BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G55160.1
Length=6610
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg324042 jgi|Araly1|324042|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001586 5818 0.0
> Ahg324042 jgi|Araly1|324042|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001586
Length=6387
Score = 5818 bits (3150), Expect = 0.0
Identities = 3430/3567 (96%), Gaps = 11/3567 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2736 AGAGTGTGAAAACATAGATTGTCGTAATCAGAACTCTAAACCGAAGTATCCTGTGGTTGA 2795
||||||||||| |||| || ||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2643 AGAGTGTGAAAGCATAAATGGTCTTTATCAGAACGCTAAACCCAAGTATCCTGTGGTTGA 2702
Query 2796 GTATATTAAATCACTTATTCAGTGGCTTGATGCTTCTGTGACGGAGGGAGAGCGTGATCT 2855
|||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 GTATATCAAATCACTTATTCATTGGCTTGATACTTCTGTGACGGAGGGAGAGCGTGATCT 2762
Query 2856 CTCTGAAGCATGTAAAAACAGTTTTGTTCATGGGGTATTATTAGCTTTGCGATATACTTT 2915
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2763 CTCTGAAGCATGCAAAAACAGTTTTGTTCATGGGGTATTATTAGCTTTGCGTTACACTTT 2822
Query 2916 TGAGGAATTGGACTGGAACTCTAATGCAGTGTTAAGTATATCAGAGATGAGAAAGGAACT 2975
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2823 TGAGGAATTGGACTGGAACTCTAGTGCAGTGTTAAGTATATCAGAGATGAGAAAGGAGCT 2882
Query 2976 GGAAAAGCTTCTGAAACTGGTGACGAGAATAACTACATTAGCACTTTGGGTGGTTTCTGC 3035
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 GGAAAAGCTTCTGAAACTGGTGACGCGAATAACTACATTAGCACTTTGGGTGGTTTCTGC 2942
Query 3036 AGATGCTTTGTGTTTGCCTGAGGATATGGATGACATAATAGATGATGATAGTTTCTTTTC 3095
||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 AGATGCTCTGTGCTTGTCTGAGGATATGGATGACATAATAGATGATGATAGTTTCTTTTC 3002
Query 3096 AAATGTTCAAGATGATTCTGCCGCTGTTCTCTCAGAGGAACACACAAGTACATATCCAAA 3155
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 3003 AAATGTTCAAGATGATGCTGCCGCTGTTCTCTCAGAGGAACACACGAGTACACATCCAAA 3062
Query 3156 ACATGTGCATGAAACAGTACAATCAGAACAGGTAGTTATGGTTGGTTGCTGGCTCGCTAT 3215
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 ACCTGTGCATGAAACAGTACAATCAGAACAGGTAGTTATGGTTGGTTGCTGGCTCGCTAT 3122
Query 3216 GAAAGAGGTGAGTCTTCTTTTGGGAACCATTATAAGAAAGATTCCATTGCCTACCAGCAG 3275
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3123 GAAGGAGGTGAGTCTTCTTTTGGGAACCATTATAAGAAAGATTCCATTACCTACCAGCAG 3182
Query 3276 CCTTAGACCTTTAGAAAATGGTGATACAGCTTCTTCAGTCCCCAATGATTTAGTGATAGG 3335
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CCTTAGACCCTTAGAAAATGGTGATACAGCTTCTGCAGTCCCCAATGATTTAGTGATAGG 3242
Query 3336 AAATTCTGAATCACTGCTTGACCTGAAGCAACTTGAAAAGATTGGAGACCACTTCTTGGA 3395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 AAATTCTGAATCACTGCTTGACCTGAAGCAACTTGAAAAGATTGGAGACCACTTCTTGGA 3302
Query 3396 AGTACTTTTAAAAATGAAGCACAATGGTGCAATAGATAAGACAAGAGCTGGATTTACAGC 3455
