BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G55200.1
Length=3840
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg898458 jgi|Araly1|898458|Al_scaffold_0005_2424 3277 0.0
Ahg938451 jgi|Araly1|938451|scaffold_502642.1 2459 0.0
Ahg938452 jgi|Araly1|938452|scaffold_502643.1 350 6e-95
> Ahg898458 jgi|Araly1|898458|Al_scaffold_0005_2424
Length=1902
Score = 3277 bits (1774), Expect = 0.0
Identities = 1855/1894 (98%), Gaps = 5/1894 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1750 GTGGCTTGCCTGGACATTGCCCCTGTTCCTGAAGGAAGAAAAAGGTCTCGCTTTCTTGCT 1809
|||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 12 GTGGCTTG-CT-GACATTG-CCCTGTTCC-GAAGGAAGACAAAGGTCTCGC-TTCTTGCT 66
Query 1810 GTGGGATCTTATGATAATACTGTGCGCATTCTATCTCTGGATCCTGACGACTGTCTGCAG 1869
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 GTGGGATCTTACGATAATACCGTGCGCATTCTATCTTTGGATCCTGACGACTGTCTGCAG 126
Query 1870 ATTCTCAGCGTGCAAAGTGTCTCTTCAGCTCCGGAGTCTCTGCTATTCCTCGAAGTTCAG 1929
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 ATTCTCAGCGTGCAAAGTGTCTCTTCGGCTCCGGAGTCTCTGCTATTCCTCGAAGTTCAG 186
Query 1930 GCATCGATTGGTGGAGATGATGGTGCTGATCACCCGGCAAATCTCTTCCTCAATTCTGGG 1989
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 187 GCATCGATTGGTGGAGAGGATGGTGCTGATCACCCGGCTAATCTCTTCCTCAATTCTGGT 246
Query 1990 CTGCAGAATGGTGTTCTTTTCAGAACTGTGGTGGACATGGTGACTGGTCAGCTTTCGGAT 2049
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 CTGCAGAATGGTGTTCTTTTCAGAACGGTGGTGGACATGGTGACTGGTCAGCTTTCGGAT 306
Query 2050 TCTCGCTCCCGGTTCTTGGGGCTGAAGCCTCCCAAGCTATTCTCCATTTCTGTGAGAGGC 2109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 TCTCGCTCCCGGTTCTTGGGGCTGAAGCCTCCCAAGCTATTCTCCATTTCTGTGAGAGGC 366
Query 2110 CGGTCTGCAATGCTGTGTTTGTCTAGCCGACCTTGGCTTGGTTATATTCACCGAGGACAC 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 367 CGGTCTGCAATGCTGTGTTTGTCTAGCCGACCTTGGCTTGGTTATATTCACCGGGGACAC 426
Query 2170 TTCCATTTGACGCCTCTGTCTTACGAGACTCTGGAATTTGCTGCCCCCTTTTCATCTGAT 2229
||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 TTCCACTTGACGCCTCTGTCTTATGAGACTTTGGAATTTGCTGCCCCCTTTTCATCTGAT 486
Query 2230 CAGTGCGCTGAAGGTGTTGTCTCTGTCGCTGGGGATGCTCTGAGAATTTTTATGATTGAT 2289
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 487 CAGTGCGCTGAAGGTGTTGTCTCTGTCGCAGGGGATGCTCTGAGAATTTTCATGATTGAT 546
Query 2290 CGTCTTGGTGAAACATTCAACGAAACAGTGGTCCCTCTGAGGTACACGCCTAGAAAGTTT 2349
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 CGTCTTGGTGAAACGTTCAACGAAACAGTGGTCCCTCTGAGGTACACGCCTAGAAAGTTT 606
Query 2350 GTTCTCCATCCCAAGCGGAAGTTGTTGGTTATTATCGAGAGTGACCAGGGAGCATTCACC 2409
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GTTCTCCAACCCAAGCGGAAGTTGTTGGTTATTATCGAGAGTGACCAGGGAGCATTCACC 666
Query 2410 GCAGAAGAGCGTGAAGCTGCAAGAAAGGAGTGCTTCGAGGCTGGTGGAGTGGGAGAAAAT 2469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GCAGAAGAGCGTGAAGCTGCAAGAAAGGAGTGCTTCGAGGCTGGTGGAGTGGGAGAAAAT 726
Query 2470 GGCAATGGCAATGCAGATCAGATGGAGAATGGTGCGGATGATGAAGATAAGGAAGACCCG 2529
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GGTAATGGCAATGCAGATCAGATGGAGAATGGTGCGGATGATGAAGATAAGGAAGACCCG 786
Query 2530 CTTTCTGATGAGCAGTACGGTTATCCAAAAGCAGAGTCTGAAAAGTGGGTCTCTTGCATC 2589
