BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G56640.1
Length=2456
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938625 jgi|Araly1|938625|scaffold_502816.1 4015 0.0
> Ahg938625 jgi|Araly1|938625|scaffold_502816.1
Length=2412
Score = 4015 bits (2174), Expect = 0.0
Identities = 2314/2383 (97%), Gaps = 3/2383 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 TCTATC-GAATGATGGAGGCCAAACCAAAAAGGAGGATTGTTACAGAGAATGGAGATACA 134
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 9 TCTCTCAGAATGATGGAGGCCAAACCAAAAAGGAGGATTGTTACAGAGAATGGAGATACA 68
Query 135 GGTGAAGATTTAGTTCTTGCAACATTGATTGGAAACGGTGATGATGTAGGTCCTCTCGTT 194
|| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 69 GGGGAGGATTTAGTTCTTGCTACATTGATTGGAAACGGAGATGATGTGGGTCCTCTTGTT 128
Query 195 AGGCATGCTTTCGAAATGGGGAGGCCTGAGCCTCTCGTTCATCAGCTCAAAAATGTGGCG 254
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 129 AGGCATGCTTTTGAAATGGGGCGGCCTGAGCCTCTCGTTCATCAGCTCAAAAACGTGGCC 188
Query 255 AGGAAGAAGGAAGCTGAAATTGAGGATCTATGCAAGACTCACTATGAAGAATTTATTGTT 314
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 189 AGGAAGAAGGAAGCTGAAATCGAGGATCTATGCAAGACCCACTATGAAGAATTCATTGTT 248
Query 315 GCAGTTGATGAGCTTCGTGGTGTGTTAGTTGACGCTGAAGAGCTTAAGAGTGATCTTGCA 374
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 249 GCGGTTGATGAGCTCCGTGGTGTGTTAGTTGACGCTGAAGAGCTTAAGAGTGACCTTGCA 308
Query 375 AGTGACAATTTCCGTTTGCAAGAGGTTGGTAGTGCCTTATTGGTTAAA-CTGGAAGAGCT 433
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 309 AGTGACAATTTCCGCTTGCAAGAGGTTGGTAGTGCCTTATTGG-TAAAGCTGGAAGAGCT 367
Query 434 TCTCGAGTCTTATGCAGTCAAGAAGAATGTAACCGAAGCTATTAAAATGTCGAAGATCTG 493
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 368 TCTCGAGTCTTATGCAATCAAGAAGAATGTAACTGAAGCTATTAAAATGTCAAAGATCTG 427
Query 494 CGTTCAAGCACTGGAGTTGTGTGTTAAATGTAATAGTTACATATCTGAAGGACAGTTTTA 553
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 428 CGTTCAAGCGCTGGAGTTGTGTGTTAAATGTAATAGTTACATATCTGAAGGCCAGTTTTA 487
Query 554 CCATGCCCTGAAAACCATGGATTTGATTGAGAAGAGTTACCTGAAGCTTATCCCACTTAA 613
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 CCATGCCCTGAAAACCATGGATTTGATTGAGAGGAGTTACCTGAAGCTTATCCCACTTAA 547
Query 614 GGTTCTAAAGTTGGTTATAGAGAGAAGAATTCCAGTGATCAAGACTCACATTGAGAAAAA 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 548 GGTTCTAAAGTTGGTTATAGAGAGAAGAATTCCAGTGATCAAGACACACATTGAGAAAAA 607
Query 674 AGTGTGTAGCCAATTTAATGAATGGCTTGTTCACATTAGGAGTTCCTCTAAAAATATTGG 733
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 608 AGTGTGCAGCCAATTTAATGAATGGCTTGTTCACATTAGGAGTTCCTCAAAAAATATTGG 667
Query 734 ACAGACTGCTATTGGCCTCACCGCTTCAGCTCGCCAGAGGGAAGAAGAAATGCTGGAACG 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 ACAGACTGCTATTGGCCTCACCGCTTCAGCTCGCCAGAGGGAAGAAGAAATGCTGGAACG 727
Query 794 TCAGAGGAGAGCAGAGGAACAGAATACAGGTGGTTTGGGAGAATTGGCATACACTTTAGA 853
