BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G59040.2
Length=2312
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg938915 jgi|Araly1|938915|scaffold_503106.1 2844 0.0
> Ahg938915 jgi|Araly1|938915|scaffold_503106.1
Length=1789
Score = 2844 bits (1540), Expect = 0.0
Identities = 1658/1715 (97%), Gaps = 7/1715 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 468 CAGCCAGAGGAAACTACAGAACAATATTATCAATGTTGGTGTTAAAATCCAAAACCGATT 527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 CAGCCAGAGGAAACTACAGAACAATATTATCAATGTTGGTGTTAAAATCCAAAACCGATT 133
Query 528 CAGAGTTGTTTGTATGGGAATGTTGGCTCCAAGGAAATTCCTGCAAAAGAGGAGGAAAAT 587
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 134 CAGAGTTGTTTGTATGGGAATGCTGGCTCCAAGGAAATTCCTGCAAAAGAGGAGGAAAAT 193
Query 588 GGAGGTTTTCAAGGATGCAGCTGACGAGACGGATCAGAAGAGATGGAGAGGGCTTATGCT 647
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 194 GGAGGTTTTTAAGGATGCAGCTGACGAGACGGATCAGAAGAGATGGAGAGGGATAATGCT 253
Query 648 AGAGATTGAATCGACGGGTTCTGCTGTTCCGGTGCTTAGGCAATACAAAACTGACGGTGA 707
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 254 AGAGATTGAATCGACGGGTTCTGCAGTTCCGGTGCTTAGGCAATACAGAACTGACGGTGA 313
Query 708 CCAAGGTCTTCCAAGGGATCTTGTTTTGGGTACTTTGGTTAGATTTAAGCAGCTTAAGAA 767
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 CCAAGGTCTTCCCAGGGATCTTGTTTTGGGTACTTTGGTTAGATTTAAGCAGCTTAAGAA 373
Query 768 ATGGAACCTTGTCAGTGAGATTCTTGAATGGCTTAGATACCAGAACTGGTGGAATTTCAG 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 374 ATGGAACCTTGTCAGTGAGATTCTTGAATGGCTTAGATACCAGAACTGGTGGAACTTCAG 433
Query 828 TGAAATAGACTTTTTGATGCTCATTACAGCTTATGGGAAACTAGGAAACTTCAACGGAGC 887
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 TGAAATGGACTTTTTGATGCTCATTACAGCTTATGGGAAACTAGGAAACTTCAACGGAGC 493
Query 888 TGAAAGGGTTTTGAGTGTATTGAGTAAGATGGGCTCGACTCCAAACGTGATTTCTTATAC 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 494 TGAAAGGGTTTTGAGTGTATTGAGTAAGATGGGCTTGAGTCCAAACGTGATTTCTTATAC 553
Query 948 CGCTCTCATGGAATCTTATGGGAGAGGAGGCAAATGCAACAATGCTGAAGCGATATTTCG 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CGCTCTCATGGAATCTTATGGGAGAGGAGGCAAGTGCAACAATGCTGAAGCGATATTTCG 613
Query 1008 AAGGATGCAGTCTTCAGGCCCAGAGCCTTCTGCTATAACTTATCAGATTATACTTAAGAC 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 GAGGATGCAGTCTTCAGGCCCAGAGCCTTCTGCTGTAACTTATCAGATTATACTTAAGAC 673
Query 1068 TTTTGTAGAGGGGGACAAATTTAAAGAAGCTGAAGAGGTTTTTGAGACTCTTTTAGATGA 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 674 TTTTGTAGAGGGGGACAAATTTAAAGAAGCTGAAGAGGTGTTTGAGACTCTTTTAGATGA 733
Query 1128 GAAGAAATCTCCATTGAAGCCGGATCAAAAGATGTATCACATGATGATATACATGTACAA 1187
||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 GAAGAAATCGCCATTGAAGCCTGATCAAAAAATGTATCACATGATGATATACATGTACAA 793
Query 1188 GAAGGCTGGCAACTATGAGAAAGCTCGAAAAGTATTTTCTTCAATGGTTGGGAAAGGAGT 1247
||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 794 GAAGGCTGGAAACTATGATAAGGCTCGAAAAGTATTTTCTTCTATGGTTGGGAAAGGAGT 853
Query 1248 TCCCCAGTCTACAGTCACTTACAATAGCCTTATGTCTTTCGAAACTAGTTATAAAGAAGT 1307
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 854 TCCCCAGTCTACCGTCACTTACAATAGCCTTATGTCTTTCGAAACTAATTATAAAGAAGT 913
Query 1308 TTCTAAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGATATTCAACCCGACGTTGTAAGTTATGC 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 TTCTAAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGGTATTCAACCCGACGTTGTAAGTTATGC 973
