BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57060.2
Length=4521
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486151 jgi|Araly1|486151|fgenesh2_kg.5__2143__AT3G57060.1 6239 0.0
> Ahg486151 jgi|Araly1|486151|fgenesh2_kg.5__2143__AT3G57060.1
Length=4200
Score = 6239 bits (3378), Expect = 0.0
Identities = 3694/3847 (96%), Gaps = 19/3847 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 63 ATGGCTCCTCCCTTTGTATTCCCTCAAATTCTACGAGCCCTAGAAGAAGATCCGGAGGAT 122
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGCTCCTCCCTTTGTTTTCCCTCAAATTCTACGAGCCCTAGAAGAAGATCCGGAAGAC 60
Query 123 AATCACCGTTTGTTCGCTCAGAATCCCGTCGATGTAACCTCTCTTCGCCCTTCCGATCTG 182
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 AATCATCGTTTGTTCGCTCAGAATCCCGTCGATGTGACCTCTCTTCGTCCTTCCGATCTG 120
Query 183 GAAGAATTCGTCAAAGGTGTATCCTTTGACCTTTCTGATAGAGAACTCTTTTGTGTCGAG 242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 121 GAAGAATTCGTCAAAGGTGTATCCTTTGACCTTTCTGATAGAGAACTCTTCTGTATCGAA 180
Query 243 GATCAAGATGTATTTGATCGTGTCTACTCTTTGGTCAGGAGCTTCTTTAGTCTTCCTCCA 302
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 GATCAAGATGTTTTTGATCGTGTCTACTCTTTGGTCAGGAGCTTTTTTAGTCTTCCTCCA 240
Query 303 TCTTGCAAGTGTAATCTTGTAGAAAGCCTTCGGTCCAATCTAAGCGTTCTTCTTCCCAAT 362
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTGCAAGTGTAATCTTGTAGAAAGCCTCCGGTCCAATCTAAGTGTTCTTCTTCCCAAT 300
Query 363 GTCGATTCGATATCCCGGTCTGTCCAAGATCAGGAGGATGATGTTCCAATCATTGATAGG 422
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTCGATTCGATCTCCCGATCTGTCCAAGATCAGGAGGATGATGTTCCAATCATTGATAGG 360
Query 423 ATCACATCACATCGCAATGCCTTGAAGATATACACTTTCTTTCTCCTCACTGTTGTTATG 482
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 361 ATCACATCACATCGCAATGCCTTGAAAATATACACTTTCTTTCTCCTCACTATTATTATG 420
Query 483 AATGAGGAATCACACATCAGCTCAGTCGAGA-CTACAAAGGTTGCAGCACGAGGGAGGAA 541
| ||| |||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACTGAAGAATCACACATCAGCTCAGTTGACAGC-ACAAAGGTTGCAGCACGAGGGAGGAA 479
Query 542 AAAGCAAATCATCCAGTCATGGAACTGGGAACCTCAGAGGGGTAGGATGCTCAATTTGAT 601
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 480 AAAGCAAGTTATCCAGTCATGGAACTGGGAACCTCAGAGGGGTAGGATGCTCAATTTGGT 539
Query 602 CGCAAATTCTCTTGAAATCAACCTATCCTTGCTCTTTGGATCATCAGACCTAGACGAAAA 661
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 CGCAAATTCTCTTGAGATCAACCTATCCTTGCTCTTTGGATCATCAGACCTAGATGAAAA 599
Query 662 CTACCTGTCTTTCATTGTCAAAAACTCGTTCACTCTTTTTGAAAATGCCACAATCTTAAA 721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 600 CTACCTGTCTTTCATTGTCAAAAACTCGTTCACTCTTTTTGAGAATGCCACAATCTTAAA 659
Query 722 AGATGCCGAGACAAAAGATGCACTGTGCCGAATCATCGGAGCATCTGCTACAAAATACCA 781
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 660 AGATGCTGAGGCAAAAGATGCACTGTGCCGAATCATTGGAGCCTCTGCTACAAAATACCA 719