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3303 AGTGCTTTTAAAAATGAAGCACAATGGTGCAATAGATAAGACAAGAGCTGGATTTACAGC 3362
Query 3456 TTTGTGCCACCGTTTACTATGTTCGAACGATCCAAGACTTTGTAAGCTGACAGAATCCTG 3515
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3363 TTTGTGCCACCGTTTACTATGTTCTAACGATCCAAGACTTTGTAAGTTGACAGAATCCTG 3422
Query 3516 GATGGAGCAACTTATGGAAAGAACTGTGGCAAAAGGACAGACAGTGGACGATGTGTTAAG 3575
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3423 GATGGAGCAACTTATGGAAAGAACTGTGGCAAGAGGACAGACAGTGGACGATTTGTTAAG 3482
Query 3576 ACGAAGTGCAGGAATTCCCGCTGCATTTATTGCTCTTTTTCTCTCAGAACCGGAAGGTTC 3635
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3483 AAGAAGTGCAGGAATTCCCGCTGCATTTATTGCTCTTTTTCTCTCAGAACCGGAAGGTTC 3542
Query 3636 ACCAAAGAAGCTTCTCCCACGGGCGCTTAGGTGGCTAATAGGTCTTGCAGAGAAGCCTCT 3695
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3543 ACCAAAGAAGCTTCTCCCACAGGCGCTTAGGTGGCTAATAGGTCTTGCAGAGAAGCCTCT 3602
Query 3696 CATGGAACCCCTGGAACAGAAAGG-GTCT-AAACATATGGTTGAGGAGATCAATTCTTCT 3753
||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3603 CATGGAACCCCTGGAACAG-AAGGTTTCTGAAA-ATATGGTTGAGGAGATAAATTCTTCT 3660
Query 3754 GATATGCATTCAAATGAAAAACTTTCAAAGGTCCGTGATGAAGGAGTTGTTCCGACGGTG 3813
||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 3661 GATATGCATACAAGTGAAAAACATTCAAAGGTCCGTGATGAAGGAGTCGTTCCAACGGTG 3720
Query 3814 CATGCGTTCAATGTTCTCAAAGCTACTTTCAATGACACAAACTTGAGCACTGATACTTCT 3873
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3721 CATGCCTTCAATGTTCTCAAAGCTACTTTCAACGACACAAACTTGAGCACTGATACTTCT 3780
Query 3874 GGGTTTTCTGCGGAGGCTATGATTGTTTCAATAAGATCCTTCTCTTCACCATATTGGGAG 3933
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3781 GGGTTTTCCGCGGAGGCTATGATTGTTTCAATAAGATCCTTCTCTTCACCATATTGGGAG 3840
Query 3934 GTCAGAAACAGTGCCACACTTGCATACACTGCCTTGGTCCGTCGAATGATTGGATTCCTT 3993
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3841 GTCAGAAACAGTGCCACACTTGCATACACTGCCTTGGTCCGTAGAATGATTGGATTCCTC 3900
Query 3994 AATGTTCAAAAACGTGGATCTACCCGTCGTGCCTTGACTGGACTTGAATTTTTTCACAGG 4053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3901 AATGTTCAAAAACGTGGATCTACCCGTCGTGCCTTGACTGGGCTTGAATTTTTTCACAGG 3960
Query 4054 TACCCCTTGTTGCACCCTTTCATATACAGTGAACTAAAGGCAGCAACTGATTTACTTGAC 4113
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3961 TACCCCTTGTTGCACCCTTTTATATACAGTGAACTAAAGGCAGCAACTGATTTGCTTGAC 4020
Query 4114 ACATCTGGTTCATCTGATTCAAACCTCGCAAATCTTGTCCATCCGAGTTTATGGCCCATT 4173
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4021 ACATCTGGTCCATCTGATTCAAACCTCGCAAATCTTGTCCATCCGAGTTTATGGCCGATT 4080
Query 4174 CTGATTCTTTTATCTAGGCTTAAGCCCTCACCCATTGCAAGTGAAAGTGGAGATGACCTG 4233
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4081 CTGATTCTTTTATCTAGGCTTAAGCCTTCACCCATTGCAAGTGAAACTGGAGATGACCTG 4140
Query 4234 GACCCGTTCGTTTTTATGCCCTTTATTATGAAATGCTCTACTCAAAGTAATCTCCGTGTT 4293
