BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G54460.1
Length=4352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485847 jgi|Araly1|485847|fgenesh2_kg.5__1839__AT3G54460.1 6761 0.0
> Ahg485847 jgi|Araly1|485847|fgenesh2_kg.5__1839__AT3G54460.1
Length=4303
Score = 6761 bits (3661), Expect = 0.0
Identities = 4100/4307 (95%), Gaps = 49/4307 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 AGAAAGATGAGATTTTCCTAAAGCAAATCTACAAAGCCTTATAAAttt-ttttttCTGGC 103
||||||||| |||||| || || ||||||| |||||||||| | ||| | ||| |
Sbjct 31 AGAAAGATGCGATTTTTTTAGAGAAAATCTATAAAGCCTTAT-ACTTTCTGCATTC-CGT 88
Query 104 GG-CGATGGCC---GATGATCACAAACTCTGTGGTTTTCTCTGTACCGTTCTTTCCGTCG 159
|| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 GGTCGAGGGCCGATGATGATCACAAACTCTGTGGTTTTCTCTGTACCGTTCTTTCCGTCG 148
Query 160 ATTCGCCTGATCTTCTTCAATCGGGCTCGTCTTGTTTCATCTTCAATGATGGTTCCGTCA 219
||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |
Sbjct 149 ATTCGCCTGGTCTTCTTCAATTGGGCTCTTCCTGTTTCATCTTCAATGA--------T-- 198
Query 220 CCGGTTTCAAATCCGAAAATGGCTTGATCTTATCCCTCACT-AATCCCATCTCTAATCTC 278
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 199 --GGTTTCAAATCCGACAATGGCTTGATCTTATCCCTCA-TCAATCCCATCTCTAATCTC 255
Query 279 CAATCCCTAATTTCGTCAAAAGGAGATCATGATGTTGAGAATTCCGGAACAATTGAAGAC 338
|||||||||||||||| |||||||||| || || | | || |||||||
Sbjct 256 AAATCCCTAATTTCGTCTGAAGGAGATCA-GA-ATT--G---T--GG------TGAAGAC 300
Query 339 GGTCGATTGGAGACTCCGCAGAAACGCCGTAAGTGCGTTGAGGGAGAGAGTAGTGGTA-A 397
||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 301 GGTGGATTGCAGACTCCACAGAAACGCCGTAAGTGCGTTGAGGGAGAGAGTAGTCGTACA 360
Query 398 GCGAAAGACTCCGAAATCGAAGAGACGAGTTTTATCCGGGAGCAAGGAGAAGACTGTACA 457
|||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 -CGAAAGTCTCCGAAGTCGAAGAGCCGAGTTTTATCCGGGAGCAAGGAGAAGACCGTACA 419
Query 458 GGGAAGGAAGAGGGTAAAGAGTATAGGTATGGTGAATGGAAGTATAAGTGTAGTGCAGCA 517
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGGAGGAAGAGGGTAAAGAGTATAGGCATGGTGAATGGAAGCATAAGTGTAGTGCAGCA 479
Query 518 GCTTCATGCTTTGGTTGCTAATAAATGCTTGAAGATTA-TATGTCGTGTGGTGAAGGTTG 576
|||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| || | | || ||||||||| |||
Sbjct 480 GCTTCACGCTTTGGTTGCCAACAAATGTTTGAAGA-TATTTTCTCAAGTGGTGAAGATTG 538
Query 577 ATAAAGGTGAGAATGGAGAAGAAAGAGCTGTGGTGTTAGTTGATGTTTACCTGCCTATTG 636
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||
Sbjct 539 ATAAAGGTGAGAATGGAGAAGAAAGAGCTGTGGTGCTAGTTGATGTTTACTTACCTATTG 598
Query 637 AATTGTGGTCCGGATGGCAATTTCCTAAATCTCAAGCTACTGCTGCTGCATTGTTTAAGC 696
|||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 599 CATTGTGGTCCGGGTGGCAATTTCCCAAATCCCAAGCTACTGCTGCTGCATTGTTCAAGC 658
Query 697 ACTTGAGCTGTGACTGGGGACTGAGAGTCTCAATCCTTGACGGAAAAAGTATTTGGGAAG 756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 659 ACTTGAGCTGTGACTGGGGACTGAGAGTCTCAATCCTTGACGGGGAAAGTGTTTGGGAAG 718
Query 757 AGGCCAATGGAAGAATAAAGGCCATCTGGGATCTATCTGACTGTCATGTGTTTGACTGCA 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||
