BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G55270.1
Length=3131
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938459 jgi|Araly1|938459|scaffold_502650.1 3819 0.0
> Ahg938459 jgi|Araly1|938459|scaffold_502650.1
Length=2401
Score = 3819 bits (2068), Expect = 0.0
Identities = 2298/2408 (95%), Gaps = 20/2408 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 356 TAATTTTGAGATAAGATTGGATGGTGGGAAGAGAGGATGCGATGGGGAATGATGAAGCTC 415
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 TAATCTTGAGATAAGATTGGATGGTGGGAAGAGAAGATGCGATGGGGAATGATGAGGCTC 60
Query 416 CTCCTGGTTCTAAGAAAATGTTTTGGCGGTCTGCCTCTTGGTCTGCTTCACGGACTGCAT 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCCTGGTTCTAAGAAAATGTTTTGGCGGTCTGCCTCTTGGTCTGCTTCACGGACTGCAT 120
Query 476 CACAAGTTCCTGAGGGTGATGAGCAAAGCCTGAACATTCCGTGTGCTATTAGTTCTGGGC 535
||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 121 CACAAGTTCCTGAGGGTGAGGAGCAAAGTCTCAACATTCCCTGTGCAAATAGTTCTGGGC 180
Query 536 CGAGTCGAAGATGTCCAGCTGCTCCTTTGACACCTCGTTCACATCATAACAGCAAGGCTA 595
| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAAGCCGAAGATGCCCAGCTGCTCCTTTAACACCTCGTTCACATCATAACAGCAAGGCTA 240
Query 596 GAGCTTGTTTGCCACCATTGCAGCCTCTTGCCATTTCTAGGAGGAGCTTAGACGAGTGGC 655
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GAGCTTGTTTGCCACCATTGCAGCCTCTTTCCATTTCTAGGAGGAGCTTAGATGAGTGGC 300
Query 656 CTAAGGCGGGTTCGGATGATGTCGGTGAGTGGCCTCATCCACCAACACCTAGCGGGAACA 715
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTAAGGCGGGCTCCGATGATGTCGGTGAGTGGCCTCATCCACCAACACCTAGCGGGAACA 360
Query 716 AAACCGGGGAGAGATTGAAGCTCGATTTATCATCAACGCAGCAGCGGGTAACAGATAAGA 775
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 AAACTGGGGAGAGATTGAAGCTTGATTTATCATCAACGCAGCAGCGGGTCTCAGATAAGA 420
Query 776 GCTCTGGTCTAGCTAAGAGGGAGAAGATTGCTTTCTTTGATAAAGAATGTTCAAAGGTTG 835
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCTCTGGTCTTGCTAAGAGGGAGAAGATTGCTTACTTTGATAAAGAATGTTCAAAGGTTG 480
Query 836 CTGATCATATATATGTGGGTGGAGATGCTGTGGCGAAAGACAAGAGCATACTGAAAAACA 895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 CTGATCATATATATGTGGGTGGAGATGCTGTGGCGAAAGACAAGAGCATATTGAAAAACA 540
Query 896 ATGGAATCACGCATATCTTGAACTGCGTTGGTTTTATCTGTCCGGAATATTTCAAGTCTG 955
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATGGAATCACGCATATCCTAAACTGCGTTGGTTTTATCTGTCCGGAATATTTCAAGTCTG 600
Query 956 ATTTTTGTTACAGATCCTTGTGGTTACAGGATAGTCCGTCAGAGGATATAACTAGTATTC 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 ATTTTTGTTACAGATCCTTGTGGTTACAGGATAGTCCGTCAGAGGATATAACAAGTATTC 660
Query 1016 TGTACGATGTGTTTGACTACTTTGAAGATGTGAGGGAGCAAAGTGGAAGGATCTTTGTTC 1075
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGTACGATGTGTTTGACTACTTTGAAGATGTAAGGGAGCAAAGTGGAAGGATCTTTGTTC 720
Query 1076 ATTGTTGTCAAGGGGTTTCACGATCTACCTCGTTGGTAATAGCATATCTGATGTGGAGAG 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATTGTTGTCAAGGGGTTTCACGATCTACCTCGTTGGTAATAGCATATCTGATGTGGAGAG 780
