BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57150.1
Length=2037
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486159 jgi|Araly1|486159|fgenesh2_kg.5__2151__AT3G57150.1 3195 0.0
> Ahg486159 jgi|Araly1|486159|fgenesh2_kg.5__2151__AT3G57150.1
Length=1993
Score = 3195 bits (1730), Expect = 0.0
Identities = 1919/2007 (96%), Gaps = 26/2007 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCTACAACTTTTAACGCCTCCTCCTCCATTTTTCAAAACCCTAATCCGA-CCGGAGCCAT 59
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1 GCTACAACTTTTTACGCCTCCTCCTCCATTTTTCAAAACCCTAATCC-AGCCGGAGCCAT 59
Query 60 GGCGGAGGTCGACATCTCACACTCGAAGAAGAAGAAGCAAGACAAAACGGAGAACGATGC 119
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 60 GGCGGAGGTCGAAATCTCACACTCGGAGAAGAAGAAGCAAGGCAAGACGGAGAACGATGC 119
Query 120 CGCCGACACCGGAGACTACATGATCAAGCCACAGAGTTTCACTCCAGCCATCGACACTTC 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 120 CGCCGACACCGGAGACTACATGATCAAGCCACAGAGCTTCACTCCCGCCATCGACACTTC 179
Query 180 TCAGTGGCCCATCCTCCTCAAGAACTACGACCGCCTCAACGTCCGTACCGGTCACTACAC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCAGTGGCCCATCCTCCTCAAGAACTACGACCTCCTCAACGTCCGTACCGGTCACTACAC 239
Query 240 TCCAATCAGCGCCGGTCACTCTCCTCTGAAACGTCCTCTTCAAGAGTATATCAGGTACGG 299
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCCAATCAGCGCCGGTTACTCTCCTCTGAAGCGTCCTCTTCAAGAGTATATCAGGTACGG 299
Query 300 TGTCATCAATCTCGATAAACCCGCGAACCCTTCTTCTCACGAGGTCGTTGCTTGGATTAA 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGTCATCAATCTTGATAAACCCGCGAACCCTTCTTCTCACGAGGTCGTTGCTTGGATTAA 359
Query 360 GCGTATCCTCCGTGTTGAGAAAACCGGTCACAGTGGTACTCTTGACCCAAAAGTCACTGG 419
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 GCGTATCCTCCGTGTCGAGAAAACGGGTCACAGTGGTACTCTTGACCCGAAAGTCACTGG 419
Query 420 AAACCTCATTGTCTGTATTGACCGAGCCACACGGCTTGTGAAATCGCAGCAAGGTGCGGG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAACCTCATTGTCTGTATTGACCGAGCCACACGGCTTGTGAAATCGCAGCAAGGTGCGGG 479
Query 480 TAAAGAGTACGTTTGTGTTGCTCGGCTTCACTCAGCTGTCCCTGATGTTGCTAAAGTAGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 TAAAGAGTACGTTTGTGTTGCTCGGCTTCACTCTGCTGTCCCTGATGTTGCTAAAGTGGC 539
Query 540 TAGAGCTCTTGAATCGCTCACTGGAGCTGTGTTTCAGAGGCCTCCTTTGATCTCTGCTGT 599
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGAGCTCTTGAATCGCTCACTGGAGCTGTCTTTCAGAGGCCTCCTTTGATCTCTGCTGT 599
Query 600 TAAAAGACAGCTTAGGATTAGGACAATCTATGAAAGCAAGCTGCTTGAGTATGATGCTGA 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TAAAAGACAGCTTAGAATTAGGACAATCTATGAAAGCAAGCTGCTTGAGTATGATGCTGA 659
Query 660 TAGGCATTTGGTTGTTTTCTGGGTTTCTTGTGAGGCGGGTACTTACATTAGGACTATGTG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAGGCATTTGGTTGTTTTCTGGGTTTCTTGTGAGGCGGGTACTTACATTAGGACTATGTG 719
Query 720 TGTTCACTTGGGTTTACTTCTTGGGGTTGGTGGGCATATGCAGGAGCTTAGGAGGGTTAG 779
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGTTCACTTGGGTTTGCTTCTTGGGGTTGGTGGGCATATGCAGGAGCTTAGGAGGGTTAG 779
Query 780 GTCTGGGATTTTGGGTGAGAATAATAACATGGTTACTATGCATGATGTGATGGATGCCCA 839
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTCTGGGATTTTGGGTGAGAATGATAACATGGTTACTATGCATGATGTGATGGATGCCCA 839
Query 840 ATTTGTGTATGACAACTCCAGAGATGAGTCTTATCTTAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGA 899
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GTTTGTGTATGACAATTCCAGGGATGAGTCTTATCTTAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGA 899
Query 900 GATGATATTGACGAGTTACAAGAGACTTGTTGTCAAGGATTCTGCTGTGAATGCTATCTG 959
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGTGATATTGACGAGTTACAAGAGACTTGTTGTCAAGGATTCTGCTGTGAATGCTATCTG 959
Query 960 TTATGGTGCTAAGTTGATGATTCCTGGGTTGTTGAGATTCGAGAATGACATTGATGTTGG 1019
