BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57430.1
Length=2846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486188 jgi|Araly1|486188|fgenesh2_kg.5__2180__AT3G57430.1 3973 0.0
> Ahg486188 jgi|Araly1|486188|fgenesh2_kg.5__2180__AT3G57430.1
Length=2679
Score = 3973 bits (2151), Expect = 0.0
Identities = 2520/2698 (93%), Gaps = 26/2698 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 ATGTCATGTCCTCTTGCCTTCACCTTCTCTCTCCCGTCTATTTTCCCCTTTCCTTCTCAA 137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCATGTCCTCTTGCCTTCACCTTCTCTCTCCCG------------TTTCCTTCTCAA 48
Query 138 CTGCTTCCATTTTCCCGCCATAAACATCCTTATCTTCTTCGCGCCACACCAACCTCTGCA 197
| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 49 CCGCTTCCATTTTCCCGCCAGAAACATCCTTACCTTCTTCGTGCCACACCAACCTCTGTA 108
Query 198 ACCGAAGATGTTGCCTCCGCCGTTTCTGGCGCACCTTC-AATATTTATCTCTCAATCACG 256
||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 109 ACCGACGATGTTGCCTCCACCGTTTATGGCGCACCTTCGAA-ATTTATCTCTCAATCACA 167
Query 257 CTCTCCGGAGTGGTGGATTGACTTGCTCCGGTCCAAAGTTCGATCTAATTTGCTCCGTGA 316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 CTCTCCGGAGTGGTGGATTGACTTGCTCCGGTCCAAAGTTCGATCTAATTTGCTCCGTGA 227
Query 317 AGCTGTTTTGACTTACGTTGACATGATTGTTTTGGGTATAAAACCCGATAATTATGCGTT 376
||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 228 AGCCGTCTTGACTTACATTGACATGATTGTTTTGGGTATAAAACCCGATAATTTTGCGTT 287
Query 377 CCCTGCTTTGCTAAAGGCTGTAGCAGATCTTCAGGACATGGAACTGGGGAAACAGATTCA 436
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 288 CCCTGCTTTGCTAAAGGCTGTCGCTGATCTTCAGGACATGGATTTGGGGAAACAGATTCA 347
Query 437 TGCCCATGTGTATAAATTTGGGTACGGTGTGGATTCCGTGACTGTGGCTAATACCCTTGT 496
||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 348 TGCCCATGTATATAAATTTGGGTATGGAGTGGATTCCGTGACTGTAGCTAATACCCTAGT 407
Query 497 GAATTTGTATAGAAAGTGTGGAGATTTCGGAGCTGTCTATAAGGTGTTCGATAGAATATC 556
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 GAATTTGTATAGAAAGTGTGGAGATTTCGGGGCTGTGTATAAGGTGTTCGATAGAATATC 467
Query 557 TGAGAGAAACCAAGTCTCTTGGAATTCTTTAATTTCTTCTTTGTGTAGTTTTGAGAAGTG 616
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TGAGAGAAACCAAGTCTCTTGGAATTCTTTGATTTCTTCTTTGTGTAGTTTTGAGAAGTG 527
Query 617 GGAAATGGCGTTAGAGGCATTTCGGTGTATGTTGGATGAAAATGTGGAACCTAGTTCGTT 676
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 528 GGAAATGGCGTTAGAAGCATTTCGGTGTATGTTGGATGAAAATGCGGAGCCTAGTTCGTT 587
Query 677 TACCTTGGTGAGTGTGGTTAC-TGCTTGTTCGAATTTGCCTATGCCTGAGGGATTAATGA 735
||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 588 TACCTTGGTGAGTGTGGCT-CTTGCTTGCTCGAATTTGCCTATGCCCGAGGGATTATTGA 646
Query 736 TGGGTAAGCAGGTTCACGCCTATGGTTTGAGAAAGGGTGAATTGAATTCGTTTATAATCA 795
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 647 TGGGTAAGCAGGTTCACGCCTATAGTTTGAGAAAGGGTGAATTGAATTCGTTTATTATCA 706
Query 796 ACACATTGGTGGCTATGTATGGTAAACTGGGAAAATTAGCATCTTCTAAAGTCTTACTTG 855
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 707 ACACACTGGTGGCTATGTATGGTAAAATGGGAAAATTAGCATCTTCCAAAGTCTTGCTTG 766
Query 856 GTTCTTTTGGAGGCCGTGACTTGGTCACATGGAACACTGTGTTGAGCTCGTTATGTCAGA 915
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 GATCTTTTGAAGGCCGTGACTTGGTCACATGGAACACTGTGTTGAGCTCGTTATGTCAGA 826
