BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G56370.1
Length=3416
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938592 jgi|Araly1|938592|scaffold_502783.1 4695 0.0
> Ahg938592 jgi|Araly1|938592|scaffold_502783.1
Length=2938
Score = 4695 bits (2542), Expect = 0.0
Identities = 2810/2942 (96%), Gaps = 7/2942 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 CGGAGAAGAGGGTTGTGGAAAGATGTACAAAGCACTGATTTTTACAGTCTTGTTGGTGTC 255
||||||||||| | ||| ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CGGAGAAGAGGATCGTGTAAAGATGTATACAGCTCTGATTTTTTCAGTCTTGTTGGTGTC 60
Query 256 GGCAGTAGCTCCGGTGAGATCTCTAGACCCGCCTTTAAACGACGACGTTTTAGGGCTCAT 315
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GGTGGTGGCTCCGGTGAGATCTCTAGACCCGCCTTTAAACGACGACGTTTTGGGGCTCAT 120
Query 316 TGTCTTCAAAGCCGATTTACGAGATCCAGAGCAAAAGCTAGCTTCTTGGAACGAAGATGA 375
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGTATTCAAAGCCGATTTGCGAGATCCAGAGCAAAAGCTAGCTTCTTGGAACGAAGATGA 180
Query 376 CTACACTCCTTGTAGTTGGAACGGAGTCAAATGCCATCCGAGGACGAATCGAGTCACTGA 435
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 181 CTACACTCCTTGTAGCTGGAATGGAGTCAAATGCCATCCGAGAACCAATCGAGTCACTGA 240
Query 436 GTTAAATCTAGATGGCTTCTCTCTGTCTGGTCGAATTGGTCGTGGCCTACTTCAGCTTCA 495
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 241 GTTAAACCTAGATGGCTTCTCTCTCTCTGGTCGAATTGGTCGTGGGTTACTTCAGCTCCA 300
Query 496 GTTTCTTCATAAGCTCTCTCTGTCCAACAACAATCTCACGGGAATCATTAACCCTAATAT 555
||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 301 GTTTCTTCATAAGCTCTCTTTGTCAAACAACAATCTCACGGGAATCATTAACCCTAATTT 360
Query 556 GCTGCTGAGCCTTGTTAACCTTAAGGTTGTTGACTTGAGTAGCAATGGCTTGTCTGGTTC 615
|||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTGCTGACCCTTGTTAACCTTAAAGTTGTCGACTTGAGTAGCAATGGCTTGTCTGGTTC 420
Query 616 GCTTCCTGATGAG-TTTTTCAGGCAATGTGGGTCATTAAGAGTTTTATCTCTGGCGAAGA 674
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 421 GCTTCCTGATG-GTTTTTTCAGGCAATGTGGGTCATTAAGAGTTCTGTCTCTGGCCAAGA 479
Query 675 ACAAACTAACGGGGAAGATTCCGGTTAGTATAAGCTCGTGCTCGTCTCTTGCTGCTTTAA 734
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACAAGCTAACGGGGAAGATTCCGGTTAGTATAAGCTCGTGTTCGTCTCTTGCTGCTTTAA 539
Query 735 ACTTGTCTTCCAATGGTTTTTCTGGTTCTATGCCTTTGGGGATTTGGTCTTTGAACACTC 794
||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ACTTGTCCTCGAATAGTTTTTCTGGTTCTATGCCTTTGGGGATTTGGTCTTTGAACACTC 599
Query 795 TAAGATCACTTGATTTGTCGAGGAATGAGTTAGAGGGAGAGTTTCCAGAGAAGATAGATA 854
||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 600 TAAGATCACTTGATTTGTCAAGAAATGAGTTAGAGGGGGAGTTTCCAGAGAAGATAGACA 659
