BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57520.1
Length=2761
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938734 jgi|Araly1|938734|scaffold_502925.1 3831 0.0
> Ahg938734 jgi|Araly1|938734|scaffold_502925.1
Length=2364
Score = 3831 bits (2074), Expect = 0.0
Identities = 2257/2348 (96%), Gaps = 2/2348 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 202 TCTAGAAGCGGTGTTGAGAAGATGACGATTACATCAAATATCTCTGTACAGAACGATAAC 261
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 TCTAGAAGCGGCGTTGAGAAGATGACGATTACATCAAATATCTCTGTACAGAACGACAAC 60
Query 262 CTCGTTGTTCAAGGGAAGACTATCCTTACCAAAATCCCTGACAACATTATCCTAACTCCG 321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CTCGTTGTTCAAGGGAAGACTATCCTTACCAAAATCCCCGACAACATTATCCTTACTCCG 120
Query 322 GTTACCGGTAATGGATTCGTTTCCGGTTCATTTATAGGCGCGACGTTTGAACAAAGCAAG 381
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTTACCGGTAATGGATTCGTTTCCGGTGCATTTATAGGCGCGACGTTTGAACAAAGCAAG 180
Query 382 AGTCTTCATGTGTTCCCCATCGGTGTATTGGAGGGTCTTCGGTTCATGTGCTGTTTCCGG 441
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTCATCATGTGTTCCCCGTCGGTGTATTGGAGGGTCTTCGATTCATGTGCTGTTTCCGG 240
Query 442 TTTAAGCTATGGTGGATGACTCAGAGAATGGGAAGCTGTGGAAAAGACATTCCTTTGGAG 501
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTAAACTATGGTGGATGACTCAGAGAATGGGAAGCTGTGGAAAAGACATTCCTTTGGAG 300
Query 502 ACACAGTTCATGCTACTGGAAAGCAAGGATGAGGTTGAAGGGAATGGGGATGATGCTCCT 561
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 301 ACACAGTTCATGCTACTGGAGAGCAAGGATGAGGTTGAAGGAAATGGGGATGATGCTCCG 360
Query 562 ACTGTTTATACCGTCTTTCTCCCTCTCCTTGAAGGCCAGTTCAGAGCTGTTCTGCAAGGA 621
||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 ACTATTTATACCGTCTTTCTTCCTCTTCTTGAAGGCCAGTTCAGAGCTGTTCTCCAAGGA 420
Query 622 AATGAGAAGAATGAGATTGAGATTTGTTTTGAGAGTGGAGATAAGGCGGTGGAAACTAGC 681
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AATGAGAAGAATGAGATAGAGATTTGTCTTGAGAGCGGAGATAAGGCGGTGGAAACTAGC 480
Query 682 CAGGGAACTCACCTTGTTTATGTTCATGCTGGAACCAATCCCTTTGAAGTTATCAGACAA 741
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAGGGAACTCATCTCGTCTATGTTCATGCTGGAACCAATCCCTTTGAAGTTATCAGACAA 540
Query 742 TCCGTAAAGGCTGTGGAGAGACACATGCAGACATTTCATCATCGTGAGAAGAAGAAGCTT 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCCGTAAAGGCTGTGGAGAGACACATGCAGACATTTCATCATCGTGAGAAGAAGAAGCTT 600
Query 802 CCTTCTTTCCTAGACTGGTTTGGCTGGTGCACATGGGACGCTTTCTACACAGATGTGACT 861
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CCTTCTTTCCTTGACTGGTTTGGCTGGTGCACATGGGACGCTTTCTACACAGATGTGACT 660
Query 862 GCCGAGGGTGTTGATGAAGGCCTTAAAAGTCTTTCTGAAGGAGGTACCCCTCCGAAGTTT 921
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GCCGAAGGTGTTGATGAAGGCCTTAAAAGTCTTTCTGGAGGAGGTACCCCTCCAAAGTTT 720