Sbjct 719 AGGCCAATGGAAGAATAAAGGCCATCTGGGATCTATCCGACTGTCATGTGTTTAATTGCA 778
Query 817 AATTACTCTGTAATGCCCCAAATTCTCCAAAAAGACGGTTATTTAAACTACATGAAATTT 876
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||| |
Sbjct 779 AATTACTCTGTAATGCCCCAGATTCTCCAAAAAGACGATTGTTCAAACTACATGAAATCT 838
Query 877 TTAAGAGCTTGCCCAGTCCAGGAAATCATGATGTGTCTTATTCTTCTAGAGTATTGCCGT 936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 839 TTAAGAGCTTGCCCAGTCCAGGAAATCATGATGTGTCTTGTTCTTCTAGAGTATTACCGT 898
Query 937 CTACTGACTCTTGTGTATCTGGTGTATGGGATCTCTCAGATGACGTTTTGATTAGCATAC 996
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CTACTGACTCTTGTGCATCTGGTGTATGGGATCTCTCAGATGACGTTTTGATTAGCATAC 958
Query 997 TGATGAAACTTGACACGAAGGATCTTTTTAGCATTGCAGCAGTCTGCCGTCTCTTCAGAT 1056
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TGATGAAACTTGACACGAAGGATCTTTTTAGCATTTCAGCAGTCTGCCGTCTCTTCAGAT 1018
Query 1057 CATTGACCTCTCTAATTGTGCCATGTATGAATCTAAAACTCTTTCCTCATCAGCAGGCAG 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CATTGACCTCTCTAATTGTGCCATGTATGAATCTAAAACTCTTTCCTCATCAGCAGGCAG 1078
Query 1117 CAGTTGGTTGGATGCTGGAGCGTGAGAGGAAAGCTGAAGTTTCCTCGCATCCCCTTTACT 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CAGTTGGTTGGATGCTGGAGCGTGAGAGGAAAGCTGAAGTTTCCTCGCATCCCCTTTACT 1138
Query 1177 TGAGTTTTGATACTGAGGATGGGTTTAGTTTCTACGTAAATGCTGTGACTGGTGATATAA 1236
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGAGTTTTGATACTGAGGATGGGTTTAGTTTCTATGTAAATGCTGTGACTGGTGATATAA 1198
Query 1237 TCACTGAGGCAGCTCCCATGGTCAAGGATTTCCGTGGGGGAATGTTCTGCGATGAACCAG 1296
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TCACTGAGGCAGCTCCCATGGTCAAGGATTTTCGTGGGGGAATGTTCTGCGATGAACCAG 1258
Query 1297 GTCTCGGAAAGACAATAACAGCATTATCCCTTATCCTAAAGACGCAGGGAACAATGGCTG 1356
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTCTCGGAAAGACGATAACAGCATTATCCCTTATCCTAAAGACGCAGGGAACAATGGCTG 1318
Query 1357 ATCCGCCTGAGGGACTTCCTATCGTTTGGTGTACCCACAAAAGTGACAAAAAATGTGCCT 1416
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1319 ATCCGCCTGAGGGACTTCCTATCGTTTGGTGTACACATAAAAGTGACAAAAAATGCGCCT 1378
Query 1417 ATTATGAGTACACGAGTGACCAGTTCACTTCTAACAGCATGTCTGCTGTAAAGAGGTTTC 1476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1379 ATTATGAGTACACGAGTGACCAGTTCACTTCTAACAGCATGTTTGCTGTAAAGAGGTTTC 1438
Query 1477 AAAGTCCAAGTAGCTGTCGAAACCAGGTTTCTTTTGAAGCCTTTCGTCCGCTGCTGGAGT 1536
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AAAGTCCAAGTAGCTGTCGAAACCAGTTTTCTTTTGAAGCCTTTCGTCCGCTGCTGGAGT 1498
Query 1537 CAAAATCGTTGCCATTTAAGCAAGCGAGGCTGATGGATCCAGATGATCAAACATTGGAGT 1596
| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CGAAATCGTTGCCACTTAAGCAAGCTAGGCTGATGGATCCAGATGATCAAACATTGGAGT 1558
Query 1597 CTAAGAATTCAAACTTTGAAAACGAATTTGAAACTCACATCCCTGCGTCCCTGGATTTAA 1656
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1559 CTAAGAACTCAAACTTTGAAAACGAATTTGAAACCCACATCCCTGCGTCCCTGGATGTAA 1618
Query 1657 AAGCTCAATGTAGAAAGAGCTTGGGTAATGTCAGAAAAAATCTCTTGCCTGCATATAATG 1716
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 1619 AAGCTCAATGTAGAAAGCCCTTGGGTAATGTCAGGAAAAATCTCTTGCATGTATATGATG 1678