Query 855 GATTGAACAACTTGCGTGCGCTTGATTTGAGTAGAAACCGGTTATCTGGTCCTATTCCTA 914
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 660 GATTGAACAACTTGCGTTCGCTTGATTTGAGTAGAAACCGGTTATCCGGTACTATTCCTA 719
Query 915 GCGAAATTGGGAGCTGTATGCTGCTGAAGACTATTGATCTTAGTGAAAACTCTCTATCAG 974
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCGAAATCGGGAGCTGTATGCTGCTGAAGACTATTGATCTTAGTGAAAACTCTCTATCAG 779
Query 975 GAAGCTTACCAAATACATTTCAGCAGCTCAGTTTGTGTTATTCTCTGAACTTGGGAAAGA 1034
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAAGCGTACCAGATACATTTCAGCAGCTCAGTTTGTGTTATTCTCTGAACTTGGGAAAGA 839
Query 1035 ATGCGTTAGAAGGTGAAGTTCCAAAGTGGATAGGAGAAATGAGGAGTCTTGAG-ACTTTG 1093
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 840 ATGTGTTAGAAGGTGAAGTTCCAAAGTGGATTGGAGAAATGAGAAGTCTTGAGTA-TTTG 898
Query 1094 GATCTTTCCATGAATAAGTTTTCAGGGCAGGTTCCAGACTCCATAGGCAACCTTCTAGCA 1153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 899 GATCTTTCCATGAATAAGTTTTCAGGGCAGGTTCCAGACTCCATAGGCAACCTTTTAGCA 958
Query 1154 CTGAAAGTTCTCAACTTTTCTGGGAATGGGCTTATTGGTAGCTTGCCGGTCTCAACAGCC 1213
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 959 CTGAAAGTTCTGAACTTTTCTGGGAATGGGCTTATTGGTAGCTTGCCGGACTCAACAGCC 1018
Query 1214 AACTGTATCAACCTCTTGGCCTTAGATTTAAGTGGGAATTCACTAACTGGAAAGCTTCCC 1273
||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1019 AACTGTATCAATCTCTTGGCTTTAGATTTTAGTGGGAACTCACTAACTGGAAATCTTCCC 1078
Query 1274 ATGTGGCTATTTCAAGATGGTTCTCGTGATGTGTCTGCATTAAAGAATGATAACTCTACT 1333
|||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||| || |||
Sbjct 1079 ATGTGGATATTTCAAGATGATTCTCGTGATGTTTCTGCATTTAAGAGTGATAATTCCACT 1138
Query 1334 GGAGGTATCAAGAAGATCCAGGTTTTGGATCTCTCCCACAATGCATTCTCTGGCGAGATT 1393
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1139 GGAGGTATCAAAAAGATCCAGGTGTTGGATCTCTCCCACAATTCCTTCTCTGGCGAGATT 1198
Query 1394 GGAGCTGGTCTAGGAGATCTTAGAGACCTGGAGGGATTGCATCTGTCCAGAAACTCTCTT 1453
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGAGCTGGTCTAGGAGATCTTAGAGACTTGGAGGGTTTGCATCTGTCCAGAAACTCTCTT 1258
Query 1454 ACCGGCCCCATCCCCAGTACCATTGGGGAACTAAAGCACTTGAGCGTCCTTGATGTGAGT 1513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1259 ACCGGCCCCATCCCCAGTACCATTGGGGAACTAAAGCACTTGGGCGTCCTTGATTTGAGT 1318
Query 1514 CACAATCAGCTCAATGGAATGATTCCTCGAGAAACAGGTGGAGCTGTTTCTTTGGAGGAG 1573
|||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 CACAATGAGCTTAGTGGAACGATTCCTCGAGAAACAGGTGGAGCTGTTTCTTTGGAGGGG 1378
Query 1574 TTGAGACTTGAAAATAACTTGTTGGAGGGAAATATTCCATCTTCCATCAAGAATTGCAGT 1633
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TTGAGACTTGAAAATAACTTGTTGGAGGGAAGTATTCCATCTTCCATCAAGAATTGCAGT 1438