Query 922 CTGATCATAGACGATGGTTGGCAACAAATAGAAAACAAAGAGAAAGATGAAAACTGCGTT 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGATCATAGACGATGGTTGGCAACAAATAGAAAACAAAGAGAAAGATGAAAACTGCGTT 780
Query 982 GTTCAGGAAGGAGCACAGTTTGCTACTAGGCTTGTTGGTATCAAGGAGAATGCAAAATTT 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTTCAGGAAGGAGCACAGTTTGCTACTAGGCTTGTTGGTATCAAGGAGAATGCAAAATTT 840
Query 1042 CAGAAGAGTGATCAGAAGGATACGCAAGTGTCAGGACTAAAGAGTGTAGTTGACAATGCG 1101
|||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 CAGAAGAGTGATCAGAAGGACACACAAGTATCAGGACTAAAGAGTGTCGTTGACAATGCG 900
Query 1102 AAGCAGCGCCATAATGTGAAGCAAGTTTATGCATGGCATGCTTTAGCTGGATACTGGGGT 1161
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAGCAGCGGCATAACGTGAAGCAAGTTTATGCGTGGCATGCTTTAGCTGGATACTGGGGT 960
Query 1162 GGAGTAAAACCCGCTGCTTCTGGAATGGAACACTATGATAGTGCATTAGCATACCCAGTT 1221
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGAGTTAAACCCGCTGCTTCTGGGATGGAACACTATGATAGTGCATTAGCATACCCAGTT 1020
Query 1222 CAGTCTCCAGGTGTCTTAGGGAACCAACCAGATATAGTAATGGACAGCCTTGCTGTTCAT 1281
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAGTCCCCAGGTGTCTTAGGGAACCAACCAGATATAGTAATGGACAGCCTTGCTGTTCAT 1080
Query 1282 GGTCTCGGACTTGTCAATCCGAAGAAAGTTTTCAACTTCTACAACGAACTGCATTCATAC 1341
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGTCTCGGACTTGTCAACCCGAAGAAAGTTTTCAACTTCTACAACGAACTGCATTCATAC 1140
Query 1342 TTGGCTTCATGTGGTATAGATGGAGTCAAAGTTGACGTCCAGAACATCATTGAAACCCTA 1401
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTGGCTTCATGTGGTGTAGACGGAGTCAAAGTTGATGTCCAGAACATCATTGAAACCCTC 1200
Query 1402 GGTGCTGGTCTTGGCGGGAGAGTCTCTCTCACTCGTAGCTACCAGCAAGCTTTAGAAGCT 1461
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCTGGTCTTGGCGGGAGAGTCTCTCTCACTCGTAGCTACCATCAAGCTTTAGAAGCT 1260
Query 1462 TCAATTGCCCGGAACTTCACAGATAATGGTTGCATATCTTGCATGTGTCACAACACAGAC 1521
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TCCATTGCCCGGAACTTCACAGATAATGGTTGCATATCTTGCATGTGTCACAACACAGAC 1320
Query 1522 GGACTTTACAGCGCAAAACAAACCGCTATTGTTAGAGCTTCCGATGATTTCTACCCAAGA 1581
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGACTTTACAGCGCGAAACAAACCGCTATTGTTAGAGCATCCGATGATTTCTACCCAAGA 1380
Query 1582 GATCCTGCTTCTCACACCATCCACATTGCATCGGTTGCATACAACAGCCTTTTCCTTGGA 1641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GATCCTGCTTCTCACACCATCCACATTGCATCGGTTGCATACAACAGCCTTTTCCTTGGA 1440
Query 1642 GAGTTCATGCAACCTGACTGGGATATGTTCCATAGTCTACACCCAACTGCAGAGTACCAT 1701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GAGTTCATGCAACCTGACTGGGATATGTTCCATAGTCTACACCCAACTGCAGAGTACCAT 1500
Query 1702 GCTGCAGCGCGTGCAGTGGGTGGATGCGCAATCTATGTCAGTGATAAGCCAGGCAACCAC 1761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1501 GCTGCAGCGCGTGCAGTGGGTGGATGCGCAATCTATGTCAGTGACAAGCCAGGAAACCAC 1560
Query 1762 AACTTTGATCTATTGAGGAAGCTGGTTCTTCCTGATGGTTCAGTTCTTCGGGCTAAGCTC 1821
