BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57620.1
Length=1738
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938744 jgi|Araly1|938744|scaffold_502935.1 2599 0.0
> Ahg938744 jgi|Araly1|938744|scaffold_502935.1
Length=1684
Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0
Identities = 1581/1666 (95%), Gaps = 7/1666 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCAACTCCAAAAATACATTCATCGTCGCTACAACCATCTTATGCCTCTCCATGGCC 60
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Sbjct 21 ATGATCAACTCCAAAAATACATTCATCGTCACAACATCAATCTTATGCCTCTCCATGGCC 80
Query 61 ATATTATCCGAAGGTCAAGCTAACCCTTTTCTATTGCAACTCGATCGGTGGGAAATGTTG 120
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Sbjct 81 ATATTATCCGAAGGTCAAGCTAACCCTTTTCTATTGCAACTCGATCGGTGGGAAATGTTG 140
Query 121 CTACCGAGCATCGGTATATCCGCCATGCACATGCAACTCCTCCACAACGGCATGGTTATA 180
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Sbjct 141 CTACCAAGCATCGGTATATCCGCCATGCACATGCAACTCCTCCACAACGGCATGGTCGTA 200
Query 181 ATGTTCGACCGTACCGATTTCGGTACCTCAAATGTTTCTCTACCCGGAGGCATATGTCGT 240
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Sbjct 201 ATGTTCGACCGTACCGATTTCGGTACCTCAAATGTATCTCTACCCGGAGGTATATGTCGA 260
Query 241 TACGACCCTACTGACACCGCAGAAAAGTTCGATTGCAGCGCACACTCAGTTCTCTACGAT 300
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Sbjct 261 TACGATCCTACTGACACCGCTGTCAAGTTCGATTGCAGCGCACACTCGGTTCTCTACGAT 320
Query 301 GTTGTCTCCAACACATACCGTCCTTTGAATGTCCAAACAGATACATGGTGTTCTTCTGGT 360
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Sbjct 321 GTTGTCTCCAACACATACCGTCCCTTGAATGTCCAAACTGATACATGGTGTTCTTCTGGT 380
Query 361 GCGGTTCTTCCCAACGGAACATTGGTTCAAACCGGTGGATACAACGATGGTGAGCGTGCT 420
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Sbjct 381 GCGGTTCTTCCCAACGGAACATTGGTTCAAACCGGTGGATACAACGATGGTGAACGCGCT 440
Query 421 GCTCGAATGTTTAGCCCTTGTGGTTATAGTGATACATGTGATTGGATTGAGTTTCCTCAG 480
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Sbjct 441 GCTCGAATGTTTACCCCTTGTGGTTATAGTGAAACATGTGATTGGATTGAGTTTCCTCAG 500
Query 481 TATCTATCCCAACGTAGATGGTATGCCACCAACCAAAT-ATTACCCGATGGACGGATCAT 539
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Sbjct 501 TATCTATCCCAACGTAGATGGTATGCCACCAACCAAATTAT-ACCCGATGGTCGGATCAT 559
Query 540 TGTGGTCGGAGGAAGAAGACAGTTCAACTATGAACTTTTTCCCCGACATGATTCTCGGTC 599
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Sbjct 560 CGTGGTCGGAGGAAGAAGACAGTTCAACTATGAACTTTTCCCCCGACACGATTCTCGGTC 619
Query 600 TAGAAGCTCAAGACTTGAGTTTCTTAGAGAAACTTCAGATGGAAGTAACGAGAACAACTT 659
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Sbjct 620 TAGAAGCTCAAGATTTGAGTTTCTTAGAGAAACTTCGGATGGAAGTAACGAGAACAACTT 679
Query 660 ATATCCGTT-CATACATCTTTTACCTGATGGAAACTTATTTGTCTTCGCTAACACAAGAT 718
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Sbjct 680 ATATCCGTTTC-TACATCTTTTACCTGACGGAAACTTATTTGTCTTCGCTAACACAAGAT 738
Query 719 CCATTGTGTTCGATTACAAAAAGAACCGAATCGTGAAAGAGTTTCCAGAGATTCCAGGTG 778
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Sbjct 739 CCATTGTGTTCGATTACAAAAAGAACCGAATCGTAAAAGAGTTTCCAGAGATTCCAGGTG 798
Query 779 GTGATCCAAGGAACTATCCAAGCAGTGGTTCTTCTATACTATTTCCATTAGATGATACCA 838
