BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57170.1
Length=2405
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg324227 jgi|Araly1|324227|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001771 2641 0.0
> Ahg324227 jgi|Araly1|324227|fgenesh1_pm.C_scaffold_5001771
Length=2031
Score = 2641 bits (1430), Expect = 0.0
Identities = 1604/1685 (95%), Gaps = 23/1685 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 521 GAGCATAGAATTATGGAATTCCATTCAAGTTCTAGATTGCATCATATACACTGGAATGGG 580
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 GAGCATAGAATTATGGAACTCCATTCAAGTTCAAGATTGCATCATATACACTGGAATGGG 422
Query 581 GATATTGTATCTCAATGCGATGTCCACGTATGTCATAGTCTATGACACTCCAGTGTTTGG 640
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GAGATTGTATCTCAATGCGATGTCCACGTATGTCATAGTCTATGACACTCCAGTGTTTGG 482
Query 641 TTCTCACCATTTCTCGTTAAGCTTTTCGAATTCTTCTCCTCAGACAAAAGCTCCTCTTAA 700
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TTCTCACCATTTCTCGTTAAGCTTTTGGAATTCTTCTCCTCAGACAAAAGCTCCTCTTAA 542
Query 701 GAAACCCAAGTGGGTTGATGATCTTCACAATAGGAAACCTCTGAATGAAATGGAAACTGT 760
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 GAAACCCAAGTGGGTTGATGATCTTCACAACAGGAAACCTCTGAATGAAATGGAAACTGT 602
Query 761 TATTCTTTCCTTAAATTGCGCCGCAGCTGCCAAGATTGCCTATAAGAAGATATCCACGCA 820
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 603 GATTCTTTCCATAAATTGCGCCTCAGCTGCCAAGATTGCCTATAAGAAGATTTCCACGCA 662
Query 821 GCTGGAGACTTCTTCCCAGAACTTTTCCATTAGTTACTTGATATCTTCTTTAACATGGCG 880
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 663 GCTGGAGACTTCTTCTCAGAACTTTTCCATTTGTTACTTGATATCTTCTTTGACATGGCG 722
Query 881 GTTACTCGCCACAATTTTAGGCTCTTTATCAAGTCTGTATTATAGCCTTGCCCAATTCTT 940
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GTTACTCGCCACAATTTTAGGCTCTATATCAAGTCTGTATTATAGCCTTGCCCAATTCTT 782
Query 941 CTATTTACTTTCAAGTTTTCTGATTTTTTCATGGGTGCACATCGCATCGAGGAGGGTACT 1000
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 CTATTTACTTTCAAGTTTTCCGATTTTCTCATGGGTGCACATCGCATCGAGGAGGGTACT 842
Query 1001 CAAGAATACATGGATCAACTTCAGGATACGTAGTTGTCAGATCTTATATTGGCCAATCTT 1060
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 CAAGAATACATGGATCAACTTCAGAATACGCAGTTGTCAGATCTTATATTGGCCAATCTT 902
Query 1061 CCTTGAAGAGATTGACATGATGTCCATATCCTGTGTGAAACATGCAGAGGAAGCTGCACT 1120
||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 903 CCTTGAAGAGAATGGTATGATGTCCATTTCCTGTGTGGAACATGCAGAGAAAGCTGCACT 962
Query 1121 GCAAAGACATTCTACATGGTCGGCCATGGCTGTTGATCTTGTTTTGGGGAACTTGATTGG 1180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 963 GCAAAGACATTCTACATGGTCGGCCATGGCTGTTGATCTTGTTTTGGGGAATTTGATTGG 1022
Query 1181 TCTAGGTCTACTGTTTAACACCGAATCTGTCTGCTCATTTGTATTCGACTTTGCAAAGGA 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCTAGGTCTACTGTTTAACACCGAATCTGTCTGCTCATTTGTATTCGACTTTGCAAAGGA 1082
Query 1241 GTTTACGAATGGTATTTTGCGGTCTGGTAGTGTGTGGTTGATGGGAGTTCCAGCGGGTTT 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GTTTACGAATGGTATTTTGCGGTCTGGTAGTGTGTGGTTGATGGGAGTTCCAGCGGGTTT 1142
Query 1301 TAAGTTAAATACAGAATTGGCTGGAGTTTTGGGCATGGTATCTCTTAATGTAATACAGAT 1360
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1143 TAAGTTAAACACAGAATTGGCTGGAGTTTTAGGCATGGTATCTCTTAATGTAATCCAGAT 1202
Query 1361 ATGGTCTACTCTCTGGGTCTTCATGGCTTCTTTCATCTTTTGTTTGATAAGAGTAATTGC 1420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1203 ATGGTCTACTCTCTGGGTCTTCATGGCTTCTTTCATCTTTTATTTGATAAGAGTAATTGC 1262
Query 1421 CATCCTTGGAATTACTTTTGGTGCCACAGTATCTGCCGCATTTGTCATAGATGTCATTAC 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1263 TATCCTTGGAATTACTTTTGGTGCCACAGTATCTGCCGCATTTGTCATAGATGTTATTAC 1322
Query 1481 TTTTGCAACACTTCATATAATGGCTCTTCACTGGGCAATCACACTTGTGTATTCTCACCA 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1323 TTTTGCAACACTTCATATAATGGCTCTTCACTGGGGAATCACACTTGTATATTCTCACCA 1382