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1561 AACTTTGATCTATTGAGGAAGCTGGTTCTTCCCGATGGTTCAGTTCTTCGTGCTAAGCTT 1620
Query 1822 CCGGGTAGGCCTACCCGTGACTGCTTATTCGCTGATCCAGCTAGAGATGGAATCAGCTTG 1881
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CCGGGTAGGCCTACTCGTGACTGCTTATTCGCCGATCCAGCTAGAGATGGAATCAGCTTG 1680
Query 1882 CTCAAGATCTGGAACATGAATAAGTTTACTGGTATTGTTGGTGTATTCAATTGTCAAGGT 1941
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1681 CTGAAGATCTGGAACATGAATAAGTTTACTGGTATTGTCGGTGTGTTCAACTGCCAAGGT 1740
Query 1942 GCTGGTTGGTGCAAGGAAACGAAGAAGAACCAGATCCATGATACTTCTCCTGGCACACTC 2001
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GCTGGTTGGTGCAAGGAAACGAAGAAGAACCAGATTCATGATACTTCTCCTGGCACACTC 1800
Query 2002 ACGGGTTCAATCCGTGCGGATGATGCTGATCTAATCTCTCAAGTGGCTGGTGAAGATTGG 2061
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ACGGGTTCAGTCTGTGCGGATGATGCTGATCTAATCTCTCAAGTGGCTGGTGAAGATTGG 1860
Query 2062 AGTGGAGATTCAATAGTCTATGCATACAGATCAGGTGAGGTGGTAAGACTACCTAAAGGT 2121
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1861 AGTGGAGATTCAATAGTCTATGCTTACAGATCAGGAGAGGTGGTAAGACTACCAAAAGGT 1920
Query 2122 GCTTCAATTCCTCTCACCCTCAAAGTCCTTGAATATGAACTCTTCCACATCTCTCCTTTG 2181
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1921 GCTTCAATTCCTCTCACCCTCAAAGTTCTTGAATATGAACTCTTCCACATTTCTCCTTTG 1980
Query 2182 AAGGAAATCACTGAAAACATTTCGTTCGCACCAATAGGACTTG-TAGACATGTTCAACTC 2240
||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1981 AAGGAAATCACTGCAAGCATCTCATTCGCACCAATTGGACT-GCTAGACATGTTCAACTC 2039
Query 2241 AAGTGGAGCAATCGAGTCGATTGATATCAATCACGTGACCGACAAGAATCCTGAATTCTT 2300
||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2040 AAGCGGGGCTATCGAGTCGATGGATATCAATCCCGTGACCGACAAGAAACCTGAACTCTT 2099
Query 2301 CGATGGAGAGATCTCCTCGGCTTCTCCCGCGCTCAGCGATAACCGTTCTCCAACAGCTCT 2360
|||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CGATGGAGAGGTCTCTTCGGCTTCTCCTGCGCTCAGCGATGACCGTTCTCCAACAGCTCT 2159
Query 2361 GGTATCTGTCAGTGTCAGAGGCTGTGGTCGTTTTGGAGCTTACTCTTCTCAGCGTCCTCT 2420
| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2160 GATATCTCTGAGTGTTAGAGGCTGTGGTCGTTTTGGAGCTTACTCTTCTCAGCGTCCACT 2219
Query 2421 AAAATGCGCCGTTGAAAGCACAGAGACTGATTTCACGTACGACGCCGAGGTTGGGCTTGT 2480
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2220 AAGATGCACCGTTGAAAGCACAGAGACTGATTTCACGTACGACGCGGAGGTTGGGCTTGT 2279
Query 2481 GACTTTGAATCTGCCGGTGACGAGGGAGGAAATGTTCAGATGGCATGTTGAGATTCTGGT 2540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GACTTTGAATCTGCCGGTGACGAGGGAGGAAATGTTCAGATGGCATGTTGAGATTCTGGT 2339
Query 2541 CTAGACCA 2548
||||||||
Sbjct 2340 CTAGACCA 2347
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104176820075
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5