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4141 GACCCGTTCGTTTTCATGCCCTTTATTATGAAATGCTCTACTCAAAGTAATCTCCGTGTT 4200
Query 4294 CGTGTTTTGGCATCACGTGCTCTAGTAGGTCTTGTTTCCAATGAGAAACTCCAAAGCGTT 4353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4201 CGTGTTTTGGCATCACGTGCTCTAGTAGGTCTTGTTTCCAATGAGAAACTCCAAAGCGTT 4260
Query 4354 CTGCTCCGAATTGCCTCAACATTACCTTCTAATGGGGCCCAAGGTGGGTCCTTCAATTAT 4413
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4261 CTGCTCCGAATTGCCTCGACATTACCTTCTAATGGGGTGCAAGGTGGGTCCTTCAATTAT 4320
Query 4414 CTTCACGGTATTTTGTTGCAACTTGGTAATCTCCTAGATACAAACTGTAGAGACCTTGCT 4473
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4321 CTTCACGGTATTTTGTTGCAACTTGGTAATCTCCTAGATACAAACTGTAGAGACCTTGTT 4380
Query 4474 GATAACTCTAAGAAGGATCAGATTATTGGAAAATTGATCAATGTCCTTGCAAATTGCTCA 4533
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 4381 GATGACTCTAAGAAGGATCAGATTATTGGAAAATTGATCACTGTCCTTGCAAAATGCTCA 4440
Query 4534 TGGTTGGCTTCTCCATTGACGTGCCCTTGCCCGATCCTCTGTACATCTTTTTTGAGAGTG 4593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4441 TGGTTGGCTTCTCCATTGACGTGCCCTTGCCCGATCCTCTGTACATCTTTTTTGAGAGTG 4500
Query 4594 CTTGATCATATGCGAGTAATTGAATGGACATGCTCTGAAAGCAAAAATCTCAGGGACATC 4653
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4501 CTTGATCATATGCGAGTTATTGAATGGACATGCTCTGAAAGCAAAAATCTAAGGGACATC 4560
Query 4654 TATAAATTGCACTTGGATCTATCTACAAATTGCTTGGATGCAGATGCTTCTTATGGTTTC 4713
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4561 TACAAATTGCACTTGGATCTATCAACAAATTGCTTGGATGCAGATGCTTCTTACGGTTTC 4620
Query 4714 TCCTATTATGACCCTTCAATCGCTGAGCTTAGAGAACAAGCAGCTGTATCTTATTTTGGT 4773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4621 TCCTATTATGACCCTTCAATCGCTGAGCTTAGAGAACAAGCAGCTGTATCTTATTTTGGT 4680
Query 4774 TGCGTATTTCAGCCATCTGATGAAGCAGCGGAAGTTTTTCAGATTACTCAAAGACCAAAT 4833
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4681 TGCGTATTTCAGCCATCTGATGAAGCAGCTGAAGTTTTTCAGATTACTCAAAGATCAAAT 4740
Query 4834 TTGCAATCGCAGAAAGTTCCTGAAGCATT-AGATTTTCCTCACCTTAACGAAAGGCTCCT 4892
|| | ||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 4741 TTACGATCACAGAAAGTTCCTGAAGCATTAAG-TTTTCCTGACCTTAACGAGAGGCTCCT 4799
Query 4893 TCGTTGTATATCTGATCAATCATATGAAGTTCGTCTTGCAACACTGAAGTGGTTTCTGCG 4952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4800 TCGTTGTATATCTGATCAATCATATGAAGTTCGTCTTGCAACACTGAAGTGGTTTCTGCG 4859
Query 4953 GTTTTTGAAGTCAGAAGATTCCAGTTTCTCAGAGTCGAGCAGTATTTGGAACTGGGCAAA 5012
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4860 GTTTCTGAAGTCAGAAGATTCCAGTTTCTCAGAGTCGAGCAGTATTTGGAACTGGGCAAA 4919
Query 5013 AAACGGTCTCCAGGTGATATTATTAGAGCTGTTGGACAAGGAGAAAAACCATAAATGTGA 5072
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4920 AAACGGTCTTCAGGTGATATTATTAGAGCTCTTGGACAAGGAGAAAAACCATAAATGTGA 4979
