BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G56100.1
Length=2303
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg324130 jgi|Araly1|324130|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001674 3258 0.0
Ahg908082 jgi|Araly1|908082|Al_scaffold_0002_1163 1033 0.0
> Ahg324130 jgi|Araly1|324130|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001674
Length=2184
Score = 3258 bits (1764), Expect = 0.0
Identities = 2053/2189 (94%), Gaps = 34/2189 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGTTTATCACCCAAAACCAAGCTATTACTTCTCTGAGTATGATCAACACCGAC-AT 59
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||
Sbjct 1 ATGGAGTTTATTACCCAAAACCAAGCTATTACTTCTCTGAGAATGATCAAC-CCCACTAT 59
Query 60 TGATCAACCTAAGGCTTCACTTCGAAGCCGATTTCTCCTTCATCTAATCA---TATGCCT 116
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 60 TGATCAACCTAGGGCTTCACTTCGAAGCCGATTTCTCCTTCACCTAATCATCGTAAGCCT 119
Query 117 CCTCTTCTTCGTCCCTCCCTGCTCAAGCCAAGCCTGGGATGGTGTAGTGATAACACAAGC 176
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 120 CCTCTTCTTCGTCCCTCCCTGCTCCAGCCAAACCTGGGACGGTGTAGTGATCACACAAGC 179
Query 177 TGATTACCAAGGTCTTCAAGCAGTTAAACAAGAACTGATTGATCCAAGAGGCTTCTTGAG 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 180 TGATTACCAAGGTCTTCAAGCAGTTAAACAAGAACTGATTGATCCAAAAGGCTTCTTGAG 239
Query 237 AAGCTGGAACGGTTCTGGATTCAGTGCTTGCTCTGGAGGCTGGGCTGGAATAAAATGTGC 296
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||
Sbjct 240 AAGCTGGAACGGTTCTGGATTGAGTGCTTGCTCTGGAGGCTGGTCCGGAATCAAATGTGC 299
Query 297 TCAAGGTCAAGTCATCGTCATTCAACTTCCATGGAAGAGTCTTGGAGGTAGAATCTCTGA 356
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 TCAAGGTCAAGTCATTGTGATTCAACTCCCATGGAAGAGTCTTGGAGGTAGAATCTCGGA 359
Query 357 GAAAATCGGACAGCTTCAAGCTCTTCGTAAGCTTAGTCTTCATGACAACAACCTTGGAGG 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAAATCGGACAGCTTCAAGCTCTTCGTAAGCTTAGTCTTCATGACAACAACCTTGGAGG 419
Query 417 TTCGATTCCAATGTCATTGGGACTCATTCCTAATCTTAGAGGAGTTCAGCTTTTCAACAA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 TTCGATTCCAATGTCATTGGGACTCATTCCTAATCTTAGAGGAGTCCAGCTTTTCAACAA 479
Query 477 CCGTCTCACTGGCTCAATCCCTGCTTCTCTCGGTGTATCACATTTCCTTCAAACGCTTGA 536
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 480 CCGACTCACTGGCTCGATCCCTGCTTCTCTCGGCGTTTCACGTTTCCTTCAAACGCTTGA 539
Query 537 TCTCAGCAATAACTTGCTCTCTGAGATTATTCCACCGAATCTTGCTGACTCTTCTAAGCT 596
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 540 TCTTAGCAATAACTTGCTCTCTGAGATTATTCCACCGAATCTTGCTGCCTCTTCTAGGCT 599
Query 597 TCTTAGGCTTAATCTCAGCTTTAATTCACTGTCTGGTCAAATCCCAGTGAGTCTCTCTCG 656
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 600 TCTTAGGCTTAATCTCAGCTTTAATTCACTCTCTGGTCAAATCCCAGTGAGTCTTTCCCG 659
Query 657 GTCTTCTTCCCTTCAGTTTCTTGCTCTTGACCATAACAACCTCTCTGGTCCAATCTTAGA 716
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 TTCTTCTTCTCTTCAGTTTCTTGCTCTTGACCATAACAACCTCTCTGGTCCTATCTTAGA 719
Query 717 TACTTGGGGTAGTAAGATCCGTGGAACCCTACCCTCTGAGCTAAGCAAACTCACTAAGCT 776
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CACTTGGGGTAGTAAGATCCGTGGAACCCTACCCTCTGAGCTAAGCAAACTCACTAAGCT 779
Query 777 TAGAAAAATGGATATTAGTGGTAACAGTGTTAGTGGCCATATCCCTGAAACCCTAGGGAA 836
||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 780 TAGAACATTGGATATTAGCAGTAACAGTGTTAGTGGCCATATCCCTGAAACTCTAGGGAA 839
Query 837 CATTTCTTCTCTTATACATTTGGATTTGTCTCAAAACAAACTCACCGGAGAGATTCCTAT 896
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CATTTCTTCTCTTACACATTTGGATTTGTCTCAAAACAAGCTCACCGGAGAGATTCCTAT 899
Query 897 TTCGATTTCTGACCTGGAAAGCCTGAACTTCTTCAATGTCTCTTATAACAACTTATCTGG 956
|||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTCGATTTCTGATCTGGATAGCCTTAGCTTCTTCAATGTCTCTTATAACAACTTATCTGG 959
