTGTTAGCAAAGCCCAAGGTCTTCAT 875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 829 TTGGTGGTTGTCTGGTATTCATCGAGATGTGCTTTTGTTAGCAAAGCCCAAGGTATTCAT 888
Query 876 TGCTGACTACTTTTTCAAGTCAAAATTGGCAGATGACTTTTCATACGCAGACATCCAGGT 935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 889 TGCTGACTACTTTTTCAAGTCAAAATTGGCAGATGACTTTTCCTACGCAGACATCCAGGT 948
Query 936 TGAAGTGAAGATTGACAATATGCAGGAGTCCTCAAAGGATCTTGTTCTTTCTAACTTCAT 995
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 TGAAGTGAAGATAGACAATATGCAGGAGTCCTCAAAGCATCTTGTTCTTTCTAACTTCAT 1008
Query 996 CATAGAGGCTGCCATATTTGATACAAAAAATTGGTACAACTCTGAAGGATTTAGTTGTGA 1055
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1009 CATAGAGGCTGCCGTATTTGATACTAAAAATTGGTACAACTCTGAAGGATTTAATTGTGA 1068
Query 1056 ACTTTCTCCCAAGGTGGCTAATTTGAAGCTTAATCCTTCTCCAAGCCCAACTCTTGGATT 1115
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 ACTTTCTCCCAAGGTGGCTCATTTGAAGCTTAATCCTTCTCCAAGCCCAACTCTTGGATT 1128
Query 1116 TCATGGTTACTTGCTTGAGGGAAAACTGGATTCGCCAAATCTCTGGTCAGCTGAACAACC 1175
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 TCATGGTTATTTGCTTGAGGGAAAACTGGATTCGCCAAATCTCTGGTCAGCTGAACAACC 1188
Query 1176 AAATGTTTACATCCTCGTTTTAACTCTAAAAGATACATCTGGGAAAGTCCTTGATTCTGA 1235
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 AAATGTTTACATCCTCGTTTTAACCCTAAAAGATACATCTGGGAAAGTCCTTGATTCTGA 1248
Query 1236 ATCAAGCATTGTGGGCATTCGGCAAGTATCAAAGGCCTTTAAACAGCTTCTTGTTAATGG 1295
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 ATCAAGCATTGTTGGCATTCGGCAAGTATCAAAGGCCTTCAAACAGCTTCTTGTTAATGG 1308
Query 1296 GCACCCAGTCGTGATAAAAGGTGTAAACAGGCATGAGCACCATCCACGTGTTGGGAAGAC 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GCACCCAGTCGTGATAAAAGGTGTAAACAGGCATGAGCACCATCCACGTGTTGGGAAGAC 1368
Query 1356 GAATATAGAGGCATGCATGGTCAAGGATTTAATTATGATGAAAGAATATAATATCAATGC 1415
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 GAATATAGAGGCCTGCATGGTCAAGGATTTAATCATGATGAAAGAATATAATATCAATGC 1428
Query 1416 GGTGCGAAACAGTCATTATCCTCAACATCCCCGCTGGTATGAATTATGTGATTTGTTCGG 1475
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GGTGCGGAACAGTCATTATCCTCAACATCCCCGCTGGTATGAATTATGTGATTTGTTCGG 1488
Query 1476 CATGTACATGATCGATGAAGCCAATATAGAGACACATGGTTTTGATCTCTCTGGGCATCT 1535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 CATGTACATGATCGATGAAGCCAATATAGAGACACACGGTTTTGATCTCTCTGGGCATCT 1548
Query 1536 GAAGCACCCTGCAAAAGAGCCAAGCTGGGCAGCTGCTATGCTGGATCGAGTAGTTGGGAT 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 GAAGCACCCTGCAAAAGAGCCAAGCTGGGCAGCCGCTATGCTGGATCGAGTAGTTGGGAT 1608
Query 1596 GGTTGAAAGAGACAAAAACCATACATGCATAATTTCTTGGTCACTTGGAAATGAGGCTGG 1655
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1609 GGTTGAAAGAGATAAAAACCATACATGCATAATTTCTTGGTCACTGGGAAATGAGGCTGG 1668
Query 1656 CTATGGGCCCAATCATTCTGCCATGGCAGGTTGGATTAGGGAAAAGGACCCCTCACGGTT 1715
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1669 CTATGGGCCTAATCATTCTGCTATGGCAGGTTGGATTAGGGAAAAGGACCCCTCACGGCT 1728
Query 1716 GGTGCACTATGAAGGTGGTGGTTCCAGAACAAGTTCTACAGATATAGTCTGCCCTATGTA 1775
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 GGTGCATTATGAGGGTGGTGGTTCCAGAACAAGTTCTACTGATATAGTCTGCCCTATGTA 1788
Query 1776 CATGCGGGTTTGGGACATCATCAAGATTGCACTTGATCAAAATGAATCACGGCCGTTGAT 1835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1789 CATGCGGGTTTGGGACATCATCAAGATTGCACTTGATCAAAATGAATCACGGCCATTGAT 1848
