BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G54790.1
Length=2782
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg324009 jgi|Araly1|324009|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001553 3746 0.0
> Ahg324009 jgi|Araly1|324009|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001553
Length=2283
Score = 3746 bits (2028), Expect = 0.0
Identities = 2199/2284 (96%), Gaps = 2/2284 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 205 ATGGATCCTGTTCCTGTTCGATGTCTTCTTAACAGTATATCTCGGTATCTTCATCTGGTT 264
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATCCTGTGCCTTTTCGATGTCTTCTTAACAGTATATCTCGGTATCTTCATCTGGTC 60
Query 265 GCGTGCCAGACTATAAGATTTAATCCTATTCAAACATGTATTGGAAATATGGTTCTCTTG 324
||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCGTGCCAGACCATAAGATTTAATCCTATCCAGTCATGTATTGGAAATATGGTTCTCTTG 120
Query 325 TTGAAGCTCTTGAAACCGTTGCTCGATGAAGTTGTTGATTGCAAGATACCTTCTGATGAC 384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTGAAGCTCTTGAAACCGTTGCTCGATGAAGTTGTTGATTGCAAGATACCTTCTGATGAC 180
Query 385 TGTTTATATAAAGGATGTGAAGACCTTGATTCTGTTGTTAACCAGGCTCGGGAGTTCTTA 444
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGCTTATATAAAGGATGTGAAGACCTTGATTCTGTTGTTAACCAGGCTCGGGAGTTCTTA 240
Query 445 GAGGACTGGTCACCAAAGTTGAGCAAGTTGTTTGGTGTGTTTCAATGCGAGGTTTTGTTG 504
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGGACTGGTCACCAAAGTTGAGCAAGCTGTTTGGTGTGTTTCAATGCGAGGTTTTGTTG 300
Query 505 GGAAAGGTCCAGACTTGTTCGTTGGAGATTAGTCGCATACTTCTTCAGTTATCACAGTCA 564
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGAAAGGTCCAAACTTGTTCCTTGGAGATTAGTCGCATACTTCTTCAGTTATCACAGTCA 360
Query 565 AGTCCGGTTACTTCAAGCGTACAAAGTGTTGAGCGCTGCGTGCAGGAGACTGAGAGTTTT 624
||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 AGTCCGGAAACTTCAAGCGTACAAGGTGTAGAGCGCTGCGTGCAGGAGATTGAGAGTTTT 420
Query 625 AAGCAAGAGGGGACATTAATGGAACTCATGGAGAATGCTTTACGGAATCAGAAAGATGAT 684
||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAGCAAGAGGGGACATTAACCGAGCACATGGAGAATGCTTTACGGAATCAGAAAGATGAT 480
Query 685 ATTACCTCTTTGGATAACAATCATCTGGAAAGCATAATTCAAATGCTTGGATTGATATCA 744
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTGCCTCTTTGGATAACAATCATCTGGAAAGCATAATTCAAATGCTTGGATTGATATCA 540
Query 745 AACCAAGATCTCTTAAAGGAAAGCATTACTGTGGAGAAAGAGAGGATAAGATCCCAGGCC 804
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 541 AACCAGGATCTCTTAAAGGAAAGCATTGCTGTGGAGAAGGAGAGGACAAGATCCCAGGCC 600
Query 805 AGTAAGTCAG-AAGAAGATATGGAACAAACCGAACAGTTGATAGAACTCGTCTTGTGCAT 863
|| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGCAAGTC-GAAAGAAGATATGGAACAAACCGAACAATTGATAGAACTCGTCTTGTGCAT 659
Query 864 CCGTGAACACATGCTTAAAACTGAGTTTCTTGAAGTGGCTAAAGGTATCTCGATACCCCC 923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CCGTGAACACATGCTTAAAACTGAGTTTCTTGAAGTGGCTAAAGGTATCTCGATACCCCC 719