Query 5073 GAACTACATTTTAAGGATTCTTTTCCAGTGGAATCTTCTTATGTTCAAAAAATCATGTAA 5132
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4980 GAACTACATTCTGAGGATTCTTTTCCAGTGGAATCTTCTTATGTTCAAAAAATCATGTAA 5039
Query 5133 CAAG-GAATCTGTTGAAGGCATTTACGTTGGTTCGTTGAACTATGATTCGGTGTTTCATC 5191
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 5040 C-GGAGAATCTGTTGAAGGCATTTACGTTGGTTCGTTGAATTATGATTCGGTTTTTCATC 5098
Query 5192 TTTGGGGCAGGCTGACTTCTCTATATGAGAGCACACGACGTGCTAAAACCCGAGGTACAC 5251
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5099 TTTGGGGCAGGCTGACTTCTCTATATGAGAACACACGACGTGCTAAAATCCGAGGTACAC 5158
Query 5252 TCATGTGTTGCCTGGCAATTTGTGTGAAGCATCTCACGGGGTTGTTCATCCACAAAAACG 5311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 5159 TCATGTGTTGCCTGGCAATTTGTGTGAAGCATCTCACGTGTTTGTTCATCCACAAAAACG 5218
Query 5312 AATCTGAAAAAGAAGAGGAACCAAGATGGAGTTGTATAACTGATTGTGTCTCCTACTTTG 5371
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5219 AATCTGAAAAGGAAGAGGAACCAAGATGGGGTTGTATAACTGATTGTGTCTCCTACTTTG 5278
Query 5372 TTAACTTGATCAAACAGAAAAGCTTACCATCCGAGCAAGTAAATGTTCGCCATGCATCTG 5431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5279 TTAACTTGATCAAACAGAAAAGCTTACCATCCGAGCAAGTAAATGTTCGCCATGCATCTG 5338
Query 5432 CAGAGGCTATTATAGCATCCGGTATACTGGAACAAGCGAAGCTCATAGGTCCTCTTGTCT 5491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5339 CAGAGGCTATTATAGCATCCGGTATACTGGAACAAGCGAAGCTCATAGGTCCTCTTGTCT 5398
Query 5492 CAAATCACCAAATTTCCTCTGAAACTACACCAAGCAAATTTCAAAAAGCTTGTGATGTAT 5551
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5399 CAAATCACCAAATTTTCTCTGAAACTACACCAAGCAAATTTCAAAAAGCTTGTGATGTAT 5458
Query 5552 ACGCATATCAAATTCTAGAGATGTGGTTCACTTGTATCAAATTGTTGGAGGACGAAGATG 5611
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5459 ACACATATCAAATTCTGGAGATGTGGTTCACTTGCGTCAAATTGTTGGAGGACGAAGATG 5518
Query 5612 ATGTCATCAGGTCAAAACTCGCTACGGATGTTCAGAAGTGTTTCTTCACTGCCGTGGAAG 5671
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 5519 ATCTCATCAGGTCAAAACTTGCTACGGATGTTCAGAAGTGTTTCTTCACTGCCATGGGAG 5578
Query 5672 TTCCTACTCAAGTAGATAAAGTCTTGGAACTGAGCTTCAACCATTTATCTTCCATCTTAG 5731
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 5579 TTCCTACTCAAGTAGATAAAGTCTTGGAAGTGAGCTTCAACCATTTATCTTCCGTCTTTG 5638
Query 5732 GGCACTGGAATGAGTATTCGCAATATCTCTCGAGATGGGTCTTCAACACCGCAGATTACA 5791
| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5639 GACACTGGAACGAGTATTCCCAATATCTCTCGAGATGGGTCTTCAACACCGCAGATTACA 5698
Query 5792 CATCCCCACCAAAGGGAGGTAGTGATCTAGTGAGGCGGGTTTTCGACAAGGAAATCGATA 5851
|||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5699 CATCCCCACCAAAGGGAGGT-G--ATCTAGTGAGACGGGTTTTTGACAAGGAAATCGATA 5755
Query 5852 ATCACCATGAAGAAAAGCTTCTGATCTTGCAGTTTTGCTGTTACCATCTACAGAAACTAC 5911
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5756 ATCACCATGAAGAAAAGCTTATGATCTTGCAGTTTTGCTGTTACCATCTACAGAAACTAC 5815