Query 1836 ATTATGCGAGTATCAACATGCTATGGGTAACAGCAACGGGAATATAGATGAGTACTGGGA 1895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1849 ATTATGCGAGTATCAACATGCTATGGGTAACAGCAACGGGAATATAGACGAGTACTGGGA 1908
Query 1896 GGCAATTGACAATACCTTTGGCCTGCAAGGAGGTTTCATATGGGACTGGGTTGACCAGGG 1955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 GGCAATTGACAATACCTTTGGCCTGCAAGGAGGTTTCATATGGGACTGGGTTGACCAGGG 1968
Query 1956 GCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGA 2015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 GCTATTGAAACTGGGGTCAGATGGCATTAAGCGTTGGGCATATGGAGGGGACTTTGGTGA 2028
Query 2016 CCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTATATGGCCTGACCGAACTCCTCA 2075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 CCAGCCTAATGATTTGAACTTCTGTCTCAATGGGCTTATATGGCCTGACCGAACTCCTCA 2088
Query 2076 TCCAGCACTCCATGAGGTTAAGCATTGTTACCAACCAATCAAGGTTTCATTGACGGATGG 2135
||||||||| ||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 TCCAGCACTTCATGAGGTTAAGCATTGCTATCAGCCAACCAAGGTTTCATTGACGGATGG 2148
Query 2136 CATGATAAAGGTTGCAAACACTTACTTTTTCAACACAACAGAAGAATTGGAGTTTAGCTG 2195
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2149 CTTGATAAAGGTTGCAAACACTTACTTTTTCCACACAACAGAAGAATTGGAGTTTAGTTG 2208
Query 2196 GACAATTCATGGGGATGGTCTTGAACTTGGATCTGGGACTCTCTCTATTCCTGTGATAAA 2255
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 GAAAATTCATGGGGATGGTCTTGAACTTGGATCTGGAACTCTCTCTATTCCTGTGATAAA 2268
Query 2256 GCCACAAAATAGTTTTGAGATGGAGTGGAAGTCAGGTCCATGGTTTTCTTTCTGGAATGA 2315
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2269 GCCACAAAATAGTTTTGAGATAGAGTGGAAGTCAGGTCCATGGTTTTCCTTCTGGAATGA 2328
Query 2316 CTCAAATGCTGGAGAATTGTTTCTGACAATAAATGCCAAGCTTTTAAATCTTACTCGTTC 2375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2329 CTCAAATGCTGGAGAATTGTTTCTGACAATAAATGCCAAGCTTCTAAATCCTACTCGTTC 2388
Query 2376 GCTTGAAGCCGGTCATCTTTTGTCTTCAACGCAGATTCCTTTACCAGCAAAGGGACAAAT 2435
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2389 GCTTGAAGCTGGTCATCTTTTGTCTTCAACGCAGATTCCTTTACCAGCAAAGAGACAAAT 2448
Query 2436 AATACCGCAGGCGATAAAAAAGACAGACACTAGTATCACTTGTGAAACTGTTGGAGATTT 2495
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AATACCGCAGGCGATAAAAAAGACAGACACTATTATCACTTGTGAAACTGTTGGAGATTT 2508
Query 2496 CATTAAGATCAGCCAGAAAGATTCATGGGAGCTAATGGTAAATGTCCGAAAAGG-GACTA 2554
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||
Sbjct 2509 CATTAAGATCAGCCAGCAAGATTCATGGGAGCTAATGATAAATGTCCGAAAAGGAG-CTA 2567
Query 2555 TTGAAGGTTGGAAGATTCAAGGAGTTCTCCTTATGAACGAAGCTATACTGCCATGCTTTT 2614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 TTGAAGGTTGGAAGATTCAAGGAGTTCTCCTTATGAAGGAAGCTATACTGCCATGCTTTT 2627
Query 2615 GGCGAGCACCTACAGACAATGATAAAGGTGGAGGTGACTCTAGTTATTTTTCGAGGTGGA 2674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2628 GGCGAGCACCTACAGACAATGATAAAGGTGGAGGTGACTCTAGTTATTTTTTGAGGTGGA 2687
Query 2675 AAGCGGCACAGTTAGATAATGTGGAGTTCCTTGTTGAAAGCTGTTCAGTAAAGAGCATCA 2734
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2688 AAGCAGCACAGTTGGATAATGTGGAGTTCCTTGTTGAAAGCTGTTCAGTGAAGAGCATCA 2747
Query 2735 CTGATAAATCCGTAGAGATAGAGTTCATTTACCTTGGTTCTTCAGCTTCTGGCTCTTCAA 2794
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2748 CTGATAAAGCCGTAGAGATAGAGTTCATTTACCTTGGTTCTTCAGCTTCTGGCTCTTCAA 2807
Query 2795 AGTCAGATGCCTTATTCAAAGTCAATGTGACATATCTGATCTATGGTTCCGGAGATATCA 2854