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 787 CTTTCTGATGAGCAGTACGGTTATCCAAAAGCAGAGTCTGAAAAGTGGGTTTCTTGCATC 846
Query 2590 AGAGTTCTTGATCCCAAGACAGCTACGACAACTTGTCTCCTGGAACTTCAGGACAACGAA 2649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 847 AGAGTTCTTGATCCCAAGACAGCTACGACAACTTGTCTCCTGGAACTTCAAGACAACGAA 906
Query 2650 GCTGCATACAGTGTCTGTACGGTGAATTTCCATGATAAAGAGTATGGTACACTGTTGGCT 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 907 GCTGCATACAGTGTCTGTACGGTGAATTTCCATGATAAAGAGTATGGTACATTGTTGGCT 966
Query 2710 GTTGGTACGGTCAAAGGGATGCAGTTCTGGCCCAAGAAGAATCTAGTGGCTGGGTTCATA 2769
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GTTGGTACAGTCAAAGGGATGCAGTTCTGGCCCAAAAAGAATCTAGTGGCTGGGTTCATA 1026
Query 2770 CATATTTATAGGTTTGTGGAGGATGGGAAATCTCTTGAGCTTCTTCATAAGACGCAAGTA 2829
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 CATATTTATAGGTTTGTGGAGGAAGGGAAATCTCTTGAGCTTCTTCATAAGACGCAAGTA 1086
Query 2830 GAAGGTGTTCCTCTTGCTCTGTGCCAGTTCCAAGGAAGACTGCTGGCAGGGATCGGACCT 2889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 GAAGGTGTTCCTCTTGCTCTGTGCCAGTTCCAAGGAAGACTGCTGGCAGGGATCGGACCT 1146
Query 2890 GTCCTCAGATTGTATGATTTGGGGAAAAAGAGACTGCTTAGGAAATGTGAAAACAAGCTC 2949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 GTCCTCAGATTGTATGATTTGGGGAAAAAGAGACTGCTTAGGAAATGTGAAAACAAGCTC 1206
Query 2950 TTTCCAAACACCATTATCTCTATCCAAACTTACCGTGACCGTATATACGTTGGTGACATT 3009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 TTTCCAAACACCATTATCTCTATCCAAACTTACCGTGACCGTATATACGTTGGTGACATT 1266
Query 3010 CAGGAGTCTTTCCATTACTGCAAGTACAGGCGCGACGAGAATCAGCTGTACATATTTGCG 3069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1267 CAGGAGTCTTTCCATTACTGCAAGTACAGGCGCGACGAGAATCAGCTATACATATTTGCG 1326
Query 3070 GATGACTGCGTGCCGAGGTGGCTGACAGCATCGCACCATGTGGATTTCGATACCATGGCA 3129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 GATGACTGCGTGCCGAGGTGGCTGACAGCATCGCACCATGTGGATTTCGATACCATGGCA 1386
Query 3130 GGTGCAGATAAGTTTGGGAATGTGTATTTTGTGCGGTTGCCTCAGGATCTGTCGGAGGAG 3189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1387 GGTGCAGATAAGTTTGGGAATGTGTATTTTGTGCGGTTGCCTCAGGATCTGTCTGAGGAG 1446
Query 3190 ATAGAAGAAGACCCGACTGGCGGGAAGATCAAGTGGGAGCAAGGAAAGCTGAATGGAGCA 3249
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 ATAGAAGAAGACCCGACAGGCGGGAAGATAAAGTGGGAGCAAGGAAAGCTGAATGGAGCA 1506
Query 3250 CCGAACAAAGTGGATGAGATAGTACAGTTCCATGTTGGGGACGTTGTGACGTGCTTGCAG 3309
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1507 CCGAACAAAGTGGATGAGATAGTACAGTTCCATGTTGGGGACGTAGTGACGTGCTTGCAG 1566
Query 3310 AAAGCTTCGATGATCCCAGGTGGATCGGAATCGATAATGTATGGAACAGTGATGGGTAGC 3369
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 AAAGCTTCGATGATCCCAGGTGGATCGGAATCCATAATGTATGGAACAGTGATGGGTAGC 1626
Query 3370 ATAGGGGCATTACATGCTTTCACATCCCGTGATGATGTGGATTTCTTCTCTCATCTGGAG 3429
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 ATAGGGGCATTACATGCTTTCACATCGCGTGATGATGTGGATTTCTTCTCTCATCTGGAG 1686
Query 3430 ATGCACATGAGGCAGGAGTATCCTCCTCTCTGCGGGAGAGACCACATGGCTTACAGATCT 3489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 ATGCACATGAGGCAGGAGTATCCTCCTCTCTGCGGGAGAGACCACATGGCTTACAGATCT 1746