Query 5912 CAAACAGAGACTTTTCCCTGGCACAACTACTCGACTGGAGGAGTAAATTCCACAATCAGC 5971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5816 CAAACAGAGACTTTTCCCTGGCACAACTACTCGACTGGAGGAGTAAATTCCACAATCAGT 5875
Query 5972 TACTTGCTTTCGCTAAAGATCATGTCAGCAAACAAAGAGAAAGCTGGGTAGGCGGTGTTG 6031
| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5876 TGCTTTCTTTCGCTAAAGATCATGTCAGTAAACAAAGAGAAAGCTGGGTAGGCGGTGTTG 5935
Query 6032 GGAACCACAAGGATGTGTTTTTGCCACTCTATGGTAATCTTCTTGGTCTCTACGTCTTTT 6091
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 5936 GGAATCACAAGGATGTTTTTTTGCCACTCTATGGTAATCTCCTTGGTCTCTACGTCTTCT 5995
Query 6092 CCGACTGCATATTCAGATTCTCAACTGATAGCAATGACAAGAAAACTCTGTTTTCTGATA 6151
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5996 CCAACTGCATTTTCAGATTCTCAACTGATAGCAATGACAAGAAAACTCTGTTTTCTGATA 6055
Query 6152 TCATTGAACTTGGGGAGGCACTGAAACCCTTTTTGAGGAACCCTTTGGTGTCTAATATGT 6211
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 6056 TGGTTGAACTTGGGGAGGCCCTGAAACCCTTTTTGAGGAACCCTCTGGTGTCTAACATGT 6115
Query 6212 TCCGAGTAGTTGTCAGATTACATGAGAAGTTGCTAAATGATTCTTTGATGGATTTATCTA 6271
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||||
Sbjct 6116 TCCGAGTAGTTGTCAGATTACATGAGAAGTTTCTGGATGATCCTTTGGTGGACTTATCTA 6175
Query 6272 CTGTTCTTTCTGGAGAGATTTGGGAAG 6298
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6176 CTGTTCTTTCTGGAGAGATTTGGGAAG 6202
Score = 4279 bits (2317), Expect = 0.0
Identities = 2540/2650 (96%), Gaps = 5/2650 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTGCGAAGTGGCGAGCTCTGCAGCATCGCCATCGTTATACTTACAGTGCTGTTCTG 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGCCAAGTGGCGAGCTCTGCAGCATCGCCATCGTTACACTTACAGTGCTGTTCTG 60
Query 61 TTCCCCAGCTCGTTCACTGCTTCTTTGAGCCAATCTAGTTTGTCTCAGTCTTGTCCCAAG 120
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCCCCAGCTCCTTCACTGCTTCTTTGAGCAAATCTAGTTTGTCTCAGTCTTGTCCCAAG 120
Query 121 TTTTACTCCAACATTGAAGAATTGGTTTCGTTGAATTCAATCTACGCGCAAGTTAATCAC 180
||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTTACTCCGACATTGGGGAATTGGTTTCTTTGAATTCAATCTACGCGCAAGTTAATCAC 180
Query 181 GCCAAGAAAGTTGTTGCTTCGTTCGGAGAGTTTCTCGCCAAGGCCA-ATGAGAATGAAGG 239
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||
Sbjct 181 GCCAAGAAATTTGTTGCTTCGTTCGGAGAGGTTCTCGCCAA-GACACATGAAAATGAAGG 239
Query 240 AGGCGAGAGAGAGACAGTTTCTGTAAGGGAAGCTATTAGGTTTTACTTGGAGATACTCTT 299
||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | || ||
Sbjct 240 AGGCGAGAGAGAGGCAGTTTTTGTACGGGAAGCTATTAGGTTTTACTTGGAGGTTCTGTT 299
Query 300 CATGGAGAATTCTTTGCCTCTTCATAAGACCCTTGTTTCAGCCTTGGCTAAAACCACTAA 359
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 300 CATGGAGAATTCTTTGCCTCTACATAAGACCCTTGTTTCAGCCTTGGCTAAAACCAGTAA 359
Query 360 GTTTCATTCAGTGATCAGTTCATGTTTTAAGGAGCTTTGTGATGAATATGGCGGTTTTGA 419