Query 1136 AAGGGCAAAGTTTTGATGATGCATTTCAGTATGTGAAGTCTGCTAGAGGTATTGCTGATC 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 AAGGGCAAAGTTTTGATGATGCATTTCAGTATGTGAAGTCTGCTAGAGGTATTACTGATC 840
Query 1196 CTAACATGGGCTTTGCTTGCCAATTGTTACAATGCCAAAAGAGGGTTCATGCGTTCCCGC 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 841 CTAACATGGGCTTTGCTTGCCAATTGTTACAATGCCAAAAGAGGGTTCATGCGTTCCCCC 900
Query 1256 TTAGCCCTACCTCCTTACTTAGAATGTACAAAATGTCTCCACACTCTCCTTATGACCCTT 1315
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 901 TTAGCCCTACTTCCTTACTTAGAATGTACAAAATGTCTCCACACTCTCCTTATGATCCTT 960
Query 1316 TGCATCTTGTTCCAAAACTGTTGAATGATCCATGCCCGGGTTCTCTGGATTCAAGAGGTG 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGCATCTTGTTCCAAAACTGTTGAATGATCCATGCCCGTCTTCTCTGGATTCAAGAGGTG 1020
Query 1376 CATTTATCATTCAGTTACCTTCTGCAATTTACATTTGGGTTGGTAGGCAGTGTGAAACCA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1021 CATTTATCATTCAGTTACCTTCTGCAATTTACATTTGGGTTGGTAGGCAGTGTGAAATCA 1080
Query 1436 TCATGGAGAAAGATGCAAAAGCTGCTGTTTGTCAGATTGCTCGATATGAGAAAGTCGAAG 1495
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCATGGAAAAAGATGCAAAAGCTGCTGTTTGTCAGATTGCTCGATATGAGAAAGTCGAAG 1140
Query 1496 CACCTATTATGGTGGTCAGAGAAGGTGATGAGCCTGTTTATTACTGGGATGCATTTGCAA 1555
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||
Sbjct 1141 CACCTATTATGGTGGTCAGAGAAGGCGATGAGCCTGCTTATTACTGGGACGCTTTTGCAA 1200
Query 1556 GCATTTTGCCTATGATTGGGGGCTCGGTAATTAAAGTTCAACCAGGTGACAGGAAGGTCG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCATTTTGCCTATGATTGGGGGCTCGGTAATTAAAGTTCAGCCAGGTGACAGGAAGGTCG 1260
Query 1616 ACGCATATAATCTGGATTTTGAGATTTTTCAGAAAGCCATAGAGGGAGGTTTTGTGCCAA 1675
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACGCATATAATCTGGATTTTGAGATTTTCCAGAAAGCCATCGAGGGAGGTTTTGTGCCAA 1320
Query 1676 CTTTAGCATCATCCAACAACGAACATGAGACTCATCTTCCTGCAAGGGAAAACAGTTGGA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTTTAGCATCATCCAACAACGAACATGAGACTCATCTTCCTGCAAGGGAAAACAGTTGGA 1380
Query 1736 GCTCACTGAAATGTAAGTTTGCATCAAGGTTTGACAAAGGTTTTCGGTATGTCTCCAAAA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCTCACTGAAATGTAAGTTTGCATCAAGGTTTGAGAAGGGTTTTCGGTATGTCTCCAAAA 1440
Query 1796 CGCCACTATCTAGGGTCTATTCAGATTCGATGATGATCGTGCATTCATCAGGCTCACCTT 1855
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CGCCACTATCTAGGGTCTATTCTGATTCGATGCTGATCGTGCATTCATCAGGCTCACCTT 1500
Query 1856 CCTCAACAACTTCTTCATCATCCACTGCGTCGCCTCCTTTTCTCTCTCCCGATTCTGTAT 1915
|||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1501 CCTCTACAACTTCTTCGTCATCCACTGCGTCACCTCCTTTTCTTTCTCCTGATTCTGTAT 1560
Query 1916 GTTCAACAAATTCAGGCAATAGCTTAAAGAGTTTCTCTCAATCCTCTGGACGTTCGTCCT 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1561 GTTCAACAAATTCAGGCAATAGCTTAAAGAGTTTCTCACAATCCTCTGGGCGCTCGTCCT 1620