Query 3490 GCATATTTTCCGGTCAAGGACGTGATAGATGGAGATCTGTGTGAGCAGTTCCCGACACTC 3549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GCATATTTTCCGGTCAAGGACGTGATAGATGGAGATCTGTGTGAGCAGTTCCCGACACTC 1806
Query 3550 CCAATGGACTTGCAGAGGAAAATAGCAGACGAGCTGGATAGAACACCTGCGGAGATTCTG 3609
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 CCAATGGACTTGCAGAGGAAAATAGCAGACGAGTTGGATCGAACACCTGCGGAGATTCTG 1866
Query 3610 AAGAAGCTCGAAGACGCAAGGAACAAGATCATTT 3643
||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1867 AAGAAGCTCGAAGACGCAAGGAATAAGATCATTT 1900
> Ahg938451 jgi|Araly1|938451|scaffold_502642.1
Length=1405
Score = 2459 bits (1331), Expect = 0.0
Identities = 1383/1408 (98%), Gaps = 3/1408 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2261 GGGATGCTCTGAGAATTTTTATGATTGATCGTCTTGGTGAAACATTCAACGAAACAGTGG 2320
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GGGATGCTCTGAGAATTTTCATGATTGATCGTCTTGGTGAAACGTTCAACGAAACAGTGG 60
Query 2321 TCCCTCTGAGGTACACGCCTAGAAAGTTTGTTCTCCATCCCAAGCGGAAGTTGTTGGTTA 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCCTCTGAGGTACACGCCTAGAAAGTTTGTTCTCCAACCCAAGCGGAAGTTGTTGGTTA 120
Query 2381 TTATCGAGAGTGACCAGGGAGCATTCACCGCAGAAGAGCGTGAAGCTGCAAGAAAGGAGT 2440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTATCGAGAGTGACCAGGGAGCATTCACCGCAGAAGAGCGTGAAGCTGCAAGAAAGGAGT 180
Query 2441 GCTTCGAGGCTGGTGGAGTGGGAGAAAATGGCAATGGCAATGCAGATCAGATGGAGAATG 2500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTTCGAGGCTGGTGGAGTGGGAGAAAATGGCAATGGCAATGCAGATCAGATGGAGAATG 240
Query 2501 GTGCGGATGATGAAGATAAGGAAGACCCGCTTTCTGATGAGCAGTACGGTTATCCAAAAG 2560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGCGGATGATGAAGATAAGGAAGACCCGCTTTCTGATGAGCAGTACGGTTATCCAAAAG 300
Query 2561 CAGAGTCTGAAAAGTGGGTCTCTTGCATCAGAGTTCTTGATCCCAAGACAGCTACGACAA 2620
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGAGTCTGAAAAGTGGGTTTCTTGCATCAGAATTCTTGATCCCAAGACAGCTACGACAA 360
Query 2621 CTTGTCTCCTGGAACTTCAGGACAACGAAGCTGCATACAGTGTCTGTACGGTGAATTTCC 2680
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTGTCTCCTGGAACTTCAAGACAACGAAGCTGCATACAGTGTCTGTACGGTGAATTTCC 420
Query 2681 ATGATAAAGAGTATGGTACACTGTTGGCTGTTGGTACGGTCAAAGGGATGCAGTTCTGGC 2740
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGATAAAGAGTATGGTACATTGTTGGCTGTTGGTACAGTCAAAGGGATGCAGTTCTGGC 480
Query 2741 CCAAGAAGAATCTAGTGGCTGGGTTCATACATATTTATAGGTTTGTGGAGGATGGGAAAT 2800
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 481 CCAAAAAGAATCTAGTGGCTGGGTTCATACATATTTATAGGTTTGTGGAGGAAGGGAAAT 540
Query 2801 CTCTTGAGCTTCTTCATAAGACGCAAGTAGAAGGTGTTCCTCTTGCTCTGTGCCAGTTCC 2860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCTTGAGCTTCTTCATAAGACGCAAGTAGAAGGTGTTCCTCTTGCTCTGTGCCAGTTCC 600
Query 2861 AAGGAAGACTGCTGGCAGGGATCGGACCTGTCCTCAGATTGTATGATTTGGGGAAAAAGA 2920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGGAAGACTGCTGGCAGGGATCGGACCTGTCCTCAGATTGTATGATTTGGGGAAAAAGA 660
Query 2921 GACTGCTTAGGAAATGTGAAAACAAGCTCTTTCCAAACACCATTATCTCTATCCAAACTT 2980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GACTGCTTAGGAAATGTGAAAACAAGCTCTTTCCAAACACCATTATCTCTATCCAAACTT 720
Query 2981 ACCGTGACCGTATATACGTTGGTGACATTCAGGAGTCTTTCCATTACTGCAAGTACAGGC 3040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACCGTGACCGTATATACGTTGGTGACATTCAGGAGTCTTTCCATTACTGCAAGTACAGGC 780