||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 360 GTTCCATTCAGTGATTAGTTCGTGTTTTAAGGAGCTTTGTGATGAATACGGCGGTTTGGA 419
Query 420 AGATGGTGGTAATCGATTCTGTGTGTCTAGAGTTGCTTTATCAGTGATGGGCATGCCAAA 479
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 AGATGGTGGGAACCGATTCTGTGTCTCTAGAGTTGCTTTGTCAGTGATGGGTATGCCAAA 479
Query 480 GTTGGGATATTTAGTTGATATAATTGAAGATTGCGCGCTTCTGGTTGGTTATGATATCGT 539
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 480 ATTGGGATATTTGGTTGATATAATTGAAGATTGCGCGCTTTTGGTTGGTCATGATATCGT 539
Query 540 TTCAGGGTTGAATGGTATAGTCTTAGACACTGAAGCTTGTGATAGGCCTCCTCCTACTGT 599
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTCAGGGTTGAATGGTATAATCTTAGACACTGAAGCTTGTGATAGGCCTCCTCCTACTGT 599
Query 600 TATGGAGCAATGCCAAGAAGCTTTGTCTTGCTCGTATTACTTGTTTCAGCGGTTTCCTTT 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TATGGAGCAATGCCAAGAGGCTTTGTCTTGCTCGTATTACTTGTTTCAGCGGTTTCCTTT 659
Query 660 GAAGTTTAAGGGTTTAGTTGGGGAGGATGCAAGTTTTATGGAGAGTGTTTTGGCTGTTCA 719
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GAAGTTTAAGGGTTTAGTTGGGGAGGATGCATGTTTTATGGAGAGTGTTTTGGCTGTTCA 719
Query 720 AGTAAGCATTTTGAAGTCGCTGGCATTTTCTAGGGACTGTTATGTGGCTGCTGGTGTGAG 779
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGTAAGCATTTTGAAGTCGCCGGCATTTTCTAGAGACTGCTATGTGGCTGCTGGTGTGAG 779
Query 780 TTTCTGTGCTGCTCTGCAGGTCTGTCTCAAAGACGAAGAGCTTGGATTGTTTATAGCGCA 839
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTTCTGTGCTGCTCTACAGGTCTGTCTCAAAGACGAAGAGCTTGGATTGTTTATAGCGCA 839
Query 840 ATGTATATTTTGCTGGAGTAGCGTCGTTAGGTTGGCTGATATTGTTAGCAAAATTCCATT 899
| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 840 AGGTATATTTTGCTGGAGTAGTGTCGTTAGGTTGACTGATATTATTAGCAAAATTCCATT 899
Query 900 TGCCGGGGACATTTGTTCTGAGATCTGCAGTTTTTCATCTTTGAGTAGACTCTGCTTGAT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGCCGGGGACATTTGTTCTGAGATCTGCAGTTTTTCATCTTTGAGTAGACTCTGCTTGAT 959
Query 960 CCGAGGCATTCTTACTACAGTTTCTAGGGGTATTCTTGTTTCCTCTTTTGCTCGATTGAG 1019
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 960 CCGAGGCATTCTTACTACAGTTTCGAGGGGTATTCTTGTTTCTTCTTTTGCTCGGTTGAG 1019
Query 1020 CAACAGTGATTGTGATCACAAAACTATTCTGTATGACGGAATTTTGCTCGAACTTTGTGA 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TAACAGTGATTGTGATCACAAAACTATTCTGTATGACGGAATTTTGCTCGAACTTTGTGA 1079
Query 1080 TTTATGCGAGAACCCCATTGACAGTCATTTAAATTTTCACGTACTAACTGTGATGCAGAT 1139
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 TTTATGCGAGAACCCCATTGACAGCCATTTAAATTTTCACGCACTGACTGTGATGCAGAT 1139
Query 1140 TTGCATGCAACAGATCAAGACATCTATGTTAACTGATTTATCAGAAGGTTATGATCCAAT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1140 TTGCATGCAACAGATCAAGACATCTATGTTAACTGATTTATCAGAAGATTATGATCCAAT 1199
Query 1200 GCCAGACAGCATGGCAGCTCGAGTACTCAGAATTATATGGAACAATTTGGAGGACCCTTT 1259
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 GCCAGACAGCATGGCCGCTCGAGTACTCAGAATTATATGGAACAACTTGGAGGACCCTTT 1259