Query 1717 GCGCATCTGAGCTCTCTGAAGTGATGGAAGCTAAAAGAATCAGTAATTGGAAGAAATGTG 1776
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GCGCATCTGAGCTCTCCAAAGTGATGGAAGCTAAAAGAATCGGTAATTGGAAGAAATGTG 1738
Query 1777 GTATGATAACAGGTTGCAAGAGAAAGGGTCTTACTGATTCGGATGTGGAAAGCGATATTT 1836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTATGATAACAGGTTGCAAGAGAAAGGGTCTTACTGATTCGGATGTGGAAAGCGATATTT 1798
Query 1837 GGATGCAGTGTGATTCTTGCTCAAAGTGGCGGAGAATAATAGATGAAGGTGTATCTGTTA 1896
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGATACAGTGTGATTCTTGCTCAAAGTGGCGGAGAATAATAGATGAAGGTGTATCTGTTA 1858
Query 1897 CTGGTTCTGCATGGTTTTGTAGCAACAATAATGACCCTGCATATCAAAGTTGTAATGATC 1956
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 CTGGTTCTGCATGGTTTTGTAGCAACAATGCTGACCCTGCATATCAGAGTTGTAATGATC 1918
Query 1957 CTGAAGAATTATGGGATAAATCTCAACCTATAAAATACTTGCAAGGGTTTTATACTAAGG 2016
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CTGAAGAATTATGGGATAGATCTCAACCTATAAAATTCTTGCAAGGGTTTTATACTAAGG 1978
Query 2017 GAGCCTCTGGGGAAGAAAGTGATAATATCTCTTTCTTCACGAGTGTCCTTCGGGAACACA 2076
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GAGCCTCTGGTGAAGAAAATGATAATATCTCTTTCTTCACCAGTGTCCTTCGGGAACACA 2038
Query 2077 AGTCTTCAGTAAGCTCAACCGTAAAGAAAGCCTTAATTTGGCTTGCTAAACTCCCTCTTG 2136
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AGTCTTCAGTAAACTCAACCGTAAAGAAAGCCTTAATTTGGCTTGCTAAACTCCCTCTTG 2098
Query 2137 AGAAGCTCTCACAGATGGAAACAGTTGGCTTACCTGGTCCAGTGTTGGGTTTAAAAT-TA 2195
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2099 AGAAACTCTCACAGATGGAAACAGTTGGCTTACCTGGTCCAGTGTTGGGTTT-GAATAAA 2157
Query 2196 GATGCCCTTGGGTTCCAGAGAATATTTCGAGCATTTGGTCTTAAGAGTAGAGTTGAAAAG 2255
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GATGCCCTTGGGTTCCAGACAATATTTCGAGCATTTGGTCTTAAGAGTAGAGTTGAAAAG 2217
Query 2256 GGTGTCACCAAATGGTTTTACCCGAAGTTTCTTGAGAACTTAGTATTTGATGTACCTGCC 2315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GGTGTCACCAAATGGTTTTACCCGAAGTTTCTTGAGAACTTAGTATTTGATGTACCTGCC 2277
Query 2316 CTCAAAGTTGCTCTCTGTCAGCCGCTGGATACATTTAGACTGTATTTGTCAAAAGCAACT 2375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 CTCAAAGTTGCTCTCTGTCAGCCGCTGGATACATTTAGACTGTATTTGTCAAAAGCAACT 2337
Query 2376 CTAATCGTCGTCCCCACAAATTTAGTTAATCATTGGTTAACACAAATCCAAAAACATGTT 2435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 CTAATCGTCGTCCCCACAAATTTAGTTAATCATTGGACAACACAAATCCAAAAACATGTT 2397
Query 2436 TGCTCTGATCAGCTTCGTATTCTCGTTTGGGCTGACCATATAGAGCTTTCTCCACACAGC 2495
||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 TGCTCTGATCAGCTTCGCCTTCTTGTTTGGACTGACCATATAGAGCTTTCTCCACACAGC 2457
Query 2496 TTGGCTTGGGATTATGATGTTGTGATCACAACTTTTAGTCGCTTAAGTGCGGAATGGAAT 2555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TTGGCTTGGGATTATGATGTTGTGATCACAACTTTTAGTCGCTTAAGTGCGGAATGGAAT 2517
Query 2556 CCCCGGAAGAAAAGCCCATTGATCCAAGTGCATTGGCTTAGGGTCATGCTAGATGAAGGA 2615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 CCCCGGAAGAAAAGCCCATTGATCCAAGTGCATTGGCTTAGGGTCATGCTAGATGAAGGA 2577