Query 1368 TTTACTTATCAAAGCATATGGAAGAGCCAGAAGAGAGGAAGAAGCTCTATCTGTTTTTGA 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TTTACTTATCAAAGCATATGGAAGAGCCAGAAGAGAGGAAGAAGCTCTATCTGTTTTTGA 1033
Query 1428 AGAGATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCAACACATAAAGCTTATAACATTTTGCTGGATGC 1487
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1034 AGAGATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCGACACATAAAGCTTATAACATTTTGCTTGATGC 1093
Query 1488 ATTTGCTATTTCTGGGATGGTGGAGCAAGCAAAGACTGTCTTTAAGAGCATGCGGCGGGA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 ATTTGCTATTTCTGGGATGGTGGAGCAAGCAAAGACTGTCTTTAAGAGCATGCGGCGGGA 1153
Query 1548 CAGAATTTTCCCGGACCTCTGGTCGTACACAACTATGTTATCAGCATATGTGAATGCATC 1607
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1154 CAGAATTTTCCCGGATCTCTGGTCTTACACAACTATGTTATCAGCATATGTGAATGCCTC 1213
Query 1608 TGACATGGAGGGTGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGACGGTTTTGAACCGAA 1667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1214 TGACATGGAGGGTGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGACGGATTTGAACCGAA 1273
Query 1668 TATAGTCACCTACGGGACACTGATAAAAGGGTATGCGAAAGCGAACGATGTTGAGAAGAT 1727
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1274 TATAGTCACCTACGGGACAATGATAAAAGGGTATGCGAAAGCGAACGATATTGAGAAGAT 1333
Query 1728 GATGGAGGTATATGAGAAAATGAGGTTAAGTGGAATCAAAGCTAATCAAACCATCTTAAC 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1334 GATGGAGGTATATGAGAAAATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAATCAAACCATCTTAAC 1393
Query 1788 AACTATCATGGATGCGTCTGGGAGGTGCAAGAATTTCGGAAGTGCTCTTGGTTGGTATAA 1847
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 1394 AACTATCATGGATGCGTCTGGGAGGTGCAAGGATTTTGGGAGCGCTCTTGGTTGGTATAA 1453
Query 1848 AGAGATGGAGAGCTGTGGGGTACCACCTGATCAGAAAGCTAAGAATGTGCTTTTATCATT 1907
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1454 AGAGATGGAGAGTTGTGGGGTACCACCTGATCAGAAAGCTAAGAATGTGCTATTATCATT 1513
Query 1908 GGCTTCAACTCAAGATGAGCTAGAGGAAGCTAAGGAACTTACTGGTATCAGAAATGAAAC 1967
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1514 GGCTTCAACTCAAGATGAGCTAGACGAAGCTAAGGAACTTACTGGTCTCAGAAATGAGAC 1573
Query 1968 AGCAACCATTATTGCTAGAGTTTATGGATCTGATGATGATGAAGAGGGGGTAGAAGATAT 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||
Sbjct 1574 AGCAACCATTATTGCTAGAGTTTATGGATCTGATGATGATGAAGAGGAGG-A-A-GATAT 1630
Query 2028 AAGTAGTGAATCTAGTGACGATGAGGATGAAGGA-GATG-ACGATGATGATGATGCAAGA 2085
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || | | ||||||||||||||||||
Sbjct 1631 AAGTAGTGAATCTAGTGATGATGAGGATGA-GGATGAAGGA-GATGATGATGATGCAAGA 1688
Query 2086 GAAACTGTGTTGTATGATAAACCACAAGAAGGGTCTTTGGGTTATGGTAGCTTACAGACG 2145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1689 GAAACTGTGTTGTATGATAAACCACAAGAAGGGTCTTTGGGTTATGGTAGCTTACCGACG 1748
Query 2146 GAAGAACTTGTGGGGTTATGAAAATTGCGAAAAGT 2180
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1749 GAAGAACTTGTGGGGTTATGAAAACTGCGGAAAGT 1783
Score = 135 bits (73), Expect = 1e-30
Identities = 75/76 (99%), Gaps = 0/76 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 GAAGAAGCTGCGAACTTTAAATGTCACAGGCTGTAATTTTCAAGCCGTTTGTTTCAGTTC 119
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGAAGCTGCGAACTTTAGATGTCACAGGCTGTAATTTTCAAGCCGTTTGTTTCAGTTC 60
Query 120 CATCAAGTAATCACAG 135
||||||||||||||||
Sbjct 61 CATCAAGTAATCACAG 76
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87074300070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5