Query 782 CTACATTGTGCAGTCATGTGCCTCAATCATGCACTTGATACACAAGTATGATTTTGCTGT 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTACATTGTGCAGTCATGTGCCTCAATCATGCACTTGATACACAAGTATGATTTTGCTGT 779
Query 842 TGTACACATTGCTGATGCAGTTGCTAGAGCTGAAAGCAAGTATTCAGATGGTACGTTGGC 901
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 780 TGTACATGTTGCTGATGCAGTTGCTAGAGCTGAAAGTAAGTATGCAGATGGTACGTTGGC 839
Query 902 AGTGACAATCATTAGAGATATTGGGAGGACTGACCCAAAGGCCTACGTTAAAGATACTGC 961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CGTGACAATCATTAGAGATATTGGGAGGACTGACCCAAAAGCCTACGTTAAAGATACTGC 899
Query 962 TGGGGCTGATAATGTGGGACGTTTCCTGGTCGAGCTTGCTGATCGTTTGCCAAAATTAAT 1021
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 900 TGGGGCTGATAATGTGGGGCGTTTCCTGGTCGAGCTTGCTGATCGTTTGCCAAAACTAAT 959
Query 1022 GTCGACAAATGTTGGAGT-TCTGGTCCCTCATTTTGGTGGTGAATCATACAAGATAAGAA 1080
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GTCGACAAATGTTGGAGTAT-TGGTCCCTCATTTTGGCGGTGAATCATACAAGATAAGAA 1018
Query 1081 ACGCACTAGTTGGTGTTCTTGGGAAA-TTAGTTGCAAAAGCATTTAATGATGTCGAGGGA 1139
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ACGCACTAGTTGGTGTTCTT-GGAAAGTTAGTTGCAAAAGCATTTAATGATGTCGAGGGA 1077
Query 1140 GATATGAGTTCCAAGTCCCTTCGTCTGCGAACTAAGCAAGCTATGTTGGAAATTTTGCTC 1199
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GATATGAGTTCCAAGTCCCTTCGTTTGCGAACTAAGCAAGCTATGTTGGAAATTTTGCTC 1137
Query 1200 GAACGCTGTAGAGATGTTTCAGCCTATACAAGGAGCCGTGTTCTTCAAGTGTGGGCTGAA 1259
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 GAACGATGTAGAGATGTTTCAGCCTATACAAGGAGCCGAGTTCTTCAGGTGTGGGCTGAA 1197
Query 1260 CTCTGTGAAGAGCATTCTGTTTCAATTGGCCTATGGAATGAAGTTGCATCACTATCTGCT 1319
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1198 CTGTGTGAAGAGCATTCTGTTTCAATTGGCCTATGGAATGAGGTTGCATCAATATCTGCT 1257
Query 1320 GGAAGACTGGAAGATAAGAGTGCAATTGTTAGAAAATCCGCATTGAATTTACTGATCATG 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1258 GGAAGACTGGAAGATAAGAGTGCAATTGTTAGAAAATCCGCATTGAATTTACTGATCACG 1317
Query 1380 ATGTTGCAACATAACCCCTTTGGTCCACAGCTGCGGATAGCTTCATTTGAAGCAACCCTG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATGTTGCAACATAACCCCTTTGGTCCACAGCTGCGGATAGCTTCATTTGAAGCAACCCTG 1377
Query 1440 GAGCAGTATAAAAGAAAACTGAACGAACTTG----AA-----CCTACTGAGCATGCATCA 1490
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GAGCAGTATAAAAGAAAACTGAACGAACTTGAACCAAGCCTCCCTACTGAGCATGCATCA 1437
Query 1491 AAAGAGTCAACTTCAGATGGTGAATCCTGTAATGGAGATGGTGAAATCGATGACTTGCAT 1550
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AAAGAGTCAACTTCAGATGGTGACTCCTGTAGTGGAGATGGTGAAATCGATGACTTGCAT 1497
Query 1551 CTTGAAACTACAACTAAGATTCATCAAGATAGTCTATCTGATAGCTGTCAGCCAGAGAAT 1610
|||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CTTGAAACGACAAATAAGATGCATCAAGATAGTCTATCTGATAGCTGTCAGCCAGAGAAT 1557
Query 1611 GGAGAAGAAATCAGTGAGAAGGATGTTTCTGTTCCAGATATTGGTAACGTTGAGCAAACC 1670