Query 2616 CACACTCTTGGTTCTAGTGTCAGTTTGACTAATAAATTTCAGATGGCTGTTTCTCTGACA 2675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2578 CACACTCTTGGTTCTAGTGTCAGTTTGACTAATAAATTTCAGATGGCTGTTTCTTTGACA 2637
Query 2676 GCTTGTAATCGTTGGCTATTGACAGGAACACCAACCCCTAACACACCAAATAGCCAGCTT 2735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GCTTGTAATCGTTGGCTATTGACAGGAACACCAACCCCTAACACACCAAATAGCCAGCTT 2697
Query 2736 TCACATATCCAACCTCTTTTAAAGTTTCTTCACGAGGAAGTCTATGGAGAAAATCCAAAG 2795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2698 TCACATATCCAACCTCTTTTAAAGTTTCTTCACGAGAAAGTATATGGAGAAAATCCAAAG 2757
Query 2796 TTTTGGGAAGCTGGCATCCTTAGACCATTTGAAGCAGAAATGGAGGAGGGTCGTTTGCGT 2855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 TTTTGGGAAGCTGGCATCCTTAGACCATTTGAAGCAGAAATGGAGGAGGGTCGTTTGCGT 2817
Query 2856 TTACTTCAGCTGCTTCAGAGATGCATGATAAGCTCTAGAAAGAAAGATCTGCAGATGATT 2915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2818 TTACTTCAGCTGCTTCAGAGATGCATGATAAGCTCTAGAAAGAAAGATCTGAAGATGATT 2877
Query 2916 CCTCCGTGTATCAAGAAGGTGACATACCTTAATTTCCTTCCAGGGCATGCAAGAAGCTAC 2975
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2878 CCTCCGTGTATCAAGAAGTTGACATACCTTAATTTCCTTCCAGGTCATGCAAGAAGCTAC 2937
Query 2976 AATGAACTAGTGGAGACAGTTAGGCGTAATATCTTATTAGCTGATTGGAATGATCCGTCT 3035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 AATGAACTAGTGGAGACAGTTAGGCGTAATATCTTATTAGCTGATTGGAATGATCCGTCT 2997
Query 3036 CATGTAGAAAGTCTGCTTAACTCTAAACAGTGGAAATTTCGGAGCATTACCATTAGTAAT 3095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2998 CATGTAGAAAGTCTGCTTAACTCTAAACAGTGGAAATTTCGAAGCATTACCATCAGTAAT 3057
Query 3096 GTCAGACTATCTTGCTGTGTGGCTGGGCATATAAAAATGACCGACGCTGGTCATGACATT 3155
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3058 GTCAGACTATCTTGCTGTGTGGCTGGGCATATTAAAATGACTGACGCTGGTCATGATATC 3117
Query 3156 AAAGAGACAATGGATGCTTTACTTGAAAATGATCTGGATCTTTGGACGGAGGAGTACTCT 3215
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||
Sbjct 3118 AAAGAGACAATGGATGCTTTACTTGAAAATGGTCTGGATCTTTCGACAGAGGAGTATTCT 3177
Query 3216 TTTATTCAAGATAGCCTTATTGGTGGCTGTAACTGTAAAAGATGTGGGGAATGGTGCCGA 3275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 TTTATTCAAGATAGCCTTATTGGTGGCTGTAACTGTAAAAGATGTGGGGAATGGTGCCGA 3237
Query 3276 CTTCCTGTTATCACTCCATGTAGACACCTGTTGTGCCTTGATTGTGTTGCTCTTGATAGC 3335
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 CTTCCTGTTATCACTCCATGTAGACACCTGCTGTGCCTTGATTGTGTTGCTCTTGATAGC 3297
Query 3336 GAAAGGTGTACTATTTCTGGTTGTGGATATTTATATGAGATGCAAACTCCTGAAACTTTG 3395
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 3298 GAAAGGTGTACTATTCCTGGTTGTGGATATTTATATGAGATGCAAAGTCCTGAAACGTTG 3357
Query 3396 GCGCGACCAGAAAATCCAAATCCAAAGTGGCCTGTGCCAAAGGATCTTATTGAGTTACAG 3455
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358 GCTCGACCAGAAAATCCAAATCCAAAGTGGCCTGTGCCAAAGGATCTTATTGAGTTACAG 3417
Query 3456 CCTTCATATAAGCAGGACGATTGGAATCCTGACTGGCAATCTACGTCCAGCAGTAAAGTC 3515
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3418 CCTTCATATAAACAGGACGACTGGAATCCTGACTGGCAATCTACGTCCAGCAGTAAAGTC 3477