Query 3041 GCGACGAGAATCAGCTGTACATATTTGCGGATGACTGCGTGCCGAGGTGGCTGACAGCAT 3100
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCGACGAGAATCAGCTATACATATTTGCGGATGACTGCGTGCCGAGGTGGCTGACAGCAT 840
Query 3101 CGCACCATGTGGATTTCGATACCATGGCAGGTGCAGATAAGTTTGGGAATGTGTATTTTG 3160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGCACCATGTGGATTTCGATACCATGGCAGGTGCAGATAAGTTTGGGAATGTGTATTTTG 900
Query 3161 TGCGGTTGCCTCAGGATCTGTCGGAGGAGATAGAAGAAGACCCGACTGGCGGGAAGATCA 3220
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 901 TGCGGTTGCCTCAGGATCTGTCTGAGGAGATAGAAGAAGACCCGACAGGCGGGAAGATAA 960
Query 3221 AGTGGGAGCAAGGAAAGCTGAATGGAGCACCGAACAAAGTGGATGAGATAGTACAGTTCC 3280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGTGGGAGCAAGGAAAGCTGAATGGAGCACCGAACAAAGTGGATGAGATAGTACAGTTCC 1020
Query 3281 ATGTTGGGGACGTTGTGACGTGCTTGCAGAAAGCTTCGATGATCCCAGGTGGATCGGAAT 3340
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATGTTGGGGACGTAGTGACGTGCTTGCAGAAAGCTTCGATGATCCCAGGTGGATCGGAAT 1080
Query 3341 CGATAATGTATGGAACAGTGATGGGTAGCATAGGGGCATTACATGCTTTCACATCCCGTG 3400
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1081 CCATAATGTATGGAACAGTGATGGGTAGCATAGGGGCATTACATGCTTTCACATCGCGTG 1140
Query 3401 ATGATGTGGATTTCTTCTCTCATCTGGAGATGCACATGAGGCAGGAGTATCCTCCTCTCT 3460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATGATGTGGATTTCTTCTCTCATCTGGAGATGCACATGAGGCAGGAGTATCCTCCTCTCT 1200
Query 3461 GCGGGAGAGACCACATGGCTTACAGATCTGCATATTTTCCGGTCAAGGACGTGATAGATG 3520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCGGGAGAGACCACATGGCTTACAGATCTGCATATTTTCCGGTCAAGGACGTGATAGATG 1260
Query 3521 GAGATCTGTGTGAGCAGTTCCCGACACTCCCAATGGACTTGCAGAGGAAAATAGCAGACG 3580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAGATCTGTGTGAGCAGTTCCCGACACTCCCAATGGACTTGCAGAGGAAAATAGCAGACG 1320
Query 3581 AGCTGGATAGAACACCTGCGGAGATTCTGAAGAAGCTCGAAGACGCAAGGAACAAGATCA 3640
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1321 AGTTGGATCGAACACCTGCGGAGATTCTGAAGAAGCTCGAAGACGCAAGGAATAAGATCA 1380
Query 3641 TTTGATAACACACGAAAagagagagaga 3668
|||||||| |||| |||| | | |||||
Sbjct 1381 TTTGATAA-ACAC-AAAACAAA-AGAGA 1405
> Ahg938452 jgi|Araly1|938452|scaffold_502643.1
Length=271
Score = 350 bits (189), Expect = 6e-95
Identities = 213/225 (95%), Gaps = 0/225 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTATCTGTACAGTCTTACTCTGCAGCAGGCGACGGGAATCGTCTGCGCAATCAACGGG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 21 ATGTATCTGTACAGTCTTACTCTGCAGCAGGCGACGGGAATCATCTGCGCCATCAACGGG 80
Query 61 AACTTTTCCGGCGGCAAGACACAGGAGATTGCGGTAGCTCGTGGCAAGATTTTGGATCTT 120
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 81 AACTTCTCCGGCGGGAAGACACAGGAGATTGCGGTAGCTCGTGGGAAGATTCTGGATCTT 140
Query 121 CTCCGTCCCGACGAGAACGGTAAGATCCAGACGATACACTCTGTAGAAGTATTTGGTGCA 180
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 141 CTCCGTCCGGACGAGAACGGTAAGATCCAGACGATACACTCTGTGGAAGTATTCGGTGCA 200
Query 181 ATTAGATCCCTAGCTCAGTTTAGGTTGACTGGTGCGCAGAAGGAT 225
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 201 ATTAGATCTTTAGCTCAGTTTAGGTTGACTGGTGCGCAAAAGGAT 245
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145113525849
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5