BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G57630.1
Length=2913
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486213 jgi|Araly1|486213|fgenesh2_kg.5__2205__AT3G57630.1 4176 0.0
> Ahg486213 jgi|Araly1|486213|fgenesh2_kg.5__2205__AT3G57630.1
Length=2841
Score = 4176 bits (2261), Expect = 0.0
Identities = 2706/2908 (93%), Gaps = 81/2908 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 GACGACCACTTCCATAATCAATCAACAATTGCTTTCCTTCCCGGCCAGCCACAGATCTCC 79
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 GACGACCATTTCCATAATCAATCAACAATTGCTTTCCTTCCCGGCCAGCCAGAGATCTCC 60
Query 80 GTGGCCATCTCTCTCTTTCTAattattacaaagaagcattattattattattttaattat 139
|||||| | |||||| || | | | || ||||||||| | | | |
Sbjct 61 GTGGCC-T-TCTCTC--TC-------T-C------TC--TA--ATTATTATTAT-AGT-T 96
Query 140 ataattattgtataatcaaatctctctctgtaagtaataattatCGTATAAATCCTCCCC 199
||||||||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 97 ATAATTATTATATAATC--A-C-CTCTGTGTAAGTAATAATTATCTTATAAATCCTCCCC 152
Query 200 ATTGTTGAGTTAATTAGTTCTTGTAAACCCATGACGTTTTCCGTCAAAGCTGGCGGTCAA 259
|||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 153 ATTGTT--G------A-----TGTAAACCCATGCCGTTTTCCGTCAAAGCTGGCGGTCAA 199
Query 260 CTTTGAAAACT-AACAAC-TTCGGATTTCCATCATGTTTTCTCACCAGAAATGGAAGTTC 317
|||||||||| || | | || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 GTTTGAAAACTCAA-AGCTTTTGGA-TTCAATCATGTTTTCTCACCAGAAATGGAAGTTC 257
Query 318 TCATGGTCTCAGATAGCCACTGTTGCTTCTGTCATTGTTCTCGTTTC-CTTGGTTCATCT 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||
Sbjct 258 TCATGGTCTCAGATAGCCACTGTTGCTTCTGTCATTGTTTTGGTTTCAC-TGGTTCATCT 316
Query 377 GTTTCTTGGTCCTGTAGTGCCTTCTTTTGATTCTATTACTGTAAGACAAGCTCAGAATCT 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 317 GTTTCTTGGTCCTGTAGTGCCTTCTTTTGATTCTATTACTGTAAGGCAAGCTCAGAATCT 376
Query 437 TTGTGGACCAAGTAATGAATCAATCTCACAAGTGACTAA-GAATTCAAGTCAATCCCTTG 495
|| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| || || |||||| || |
Sbjct 377 TTCTGGACCAACTAATGAATCAATCACACAAGTCACTAAGGACTT-AAGTCACTCAC--- 432
Query 496 TTGTTGTTGCCTTTGATCGCCGCTTTCCTGCTGACTCACACGGTGCAGTAGTTTATCGTA 555
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |
Sbjct 433 TTGTTGTTGCCTTTGATCGCCGGTTTCCTGCTGACTCTCACGGCGCTGTAGTTTATCGAA 492
Query 556 ATGCCTCGTGGAAAGCTGAGATCGGACAATGGCTTTCTAGTTGTGATGCAGTTGCTAAAG 615
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 493 ATGCCTCATGGAAAGCCGAGATCGGACAATGGCTTTCTAGTTGTGATGCAGTTGCCAAAG 552
Query 616 AAGTTGACATTATTGAACCAATTGGTGGGAGAAAGTGTATGAGTGATTGTAGTGGTCAAG 675
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 553 AAGTTGACGTTATTGAACCAATTGGTGGGAAAAAGTGTATGAATGATTGTAGTGGTCAAG 612
Query 676 GTGTTTGTAACCATGAATTTGGATTATGTCGTTGCTTCCATGGATTTACAGGAGAAGATT 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 613 GTGTTTGTAACCATGAATTTGGATTATGTCGTTGCTTCCATGGATTTACAGGAGATGATT 672
Query 736 GTTCACAAAAGCTTCGTTTAGATTGCAATTATGAGAAAACACCAGAGATGCCATACGGAA 795
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 673 GTTCGCAAAAGCTTCATTTAGATTGCAATTATGAGAAAACACCTGAGATGCCATATGGGA 732
Query 796 AATGGGTTGTTTCGATTTGTTCCAGACATTGTGACACCACAAGAGCAATGTGCTTTTGTG 855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 AATGGGTTGTTTCGATTTGTTCCAGACATTGTGACACCACAAGAGCAATGTGCTTTTGTG 792
Query 856 GAGAAGGCACAAAATATCCAAACCGTCCAGTGCCAGAGTCATGTGGATTTCAAATCAATT 915
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 GAGAAGGCACAAAATATCCAAATCGTCCAGTGCCAGAGTCATGTGGATTTCAAATCAATT 852