Query 957 TCCTGTTCCTACTCTCTTGTCCCAAAAGTTCAATTCCTCTTCTTTTGTCGGGAACTCACT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||
Sbjct 960 TCCTGTTCCTACTCTCTTGTCCCAAAAGTTCAATTCGTCCTCTTTTGTCGGAAACTTACT 1019
Query 1017 GCTTTGCGGATACAGCGTTTCGACACCATGTCCTACTCTTCCTTCACCGTCTCCTGAAAA 1076
||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1020 GCTTTGCGGGTACAGCGTTTCGACGCCGTGTCCTACTCTTCCCTCACCGTCTCCCGAAAA 1079
Query 1077 AGAAAGGAAACCATCCCACAGGAATCTGAGTACCAAAGACATCATCCTCATTGCGTCTGG 1136
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1080 AGAAAGGAAATCATCCCACAGGAATCTGAGTACCAAAGACATCATCCTCATTGCTTCTGG 1139
Query 1137 AGCACTCCTCATAGTTATGCTTATCCTTGTTTGTGTTCTATGTTGCTTGCTGAGGAAGAA 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 AGCACTCCTCATAGTTATGCTTATCCTTGTTTGTGTGCTTTGTTGCTTGCTGAGAAAGAA 1199
Query 1197 AGCCAATGAAACCAAAGCCAAGGGCGGAGAGGCTGGACCTGGAGCTGTAGCCGCAAAGAC 1256
|| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1200 AGTCAATGAAACCAAATCCAAGGGTGGAGAGGCTGGACCTGGAGCTGCAGCCGCAAAGAC 1259
Query 1257 TGAGAAAGGAGGGGAAGCTGAAGCTGGAGGTGAAACTGGAGGGAAGCTGGTTCATTTTGA 1316
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CGAGAAAGGAGCGGAAGCTGAAGCTGGAGGCGAAACGGGAGGGAAGCTGGTTCATTTTGA 1319
Query 1317 TGGACCAATGGCGTTTACTGCAGATGATCTTTTGTGTGCAACAGCAGAGATAATGGGGAA 1376
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1320 TGGACCAATGGCGTTTACCGCAGATGATCTTTTGTGTGCAACAGCAGAGATTATGGGAAA 1379
Query 1377 AAGCACTTATGGGACTGTGTACAAAGCTACACTTGAAGATGGAAGTCAAGTAGCAGTGAA 1436
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 AAGCACTTATGGAACAGTTTACAAAGCTACACTTGAAGATGGAAGTCAAGTTGCAGTGAA 1439
Query 1437 GAGATTGAGAGAAA-GATCACCAAAAGTCAAAAAGA-G---A-------G-----A--G- 1476
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | | | | |
Sbjct 1440 GAGATTGAGAGAAAAGATCACCAAAAGCCAAAAAGAAGCTTATTACTTAGGCCCTAAAGG 1499
Query 1477 A-AG---CTTGTCGTCTTCGATTACATGTCTAGAGGAAGCCTTGCCACGTTTCTCCATGC 1532
| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 1500 AGAGAAGCTGGTCGTCTTCGATTACATGTCTAGAGGAAGTCTTGCCACATTCCTCCATGC 1559
Query 1533 AAGAGGACCAGATGTACATATCAATTGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGC 1592
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAGAGGACCAGATGTTCATATCAATTGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGC 1619
Query 1593 TCGAGGCTTGTTCTACCTTCACACACACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAG 1652
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCGTGGCTTGTTCTACCTTCACACACACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAG 1679
Query 1653 CAATGTGCTTTTGGATGAGAACAT-AACCGCGAAGATCTCAGATTACGGTCTCTCAAGGC 1711
|||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 1680 CAATGTACTTTTGGATGAGAACATCAAT-GCGAAGATCTCAGATTACGGACTTTCTAGGC 1738
Query 1712 TAATGACAGCAGCAGCAGGATCCAGCGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAG 1771
|||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TAATGACAGCAGCAGCAGGAACAAGTGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAG 1798
Query 1772 CACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAAAGCCAACACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTG 1831
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1799 CACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAAAGCCAACACAAAAACCGATGTATACAGCCTCGGTG 1858
Query 1832 TGATCATATTGGAACTGTTGACTGGGAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATT 1891
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGATCATATTGGAGCTGTTGACTGGGAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATT 1918
Query 1892 TGCCTCAATGGGTTGCTACTGCGGTTAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTTGATTTGG 1951
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1919 TGCTTCAATGGGTTGCTACTGCGGTTAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTCGATTTGG 1978