Query 916 ACGAGCAGTTGCTTGAAGCATTGGAATATTTGCGTGAAATGGTGCTTGAAGGTGTTGAAC 975
|||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 ACGAGCAGTTTCTTGAAGCATTGGAGTATTTGCGGGAAATGGTGCTTGAAGGTGTTGAAC 886
Query 976 CAGATGAG-TTCACTATTTCAAGTGTTCTTCCTGCTTGTTCACACTTGGAGATGCTTCGC 1034
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 CAGATG-GCTTCACTATTTCAAGTGTTCTTCCTGCTTGTTCACACTTGGAGATGCTTCGC 945
Query 1035 ACAGGGAAAGAATTGCATGCTTATGCTTTGAAAAATGGCTCTTTGGATGAGAATTCCTTT 1094
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 946 ACAGGGAAAGAATTGCATGCCTATGCTTTGAAAAATGGCTCTTTGGATGAGAATTCTTTT 1005
Query 1095 GTTGGTAGTGCTTTGGTTGACATGTATTGCAATTGCAAGCAAGTGTTGAGTGGTCGTCGA 1154
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1006 GTTGGCAGTGCTTTGGTTGACATGTATTGCAATTGCAAGCAAGTGTTGAGTGGTTGTCGA 1065
Query 1155 GTATTTGATGGAATGTTTGATAGAAAGATTGGTCTGTGGAATGCTATGATCGCTGGGTAT 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1066 GTATTTGATGGAATGTTTGATAGAAAGATTGGTCTATGGAATGCTATGATCACTGGTTAT 1125
Query 1215 TCCCAGAATGAGCATGACAAGGAAGCGTTGTTGCT-TTTCATTGGAATGGAAGAAAGTGC 1273
||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1126 GCCCAGAACGAGTATGACGAGGAAGCGTTGTTGCTGTTT-ATTGAAATGGAAGAAAGTGC 1184
Query 1274 TGGGCTTCTGGCTAACTCTACCACAATGGCAGGTGTTGTTCCTGCTTGTGTCCGTTCTGG 1333
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1185 TGGGCTTCTGGCTAACTCAACCACAATGGCAGGTGTTGTTCCTGCTTGTGTTCGTTCTGG 1244
Query 1334 TGCGTTCTCTAGAAAGGAAGCTATCCATGGATTTGTTGTGAAGAGAGGTTTAGATAGAGA 1393
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1245 TGCGTTCTCCAAAAAGGAAGCTATCCATGGATTTGTTGTAAAAAGAGGTTTAGATAGAGA 1304
Query 1394 CAGGTTTGTGCAGAATACACTGATGGATATGTATTCTAGGCTGGGAAAGATCGATATCGC 1453
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CAGGTTTGTGCAGAATGCACTGATGGATATGTATTCTAGGCTGGGAAAGATCGATATCGC 1364
Query 1454 CATGCGGATATTCGGTAAAATGGAAGATAGAGATTTAGTTACGTGGAACACGATGATTAC 1513
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1365 CAAGCGTATATTCGGTAAAATGGAAGATAGAGATTTAGTTACATGGAACACAATGATTAC 1424
Query 1514 GGGTTATGTATTCTCAGAACACCATGAGGACGCACTTCTCCTGCTACACAAGATGCAAAA 1573
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GGGTTATGTATTCTCAGAACTCCATGAGGACGCGCTTCTTATGCTACACAAGATGCAAAT 1484
Query 1574 CCTTGAAAGAAAAGTGAGCAAGGGGGCTAGCCGAGTTAGTCTTAAACCTAATTCCATCAC 1633
||| ||||| |||| ||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 CCTCGAAAGGAAAGCAAGCGAGCGAGCTAGCCGAGTTGGTCTTAAACCTAATTCCATCAC 1544
Query 1634 TCTGATGACAATCCTTCCCAGTTGTGCTGCACTATCAGCATTAGCAAAAGGAAAAGAAAT 1693
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TCTGATGGCAATCCTTCCCAGTTGTGCTGCACTATCAGCATTAGCAAAAGGAAAAGAAAT 1604
Query 1694 TCATGCTTATGCCATCAAGAACAATTTGGCAACTGATGTGGCTGTCGGAAGCGCTTTAGT 1753
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1605 CCATGCTTACGCCATCAAGAACAATTTGGCAACTGATGTGGCTGTAGGAAGCGCTTTAGT 1664
Query 1754 TGACATGTACGCAAAATGCGGGTGCCTACAGATGTCGAGAAAAGTGTTTGATCAGATTCC 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1665 TGACATGTACGCAAAATGCGGGTGCCTACAGATGTCGAGAAAAGTTTTTGATCAGATTCC 1724
Query 1814 ACa-aaaaaaTGTTATTACTTGGAATGTGATTATAATGGCTTACGGGATGCATGGAAACG 1872
| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 1725 -TATCAGAAATGTTATAACCTGGAATGTGATTATAATGGCTTATGGGATGCACGGGAACA 1783