Query 1541 AATCCAAGCCTTAGCAGCTTTGTGGAGGCTTTTCAGAGGGCGAAAATTGAATCCTCTACG 1600
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 AATTCAAGCTTTAGCAGCTTTGTGGAGGCTTTTCAGAGGGCGAAAATTGAATCCTCTACG 1442
Query 1601 TCAAAGAATGGACAGCTATGGTTACACTGTGAAGCAACATGTAGTGGGATCTCTTCTGTT 1660
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 TCAAAGGATGGACAGCTATGGTTACACTGTGAAGCAACATGTAGTGGGATCTCTTCTGTT 1502
Query 1661 CACTCCTCTTCTGCTTCTCTTGCCAACAACATCAGTTTTCTACATCTTTTTCACCATTAC 1720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 CACTCCTCTTCTGCTTCTCTTGCCAACAACATCAGTTTTCTACATCTTTTTCACCATTAC 1562
Query 1721 GAGCACTACAATAAACTCCATATGTATGTTGATTGAATTTGCCATCTCCGTCATCCATGC 1780
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 GAGCACTACAATCAACTCCATATGTATGTTGATTGAATTTGCCATCTCCGTCATCCATGC 1622
Query 1781 AACACCATATGCAGAGGTTATGATTTGGCTTGTTAGGCGTAAAAGATTCCCCTGTGGTGT 1840
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1623 AACACCATATGCAGAGGTTTTGATTTGGCTTGTCAGGCGTAAAAGATTCCCTTGTGGTGT 1682
Query 1841 TTGGTTTGAAATGGAACACTGTGGAGAGCATATCCTTAAATCCAATGATGCCTTCGAAGA 1900
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | || ||||| | ||
Sbjct 1683 TTGGTTTGAAATGGAACACTATAGAGAGCATATCCT-----CGAA-GATGC-----A-GA 1730
Query 1901 CTCCAAAAGTCTACTAGAAGAACACGGTACTCCTGAGAAGAATTCTCTAATGGTTTCCAA 1960
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || ||| ||||||||
Sbjct 1731 CTCCAAAAGTCTACTAGAAGAACATGATACTCCTGA------T-CT--AATAGTTTCCAA 1781
Query 1961 TCTTCGCAGCAATTTTCTAACCTTAGGACAGATTCTTTTGCCTCACTATAAAACAATTTT 2020
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1782 CCTTCGCAGCAATTTTTTAACCTTAGGACAGATTCTTTTGCCTCACTATACAACAATATT 1841
Query 2021 TTCAGGAATATCAGCTTCTTCTCTGACAACATCAGCTCGCGGAGTCCTCAGTGGGAAGAG 2080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1842 TTCAGGAATATCAGCTTCTTCTCTGACAACATCAGCTCGGGGAGTCCTCAGTGGGAAAAG 1901
Query 2081 AATGCCATCAAAACTGGGGCTTGATCTTCCTCCTCCGAGGCCATGGCTCCACATGCCATT 2140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1902 AATGCCATCAAAACTGGGGCTTGATCTTCCTCCTCCAAGGCCATGGATGCACATGCCATT 1961
Query 2141 GAGACAGTACTGGATGCTATGCCATAATTCCATCAGCTCAT--GTGGCAAATGATGACTT 2198
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||
Sbjct 1962 GAGACAGTACTGGATCCTATGCCATAATTCCATCATCTCATCAGTGGCAAATGGTGAATT 2021
Query 2199 CTCCA 2203
|||||
Sbjct 2022 CTCCA 2026
Score = 542 bits (293), Expect = 6e-153
Identities = 348/373 (93%), Gaps = 10/373 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 ATGAAGAGAAAATGTAGGATTTGGTTGCCTAAACAGCTCGCATCAACTGATGATTTGAGT 133
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGAGAAAATGTAGGATTTGGTTGCATAAGCAGCTCGCATCAACTGATGATTTGAGT 60
Query 134 CACAGTCTATTGTTTGGGTGGTTCGTTTGCCATTCCTCTTCTTGTCTTGACGTTGTTGTG 193
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CACAGTCTATTGTTTGGGTGGTTCGTTTGCCAGTCCTCTTCTTGTCTTGACGTTGTTGTG 120
Query 194 TCCTTCATCTCTGATGAGAGCTCCTTGTCCAATGCCGGATCTAAGCTCCAAGATGTACTC 253
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GCCTTTATCTCTGATGAAAGCTCCTTGTCCAATGCCGGATCTAAGCTCCAAGACGTACTC 180
Query 254 CGTGAAACAAATGAGAAGATGCCCTCAACTTTACGGGACAAGGCAGCATTTACACTCCTT 313
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 181 CGTGAAACAAATGAGAAGATGCCCTCAACTTTACGGGATAAGGCAGCGTTTACTCTCCTT 240
Query 314 GGTCGTTATGATATAAGCCGTAATGCTAATGGAAACGTATCAAAGATTATAAGAGACAAA 373
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GGTCGTTATGATACAAGCCGTAATGCTAATGGAAACGTATCAAAGATTATAACAGACAAA 300
Query 374 GATATGTCCCGCAAGGCTGGAGCTTATGTTAGGCCTTGCAAATATAGTGGCCTCAGTTGT 433
||||||| | ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GATATGTGCAGCAAGGCTGGAGCTTAT-T--G-C-----AAATATAGTGGCCTCAGCTGT 351
Query 434 GGTTGTCATAAGG 446
|||||||| ||||
Sbjct 352 GGTTGTCA-AAGG 363
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90616692855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5