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTATGGTGCTAAGTTGATGATTCCCGGGTTGTTGAGATTCGAGAATGACATTGATGTTGG 1019
Query 1020 TACTGAAGTCGTTCTTATGACTACCAAGGGTGAGGCGATTGCCGTTGGGATTGCTGAGAT 1079
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1020 TACTGAAGTTGTTCTTATGACGACCAAGGGTGAGGCGATTGCTGTTGGGATTGCTGAGAT 1079
Query 1080 GACAACATCTGTGATGGCTACTTGTGATCATGGTGTGGTAGCTAAGATCAAGCGTGTGGT 1139
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1080 GACGACATCTGTGATGGCTACTTGTGATCACGGTGTGGTAGCTAAGATCAAACGTGTGGT 1139
Query 1140 GATGGATAGAGATACCTACCCGAGGAAGTGGGGATTGGGACCAAGGGCTTCTATGAAGAA 1199
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 GATGGATAGAGATACTTACCCAAGGAAGTGGGGATTGGGACCAAGGGCTTCGATGAAGAA 1199
Query 1200 GAAGCTTATTGCTGATGGGAAATTGGATAAGCATGGGAAGCCTAATGAGAAGACTCCGGT 1259
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1200 GAAGCTAATTGCTGATGGGAAATTGGATAAGCACGGGAAGCCTAATGAGAAAACTCCGGT 1259
Query 1260 TGAGTGGAGCAGGAATGTGGTTTTGCCTACCGGTGGAGATGCTATAATTGCTGGTGCTGC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1260 TGAGTGGAGCAGGAATGTGGTTTTGCCTACCGGCGGAGATGCTATTATTGCTGGTGCTGC 1319
Query 1320 TGCTGCTCCTGAGGAGATAAAGGCTGACG-CTGAGAATGGAGAAGCAGGGGAAGCGCGTA 1378
||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCTGCTCCTGTGGAGATAAATGCTGA-GACTGAGAATGGAGAAGCAGGGGAAGCGCGTA 1378
Query 1379 AGCGTAAGCATGATGATAGCAGTGATAGCCCTGCTCCTGTAACAACCAAGAAATCTAAAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGCGTAAGCATGATGATAGCAGTGATAGCCCTGCTCCTGTATCAACCAAGAAATCTAAAA 1438
Query 1439 CCAaagaagttgaaggagaagaggctgaagagaaggtgaagtcttctaagaagaagaaga 1498
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CCAAAGAAGTTGAAGGAGACGAGGCTGAAGAGAAGGTAAAGTCTTCTAAGAAGAAGAAGA 1498
Query 1499 agaaggataaggaagaggagaaagaagaggaagccgggtctgagaagaaggaaaagaaga 1558
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGAAGGATAAGGGAGAGGAGAAAGAAGAGGAAGTTGGGTCTGAGAAGAAGGAAAAGAAGA 1558
Query 1559 agaagaaagataagaaggaggaggttatagaagaggTAGCTTCACCAAAGTCTGagaaga 1618
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 AGAAGAAAGATAAGAAGGAAGAGGTTAAAGAAGAGGTAGCTTCGCCAAAGTCTGAGAAGA 1618
Query 1619 agaagaaaaagaagaGCAAAGACACCGAAGCTGCTGTTGACGcagaagatgaatcagcag 1678
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 1619 AGAAGAAAAAGAAGAGCAAGGACACAGAAGCTGCTGTTGACTCAGAAGATGA----G-A- 1672
Query 1679 cagagaagagtgagaagaaaaagaaaaagaaggataagaagaagaagaacaaagaCAGTG 1738
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 -AGAG-----TGAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGGATAAGAAGAAGAAGAACAAAGACAGTG 1726
Query 1739 AGGATGATGAGGAATGAGATGGGTTTGCGTTATGGTGCT-TTTTAAGTTTTGAACTCTTT 1797
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 AGGATGATGAGGAATGAGATGGGTTTGTGTTATGGTGCTATTTTAAGTTTTGAACTCTTT 1786
Query 1798 TGATTTTGCGGTATCTATCTACTCTGGAACAAAGTGAGACAAAAGGCATTTTATGCTTGT 1857
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TGATTTTGTGGTATCTATCTACTCTGGAACAAAGTGAGACAAAAGGCATTTTATGCTTGT 1846
Query 1858 ATTCTACGTCTCGCTTACGTT-ACCAGATTTTATGTTTTTGTAAGGTTAGTTTCAGTTCT 1916
|||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 ATTCTACGTCTCACTTACGTTTACCAGTTTTTATGTTTTTGTAAGGTTAGTTTCAGTTCT 1906
Query 1917 AAGCAGATTCTCCCTTTAGTTATATGActgtggtctctctctct--------gtttttgg 1968
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1907 AAGCAGATTCTCCCTTTAGATATATGACTATGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTTTGG 1966
Query 1969 tctttgcccttcttgtctgtctgtttg 1995
||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1967 TCTTTACCCTTCTTGTTTGTCTGTTTG 1993
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76599482695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5