BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G56100.1 Length=2303 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg324130 jgi|Araly1|324130|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001674 3258 0.0 Ahg908082 jgi|Araly1|908082|Al_scaffold_0002_1163 1033 0.0 > Ahg324130 jgi|Araly1|324130|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001674 Length=2184 Score = 3258 bits (1764), Expect = 0.0 Identities = 2053/2189 (94%), Gaps = 34/2189 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGAGTTTATCACCCAAAACCAAGCTATTACTTCTCTGAGTATGATCAACACCGAC-AT 59 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || Sbjct 1 ATGGAGTTTATTACCCAAAACCAAGCTATTACTTCTCTGAGAATGATCAAC-CCCACTAT 59 Query 60 TGATCAACCTAAGGCTTCACTTCGAAGCCGATTTCTCCTTCATCTAATCA---TATGCCT 116 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| Sbjct 60 TGATCAACCTAGGGCTTCACTTCGAAGCCGATTTCTCCTTCACCTAATCATCGTAAGCCT 119 Query 117 CCTCTTCTTCGTCCCTCCCTGCTCAAGCCAAGCCTGGGATGGTGTAGTGATAACACAAGC 176 |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 120 CCTCTTCTTCGTCCCTCCCTGCTCCAGCCAAACCTGGGACGGTGTAGTGATCACACAAGC 179 Query 177 TGATTACCAAGGTCTTCAAGCAGTTAAACAAGAACTGATTGATCCAAGAGGCTTCTTGAG 236 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 180 TGATTACCAAGGTCTTCAAGCAGTTAAACAAGAACTGATTGATCCAAAAGGCTTCTTGAG 239 Query 237 AAGCTGGAACGGTTCTGGATTCAGTGCTTGCTCTGGAGGCTGGGCTGGAATAAAATGTGC 296 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| Sbjct 240 AAGCTGGAACGGTTCTGGATTGAGTGCTTGCTCTGGAGGCTGGTCCGGAATCAAATGTGC 299 Query 297 TCAAGGTCAAGTCATCGTCATTCAACTTCCATGGAAGAGTCTTGGAGGTAGAATCTCTGA 356 ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 300 TCAAGGTCAAGTCATTGTGATTCAACTCCCATGGAAGAGTCTTGGAGGTAGAATCTCGGA 359 Query 357 GAAAATCGGACAGCTTCAAGCTCTTCGTAAGCTTAGTCTTCATGACAACAACCTTGGAGG 416 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 GAAAATCGGACAGCTTCAAGCTCTTCGTAAGCTTAGTCTTCATGACAACAACCTTGGAGG 419 Query 417 TTCGATTCCAATGTCATTGGGACTCATTCCTAATCTTAGAGGAGTTCAGCTTTTCAACAA 476 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 420 TTCGATTCCAATGTCATTGGGACTCATTCCTAATCTTAGAGGAGTCCAGCTTTTCAACAA 479 Query 477 CCGTCTCACTGGCTCAATCCCTGCTTCTCTCGGTGTATCACATTTCCTTCAAACGCTTGA 536 ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| Sbjct 480 CCGACTCACTGGCTCGATCCCTGCTTCTCTCGGCGTTTCACGTTTCCTTCAAACGCTTGA 539 Query 537 TCTCAGCAATAACTTGCTCTCTGAGATTATTCCACCGAATCTTGCTGACTCTTCTAAGCT 596 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 540 TCTTAGCAATAACTTGCTCTCTGAGATTATTCCACCGAATCTTGCTGCCTCTTCTAGGCT 599 Query 597 TCTTAGGCTTAATCTCAGCTTTAATTCACTGTCTGGTCAAATCCCAGTGAGTCTCTCTCG 656 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 600 TCTTAGGCTTAATCTCAGCTTTAATTCACTCTCTGGTCAAATCCCAGTGAGTCTTTCCCG 659 Query 657 GTCTTCTTCCCTTCAGTTTCTTGCTCTTGACCATAACAACCTCTCTGGTCCAATCTTAGA 716 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 660 TTCTTCTTCTCTTCAGTTTCTTGCTCTTGACCATAACAACCTCTCTGGTCCTATCTTAGA 719 Query 717 TACTTGGGGTAGTAAGATCCGTGGAACCCTACCCTCTGAGCTAAGCAAACTCACTAAGCT 776 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 CACTTGGGGTAGTAAGATCCGTGGAACCCTACCCTCTGAGCTAAGCAAACTCACTAAGCT 779 Query 777 TAGAAAAATGGATATTAGTGGTAACAGTGTTAGTGGCCATATCCCTGAAACCCTAGGGAA 836 ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 780 TAGAACATTGGATATTAGCAGTAACAGTGTTAGTGGCCATATCCCTGAAACTCTAGGGAA 839 Query 837 CATTTCTTCTCTTATACATTTGGATTTGTCTCAAAACAAACTCACCGGAGAGATTCCTAT 896 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 840 CATTTCTTCTCTTACACATTTGGATTTGTCTCAAAACAAGCTCACCGGAGAGATTCCTAT 899 Query 897 TTCGATTTCTGACCTGGAAAGCCTGAACTTCTTCAATGTCTCTTATAACAACTTATCTGG 956 |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TTCGATTTCTGATCTGGATAGCCTTAGCTTCTTCAATGTCTCTTATAACAACTTATCTGG 959 Query 957 