||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 728 TCAGAGGAGAGCAGAGGAACAAAACACTGGGGGTTTGGGAGAATTGGCTTACACTTTAGA 787
Query 854 TGTTGAAGACTCGGAACAAGACTCTGTATTGAAGTTTGATCTGACACCTCTGTATCGAGC 913
||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 788 TGTTGAAGATTCGGAACAAGATTCTGTTTTAAAGTTTGATCTCACACCTCTGTATCGAGC 847
Query 914 TTATCACATCCACACTATTCTTGGAGTCCCAGAACGGTTCCGTGACTATTACTATGAGAA 973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TTATCACATCCACACTATTCTTGGAGTCCCAGAACGATTTCGTGACTATTACTATGAGAA 907
Query 974 TAGGCTACTACAGCTCCAATCAGATCTGCAGATCACTTATACACAGCCATTTGTGGAATC 1033
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 TAGGCTACTACAGCTCCAATCAGATCTGCAGATCTCTTATACACAGCCATTTGTGGAATC 967
Query 1034 ATACCAAACATTTCTAGCCCAGGTTGCAGGATATTTCATTGTGGAGGATCGGGTGATTAG 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 ATACCAAACATTTCTAGCCCAGGTTGCAGGATATTTCATTGTGGAGGATCGGGTGATTAG 1027
Query 1094 GACAGCTGGAGATTTCTTGTTGGCTGATCAAGTTGAGACAATGTGGGAAACAGCCATTTC 1153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1028 GACAGCTGGAGATTTCTTGTTGGCTGATCAAGTTGAGACAATGTGGGAAACGGCCATTTC 1087
Query 1154 CAAAATTGTAGCCATATTGGAGAACCAATTTGCCAGAATGGATTCGCCTACTCATCTGCT 1213
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 CAAAATTGTAGCGATATTGGAGAACCAATTTGCCAGAATGGATTCGCCTACTCATCTGCT 1147
Query 1214 TTTGGTGAAAGATTATGTAACTCTCCTTGGCACAACCCTTAGACAGTACGGTTATGAAGT 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 TTTGGTGAAAGATTATGTAACTCTCCTTGGCACAACCCTTAGACAGTACGGTTATGAAGT 1207
Query 1274 GGGTCCAGTTCTTGATGCCCTTGACAAGAGCCGAGATAAATACCACGAGCTTCTTCTTGA 1333
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 GGGTCCAGTTCTTGATGCTCTTGACAAGAGCCGAGATAAATACCACGAGCTTCTTCTTGA 1267
Query 1334 AGAGTGTCGAAAGCAAATTGTGACTGCTATTACAGAGGACACTTATCAGCAGATGGTAAT 1393
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 AGAGTGTCGAAAGCAAATCGTGACTGCTATTACAGAGGACACTTATCAGCAGATGGTAAT 1327
Query 1394 CAAGAAGGAAGCTGACTATGAAAACAATGTCTTGTCGTTTAATCTTCAGACCTCAGACAT 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 CAAGAAGGAAGCTGACTATGAAAACAATGTCTTGTCGTTTAATCTTCAGACCTCAGACAT 1387
Query 1454 TATGCCGGCTTTCACTTACATTGCGCCCTTCTCTTCTATGGTGCCAGATGTTTGCCGCAT 1513
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1388 TATGCCGGCTTTCACTTACATTGCGCCGTTCTCTTCTATGGTGCCAGATGTATGCCGCAT 1447
Query 1514 CATCAGGTCATACATAAAAGGATCTGTTGATTACTTGTCCTATGGAGTGAACACTAATTT 1573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1448 CATCAGGTCATACATAAAAGGATCTGTTGATTACTTGTCATATGGAGTGAACACTAACTT 1507
Query 1574 TTTCAGTGTTCTGAGGAAGTACCTCGACAAAATCTTGATTGATGTATTGAACGAAGTTAT 1633
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 TTTCAGTGTTCTGAGGAAGTACCTTGACAAAATCTTGATTGATGTATTGAACGAAGTTAT 1567