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2808 AGACAGATGCCTTATTCAAAGTCAATGTTACATATCTGATCTATGGTTCCGGAGATATCA 2867
Query 2855 TCACCAATTGGTTTGTAGAACCAAACTCTGATCTTCCACCGCTACCACGTGTAGGTATAG 2914
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 TCACCAATTGGTCTGTAGAACCAAACTCTGATCTTCCACCGCTACCACGTGTAGGTATAG 2927
Query 2915 AATTCCACATTGAAAAAACACTGGACCGTGTAGAATGGTATGGCAAAGGTCCATTTGAGT 2974
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2928 AATTTCACATTGAAAAAACACTGGACCGTGTAGAATGGTATGGCAAAGGTCCATTTGAGT 2987
Query 2975 GTTACCCAGACCGAAAAGCAGCAGCCCATGTGGCGATATATGAACACAATGTTGGAGACA 3034
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2988 GTTACCCAGACCGAAAAGCAGCAGCCCATGTGGCCATATATGAACACAATGTTGGAGACA 3047
Query 3035 TGCATGTCCCTTATATTGTTCCAGGAGAAAATGGAGGTAGAACAGATGTTAGGTGGGTAA 3094
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3048 TGCATGTCCCTTATATTGTTCCAGGAGAAAGTGGTGGTAGAACAGATGTTAGGTGGGTGA 3107
Query 3095 CATTCCGAAACAAAGATGGTGTAGGAATATATGCTTCAACATATGGTAGCTCTTCTCTAA 3154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 3108 CATTCCGAAACAAAGATGGTGTAGGAATATATGCTTCAACATATGGTAACTCTTCCCCAA 3167
Query 3155 TGCAAATGAATGCTAGTTATTATACAACCGGTGAGCTTCACCGTGCAACGCATGAAGAGG 3214
|||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 3168 TGCAGATGAATGCTAGTTACTATACAACAGGTGAGCTTAATCGTGCAACGCATGAAGAGG 3227
Query 3215 ATCTTATCAAAGGACAAAACATCGAGGTGCATCTGGACCACAAACACATGGGTCTTGGGG 3274
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 ATCTTATCAAAGGACAAAACATTGAGGTGCATCTGGACCACAAACACATGGGTCTTGGGG 3287
Query 3275 GAGATGATAGCTGGACTCCATGTGTTCACGATAAGTTTCTGATTCCGCCTGCAC-AGTAT 3333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | |||
Sbjct 3288 GAGATGATAGCTGGACTCCATGTGTTCACGATAAGTATCTGATTCCACCCAAACCA-TAT 3346
Query 3334 TCGTTTTCTCTCAGGCTATGCCCAATTACTGCATCCACCTCGGGT-TTGAACATCTACAA 3392
|| || ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||
Sbjct 3347 TCATTCTCTCTAAGGTTGTGCCCAATTACTGCATCCACTTCGG-TCTTGGACATCTACAA 3405
Query 3393 GGATCAACTCCCCTGCTAGAAATCTGTTCTTGCATATAAGTTGAATGCTATAA-A-CAAC 3450
||| ||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3406 GGACCAACTTCCCTGCTAGAAATATCTTCTTGCCTATAAGTTGAATGCTATAACAACAAC 3465
Query 3451 TAGACTTAGTGAGTCTTGCAATGTTTCTAAGTTTGATTTCTCAAATGaaaaaaaaaaaaC 3510
||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |
Sbjct 3466 TAGACTT-GAGAGTGTTGCAATGTTTCTAAGTTAGATTCCTCAAGTGAAAAA-------C 3517
Query 3511 CTAA-TAAACTAAAACATTCGATTC 3534
|||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 3518 CTAAATAAACTGAAACATTCGATTC 3542
Score = 267 bits (144), Expect = 6e-70
Identities = 157/163 (96%), Gaps = 1/163 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TCCTTAAATTCACAGCTAGTAAAGTAAGTAAGCATGGTTTCGTTAGCGACCCAAATGATT 75
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 69 TCCGTAAATTCACAGCTAGT-AAGTAAGTAAGCATGGTTTCGTTAGCGACCCAAATGATT 127
Query 76 CTTCCATCTGAAAATGGGTATAGAGTTTGGGAGGATCAGACCCTTTTCAAATGGCGTAAG 135
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 128 CTTCCTTCCGAAAATGGGTATAGAGTTTGGGAGGATCAGACCCTTTTCAAGTGGCGCAAG 187
Query 136 AGAGATCCTCATGTCACCTTGCGTTGCCATGAATCCGTCCAAG 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 188 AGAGATCCTCATGTCACCTTGCGTTGCCATGAATCCGTCCAAG 230
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136474456778
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5