TCCTGTTCCTACTCTCTTGTCCCAAAAGTTCAATTCCTCTTCTTTTGTCGGGAACTCACT 1016 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| Sbjct 960 TCCTGTTCCTACTCTCTTGTCCCAAAAGTTCAATTCGTCCTCTTTTGTCGGAAACTTACT 1019 Query 1017 GCTTTGCGGATACAGCGTTTCGACACCATGTCCTACTCTTCCTTCACCGTCTCCTGAAAA 1076 ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 1020 GCTTTGCGGGTACAGCGTTTCGACGCCGTGTCCTACTCTTCCCTCACCGTCTCCCGAAAA 1079 Query 1077 AGAAAGGAAACCATCCCACAGGAATCTGAGTACCAAAGACATCATCCTCATTGCGTCTGG 1136 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1080 AGAAAGGAAATCATCCCACAGGAATCTGAGTACCAAAGACATCATCCTCATTGCTTCTGG 1139 Query 1137 AGCACTCCTCATAGTTATGCTTATCCTTGTTTGTGTTCTATGTTGCTTGCTGAGGAAGAA 1196 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| Sbjct 1140 AGCACTCCTCATAGTTATGCTTATCCTTGTTTGTGTGCTTTGTTGCTTGCTGAGAAAGAA 1199 Query 1197 AGCCAATGAAACCAAAGCCAAGGGCGGAGAGGCTGGACCTGGAGCTGTAGCCGCAAAGAC 1256 || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1200 AGTCAATGAAACCAAATCCAAGGGTGGAGAGGCTGGACCTGGAGCTGCAGCCGCAAAGAC 1259 Query 1257 TGAGAAAGGAGGGGAAGCTGAAGCTGGAGGTGAAACTGGAGGGAAGCTGGTTCATTTTGA 1316 |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 CGAGAAAGGAGCGGAAGCTGAAGCTGGAGGCGAAACGGGAGGGAAGCTGGTTCATTTTGA 1319 Query 1317 TGGACCAATGGCGTTTACTGCAGATGATCTTTTGTGTGCAACAGCAGAGATAATGGGGAA 1376 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 1320 TGGACCAATGGCGTTTACCGCAGATGATCTTTTGTGTGCAACAGCAGAGATTATGGGAAA 1379 Query 1377 AAGCACTTATGGGACTGTGTACAAAGCTACACTTGAAGATGGAAGTCAAGTAGCAGTGAA 1436 |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1380 AAGCACTTATGGAACAGTTTACAAAGCTACACTTGAAGATGGAAGTCAAGTTGCAGTGAA 1439 Query 1437 GAGATTGAGAGAAA-GATCACCAAAAGTCAAAAAGA-G---A-------G-----A--G- 1476 |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | | | | | Sbjct 1440 GAGATTGAGAGAAAAGATCACCAAAAGCCAAAAAGAAGCTTATTACTTAGGCCCTAAAGG 1499 Query 1477 A-AG---CTTGTCGTCTTCGATTACATGTCTAGAGGAAGCCTTGCCACGTTTCTCCATGC 1532 | || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| Sbjct 1500 AGAGAAGCTGGTCGTCTTCGATTACATGTCTAGAGGAAGTCTTGCCACATTCCTCCATGC 1559 Query 1533 AAGAGGACCAGATGTACATATCAATTGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGC 1592 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 AAGAGGACCAGATGTTCATATCAATTGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGC 1619 Query 1593 TCGAGGCTTGTTCTACCTTCACACACACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAG 1652 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 TCGTGGCTTGTTCTACCTTCACACACACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAG 1679 Query 1653 CAATGTGCTTTTGGATGAGAACAT-AACCGCGAAGATCTCAGATTACGGTCTCTCAAGGC 1711 |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||| Sbjct 1680 CAATGTACTTTTGGATGAGAACATCAAT-GCGAAGATCTCAGATTACGGACTTTCTAGGC 1738 Query 1712 TAATGACAGCAGCAGCAGGATCCAGCGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAG 1771 |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1739 TAATGACAGCAGCAGCAGGAACAAGTGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAG 1798 Query 1772 CACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAAAGCCAACACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTG 1831 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1799 CACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAAAGCCAACACAAAAACCGATGTATACAGCCTCGGTG 1858 Query 1832 TGATCATATTGGAACTGTTGACTGGGAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATT 1891 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 TGATCATATTGGAGCTGTTGACTGGGAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATT 1918 Query 1892 TGCCTCAATGGGTTGCTACTGCGGTTAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTTGATTTGG 1951 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1919 TGCTTCAATGGGTTGCTACTGCGGTTAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTCGATTTGG 1978 Query 1952 AGCTGTTGAATGATGTGAACACAATGGGTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCTT 2011 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1979 AGCTGTTGAATGATGTGAACACAATGGGTGATGAGATTTTGAATACACTAAAACTGGCTT 2038 Query 2012 TACATTGTGTTGATGCTACACCATCAACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAAC 2071 | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 TGCATTGTGTTGATCCTACACCATCAACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAAC 2098 Query 2072 TTGGAGAGATTAGACCGGAAGAGACAACAGCAACAACATCAGAACCGTTGATTGATGTCC 2131 |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | Sbjct 2099 TTGGAGAGATTAGACCTGAAGAGACA---GCAACAACATCTGAACCATTGATTGATGTTC 2155 Query 2132 CTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCAATAG 2160 ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 CTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCAATAG 2184 > Ahg908082 jgi|Araly1|908082|Al_scaffold_0002_1163 Length=660 Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0 Identities = 630/664 (95%), Gaps = 5/664 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1498 ATGTCTAGAGGAAGCCTTGCCACGTTTCTCCATGCAAGAGGACCAGATGTACATATCAAT 1557 |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1 ATGTCTAGAGGAAGTCTTGCCACATTCCTTCATGCAAGAGGACCAGATGTTCATATCAAT 60 Query 1558 TGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGCTCGAGGCTTGTTCTACCTTCACACA 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TGGCCTACAAGGATGAGCTTAATAAAGGGAATGGCTCGTGGCTTGTTCTACCTTCACACA 120 Query 1618 CACGCAAATATCATCCACGGAAACTTAACATCAAGCAATGTGCTTTTGGATGAGAAC-AT 1676 |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 121 CACGCAAATATCATCCACGGAAACCTGACATCAAGCAATGTACTTTTGGATGAGAACAAT 180 Query 1677 AACCGCGAAGATCTCAGATTACGGTCTCTCAAGGCTAATGACAGCAGCAGCAGGATCCAG 1736 || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 181 AA-CGCGAAGATCTCAGATTACCGTCTTTCAAGGCTAATGACAGCAGCAGCAGGATCAAG 239 Query 1737 CGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACAGAGCACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAA 1796 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 CGTGATTGCAACAGCTGGTGCGTTAGGTTACACAGCACCTGAGCTCTCTAAGCTGAAGAA 299 Query 1797 AGCCAACACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTGTGATCATATTGGAACTGTTGACTGG 1856 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 300 AGCCAATACGAAAACCGATGTGTACAGCCTCGGTGTGATCATATTGGAGCTTTTGACTGG 359 Query 1857 GAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATTTGCCTCAATGGGTTGCTACTGCGGT 1916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 360 TAAATCTCCGAGTGAGGCCTTAAACGGTGTGGATTTGCCTCAATGGGTTGCTACTGCAGT 419 Query 1917 TAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTTGATTTGGAGCTGTTGAATGATGTGAACACAAT 1976 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TAAAGAAGAGTGGACTAATGAGGTTTTCGATTTGGAGCTGTTGAATGATGTGAACACAAT 479 Query 1977 GGGTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCTTTACATTGTGTTGATGCTACACCATC 2036 || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| Sbjct 480 GGTTGATGAGATTTTGAATACACTGAAACTGGCGTTGCATTGTGTTGATCCTACACCATC 539 Query 2037 AACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAACTTGGAGAGATTAGACCGGAAGAGAC 2096 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 540 AACAAGACCTGAAGCTCAACAAGTGATGACACAACTTGGAGAGATTAGACCTAAAGAGAC 599 Query 2097 AACAGCAACAACATCAGAACCGTTGATTGATGTCCCTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCA 2156 | |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 A---GCAACAACGTCTGAACCATTGATTGATGTTCCTGAAGCTTCTGCTTCCACAAGTCA 656 Query 2157 ATAG 2160 |||| Sbjct 657 ATAG 660 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 86731487865 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5