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1558 GGAGAAGGCATCAGTGAGAAGGATGTTTCTGTTCCAGATATTGGTAACCTTGAGCAGACC 1617
Query 1671 AAGGCTTTGATTGCTTCCCTAGAGGCTGGATTGAGGTTCTCGAAGTGCATGTCAGCCAGT 1730
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AAGGCCTTGATTGCTTCCCTTGAGGCTGGATTGAGGTTCTCGAAGTGCATGTCAGCCAGT 1677
Query 1731 ATGCCAATCCTCGTTCAATTAATGGCTTCATCTTCTGCCACTGATGTTGAGAATGCTATT 1790
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 ATGCCGATCCTCGTTCAATTAATGGCTTCATCTTCTGCCACTGATGTTGAGAATGCTATT 1737
Query 1791 CTTTTGCTGATGAGGTGTAAGCAGTTCCAAATTGACGGTGCAGAAGCTTGTCTCCGTAAA 1850
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CTTTTGTTGATGAGGTGTAAGCAGTTCCAAATTGATGGTGCAGAAGCTTGTCTCCGTAAA 1797
Query 1851 ATTCTGCCTCTGGCCTTTTCTCAGGATAAGTCTATCTATGAGGCAGTAGAGAATGCCTTC 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATTCTGCCTCTGGCCTTTTCTCAGGATAAGTCTATCTATGAAGCAGTAGAGAATGCCTTC 1857
Query 1911 ATCTCAATCTACATAAGGAAAAATCCAGTTGACACGGCGAAACAGCTGTTGAACCTTGCC 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATCTCAATCTACATAAGGAAAAATCCAGTTGAAACGGCGAAACAGCTGTTGAACCTTGCC 1917
Query 1971 ATAGATTCGAATATAGGAGATCAGGCAGCACTAGAGTTTATTGTTAATGCTTTAGTGTCA 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ATAGATTCGAATATAGGAGATCAGGCAGCACTAGAGTTTATTGTTAATGCTTTAGTGTCA 1977
Query 2031 AAAGGTGAAATATCTAGCAGCACGACATCAGCTCTATGGGACTTCTTTTGCTTTAACATC 2090
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1978 AAAGGTGAAATATCTAGCAGCACGACATCGGCTCTATGGGACTTCTTTGGCTTTAACATC 2037
Query 2091 AATGGGACAACTGCTGAGCAAAGTCGTGGGGCTCTATCTATCCTTTGCATGGCTGCAAAG 2150
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AATGGGACAACTGCAGAGCAAAGTCGTGGGGCTCTATCTATCCTTTGCATGGCTGCAAAG 2097
Query 2151 TCGTCCCCTAGGATTCTTGGATCACACATACAGGATATTATTGATATTGGGTTTGGCCGT 2210
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TCGTCCCCTAGGATTCTTGGGTCACACATACAGGATATTATCGATATTGGGTTTGGCCGT 2157
Query 2211 TGGGCAAAAGTGGAACCTCTACTTGCCAGAACTGCATGTACTGTTATTCAGCGG-TTCTC 2269
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||
Sbjct 2158 TGGGCAAAAGTAGAACCTCTACTTGCCAGAACTGCATGCACTGCTATTCAGCGGCTT-TC 2216
Query 2270 CGAGGAAGATAGGAAAAAGTTATTGCTCAGCAGTGGCAGCCGATTGTTTGGTATTCTTGA 2329
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CGAGGAAGATAGGAAAAAGTTATTGCTCAGCAATGGCAGCCGATTGTTTGGTATTCTTGA 2276
Query 2330 AAGCTTGATCACTGGGAACTGGCTTCCAGAAAATATATATTATGCAACTGCTGATAAAGC 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AAGCTTGATCACTGGGAACTGGCTTCCAGAAAACATATATTATGCAACTGCTGATAAAGC 2336
Query 2390 CATAAGTGCCATATACATGATCCACCCAACTCCAGAAACATTGGCTTCTACTATTATTAA 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CATAAGTGCCATATACATGATCCACCCAACTCCAGAAGCATTGGCTTCTACTATTATTAA 2396
Query 2450 AAAGTCCCTGAGCACTGTGTTTGACGTAGTTGAACAAGAGGAAGCACAGACTGATACCGA 2509
|| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2397 AATGTCCGTGAGCACTGTGTTTGATGTAGTTGGACAAGATGAAGCACAGACTGATACCGT 2456
Query 2510 AAATAATAAAGTTGATATTTTGACTCCAGTTCAAGTGGCTAAACTCAGTAGATTTTTGTT 2569
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 2457 TAATAATAAAGTTGATATTCTGACTCCAATTCAAGTAACAAAACTCAGTAGATTCTTGTT 2516
Query 2570 CGCTGTCAGTCACATTGCCATGAACCAGTTGGTGTATATAGAATCCTGTATCCAGAAGAT 2629
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CGCTATCAGTCACATTGCCATGAACCAGTTGGTGTATATAGAATCCTGTATCCAGAAGAT 2576
Query 2630 CCGGAGACAGAAGACTAAAAAGGACAAACCGGCTGCTGAAAGTCAGAACACAGAAGAAAA 2689
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||
Sbjct 2577 CCGGAGACAGAAGACTAAAAAGGACAAATCGGCTGCTGAAAGTCAGGATACAGACGAAAA 2636
Query 2690 CCTTGAGGCCACCCAAGAGAACAATGGCATAAATGCTGAGCTAGGACTTGCTGCCTCTGA 2749
||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CCTTGGGGCCACGCAAGAGAACAATAACATAAATGCTGAGCTAGGACTTGCTGCCTCTGA 2696
Query 2750 TGATGCACTGCTTGATACACTCGCTGAAAGAGCAGAGAGGGAAATTGTTTCTGGGGGTTC 2809
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2697 TGATGCACTGCTTGATACACTCGCTGAAAAAACAGAGAAAGAAATTGTTTCTGGTGGTTG 2756
Query 2810 TGTTGAGAAGAATCTGATTGGGGAGTGTGCAACTTTTCTCTCTAAGCTTTGCAGAAATTT 2869
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2757 TGGCGAGAAGAATCTGATTGGGGAGTGTGCAACTTTTCTCTCAAAGCTTTGCAGAAATTT 2816
Query 2870 TTCTCTGCTGCAAAAGCATCCTGAACTACAAGCTTCCGCAATGCTTGCATTATGCAGGTT 2929
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TACTCTGCTGCAAAAGCATCCTGAATTACAAGCTTCCGCAATGCTTGCATTATGCAGGTT 2876
Query 2930 TATGATTATTGATGCAAGTTTCTGCGAATCCAATCTTCAGCTTCTCTTCACAGTTGTTGA 2989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TATGATTATTGATGCAAGTTTCTGCGAATCCAATCTTCAGCTTCTCTTCACAGTTGTTGA 2936
Query 2990 AAATGCACCGTCTGAAGTTGTACGATCGAATTGCACCCTTTCCCTTGGAGACTTGGCTGT 3049
|||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2937 AAATGCACCGTCTGAAGTAGTCCGGTCAAATTGCACCCTTTCCCTTGGAGATTTGGCGGT 2996
Query 3050 TCGTTTTCCAAATCTTTTAGAACCTTGGACAGAAAATATGTATGCCAGGTTACGGGATGC 3109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 TCGTTTTCCAAATCTTTTAGAACCTTGGACAGAAAATATGTATGCCAGGTTACGGGATGC 3056
Query 3110 TTCAGTTTCTGTCAGGAAAAATGCTGTCCTGGTCCTCTCACATCTTATATTGAATGATAT 3169
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 TTCAGTTTCTGTCAGGAAAAATGCTGTCCTGGTCCTTTCACATCTTATATTGAATGATAT 3116
Query 3170 GATGAAGGTGAAAGGTTATATATATGAAATGGCTATATGTATAGAAGATGATGTGGAGAG 3229
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 GATGAAGGTGAAAGGGCATATAAATGAAATGGCTATATGTATAGAAGATGATGTGGAGAG 3176
Query 3230 GATCTCTAGTCTCGCAAAACTATTTTTCCATGAACTGTCTAAGAAAGGATCGAATCCCAT 3289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 GATCTCTAGTCTCGCAAAACTATTTTTCCATGAACTGTCTAAGAAAGGATCGAATCCCAT 3236
Query 3290 ATACAATCTACTTCCTGATATACTTGGGCAGTTATCCAACCGGAATTTAGAGAGGGAGTC 3349