Query 924 GTATTTCCGGTGTCCTTTGTCAACAGAACTCATGCTGGATCCGGTAATAGTAGCTTCAGG 983
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GTATTTCCGATGTCCTTTGTCAACGGAACTCATGCTGGATCCGGTAATAGTAGCTTCAGG 779
Query 984 ACAGACATTTGACAGAACATCCATTAAGAAATGGCTTGATAACGGGTTAGCTGTTTGTCC 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ACAGACATTTGACAGAACATCCATTAAGAAATGGCTTGATAACGGGTTAGCTGTTTGTCC 839
Query 1044 AAGGACGCGGCAGGTGCTGACTCATCAAGAACTCATTCCCAATTACACGGTTAAGGCTAT 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CAGGACGCGGCAGGTGCTGACTCATCAAGAACTCATTCCAAATTACACGGTTAAGGCTAT 899
Query 1104 GATAGCGAGTTGGTTGGAGGCAAACAGGATCAACCTTGCTACTAACTCTTGTCATCAGTA 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 900 GATAGCGAGTTGGTTGGAGGCAAACAGGATCAACATTGCTGCAAACTCTTGTCATCAGCA 959
Query 1164 TGATGGTGGTGATGCTTCATCCATGGCTAATAATATGGGTTCTCAAGACTTTAACCGCAC 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGATGGTGGTGATGCTTCATCCATGGCTAATAATATGGGTTCTCAAGACTTTAACCGCAC 1019
Query 1224 CGAGAGTTTTCGTTTTTCTTTACGGAGCAGCAGTTTAACCTCAAGATCATCTCTTGAAAC 1283
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CGAGAGTTTTCGTTTTTCTCTACGGAGTAGCAGTTTTACCTCAAGATCATCTCTTGAAAC 1079
Query 1284 TGGAAATGGGTTTGAGAAACTGAAGATTAACGTGTCTGCCAGTTTATGCGGGGAATCTCA 1343
||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1080 TGGAAATGGGTTTGAGAAACTAAAGATCAACGTGCCTGTCAGTTTATGTGGGGAATCTCA 1139
Query 1344 AAGCAAGGATCTTGAAATATTCGAGCTTTTGTCTCCGGGGCAGTCTTACACTCACAGCAG 1403
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1140 AAGCAAGGATCTTGAGATATTTGAACTTTTGTCTCCAGGGCAGTCGTACACTCACAGCAG 1199
Query 1404 GAGTGAATCAGTTTGCAGTGTTGTCTCGTCTGTTGATTATGTACCTTCGGTGACACATGA 1463
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAGTGAATCAGTTTGCAGTGTTGTCTCGTCTGTTGATTATGTGCCTTCGGTGACACATGA 1259
Query 1464 GACAGAAAGTATACTAGGGAATCACCAAAGCTCCAGTGAGATGTCTCCCAAGAAAAACTT 1523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GACAGAAAGTATACTAGGGAATCACCAAAGCTCCAGTGAGATGTCTCCCAAGAAAAACTC 1319
Query 1524 AGAAAGTTCAAACAATGTAAATCATGAGCATAGCGCAGCAAAGACTTATGAGTGTTCTGT 1583
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGAAAGTTCAAGCAATGTAAATCATGAGCATAACGCAGCGAAGACTTATGAGTGTTCTGT 1379
Query 1584 ACATGATTTAGATGATTCAGGAACAATGACGACTTCACATACCATAAAATTGGTAGAAGA 1643
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACAGGATTTAGATGATTCAGGAACAATGATGACTTCACATACCATAAAATTGGTAGAAGA 1439
Query 1644 TCTTAAAAGCGGGTCTAACAAAGTGAAGACTGCTGCTGCAGCTGAAATACGTCATCTCAC 1703
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1440 TCTTAAAAATGGATCTAACAAAGTGAAGACTGCTGCTGCAGCTGAAATACGTCAGCTCAC 1499
Query 1704 CATTAACAGCATTGAAAATCGTGTTCACATCGGGCGTTGTGGTGCTATTACTCCACTGCT 1763