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Sbjct 799 GTGATCCAAGGAATTATCCAAGCAGTGGTTCTTCTATACTATTCCCACTAGATGAAACCA 858
Query 839 ACGATGCTAACGTAGAAGTTGAGATAATGGTATGTGGAGGCTCTCCTAAAGGCGGCTTCT 898
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Sbjct 859 ACAATACTGACATAGAGGTTGAGATAATGGTATGTGGAGGCTCTCCTAAAGGCGGCTTCT 918
Query 899 CACGTGGATTCACACGTGCCACCTCCACATGCGGGAGGCTAAAACTATCCGATCAGAGTC 958
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Sbjct 919 CACATGGATTCACACGTGCCACTTCCACGTGCGGGAGGCTAAAACTGTCCGATCAGAATC 978
Query 959 CAAGTTGGGAAATGGAAACCATGCCATTGCCACGTGTTATGGGAGACATGCTACTCTTAC 1018
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Sbjct 979 CAATTTGGGAAATGGAATCCATGCCCTTGCCACGTGTTATGGGGGACATGCTACTCTTAC 1038
Query 1019 CAACAGGTGACGTCATCATCGTAAACGGAGCCGGAGCTGGCACGGCCGGTTGGGAGAAAG 1078
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Sbjct 1039 CAACAGGTGACGTCATCATCGTAAACGGAGCCGGAGCTGGTACGGCCGGTTGGGAGAAAG 1098
Query 1079 CACGTGACCCGATTATCCAACCTGTGATATATCAACCGTTTGATCATCTCTTCACCGTTA 1138
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Sbjct 1099 CACGTGACCCGGTTATCCAACCCGTGATTTATCAACCGTTTGATCATCTCTTCTCTGTTA 1158
Query 1139 TGTCCACACCATCACGTCCTAGGATGTACCATTCCTCAGCGATTTTATTACCAGACGGTC 1198
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Sbjct 1159 TGTCAACATCATCACGTCCTAGGATGTACCATTCCTCAGCGGTTTTATTACCAGACGGTC 1218
Query 1199 GGGTTTTAGTTGGTGGAAGTAATCCTCACGTTTATTACAACTTT-ACCAACGTCGAGTAT 1257
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Sbjct 1219 GGGTTTTAGTTGGTGGAAGTAATCCTCACGTTTATTACAA-TTTCACAAACGTCGAATAT 1277
Query 1258 CCAACGGATTTAAGCCTCGAGGCTTATTCTCCACCATATCTATTTTTCACATCCGACCCA 1317
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Sbjct 1278 CCAACGGATTTAAGCCTCGAGGCTTATTCTCCACCATATCTATCTTTCACATCTGACCCA 1337
Query 1318 ATACGTCCCAAGATATTATTGACAAGCGACAAAGTATTGAGTTACAAGAGATTGTTTAAC 1377
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Sbjct 1338 ATACGTCCCAAGATATTATTGACAAACGACAAAGTATTGAGTTACAAGAGATTGTTTAAC 1397
Query 1378 GTGGATTTCTCCATAGCTCAGTTTCTGACCGTTGATCTTCTCTCTGTGAGGATAGTTGCA 1437
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Sbjct 1398 GTCGATTTCTCTATAGCTCAGTTTCTGACCGTCGATCTTCTCTCTGTGAGGATAGTTGCA 1457
Query 1438 CCATCTTTCACTACACACTCCTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTAATCTTGAAGCTACTC 1497
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Sbjct 1458 CCTTCCTTCACTACACACTCTTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTAATCTTAAAGCTACTA 1517
Query 1498 TCTGTGACGCGTGACCAGCTAACAAATTCTTATAGAGTCAGTGCATTGGGTCCATCAACG 1557
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Sbjct 1518 TCTGTGACGCGTGACCAGCTAACAAATTCTTATAGAATCAGTGCATTGGGTCCATCAACG 1577
Query 1558 GCTGAGATTGCTCCTCCGGGATACTATATGATATTTCTGGTGCATGCAGGTATACCAAGC 1617
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Sbjct 1578 GCTGAGATTGCTCCTCCGGGATACTATATGATGTTTCTGGTGCATGCAGGTATTCCCAGC 1637
Query 1618 TCAGCCGCTTGGGTGCAGATTGAGTGAAGCTTAAATAGATCGATTA 1663
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Sbjct 1638 TCAGCTGCTTGGGTGCAAATTGAGTGAACCTTAAATGGAA-GATTA 1682
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65210499440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5