Query 1634 CCTCGAGACGATTAGCAACAATTCAATTGGTGTATCTCAAGCTATGCAGATTGCAGCAAA 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1568 CCTCGAGACGATTAGCAACAATTCAATTGGTGTATCTCAAGCTATGCAGATTGCAGCGAA 1627
Query 1694 CATATCTTTCCTCGAAAAGGCCAGTGATTATTTTCTCCGACATGCAGCTCAACTTTGTGG 1753
||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 CATATCTTTTCTAGAAAAGGCCAGTGACTATTTTCTCCGGCATGCAGCTCAACTTTGTGG 1687
Query 1754 CATCCCAAGCCGATCAGTTGAGAGGCCTCAAGCTAGTTTAGCTGCAAAGGTTGTCCTCAA 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 CATCCCAAGCCGATCAGTTGAGAGGCCTCAAGCTAGTTTAGCTGCAAAGGTTGTCCTCAA 1747
Query 1814 AACATCAAGAGACGCAGCCTATCTTGCTTTGTTGAATGTGGTTAACACCAAGTTGGACGA 1873
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 AACATCAAGAGACGCAGCCTATCTTGCTTTGCTGAATGTGGTTAACACCAAGTTGGACGA 1807
Query 1874 GTTCATGAAGCTCACAGAAAATGTTAACTGGACTACAGAGGAAATGCCACAAGGGCCGCA 1933
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 GTTCATGAAGCTCACAGAAAACGTGAACTGGACTACAGAGGAAATGCCACAAGGGCCGCA 1867
Query 1934 CGAGTACATAAACGAGGTTGTTATATACCTCGAGACTGTTATGTCAACGGCACAACAGAT 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 CGAGTACATAAACGAGGTTGTTATATACCTCGAGACTGTTATGTCAACGGCACAACAGAT 1927
Query 1994 CCTCCCAATGGATGCCTTATACAAAGTTGGAGTTGGGGCTATCGAACATATCTCAAACTC 2053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1928 CCTCCCAATGGATGCCTTATACAAAGTTGGAGTTGGGGCTATCGAGCATATCTCAAACTC 1987
Query 2054 CATCGTCTCTACATTCCTCAGCGATAGCATCAAGAGATTCAATGCTAATGCAGTCTCGGC 2113
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988 CATTGTCTCTACATTCCTCAGCGATAGCATCAAGAGATTCAATGCTAATGCAGTCTCGGC 2047
Query 2114 CATTAACCACGATCTGAGAGTGATAGAAAACTTTGCTGATGAGAGATATCACTCAAGCGG 2173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 CATTAACCACGATCTGAGAGTGATAGAAAACTTTGCTGATGAGAGATATCACTCAAGCGG 2107
Query 2174 GTTAAATGAGATCTACAAAGAAGGAAGCTTTAGAAGCTATCTGGTTGAAGCTAGGCAGTT 2233
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2108 GTTGAACGAGATCTACAAAGAAGGAAGCTTTAGAAGCTATCTAGTTGAAGCTAGGCAGCT 2167
Query 2234 GATAAACCTGTTGTCGAGTAGCCAACCCGAGAACTTCATGAACCCGGTGATTAGAGAGAG 2293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 GATAAACCTGTTGTCGAGTAGCCAACCCGAGAACTTCATGAACCCGGTGATTAGAGAGAG 2227
Query 2294 GAACTACAACACTTTGGATTACAAGAAAGTGGCTACGATCTGCGAGAAGTTTAAGGATTC 2353
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 GAACTACAACACTTTGGATTACAAAAAAGTGGCTACAATCTGCGAGAAGTTTAAGGATTC 2287
Query 2354 TGCAGACGGGATATTCGGAAGCCTGGCTAATAGAAACACAAAGCTGACAGCCAAGAAGAA 2413
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2288 TGCAGACGGGATATTCGGAAGCCTGGCAAATAGAAACACAAAGCTGACAGCCAAGAAGAA 2347
Query 2414 ATCGATGGACATGCTCAAGAAGAGACTCAAGGAATTTAACTGA 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 ATCGATGGACATGCTCAAGAAGAGACTCAAGGAATTTAACTGA 2390
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92559295350
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5