Query 916 CGCCGACGAATCCTGATGAACCTAAAATGACAGATTGGTCGAAACCAGACTTAGATATTC 975
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 853 CGCCGGCGAATCCTGATGAACCTAAAATGACAGATTGGTCAAAACCAGACTTAGATATTC 912
Query 976 TAACAACAAACAGTAGCAAACAAGGATGGTGCAATGTGGATCCAGAAGATGCATATGCTA 1035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 TAACAACAAACAGTAGCAAACAAGGATGGTGCAATGTGGATCCAGAAGATGCATATGCT- 971
Query 1036 T-GAAGGTGAAAATCAAAGAGGAATGTGACTGTAAATATGATTGTCTTTGGGGACGGTTC 1094
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 972 TCAAAGGTGCAAATCAAAGAGGAATGTGACTGTAAATATGACTGTCTTTGGGGACGGTTC 1031
Query 1095 TGCGAAATTCCAGTACAATGCACCTGCGTTAATCAGTGCTCTGGACATGGCAAATGCAGA 1154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1032 TGCGAAATTCCAGTACAATGCACCTGCGTTAATCAGTGCTCTGGGCATGGCAAATGCAGA 1091
Query 1155 GGAGGTTTCTGCCAGTGTGATAAAGGCTGGTTTGGAACAGATTGTAGTATTCCATCCACT 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 GGAGGTTTCTGCCAGTGTGATAAAGGCTGGTTTGGAACAGATTGTAGTATTCCATCCACT 1151
Query 1215 CTCTCGACGGTAGGAGAGTGGCCACAGTGGCTTCGACCAGCACATCTTGAAGTTCCAAGT 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 CTCTCGACGGTAGGAGAGTGGCCACAGTGGCTTCGACCAGCACATCTTGAAGTTCCAAGT 1211
Query 1275 GaaaaaaaTGTCCCTGGTAATCTCATTAATCTGAGTGCTGTGGTGAAGaaaaaaaGGCCT 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 GAAAAAAATGTCCCTGGTAATCTCATTAATCTGAGTGCTGTGGTGAAGAAAAAAAGGCCT 1271
Query 1335 CTTATATACATCTATGATCTACCCCCAGACTTCAACAGTCTACTTATTGAGGGCCGGCAT 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1272 CTTATATACATCTATGATCTACCCCCAGACTTCAACAGTTTACTTCTTGAGGGCCGGCAT 1331
Query 1395 TTTAAATTTGAATGCGTTAATAGGATCTATGATGAGAGGAATGCAACAGTATGGACAGAT 1454
| |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 TATAAACTTGAGTGTGTTAATAGGATCTATGATGAGAGGAATGCAACAGTATGGACAGAT 1391
Query 1455 TATCTATATGGTTCCCAGATGGCATTCTACGAGAACATCTTGGCCACCGCTCATCGTACA 1514
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 TATCTATATGGTTCCCAGATGGCATTCTATGAGAACATTTTGGCCACCGCTCATCGTACA 1451
Query 1515 ATGAATGGAGAAGAGGCAGATTTCTTCTTTGTTCCTGTTCTGGATTCATGCATTATAAAT 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 CTGAATGGAGAAGAGGCAGATTTCTTCTTTGTTCCTGTTCTGGATTCATGCATTATAAAT 1511
Query 1575 CGTGCTGATGATGCACCTCACATTAACATGCAGAATCATACTGGATTAAGAAGCTCACTT 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1512 CGTGCTGATGATGCACCTCACATTAACATGCAGAATCATACCAGATTAAGAAGCTCATTT 1571
Query 1635 ACCTTAGAGTTCTACAAAAGGGCTTATGAACACATTGTTGAGAAATATCCATACTGGAAC 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 ACCTTAGAGTTCTACAAAAGGGCTTATGAACACATCATTGAGAAATATCCATACTGGAAC 1631
Query 1695 CGCTCAGCTGGAAGAGACCATATTTGGTTTTTCTCATGGGATGAAGGTGCTTGCTATGCT 1754
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 CGGTCAGCTGGGAGAGACCATATTTGGTTTTTCTCATGGGATGAAGGTGCTTGCTATGCT 1691
Query 1755 CCTAAAGAGATATGGAATAGCATGATGCTAGTTCACTGGGGTAACACAAACTCTAAGCAC 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1692 CCTAAAGAGATATGGAATAGCATGATGCTAGTTCACTGGGGTAACACGAACTCTAAGCAC 1751
Query 1815 AACCATTCAACAACAGCTTATTTTGGTGATAACTGGGATGATATATCTGATGAGAGGAGA 1874
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 AACCATTCAACAACAGCTTATTGGGGTGATAACTGGGATGATATATCTGATGAGAGGAGA 1811
Query 1875 GGAGATCATCCTTGCTTTGACCCCCGCAAAGATCTCGTGATTCCAGCCTGGAAAGTTCCT 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 GGAGATCATCCTTGCTTTGACCCCCGCAAAGATCTCGTGATTCCAGCCTGGAAAGTTCCT 1871
Query 1935 GACCCTTACTCAATGCGCAAAAATTACTGGGAAAGGCCACGGGAGAAGCGGAAAACATTG 1994