Query 3516 AGTTATCTCGTAGACAGGCTGAGGAAGTTACATGAGGGTAATaaaaaaaGCATTTTGTCT 3575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3478 AGTTATCTCGTAGACAGGCTGAGGAAGTTACATGAGGGTAATAGAAAAAGCATTTTGTCT 3537
Query 3576 TTCAACAAGACTGACAATGACAACCTGGAAGACAATCCCCCAGGTACCTC-GGAAGCCTT 3634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||
Sbjct 3538 TTCAACAAGACTGACAATGACAACCTGGAAGACAATCCCGCTGGTACCTCAGGAA-CCTT 3596
Query 3635 TTTGGGGAAAGAATTACATGGACAGGATTGTGGATCTCAGATGGTATTTGTTGATAAAGT 3694
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3597 TTTGGGGAAAGAATCCCATGGACAGGATTGTGGATCTCAGATGGTATTTGTTGATAAAGT 3656
Query 3695 ATTGATTTTCTCTCAATTTCTGGAGCATATTCACGTGATTGAACAACAGTTGACAACTGC 3754
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3657 ATTGATTTTCTCTCAATTTCTTGAGCATATTCACGTGATTGAACAACAGTTGACAACTGC 3716
Query 3755 TGGCATCAAGTTTGGTAAAATGTACAGTCCAATGCAGTCGTATAATAAGATGAAAGCTCT 3814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||
Sbjct 3717 TGGCATCAAGTTTGGTAAAATGTACAGTCCAATGCATTCATGTAATAAGATGAAATCTCT 3776
Query 3815 GGCAATGTTCCAGAACGATGCTGATTGCATGGCACTTTTGATGGATGGAAGTGGGGCCCT 3874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3777 GGCAATGTTCCAGAACGATGCTGATTGCATGGCACTTTTGATGGATGGAAGTGCGGCCCT 3836
Query 3875 TGGTCTTGATTTGAGTTTTGTAACACATGTTTTCCTGATGGAACCAATCTGGGATAAAAG 3934
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3837 TGGTCTTGATTTGAGCTTTGTAACACATGTTTTCCTGATGGAACCAATCTGGGATAAAAG 3896
Query 3935 CTTGGAAGAGCAAGTCATCAGTCGTGCTCATCGGATGGGCGCAAAGCGCCCTATTTTTGT 3994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3897 CTTGGAAGAGCAAGTCATCAGTCGTGCTCATCGGATGGGCGCAAAGCGCCCTATTTTTGT 3956
Query 3995 AGAAACCTTAACCATGCGTGGCACGATTGAAGAACAAATGATGAGATTCCTAGAGGATGC 4054
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3957 AGAAACCTTAACCATGTGTGGCACGATTGAAGAACAAATGATGAGATTCCTAGAGGATGC 4016
Query 4055 AGAAAAGAGTGATAGATTATTGAGTGGAGATTACATAGAAGCGAAGCAGGAGACAACACG 4114
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4017 AGAAAAGAGTGATAGATTATTCAGTGGAGATTACATAGAAGTGAAGCAGGAGACAACACG 4076
Query 4115 GAGCCGCCGAACGCTACATGATTTGGTAGAAAGCAATTACCTGTCTCATCTTAGCTTTGT 4174
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4077 GTGCCGCCGAACGCTACATGATTTGGCAGAAAGCAATTACCTGTCTCGTCTTAGCTTTGT 4136
Query 4175 CCGATCCGATGGCAAAATGGAATTTGCAGCTTCGCAGCTTGCAGGTTTAAAAGATCACCA 4234
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4137 CCGATGCGATGGCAAAATGGAATTTGCAGCTTCGCAGCTTGCAGGTTTAAAAGGTCACCA 4196
Query 4235 ATTAGCTTAAGAAAAGTAGGTTTATTTT-GTAATCACAACAGTTCATTGTTACATAtttt 4293
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||| |||||
Sbjct 4197 ATTAGCTTAAGAAAAGTAGGTTTTTTTTTGTAATCACAACAAATAATTGTTACACATTTT 4256
Query 4294 t---tt-GGATATAAACTAGGATAAATATAAAGCCGATCATTTCAAA 4336
| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 4257 TAAGTTTGGATATAAACTAGGATAAATATAAGGCCGATCATTGCAAA 4303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164599003225
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5