Query 1260 GAGCCAGACAGTCAAACAAGTTCACCTCATGTTTGACCTCTTACTAGACATCCAAACCAC 1319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 GAGCCAGACAGTCAAACAAGTTCATCTCATGTTTGACCTCTTACTAGACATTCAAACCAC 1319
Query 1320 TGTTCATCAGACAGATGATAAAGTGGGAATGAGGGAATCTTTG-TTGAAAATTGTCAACT 1378
|| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1320 AGTCCACCAGACAGATGATAAAGTGGGAATAAGGGAATCTTTGCTT-AAAATTGTCAACT 1378
Query 1379 ATCTTCTTCGTTTAGGATCACGTTGTAAAGGAAGATATGTTCCATTAGCATCCTTGACAA 1438
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1379 ATCTTCTTCGTTTAGGATCACGCTGTAAGGGAAGATACGTTCCATTAGCATCCTTGACTA 1438
Query 1439 GGCGGTTAGGTGCGAAGACTTTGATGGATATGAGTCCTAACCTGTTGTTCGAGATGGCAA 1498
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1439 GACGGTTAGGTGCTAAGACTTTGATGGATATGAGCCCTAACCTATTGTTCGAGATGGCAA 1498
Query 1499 ATGCATATATTGATGATGATGTCTGCTATGCTGTAACATCATTTATAAAATGTTTCCTTG 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATGCATATATTGATGATGATGTCTGCTATGCTGTAACGTCATTTATAAAATGTTTCCTTG 1558
Query 1559 AACTGTTGCGTGATGAAAGCTGGGGGAGCGAAGGTGTTGACCAGGGTTATGCGCGTTATC 1618
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAATGTTGCGTGATGAAAGCTGGGGGAGCGAAGGTGTTGACCAGGGTTATGCGCGTTATC 1618
Query 1619 GAGAACATTGTTTGCCTCCTTTCCTTTACGGGCTTGCTTCTGGCAAGTCGAAACTCAGGT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1619 GAGAACATTGTTTGCCTCCTTTCCTTTACGGGCTTGCTTCTGGCATCTCGAAACTCAGGT 1678
Query 1679 CCAATCTAAATACTTATGCAGTACAAGTTTTGCTAGAACTGGATGTAGACAGTATATTTC 1738
||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CCAATCTAAATACCTATGCAGTTCAAGTCTTGCTTGAACTGGATGTAGACAGTATATTTC 1738
Query 1739 TTTTGCTTGCGTATATATCTATTGGACCGAGTGAGGAAGAAACCAAGCTAAACTATACTG 1798
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 1739 TTTTGCTTGCGTTTATATCTATTGGGCCGAGTGAGGAAGAGACAAAGCTCAACTATACTG 1798
Query 1799 AGTTGAGTAACATGAGTATGGAACTAACAGTTGAACAGAAAGTGGTTGTTTTAGTATCAT 1858
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1799 AGTTGAGTAACATGAGTATGGAACTGACAGTTGAACAGAAAGTGGTTGTTTTAGTGTCAT 1858
Query 1859 TGCTGAAAGTTTGTCGTACACTTGCATTCCTTGAAGGGGATATTGAACAAAAAAGAAGTA 1918
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TACTGAAAGTTTGTCGTACACTTGCATTCCTTGAAGGGGATATTGAACAAAAAAGAAGTA 1918
Query 1919 CAGATGCATTTGCAGTTGTTCAAATCAAGGGTATTGAGTTAAAAATTCCCATTGAGTGGC 1978
| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1919 CGGATGCATTTGCAGTTGTCCAAATTAAGGGTATTGAGTTAAAAGTTCCCATTGAGTGGC 1978
Query 1979 TAAAAATGGCCTTAACCCATGTTGATGAGTCGGTTCGTGTGGATGCTGCAGAGACACTCT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TAAAAATGGCCTTAACCCATGTTGATGAGTCGGTTCGTGTGGATGCTGCAGAGACACTCT 2038
Query 2039 TCTTAAACCCCAAGACTTCTAGCCTTCCATCTCCCTTAGAGCTTTATCTCATGAAGGAGG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TCTTAAACCCCAAGACTTCTAGCCTTCCATCCCCCTTAGAGCTTTATCTCATGAAGGAGG 2098