Query 1873 GTCAAGAAGCCATAGATCTGCTAAGAATGATGATGGTTCAGGGAGTAAAACCAAACGAGG 1932
| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1784 GCCAAGATGCCATAGATATGCTAAGAATGATGATGGTTCAGGGAGTAAAACCAAACGATG 1843
Query 1933 TTACATTCATCTCAGTATTTGCAGCTTGTAGCCACTCAGGCATGGTGGATGAAGGATTAA 1992
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1844 TTACATTCATTTCAGTATTTGCAGCTTGTAGCCACTCAGGCATGGTGAATGAAGGATTAA 1903
Query 1993 GGATATTCTATGTTATGAA-ACCCGACTACGGGGTTGAACCAAGCTCAGATCATTATGCT 2051
||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1904 AGATTTTCTACAATATGAAGA-AGGACTACGGTGTTGAGCCTAGCTCAGATCATTATGCT 1962
Query 2052 TGTGTTGTAGATTTGCTTGGAAGGGCTGGTAGAATTAAAGAAGCATATCAACTCATGAAT 2111
||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1963 TGTGTTGTAGATTTGCTAGGAAGGGCAGGTAGAGTCAAAGAAGCTTATCAACTCATCAAC 2022
Query 2112 ATGATGCCTCGTGATTTCAACAAAGCTGGAGCATGGAGTAGCCTCCTTGGTGCCAGTCGG 2171
|||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2023 CTGATTCCTCGAAATTTCGACAAAGCTGGAGCTTGGAGTAGCCTCCTTGGTGCTTGTCGG 2082
Query 2172 ATTCACAATAACCTAGAAATTGGAGAAATTGCTGCTCAAAATCTCATTCAACTGGAACCA 2231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||
Sbjct 2083 ATTCACAATAACCTAGAAATTGGAGAAATTGCTGCTCAGAACCTCATTCAATTGGAACCA 2142
Query 2232 AATGTAGCTAGTCACTATGTGTTACTTGCCAATATTTATTCATCAGCAGGCCTCTGGGAT 2291
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2143 AATGTAGCTAGTCACTATGTACTACTTGCCAATATATATTCATCAGCAGGCCTCTGGTAT 2202
Query 2292 AAAGCAACAGAGGTAAGAAGAAATATGAAAGAGCAAGGCGTGAGAAAAGAACCTGGATGT 2351
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 AAAGCAACAGAGGTAAGGAGAAATATGAAAGCGCAAGGCGTGAGAAAAGAACCTGGATGT 2262
Query 2352 AGCTGGATTGAGCATGGCGATGAAGTACATAAATTTGTAGCCGGTGACTCATCTCACCCG 2411
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 AGCTGGATTGAGCATGGCGATGAAGTACATAAATTCGTAGCCGGTGACTCATCTCACCCG 2322
Query 2412 CAAAGCGAAAAGCTCAGTGGATATCTCGAGACATTGTGGGAGAGAATGAGAAAAGAAGGA 2471
||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 CAAAGCGAAAAGCTCCGTGGATATCTAGAGACCTTGTGGGAGAGAATGAGAAAAGAAGGA 2382
Query 2472 TATGTACCTGACACATCTTGTGTACTCCACAATGTAGAGGAAGATGAAAAAGAGATTCTG 2531
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 TATGTACCTGACACATCTTGTGTGCTTCACAATGTAGAAGAAGATGAAAAAGAGATTCTG 2442
Query 2532 CTTTGTGGACACAGTGAGAAGCTAGCAATTGCGTTTGGGATACTTAACACATCACCCGGT 2591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2443 CTTTGTGGACACAGTGAGAAGCTAGCAATTGCGTTTGGGATACTTAACACATCTCCGGGT 2502
Query 2592 ACAATTATTAGGGTGGCTAAAAACCTCAGGGTTTGTAATGATTGTCATCTTGCAACCAAG 2651
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2503 ACGGTTATTAGGGTGGCTAAAAACCTCAGGGTTTGTAATGACTGTCATCTTGCAACAAAG 2562
Query 2652 TTTATCTCAAAGATTGTTGATAGAGAAATCATCTTGAGAGATGTTAGGAGGTTTCATCGT 2711
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2563 TTTATCTCAAAGGTTGTTGACAGAGAAATCATCTTGAGAGATGTTAGGAGGTTCCATCAT 2622
Query 2712 TTCAAGAATGGAACTTGCTCCTGTGGAGACTATTGGTGAAAGA-TAAGCTCCATAAAA 2768
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||
Sbjct 2623 TTCAAGAATGGAAGTTGCTCCTGTGGAGACTATTGGTGAAAGACTA-GCTGCATAAAA 2679
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107414490900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5