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GACCCTTACTCAATGCGTGCAAATTACTGGGCAAGGCCACGGGAGAAGCGGAAAACATTG 1931
Query 1995 TTTTACTTCAATGGGAATCTCGGACCTGCTTATGAAAAGGGAAGGCCTGAAGATTCGTAT 2054
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TTTTACTTTAATGGGAATCTCGGACCTGCTTATGAAAAGGGAAGGCCTGAAGATTCGTAT 1991
Query 2055 AGCATGGGAATCAGGCAGAAGCTAGCAGAAGAGTTTGGTTCTAGCCCTAACAAAGAAGGT 2114
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 AGTATGGGAATCAGGCAGAAGCTAGCAGAAGAGTTTGGTTCTAGCCCTAACAAAGAAGGT 2051
Query 2115 AAGCTTGGGAAGCAGCACGCAGAAGATGTGATTGTAACTCCATTGCGTTCCGACAATTAC 2174
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2052 AAGCTTGGGAAGCAACACGCAGAAGATGTGATTGTAACTCCATTGCGCTCTGACAATTAC 2111
Query 2175 CACAAGGACATAGCCAATTCAATCTTCTGTGGTGCGTTCCCTGGAGATGGTTGGAGTGGA 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 CACAAGGACATAGCCAATTCAATCTTCTGTGGTGCGTTCCCTGGAGATGGTTGGAGTGGA 2171
Query 2235 CGCATGGAAGATAGTATCTTACAAGGATGTGTTCCAGTCATCATTCAGGACGGAATCTAC 2294
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2172 CGCATGGAAGATAGTATCTTACAAGGATGTGTCCCAGTTATCATTCAGGATGGAATCTAC 2231
Query 2295 TTGCCATATGAGAACATGCTCAATTATGAAAGTTTTGCAGTTCGTGTCAATGAAGATGAC 2354
||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2232 TTGCCTTATGAAAACATGCTCAATTACGAAAGCTTTGCAGTTCGTGTCAGCGAAGATGAC 2291
Query 2355 ATTCCCAATCTCATAAACACTCTGCGAGGATTCAGTGAGGCAGAGATACAATTCAGACTG 2414
||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2292 ATTCCAAATCTCATAAACACACTCCGGGGATTCAGTGAGACAGAGATACAATTCAGACTC 2351
Query 2415 GGTAATGTAAAGGAGCTCTGGCAAAGATTCTTGTTCCGAGACTCGATTTTGCTTGAAGCA 2474
| |||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2352 GCTAATGTAAAGAAACTTTGGCAAAGATTTTTGTTCCGAGACTCTATTTTGCTTGAAGCA 2411
Query 2475 GAGAGACAAAAAGCTACTTATGGACATGAAGAAGACTGGGCTGTTCAATTCTCTAAACTG 2534
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 GAGAGACAAAAGGCTAGTTATGGACATGAAGAAGACTGGGCTGTTCAATTCTCTAAACTG 2471
Query 2535 AAGCACGATGATATCTTCGCTACTATCATACAAACTCTGCATTTCAAGCTACACAACGAT 2594
||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 AAGCATGACGACATCTTTGCTACTTTCATACAAACTCTGCATTTCAAGCTACACAACGAT 2531
Query 2595 CCATGGAGACGAGAGCAAGCCGTAAACCGGACTAAAGATTATGGTTTGCCGCAAGAATGT 2654
||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 2532 CCATGGAGACGAGAGCAAGTCATAAACCGGGCTAAAGATTACGGATTGCCTCAAGAATGT 2591
Query 2655 CTCCATAAAACCAGCTGATCAAAA-TCTAAAACAAAAAAGTTGGAACTTTGGAAGTAAAT 2713
||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||| | |||||
Sbjct 2592 CTCCATAAAACCAACTGATCAAAAATCT----CAA----GTTGGAA----G----TAAAT 2635
Query 2714 ACCTCAGAAGCTGCAGAAGCATATACATATACACACGGCAGAATCATTCAAGATTCATTG 2773
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 ACCTCAGAAGCTGCAGAAGCATATACATATACAAATGGCAGAATCATTCAAGATTCATTG 2695
Query 2774 CCAAATCGATTCTTTTTGAAA-GGAATAATCTTGGGTTTTGAGTTAGGTGA-ACCATCAG 2831
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||
Sbjct 2696 CCAGATCGATTCTTTTTGAAAAGGAATAATCTTGGGTTTTGAATTAGGT-ACACCATCAG 2754
Query 2832 TCATTATGTAAGCAAAAC-TCTATTTGTTAAATTCAAGCCAGTTTTTATAA---AGAT-- 2885
|| ||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||
Sbjct 2755 TCGTTATGTAAGCAAAACGT-TGTTTGTTAAATTCAAACCACTTTTTTTAATTTAAATTA 2813
Query 2886 CGTAAGTTAACAATTTATTCAGCATATT 2913
||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 CGTAAGTAAACAATTTATTCAGCATATT 2841
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109966537315
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5