BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G58580.1
Length=2478
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938852 jgi|Araly1|938852|scaffold_503043.1 2983 0.0
> Ahg938852 jgi|Araly1|938852|scaffold_503043.1
Length=1849
Score = 2983 bits (1615), Expect = 0.0
Identities = 1774/1852 (96%), Gaps = 5/1852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 379 CCAGGTGTTATTGAAAAGCAATGCTGAGCGTGATCCGAGTGCATCTTCCTTCTGAAATTC 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCAGGTGTTATTGAAAAGCAATGCTGAGCGTGATCCGAGTGCATCTTCCTTCTGAAATTC 60
Query 439 CCATTGTGGGCTGTGAATTGACTCCTTACGTCCTTGTTCGTCGTCCCGATAAGAACTCCA 498
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CCATTGTGGGCTGTGAATTGACTCCTTACGTTCTTGTTCGTCGCCCCGATAAGAACTCCG 120
Query 499 CCACTGATGACGTCCCTGAATCTGCTCCTCTTGAAGGCTACTTCTTGAGATACAGATGGT 558
|||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 121 CCACTGATGATGTCCCTGAATCGGCTCCCCTTGAAGGCTATTTCTTGAGATATAGATGGT 180
Query 559 ATCGTGTACAGAGTGATAAGAAAGTAACGATTTGCAGTGTGCATCCAACGGAACAAGCTA 618
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 ATCGTGTACAGAGCGATAAGAAAGTAACGATCTGCAGCGTGCATCCAACGGAACAAGCCA 240
Query 619 CTTTACAGTGTGTTTTCTGTTCTAAGCGTAGATCCCTTGTTCCAAAAAGCTATCACTGTT 678
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 CTTTGCAATGTGTTTTCTGTTCTAAGCGTAGATCCCTTGTTCCAAAGAGCTATCACTGTA 300
Query 679 CGCCAAAATGCTTCACGGATGCGTGGCAGCATCACAGGACTTTGCACGAGCGAGCAGCTG 738
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGCCTAAATGCTTTACGGATGCGTGGCAGCATCACAGGACTTTGCACGAGCGAGCAGCTG 360
Query 739 CGGAAAACAACGCAAACGAGGATGATGACTTGAACAGGAATAACAGTGCGGGTTCTGGGT 798
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 361 CGGAAAACAACGCAAACGAGGATGATGACTTGGGCCGGAATAACAGTGTGGGTTCTGGGG 420
Query 799 CTCTCGCTGGTTCCTTATCTGGGTCTATGTCAAATCTTAGTATTGCCAACAATGGTCCAG 858
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTCTCGCTGGTTCCTTATCTGGTTCTATGTCAAATCTTAATATTGCCAACAATGGTCCAG 480
Query 859 CTCCGTTTTATCCTTCTAATATTACTCAGAAAAATGGAGGAGAGACTTTAGTTGAGGTTG 918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 481 CTCCGTTTTATCCTTCTAATATTACTCAGAAAAATGGAGGAGAGACGTTAGTCGAGGTTG 540
Query 919 GGGGTTGCAAAACGTACACTCCAACAGCTGATGATATTAGCCACGTTTTGAAGTTCGAGT 978
||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGCTTGCAAAACATACACTCCAATAGCTGATGATATTGGCCACGTTTTGAAGTTCGAGT 600
Query 979 GTGTTGTGGCTAATGCTGAGACTAAACAGATTGTCGGACATCCTAGTACCATTTTGACTT 1038
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTGTTGTGGCTAATGCTGAGACTAAACAGATTATGGGACATCCTAGTACCATTTTGACTT 660
Query 1039 CACGGGTTATTCCTGCTCCTTCTCCAAGCCCCCGTAAGCTAATCCCTGTTAACGGAGCTG 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 CACGGGTTATTCCTGCTCCTTCTCCAAGCCCCCGTAAGCTAGTCCCTGTTAACGGAGCTG 720
Query 1099 ATGGGATGGGTCACTTAGATCAAGATGCTCGGATTCAGTCTGCAGGATCATTCACTGTTC 1158
||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATGTGATGGGTCAGTTAGATCAAGATGGTCGGATTCAATCTGCAGGATCATTCACTGTTC 780
Query 1159 TTTCATATAACATTTTGTCTGATACTTCTGCAAGTAGCGACCTCTACAGTTACTGTCCTC 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTCATATAACATTTTGTCTGATACTTCTGCAAGTAGCGACCTCTACAGTTACTGTCCTC 840
Query 1219 CTTGGGCTCTTTCATGGCCATACCGAAGACAGAATTTGTTAAGGGAGATTGTTGGATATA 1278
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CTTGGGCTCTTTCTTGGCCATACCGCAGACAGAATTTGTTAAGGGAGATTGTTGGATATA 900
