BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G58560.1
Length=2397
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938850 jgi|Araly1|938850|scaffold_503041.1 2998 0.0
> Ahg938850 jgi|Araly1|938850|scaffold_503041.1
Length=1837
Score = 2998 bits (1623), Expect = 0.0
Identities = 1752/1815 (97%), Gaps = 5/1815 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 285 ACTTAGTTACGGTAAAAGCAATGCTTAGCGTTATACGAGTGCATCTACCGTCGGAGATTC 344
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2 ACTTAGTTACGG-AAAAGCAATGCTTAGCGTTATACGGGTGCATCTACCGTCCGAGATAC 60
Query 345 CTATTGTTGGCTGCGAACTTACACCTTACGTACTTCTCCGGCGGCCTGATAAGACCCCCT 404
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CTATTGTTGGCTGCGAACTTACACCTTACGTGCTTCTCCGGCGGCCTGATAAAACCCCCA 120
Query 405 CCACCGATGATGTGCCTGAGTCAGCCCCGCTTGAAGGTCACTTCTTAAAGTACAGATGGT 464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCACCGATGATGTGCCTGAGTCAGCCCCGCTTGAAGGTCACTTCTTAAAGTACAGATGGT 180
Query 465 TTCGAGTACAGAGTGATAAGAAAGTTGCGATTTGTAGTGTGCATCCATCCGAGACGGCAA 524
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 181 ATCGAGTACAGAGTGATAAGACAGTTGCGATTTGTAGTGTGCATCCATCCGAGCCGGCCA 240
Query 525 CATTGCAGTGTCTGGGATGTCTAAAGTCTAAAGTTCCTGTTGCCAAAAGCTACCATTGCT 584
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 CATTGCAGTGTCTGGGATGTCTAAAGTCTAAGGTTCCTGTTGCTAAAAGCTACCATTGCT 300
Query 585 CTACTAAGTGCTTTTCGGATGCGTGGCAACATCACCGTGTGTTGCATGAGCGTGCTGCCA 644
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 CTACTAAGTGCTTTTCAGATGCCTGGCAACATCACCGTGTGTTGCATGACCGTGCTGCCA 360
Query 645 GTGCTGCTACAGAAGGAAATGATGAAGAAGAGTTGCCCCGTTTGAATAGCTCAGGGTCTG 704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGCTGCTACAGAAGGAAATGATGAAGAAGAGTTGCTCCGTTTGAATAGCTCAGGGTCTG 420
Query 705 GATCTGGTGTTCTCAGCACCAGTGTTAGTTTAACGAATGGGTCATCATCAGTTTATCCTT 764
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATCTGGTGTTCTCAGCACCAGTGGTAGTTTAACGAATGGGTCATCATCAGTTTATCCTG 480
Query 765 CAGCCATAACTCAAAAGACCGGCGCCGGAGGAGAAACACTTGTTGAGGTTGGACGCTCTA 824
||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAGCCATAACTCAAAAGACAGGTGCTGGAGGAGAAACACTTGTTGAGGTTGGACGCTCTA 540
Query 825 AGACATACACACCAATGGCTGATGATATTTGCCATGTTTTGAAGTTTGAATGTGTAGTAG 884
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGACATACACACCAATGGCTGACGATATCGGCCATGTTTTGAAGTTTGAATGTGTAGTAG 600
Query 885 TCAATGCAGAGACAAAACAGAATGTGGGCCTTTCTTGTACCATATTGACTTCCCGTGTTA 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCAATGCAGAGACAAAACAGAATGTGGGCCTTTCTTGTACCATATTGACTTCCCGTGTTA 660
Query 945 TCCCAGCTCCATCACCTTCTCCGCGTAGGCTGATCTCTATTAGTGGAACTGATGTTACTG 1004
| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||||||| ||||||||| ||
Sbjct 661 TTCCAGCTCCATCACCTTCTCCCCGTAGGCTTATCCCTGTTAGTGGAGCTGATGTTATTG 720
Query 1005 GGCACCTGGATTCTAATGGGCGGCCTTTGTCTATGGGAACATTCACTGTGCTGTCCTACA 1064
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGCACCTGGATTCTAATGGGCGACCTTTGTCTATGGGATCATTCACTGTGCTGTCCTACA 780
Query 1065 ATATATTGTCTGATACATATGCTAGCAGCGACATATACAGTTACTGCCCCACATGGGCTC 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATATATTGTCTGATACATATGCTAGCAGCGACATATACAGTTACTGCCCCACATGGGCTC 840
Query 1125 TCGCTTGGACATACCGTAGACAGAATTTGTTACGGGAAATTGTCAAGTACCGTGCAGATA 1184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 841 TCGCTTGGACATACCGTAGACAGAATTTGTTACGGGAAATTGTCAAGTACGGTGCAGATA 900
