BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G56310.1
Length=1567
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486071 jgi|Araly1|486071|fgenesh2_kg.5__2063__AT3G56310.1 2146 0.0
> Ahg486071 jgi|Araly1|486071|fgenesh2_kg.5__2063__AT3G56310.1
Length=1299
Score = 2146 bits (1162), Expect = 0.0
Identities = 1256/1302 (96%), Gaps = 3/1302 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 ATGAAAGATTCAGTCTTGTTCCTCGTCGTAGGCCTCTTCTCTTTATCTGTTTTGGTCTCT 161
|||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAGATTCAGTCTTGTTCCTCGT--T-GGGCTCTTCTCTTTATCTGTTTTGGTCTCT 57
Query 162 CAGTCGATCGCAGGGAGAGTCAAAGCTCCATTGTTGCAGAGCAATACTGGTGGATTAGTT 221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 58 CAGTCGATCGCAGGGAGAGTCAAAGCTCCATTGTTGCAGAGCAATACTGGTGGTTTAGTA 117
Query 222 TTCAGCAAATCCTTCAATTCGATCTATGATACTTCTATGTACGGACGCTTGCAGCTCAAC 281
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TTCAGCAAATCCTTCAATTTGATCTATGATACTTCTATGTACGGACGCTTGCAGCTCAAC 177
Query 282 AATGGCCTTGCTCGAACTCCACAAATGGGATGGAATAGCTGGAATTTCTTTGCTTGCAAT 341
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 AATGGCCTTGCTCGAACTCCTCAAATGGGATGGAATAGCTGGAATTTCTTTGCTTGCAAT 237
Query 342 ATCAATGAAACTGTCATAAAGGAAACTGCTGATGCTTTGGTTTCATCTGGCCTGGCTGAT 401
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 238 ATCAATGAAACAGTCATAAAGGAAACTGCTGATGCTTTACTTTCATCTGGCTTGGCTGAT 297
Query 402 TTAGGATACATACATGTCAATATTGATGATTGCTGGTCCAATTTGTTACGCGATTCAGAG 461
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 298 TTAGGATACATACATGTCAATATTGATGATTGTTGGTCCAATTTGTTACGCGATTCAAAG 357
Query 462 GGTCAATTGGTTCCTCATCCTGAAACCTTCCCATCAGGAATTAAGCTTCTTGCTGATTAT 521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GGTCAATTGGTTCCTCATCCTGAAACCTTCCCATCAGGAATTAAGCTTCTTGCTGATTAT 417
Query 522 GTTCATTCAAAGGGTCTCAAACTCGGTATATATTCTGATGCTGGCGTTTTCACTTGTGAA 581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 418 GTTCATTCAAAGGGTCTCAAACTCGGTATATATTCTGATGCTGGCGTTTTCACGTGTAAA 477
Query 582 GTTCATCCGGGATCCCTTTTCCATGAAGTGGATGATGCAGACATTTTTGCTTCTTGGGGC 641
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GTTCGCCCGGGATCCCTTTTCCATGAAGTGGATGATGCTGACATTTTTGCTTCTTGGGGT 537
Query 642 GTGGATTATCTGAAATATGACAATTGTTTCAACCTGGGAATAAAACCAATCGAAAGATAC 701
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 538 GTGGATTATCTGAAATATGACAACTGTTTCAACCTGGGAGTAAAACCAATCAAAAGATAC 597
Query 702 CCTCCAATGCGTGATGCTCTAAACGCAACTGGCCGCTCAATCTTCTATTCACTATGTGAA 761
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 598 CCTCCAATGCGTGATGCTCTAAACGCAACTGGTCGCTCAATCTTCTATTCACTTTGTGAA 657
Query 762 TGGGGCGTTGATGATCCTGCCTTGTGGGCAAAAGAAGTTGGAAACAGTTGGCGCACAACC 821
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 658 TGGGGCGTTGATGATCCAGCCTTGTGGGCAAAAGAAGTTGGAAACAGTTGGCGGACAACC 717
Query 822 GATGACATCAACGATACATGGGCAAGTATGACTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGG 881
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GATGACATCAATGATACATGGGCAAGTATGACTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGG 777
Query 882 GCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGA 941
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 778 GCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGATCCGGATATGTTGGAAATTGGGAATGGA 837
Query 942 GGGATGACATACGAGGAGTATCGAGGTCATTTTAGCATTTGGGCTTTGATGAAGGCACCT 1001
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGGATGACATACGAGGAGTATCGAGGTCATTTTAGCATTTGGGCTTTGATGAAGGCACCC 897
Query 1002 CTCTTGATTGGTTGTGATGTAAGAAACATGACCGCTGAAACTTTGGAGATTTTGAGTAAT 1061
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 898 CTTTTGATTGGTTGTGATGTAAGAAACATGACCGCTGAAACTTTTGAGATTTTGAGTAAT 957
Query 1062 AAGGAGATTATCGCTGTTAACCAAGACCCACTTGGTGTTCAAGGAAGGAAAATTCAAGCC 1121
|||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AAGGAGGTTATAGCTGTAAACCAAGACCCACTTGGTGTTCAAGGAAGGAAAATTCAAGCC 1017
Query 1122 AATGGAGAAAATGATTGTCAGCAGGTGTGGTCAGGACCTTTATCTGGTGACCGTATGGTA 1181
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AATGGAGAAGATGATTGTCAGCAGGTGTGGTCAGGACCTTTATCTGGTGACCGTATGGTA 1077
Query 1182 GTTGCTCTCTGGAACCGTTGCTCTGAGCCAGCAACTATTACAGCATCATGGGATATGATC 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GTTGCTCTCTGGAACCGTTGCTCTGAGCCAGCAATTATTACAGCATCATGGGATATGATC 1137
Query 1242 GGTCTTGAATCTACCATTAGCGTTTCAGTAAGAGATTTGTGGCAGCACAAAGATGTAACA 1301
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GGTCTTGAATCTACGATTAGCGTCTCAGTAAGAGATTTGTGGCAGCACAAAGATGTAACA 1197
Query 1302 GAGAATACTTCTGGCTCCTTTGAAGCTCAAGTTGACGCACACGACTGTCATATGTACGTT 1361
||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GAGAACGCGTCAGGCTCCTTTGAAGCTCAAGTAGACGCACATGACTGTCATATGTACGTT 1257
Query 1362 CTCACTCCCCAGACAGTATCACACTCTGATGTATAGTTCTTT 1403
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1258 CTCACTCCCCAGACAGTATCACACTCCGATGTATAGTTCTTT 1299
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 58697067545
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5