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1500 CATTAACAGCATTGAAAATCGTGTTCATATCGGGCGTTGTGGTGCAATCACTCCACTGCT 1559
Query 1764 GTCACTTTTATACTCAGAAGAAAAGCTAACTCAAGAACACGCAGTCACGGCTCTTTTGAA 1823
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1560 GTCACTTTTATACTCAGAAGAAAAGCTAACCCAAGAACACGCAGTCACGGCTCTTCTGAA 1619
Query 1824 TCTTTCCATCAGTGAACTAAACAAAGCCATGATTGTGGAAGTCGGGGCGATAGAACCGCT 1883
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CCTTTCGATCAGTGAACTAAACAAAGCCATGATTGTGGAAGCCGGGGCGATAGAACCGCT 1679
Query 1884 TGTTCATGTTTTGAACACAGGAAATGACAGAGCCAAAGAGAATTCAGCAGCATCATTGTT 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGTTCATGTTTTGAACACAGGAAATGACAGAGCCAAAGAGAATTCAGCAGCATCATTGTT 1739
Query 1944 CAGTCTGTCTGTTCTGCAGGTCAACAGAGAACGAATAGGCCAGTCTAACGCAGCGATACA 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1740 CAGTCTGTCTGTTCTGCAGGTCAACAGAGAACGGATAGGCCAGTCCAACACAGCGATACA 1799
Query 2004 AGCTCTGGTGAATCTTCTTGGTAAAGGAACATTTAGAGGAAAGAAAGACGCCGCCTCTGC 2063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1800 GGCTCTGGTGAATCTTCTTGGTAAAGGAACATTTAGAGGAAAGAAAGACGCTGCCTCTGC 1859
Query 2064 TTTGTTCAATCTATCGATTACTCATGATAACAAGGCCCGTATCGTGCAAGCTAAGGCGGT 2123
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1860 TTTGTTCAATCTATCGATAACTCATGATAACAAGGCCCGTATCGTGCAAGCTAAGGCGAT 1919
Query 2124 TAAGTACCTTGTGGAGCTGTTAGACCCAGATTTAGAGATGGTTGATAAAGCAGTTGCTCT 2183
|||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TAAGTATCTTGTAGAGCTGTTGGACCCAGATTTAGAGATGGTTGATAAAGCAGTTGCTCT 1979
Query 2184 TCTTGCAAATCTTTCTGCAGTTGGAGAAGGGCGTCAAGCCATCGTGAGGGAAGGTGGGAT 2243
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TCTTGCAAATCTTTCTGCAGTCGGAGAAGGGCGTCAAGCCATCGTGAGGGAAGGTGGGAT 2039
Query 2244 TCCATTACTTGTTGAAACTGTTGACTTAGGATCTCAGAGAGGGAAAGAGAATGCAGCTTC 2303
||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CCCATTGCTTGTTGAGACGGTTGACTTAGGATCTCAGAGAGGGAAAGAGAATGCAGCTTC 2099
Query 2304 TGTGCTGCTTCAGTTGTGTCTGAACAGTCCCAAGTTTTGCACTCTGGTCTTGCAAGAAGG 2363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TGTGCTGCTTCAGTTGTGTCTGAACAGTCCCAAGTTTTGCACTCTGGTCTTGCAAGAAGG 2159
Query 2364 CGCCATACCTCCGCTTGTTGCCTTGTCTCAGTCTGGTACACAGAGAGCAAAAGAGAAGGC 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CGCCATACCTCCGCTTGTTGCCTTGTCTCAGTCTGGTACACAGAGAGCAAAAGAGAAGGC 2219
Query 2424 ACAGCAACTTCTTAGCCACTTCCGAAACCAGAGAGATGCAAGGATGAAGAAAGGTAGATC 2483
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 ACAGCAACTTCTCAGCCACTTCCGAAACCAGAGAGATGCAAGGATGAAGAAAGGTAGATC 2279
Query 2484 ATGA 2487
||||
Sbjct 2280 ATGA 2283
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104976715220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5