Query 1185 TAGTTTGTCTACAAGAGGTACAGAATGATCATTTTGAGGAGTTTTTT-CTTCCTGAGCTG 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 901 TAGTTTGTCTACAAGAGGTACAGAATGATCATTTTGAGGAGTTTTTTTCT-CCTGAGCTG 959
Query 1244 GATAAACACGGATACCAAGGTCTTTTTAAGAGGAAAACAAATGAGGTTTTCATCGGTAAT 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 960 GATAAACACGGATACCAAGGTCTTTTTAAGAGGAAAACAAATGAGGTTTTCGTCGGTAAT 1019
Query 1304 ACAAACACAATTGATGGGTGCGCTACTTTCTTCAGAAGAGACAGGTTCTCACATGTaaaa 1363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1020 ACAAACACAATTGATGGGTGCGCTACTTTCTTCAGAAGAGACAGGTTCTCACATGTCAAA 1079
Query 1364 aaaTATGAGGTTGAGTTCAACAAGGCTGCACAGTCTTTGACTGAGGCTATTATCCCTGTT 1423
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AAATACGAGGTTGAGTTCAACAAGGCTGCACAGTCTTTGACTGAGGCTATTATCCCTGTT 1139
Query 1424 TCCCAGAAGAAAAATGCTTTGAATCGGTTGGTCAAGGATAATGTTGCTTTAATAGTTGTA 1483
||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TCCCAGAAGAAAACTGCTTTAAATCGATTGGTTAAGGATAATGTTGCTTTAATAGTTGTA 1199
Query 1484 CTGGAAGCAAAATTCGGTAGCCAGGCTGCTGACAATCCTGGGAAGCGCCAGCTACTTTGT 1543
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTGGAAGCAAAATTTGGTAGCCAGGCTGCTGACAATCCTGGGAAGCGCCAGCTACTTTGT 1259
Query 1544 GTGGCTAACACGCATGTAAACGTTCCTCATGAATTGAAAGATGTAAAGCTGTGGCAGGTT 1603
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GTGGCTAACACGCATGTAAACGTTCCTCATGAACTGAAAGATGTAAAGCTGTGGCAGGTT 1319
Query 1604 CACACATTATTGAAGGGACTGGAGAAAATAGCTGCCAGTGCAGATATTCCAATGCTTGTG 1663
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CACACATTATTGAAGGGACTTGAGAAAATAGCTGCCAGTGCAGATATTCCAATGCTTGTG 1379
Query 1664 TGTGGAGATTTCAACACAGTACCTGCGAGTGCTCCTCATACACTTCTTGCTGTGGGAAAG 1723
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 TGTGGAGATTTCAACACAGTACCTGCAAGTGCTCCTCATACACTTCTTGCTATGGGAAAG 1439
Query 1724 GTCGATCCATTGCACCCAGATTTGATGGTTGATCCTCTTGGAATTTTACGTCCTCACAGC 1783
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1440 GTCGATCCGTTGCACCCAGATTTGATGGTTGATCCTCTTGGAATTTTGCGTCCTCACACC 1499
Query 1784 AAGCTTACTCATCAGCTGCCACTGGTTAGTGCCTACTCA-CAATTTGCAAAAATGGGAGG 1842
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||
Sbjct 1500 AAGCTTACTCATCAGCTGCCACTGGTTAGTGCTTACTCATCA-TTTGCAAGAATGGGAGG 1558
Query 1843 CAACGTTATTACTGAGCAGCAACGTAGAAGACTGGATCCTGCATCAAGTGAACCGTTGTT 1902
|| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1559 CAGCGTTATTGCTGAGCAGCAACGTAGAAGAATGGATCCTGCATCAAATGAACCGTTGTT 1618
Query 1903 TACCAACTGTACCAGGGACTTTATAGGCACACTTGATTACATATTTTACACAGCGGACAC 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1619 TACCAACTGTACCAGGGACTTTATAGGCACACTTGATTACATATTCTACACAGCGGACAC 1678
Query 1963 GCTAACAGTGGAATCGTTGTTGGAACTGTTGGATGAAGAGTCCTTGAGGAAGGACACAGC 2022
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GCTAGCAGTGGAATCATTGTTGGAACTGTTGGATGAAGAGTCCTTGAGGAAGGACACAGC 1738
Query 2023 TCTTCCATCTCCAGAATGGTCTTCTGATCACATTGCACTTTTGGCTGAATTTCGCTGCAT 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TCTTCCATCTCCAGAATGGTCTTCTGATCACATTGCACTTTTGGCTGAATTTCGCTGCAT 1798
Query 2083 GCCCAGGGCCAGACG 2097
|||||||||||||||
Sbjct 1799 GCCCAGGGCCAGACG 1813
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90311970895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5