Query 1634 TCCCTTCGGTCTTTGATCCTGTCACATAACAAGCTGCTAGGCTCAATTCCACCAGAGCTC 1693
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1439 TCCCTTCGGTCTTTGATTCTGTCACATAACAAGCTGATAGGCTCAATTCCACCAGAACTC 1498
Query 1694 GCTAAACTTA-CAAGACTCGAAGAAGTCGACTTATCATTTAATGAACTGGCCGGAACACT 1752
|| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1499 GCGAAACTTACCAA-ACTCGAAGAAGTCGACTTATCATTTAATGAACTGACCGGAACGCT 1557
Query 1753 TCCTAAACAGTTGGCTAATCTCGGCTATCTTCACACATTCAACATATCTCATAACCATCT 1812
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TCCTAAACAGTTGGCTAATCTCGGCTATCTCCACACCTTCAACATATCTCATAACCATCT 1617
Query 1813 CTTTGGGGAACTACCTGCAGGTGGAATCTTCAACGGTTTATCCCCAAGTTCAGTATCAGG 1872
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1618 CTTTGGGGAACTACCTGCAGGTGGAATCTTCAACGGTTTATCCCCAAGTTCAGTTTCAGG 1677
Query 1873 AAACCCGGGAATTTGCGGTGCTGTTGTCAATAAGTCTTGTCCTGCCATCTCCCCTAAACC 1932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1678 AAACCCGGGAATTTGCGGTGCTGTTGTCAATAAGTCTTGTCCTGCTGTCTCCCCTAAACC 1737
Query 1933 GATTGTGTTGAATCCTAATGCAACTTTCGATCCTTACAATGGTGAAATAGTGCCTCCAGG 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 1738 GATTGTGTTGAATCCTAATGCAACTTTCGATCCTTACTCGGGTGAAGTAGTGCCTCCTGG 1797
Query 1993 TGCTGGTCACAAAAGGATACTGCTTAGTATATCTTCTTTGATAGCCATTAGTGCTGCTGC 2052
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TGCTGGTCACAAAAGGATACTCCTTAGTATATCTTCTTTGATAGCCATTAGTGCTGCTGC 1857
Query 2053 AGCCATTGTGGTTGGTGTAATAGCCATCACGGTACTTAATCTGAGAGTGCGCGCATCAAC 2112
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1858 AGCCATTGTGGTTGGTGTGATAGCCATCACAGTACTTAATCTGAGAGTCCGCGCATCAAC 1917
Query 2113 GGTTTCAAGATCAGCAGTACCGCTCACGTTCTCAGGCGGAGATGACTTCAGTCGATCTCC 2172
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1918 GGTTTCAAGATCAGCTGTACCGCTCACGTTCTCAGGCGGAGATGACTTCAGCCGATCTCC 1977
Query 2173 CACTACTGATAGCAACTCAGGGAAGCTGGTGATGTTCTCTGGTGAACCTGATTTCAGCAC 2232
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CACTACTGACAGCAACTCAGGGAAGCTGGTGATGTTCTCTGGTGAACCTGATTTCAGCAC 2037
Query 2233 TGGAACACATGCTCTGCTTAACAAAGACTGTGAGCTTGGTCGAGGTGGATTTGGAGCGGT 2292
||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2038 TGGAACACATGCTCTACTGAACAAAGACTGTGAGCTCGGTCGAGGTGGATTTGGAGCAGT 2097
Query 2293 GTACAGAACAGTTATCAGAGATGGGTATCCTGTAGCTATCAAGAAGCTCACTGTCTCGAG 2352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2098 CTACAGAACAGTTATCAGAGATGGGTATCCTGTAGCTATCAAGAAGCTCACTGTCTCAAG 2157
Query 2353 TCTTGTCAAGTCTCAGGACGAATTCGAAAGAGAGGTGAAGAAACTTGGAAAACTCAGGCA 2412
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TCTTGTGAAGTCTCAGGACGAATTCGAAAGAGAGGTCAAGAAACTTGGAAAACTCAGGCA 2217