Query 1976 TGAGACCTTCTATTCCACCATCGCTGACATTGCCTAAATTTTCCAGCCTATCCCTCCTCC 2035
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1621 TGAGACCTTCTATTCCACCATCGTTGACATTGCCCAAATTTTCCAGCCTATCTCTCCTCC 1680
Query 2036 CTTCCCAAACTTCTCCTAAAGAATCTCGTGGTGTCAATACTTTTCT------T--CA--- 2084
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 1681 CTTCCCAAACTTCTCCTAAAGAATCTGGTGGTGTCAATAATTTTCTACAGCCTTACATTG 1740
Query 2085 A-CCGTCACCAAATAGAAAGGCTTCACCTTCTCTTGCTGAGCGTAGAGGCAGCCTGAAAG 2143
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 1741 AACCGTCACCAAATAGAAAGGCTTCACCTTCTCTTGCAGAGCGTAGAGGCAGTCTCAAAG 1800
Query 2144 GATCTCTGAAGTTGCCAGGTTTGGCTGATTCCAACAGAGGCACACCTGCTTTTACTTTAC 2203
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GATCTCTAAAGTTGCCAGGTTTGGCTGATTCCAACAGAGGCACACCTGCTTTTACTTTAC 1860
Query 2204 ATCCGGATGATAGTAATGACATAGTCTTCAATCT-GGAGGGTATTAGAAACGGCGATCTA 2262
|||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1861 ATCCGGATGATAGTAATGACATAGTCTTTAA-CTTGGAGGGTATTAGAAATGGTGATCTA 1919
Query 2263 TATCCACCAAGTGATTGCAAAGGGACAAGTGTAGATTCAGATTTGCCAGAGAAGGAAATT 2322
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1920 AATCCACCAAGTGATTGCAAGGGGACAAGTGTAGATTCAGATTTGGCACAGAAGGAAATT 1979
Query 2323 ATATCCTTAATCAGTTGCAGTAAATCTGACAGACACAAATCGGGAGGTGATACTGATAGC 2382
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1980 ATATCCTTAATTAGTTGCAGTAAATCTGACAGACACAAATCGGGAGGTGATA---A--G- 2033
Query 2383 TCTGGCCAGCCTTTAGCATGTCGTTGGCCAAGTATGGAGATGATTACAAAACTGAGCAGA 2442
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2034 TCGGGCCAGCCTTTAGCATGTCGGTGGCCAAGTATGGAGATGATTACAAGACTGAGTAGA 2093
Query 2443 GCTTACTTAGATTCAGAATCTGTTATAGCAATCCCGTTGCCAAGTGATGCTGTAGGAGAA 2502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2094 GCTTACTTAGATTCAGAATCTGTTATAGCAATCCCGTTGCCAAGTGATGCCGTAGGAGAA 2153
Query 2503 ACGGGTAGTAGGAATTTGTACATTTGGATCGGAAAGTCATTCTCTTTGGATAACAACTGT 2562
||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 ACGGGTAGTAGGATTTTGTACATTTGGATAGGAAAGTCATTCTCTTTGGATAACAACTGT 2213
Query 2563 TCTCTAGTAGATAGCAACAAAGCGGCAGACACTGTGGAGAATGTTGATTGGGTACAAATT 2622
|||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2214 TCTCTAATAGATAGCAACAAAGCCGCGGACACTATGGAGAATGTTGATTGGGTACAGATT 2273
Query 2623 GGTGAATCCATTTTGTGTCAGATGGACTTGCCAAAAGATACCCCTATAAAGATAGTTAGG 2682
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 GGTGAATCCATTTTGTCTCAGATGGACTTGCCAAAAGATACCCCTATAAAGATAGTTAGG 2333
Query 2683 GAATCTGAGGATCAGACAGAGTTGCTAGCACTGCTGAGCGCGCTATAACACCCACCCGCA 2742
||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2334 GAAGCTGAGGATCAGACAGAGTTTCTTGCACTGCTGAGTGCGCTATAGCACCCACCCGCA 2393
Query 2743 AGCTCTAC 2750
||||||||
Sbjct 2394 AGCTCTAC 2401
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118270210725
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5