Query 1279 GAGCCGATGTAGTTTGCCTGCAAGAAGTACAAAGTGATCATTTCCATGAAATTTTTGCTC 1338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAGCCGATGTAGTTTGCCTGCAAGAAGTACAAAGTGATCATTTCCATGAAATTTTTGCTC 960
Query 1339 CTGAGTTGGATAAGCATGGGTATCAAGCTCTTTACAAGAGGAAGACTAATGAGGTTCTCA 1398
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTGAGTTGGAGAAGCATGGGTATCAAGCTCTCTACAAGAGGAAGACTAATGAGGTTCTCA 1020
Query 1399 GCGGAAGTACAAGTGCCATTGACGGCTGTGCAACATTTTTCCGGCGGGATAGGTTTTCGC 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1021 GCGGAAGTACAAGTGCCATTGACGGCTGTGCAACATTTTTCCGACGGGATAGATTTTCGC 1080
Query 1459 ATGTCAAGAAATATGATGTTGAATTCAACAAGGCTGCTCAGTCTTTGACTGACGCTCTAA 1518
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 ATGTCAAGAAATATGATGTTGAATTCAATAAGGCTGCTCAGTCTTTGACTGATGCTCTAA 1140
Query 1519 TCCCTCAGGCTCAGAAGAGAACTGCTTTAAACCGACTGGTTAAGGATAACATTGCGTTGA 1578
|||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TCCCTCAGACGCAGAAGAGAGCTGCTTTAAATCGACTGGTCAAGGATAACATTGCGTTGA 1200
Query 1579 TAGTTGTTCTTGAAGCCAAATTTGGTAATCAACCTACTGATCCTTCTGGGAAGCGCCAGC 1638
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TAGTTGTTCTTGAAGCCAAGTTTGGTAATCAACCTACTGATCCTTCTGGGAAGCGCCAGC 1260
Query 1639 TTATTTGTGTGGCAAACACACATGTAAATGTTCAACAAGATCTGAAGGATGTGAAGCTCT 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTATTTGTGTGGCAAACACACATGTAAATGTTCAACAAGATCTGAAGGATGTGAAGCTCT 1320
Query 1699 GGCAGGTTCATACCTTATTAAAGGGACTAGAGAAAATAGCAGCTAGTGCCGATATTCCTA 1758
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGCAGGTTCATACCTTATTAAAGGGACTGGAAAAAATAGCTGCTAGTGCCGATATTCCTA 1380
Query 1759 TGCTTGTGTGTGGAGACTTCAATACGCTTCCTGGGAGTGCACCTCATACACTTCTTGTAA 1818
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGCTTGTGTGTGGAGACTTTAATACTATTCCTGGGAGTGCTCCTCATACACTTCTTGTAA 1440
Query 1819 TGGGAAAGGTTGATCCAATG-CACCCAGATCTGGCAGTCGATCCCCTTAATATCCTGCGT 1877
|||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1441 TGGGAAAGGTTGATCC-AGGTCACCCAGATCTGGCAGTCGATCCCCTAAATATACTGCGT 1499
Query 1878 CCTCACACCAAATTGACTCATCAATTGCCTCTGGTGAGCGCGTACTCATCGTTTGTGAGA 1937
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CCTCACACCAAATTGACTCATCAATTGCCTTTGGTGAGCGCGTACTCATCGTTTGTGAGA 1559
Query 1938 AAGGGAATAATGGGTCTTGGATTGGAACAACACAGAAGGAGAATAGATCTTAATACAAAC 1997
|| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AATGG---AATGGGTGTTGGATTGGAACAACACAGAAGGAGAATAGATCTTAATACAAAC 1616
Query 1998 GAGCCTTTGTTTACCAATTGTACAAGGGACTTCATCGGCACTCATGACTACATATTCTAC 2057
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GAGCCTTTGTTTACCAATTGTACAAGGGACTTTATCGGCACTCATGACTACATATTCTAC 1676
Query 2058 ACAGCGGATACATTAATGGTGGAATCTCTATTGGAATTACTGGATGAAGATGGATTAAGA 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ACAGCGGATACATTAATGGTGGAATCTCTATTGGAATTACTGGATGAAGATGGATTAAGA 1736
Query 2118 AAAGACACAGCTCTTCCTTCCCCAGAATGGTCTTCTAATCACATTGCTCTCTTAGCTGAA 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1737 AAAGACACAGCTCTTCCTTCCCCAGAATGGTCTTCTAATCACATTGCACTTTTAGCTGAA 1796
Query 2178 TTTCGATGCACGCCTAGGACAAGACGCGGTTAACCGCCTTCACCACCCACCA 2229
|||||||||| ||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1797 TTTCGATGCATGCCTAGGACCAGACGCTGCTAACCACCTTCACCACCCACCA 1848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93397280740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5