Query 2099 CTGTTCCCTTGAACATGAGGTCATCGTCTACAGGTTTTCAAATGAAATGGACCAGTTTGT 2158
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CTGTTCCCTTGAACATGAGGTCATCTTCTACAGGTTTTCAAATGAAATGGACCAGTTTGT 2158
Query 2159 TCAGGAAATTTTTTCTCCGGGTCCGTACGTCGCTGGAAAAGCAGTATAAGCTAGGGAGCT 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TCAGGAAATTTTTTCTCCGGGTCCGTACGTCGCTGGAAAAGCAGTATAAGCTAGGGAGCT 2218
Query 2219 TGCAACCACTTAAAAGCGACAAAAATGCAGTTCTACGAGCAGAGAGTTTGTTCAAGTTTA 2278
||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TGCAACCACTTAAAAGCAACAAGAGTGCAGTTCTACGAGCAGAGAGTTTGTTCAAGTTTA 2278
Query 2279 TGAGGTGGCTAAGTTCCTTTTTGTATTTATCTTGCTACCCTTCTGCCCCTTACAGGAGAA 2338
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGAGGTGGCTGAGTTCCTTTTTGTATTTATCTTGCTACCCTTCTGCCCCTTACAGGAGAA 2338
Query 2339 AAATAATGGCGACAGAACTTATACAGATCATGATTGAAGTCTGGCCTGTTGTGGCTTCTA 2398
| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AGATAATGGCGACGGAACTTATACTGATCATGATTGAAGTCTGGCCTGTTGTGGCTTCTA 2398
Query 2399 AGGATCCCACTTCTCATCAAGGCCATCTTTACCCATACTGTGATATTGTCACTTCACATG 2458
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGGATCCCACTTCGCATCAAGGCCATCTTTACCCATACTGCGATATTGTCACTTCACATG 2458
Query 2459 ATTCAACGTTATTGCTAGTTGGATCGATTGTTGATAGTTGGGACAGGCTTAGGGAAAATT 2518
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 ATTCAACGTTATTGCTAATTGGATCAATTGTTGATAGTTGGGACAGGCTTAGGGAAAATT 2518
Query 2519 CTTTCCGTATTTTGCTACATTTTCCAACTCCATTTACTGGCATTTCAAGTGAAGACATGG 2578
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CTTTCCGTATTTTGCTTCACTTTCCAACTCCATTTACTGGCATTTCAAGTGAAGACATGG 2578
Query 2579 TCCAAATCATTATTCCTTGGGCCAAACAACTAGTCTGCAGTCCACGGGTAAGAGAGAGTG 2638
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TCCAAATCATTATTCCTTGGGCCAAACATCTAGTCTGCAGTCCACGGGTAAGAGAGAGTG 2638
Query 2639 ATGCAG-GTG 2647
|||||| |||
Sbjct 2639 ATGCAGAGTG 2648
Score = 224 bits (121), Expect = 6e-57
Identities = 169/190 (89%), Gaps = 12/190 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 6363 AAGCGGAGCCTGCTCTCCTCCTC-TCGGCTAAGGTCACTGGTGGTACTCCTAACAAGCTC 6421
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 6200 AAGCGGAGCCTGCTCTCCTCCGCGTC-GCTAAGGTCACTGGTGGTGCTCCTAACAAGCTC 6258
Query 6422 TCTAAAATGTATGTTCTCTCACCTCTCTATTACGGAAACA-T---T-TA-TGC---TTTC 6472
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | || ||| ||||
Sbjct 6259 TCTAAGATGTATGTTCTCTCAATTCTCTATTACGGAAACATTAGATGTATTGCTTATTTC 6318
Query 6473 ATTACTGATGTAGCATTTGGGATTCTGGGTTTTCAATATTTCAAGCTGCTTGACATTGAG 6532
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 6319 -TTACTGATGTTGCATTTGGGATTCTGGGTTTTCAATATTTCAAGCTGCTTGAAATTGGG 6377
Query 6533 GATTTAGTAG 6542
|||| |||||
Sbjct 6378 GATTCAGTAG 6387
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 250533003059
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5