Query 2413 TTCGAATCTGGTTAAACTCGAAGGATATTACTGGACAACTTCTCTCCAGCTTCTGATCTA 2472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2218 TTCGAATCTGGTTAAACTCGAAGGATATTACTGGACAACTTCTCTTCAGCTTCTGATCTA 2277
Query 2473 TGAGTTTCTCTCTGGTGGGAGTTTATACAAACAGTTGCACGAAGCACCAGGAGGTAATAG 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2278 TGAGTTTCTCTCTGGTGGGAGTTTATACAAACACTTGCACGAAGCACCAGGAGGTAGTAG 2337
Query 2533 TTCGCTTTCTTGGAATGATCGGTTCAACATTATCCTTGGTACAGCGAAATGCTTAGCTTA 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2338 TTCGCTTTCTTGGAATGATCGGTTCAACATTATCCTTGGTACAGCGAAATGCTTAGCCTA 2397
Query 2593 CTTGCACCAATCAAACATCATCCACTACAACATCAAATCGAGCAACGTGTTGCTAGACAG 2652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 CTTGCACCAATCAAACATCATCCACTACAACATCAAATCGAGCAACGTGTTGCTAGACAG 2457
Query 2653 CTCTGGTGAGCCTAAAGTAGGAGACTACGGATTAGCGAGGCTGTTACCTATGCTAGATAG 2712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2458 CTCTGGTGAGCCTAAAGTAGGAGACTACGGATTAGCGAGGCTGTTACCCATGCTAGATAG 2517
Query 2713 GTACGTGCTGAGTAGCAAGATACAGAGTGCGTTGGGATACATGGCTCCAGAGTTTGCTTG 2772
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GTACGTGCTGAGCAGCAAGATACAGAGTGCTTTGGGATACATGGCTCCAGAGTTTGCTTG 2577
Query 2773 TAGAACGGTGAAAATAACAGAGAAATGTGATGTTTATGGATTTGGAGTCTTGGTCCTTGA 2832
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2578 TAGAACGGTGAAAATAACAGAGAAATGCGATGTTTATGGATTTGGAGTCTTGGTTCTTGA 2637
Query 2833 AGTGGTTACAGGTAAAAAGCCTGTGGAGTATATGGAAGATGATGTTGTGGTTTTGTGTGA 2892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2638 AGTGGTTACAGGTAAAAAGCCTGTGGAGTATATGGAAGATGATGTTGTGGTTCTGTGTGA 2697
Query 2893 TATGGTGAGAGAAGCTCTTGAAGATGGAAGAGCAGATGAATGTATTGACCCAAGGCTGCA 2952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2698 TATGGTGAGAGAAGCTCTTGAAGATGGAAGAGCAGATGAATGTATTGATCCGAGGCTGCA 2757
Query 2953 AGGGAAGTTTCCGGTAGAAGAAGCGGTTGCAGTGATAAAGCTAGGGCTTATTTGCACTTC 3012
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 AGGGAAGTTTCCGGTAGAAGAAGCAGTTGCAGTGATAAAGCTAGGGCTTATTTGCACTTC 2817
Query 3013 TCAGGTTCCATCAAGTAGACCACATATGGGAGAAGCTGTTAACATATTGAGGATGATCAG 3072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TCAGGTTCCATCAAGTAGACCACATATGGGAGAAGCTGTTAACATATTGAGGATGATCAG 2877
Query 3073 ATGCCCTTCAGGGAGCTCAGATGAGTTGGGTTCAAGTTGAAAAGAAGGTTAAAGACTAAC 3132
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||
Sbjct 2878 ATGCCCTTCAGGGAGCTCAGATGAGTTGGGTTCGAGTTGAAAAGAAAGTAAAA-ACTAAC 2936
Query 3133 AT 3134
||
Sbjct 2937 AT 2938
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128977114897
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5