Query 1952 AGCTGTTGAATGATGTGAACACAATGGGTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCTT 2011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 AGCTGTTGAATGATGTGAACACAATGGGTGATGAGATTTTGAATACACTAAAACTGGCTT 2038
Query 2012 TACATTGTGTTGATGCTACACCATCAACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAAC 2071
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TGCATTGTGTTGATCCTACACCATCAACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAAC 2098
Query 2072 TTGGAGAGATTAGACCGGAAGAGACAACAGCAACAACATCAGAACCGTTGATTGATGTCC 2131
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |
Sbjct 2099 TTGGAGAGATTAGACCTGAAGAGACA---GCAACAACATCTGAACCATTGATTGATGTTC 2155
Query 2132 CTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCAATAG 2160
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCAATAG 2184
> Ahg908082 jgi|Araly1|908082|Al_scaffold_0002_1163
Length=660
Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0
Identities = 630/664 (95%), Gaps = 5/664 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1498 ATGTCTAGAGGAAGCCTTGCCACGTTTCTCCATGCAAGAGGACCAGATGTACATATCAAT 1557
|||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGTCTAGAGGAAGTCTTGCCACATTCCTTCATGCAAGAGGACCAGATGTTCATATCAAT 60
Query 1558 TGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGCTCGAGGCTTGTTCTACCTTCACACA 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGCTCGTGGCTTGTTCTACCTTCACACA 120
Query 1618 CACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAGCAATGTGCTTTTGGATGAGAAC-AT 1676
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 121 CACGCAAATATCATCCACGGAAACCTGACATCAAGCAATGTACTTTTGGATGAGAACAAT 180
Query 1677 AACCGCGAAGATCTCAGATTACGGTCTCTCAAGGCTAATGACAGCAGCAGCAGGATCCAG 1736
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 AA-CGCGAAGATCTCAGATTACCGTCTTTCAAGGCTAATGACAGCAGCAGCAGGATCAAG 239
Query 1737 CGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAGCACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACACAGCACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAA 299
Query 1797 AGCCAACACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTGTGATCATATTGGAACTGTTGACTGG 1856
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 300 AGCCAATACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTGTGATCATATTGGAGCTTTTGACTGG 359
Query 1857 GAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATTTGCCTCAATGGGTTGCTACTGCGGT 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 TAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATTTGCCTCAATGGGTTGCTACTGCAGT 419
Query 1917 TAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTTGATTTGGAGCTGTTGAATGATGTGAACACAAT 1976
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTCGATTTGGAGCTGTTGAATGATGTGAACACAAT 479
Query 1977 GGGTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCTTTACATTGTGTTGATGCTACACCATC 2036
|| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 480 GGTTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCGTTGCATTGTGTTGATCCTACACCATC 539
Query 2037 AACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAACTTGGAGAGATTAGACCGGAAGAGAC 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 540 AACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAACTTGGAGAGATTAGACCTAAAGAGAC 599
Query 2097 AACAGCAACAACATCAGAACCGTTGATTGATGTCCCTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCA 2156
| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 A---GCAACAACGTCTGAACCATTGATTGATGTTCCTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCA 656
Query 2157 ATAG 2160
||||
Sbjct 657 ATAG 660
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86731487865
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5