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 ATACAATCTACTTCCTGATATACTTGGACAGTTATCCAACCGGAATTTAGAGAGGGAGTC 3296
Query 3350 ATTCTGTAATGTCATGCAATTCTTGATCGGCTCCATCAAAAAGGACAAACAGATGGAGGC 3409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 ATTCTGTAATGTCATGCAATTCTTGATCGGCTCCATCAAAAAGGACAAACAGATGGAGGC 3356
Query 3410 TCTAGTTGAGAAGCTTTGCAATAGGTTTAGCGGAGTCACAGATGGAAAACAGTGGGAATA 3469
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 TCTGGTTGAGAAGCTTTGCAATAGGTTTAGCGGAGTCACAGATGGAAAACAGTGGGAATA 3416
Query 3470 CATTTCGTATTCTCTTTCGCTGCTGACATTCACAGAAAAGGGAATCAAAAAGCTTATTGA 3529
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 CATTTCGTATTCTCTTTCGCTTCTGACATTCACAGAAAAGGGAATCAAAAAGCTTATTGA 3476
Query 3530 GTCATTCAAGTCTTACGAGCACGCTTTAGCAGAGGATTTGGTGACCGAGAACTTTAGAAG 3589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 GTCATTCAAGTCTTACGAGCACGCTTTAGCAGAGGATTTGGTGACCGAGAACTTTAGAAG 3536
Query 3590 CATAATCAATAAGGGAAAGAAGTTTGCGAAGCCAGAACTGAAAGCGTGTATCGAAGAGTT 3649
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3537 CATAATCAATAAGGGAAAGAAGTTTGCGAAACCAGAACTCAAAGCGTGCATCGAAGAGTT 3596
Query 3650 TGAAGAGAAGATCAACAAGTTCCACATGGAGAAGAAAGAACAAGAAGAAACCGCAAGAAA 3709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3597 TGAAGAGAAGATCAACAAGTTCCACATGGAGAAGAAAGAACAAGAAGAAACCGCAAGAAA 3656
Query 3710 TGCCGAGGTTCATAGAGAGAAAACCAAGACCATGGAATCCCTTGCTGTCCTCAGCAAAGT 3769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3657 TGCCGAGGTTCATAGAGAGAAAACCAAGACCATGGAATCTCTTGCTGTCCTCAGCAAAGT 3716
Query 3770 GAAAGAAGAACCTGTAGAAGAATATGATGAAGGTGAAGGTGTTTCAGATAGTGAAATTGT 3829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3717 GAAAGAAGAACCTGTAGAAGAATATGATGAAGGTGAAGGTGTTTCAGATAGTGAAATTGT 3776
Query 3830 GGATCCATCAATGGAAGAATCAGGCGATAATTT-AGTTGAAACTGAGTCAGAGGAAGAGC 3888
|||||||||||||||||||| ||| |||||||| | | | ||||| ||| ||||||||||
Sbjct 3777 GGATCCATCAATGGAAGAATTAGGTGATAATTTGAAT-GCAACTGGGTCCGAGGAAGAGC 3835
Query 3889 CATCTGA 3895
||||||
Sbjct 3836 AATCTGA 3842
Score = 228 bits (123), Expect = 3e-58
Identities = 145/155 (94%), Gaps = 4/155 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 4227 GGGGAAGAAGGCGAATCAGAAAGCAAGAGTACAGAGTCATCGAGCAGCATCAGGAGAAAC 4286
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3895 GGGGAAGAAGGCGAATCAGAAAGCGAGAGTAGAGAGTCATCGAGCAGCATCAGGAGAAAC 3954
Query 4287 CTGAGGTCAGGAAGTAGAAGTTAAAGAACCATTGTGTAGATGCAGAGAGAGAGCGAA-TG 4345
||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3955 CTGAGGTCAGGAAGTAGGAGTTAAAAAAACATTGTGTAGATGCAGAGAGAGA---AACTG 4011
Query 4346 TCTGTTCAAGTTGCTCAACATCTCGAGAGCTATCT 4380
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4012 TCTGTTCAAGTTGCTCGACATCTCGAGAGCTATCT 4046
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171030733062
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5