BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G59290.1
Length=3690
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486396 jgi|Araly1|486396|fgenesh2_kg.5__2388__AT3G59290.1 5670 0.0
Ahg355876 jgi|Araly1|355876|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003049 111 3e-23
> Ahg486396 jgi|Araly1|486396|fgenesh2_kg.5__2388__AT3G59290.1
Length=3590
Score = 5670 bits (3070), Expect = 0.0
Identities = 3415/3579 (95%), Gaps = 33/3579 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 TTTGGGAAACCATCGCACAAGCTTCCATAGA-TT--TCTCTCTTGTTCCTTCCCGTTTCT 124
||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3 TTTCGGAAACCATCGCACAAGCTTCCATAGATTTCGTCTCTCTTCTTCCTTCCCGTTTCT 62
Query 125 TCCTCT-CCCCCATATTTCTCTCCAGCTCCGCCTCACTGTTCCGCGATCCAATTTCCTTT 183
|||||| |||||| || |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 63 TCCTCTCCCCCCACATCTCTCTCCAGCTCTGCCTCACAGATCCGCGATCCAATTTCCTTT 122
Query 184 TCCAGCAGGCTATAAGTGTAGTTAGCACTTCTTCTATAAAAAGCAGTGTCTCA-CATTTG 242
||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 123 TCCAGCAGGTTAAAAGTGTAGTTAGCGCTTCTCCTATAAAAAGCAGTGTCTCATC-TTTG 181
Query 243 GATATGAAGAAAGCATTTGGTCAAACTGTCAGAGACCTCAAGAGAGGGGTCAACAAGAAA 302
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AATATGAAGAAAGCATTTGGTCAAACCGTCAGAGACCTCAAGAGAGGGGTCAACAAGAAA 241
Query 303 GTGCTTAAAGTACCTGGAATAGAACAGAAGGTTCTAGATGCTACCAGCAATGAGTCCTGG 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 GTGCTTAAAGTACCTGGAATAGAACAGAAGGTTCTAGATGCTACCAGCAATGAGTCCTGG 301
Query 363 GGTCCGCATGGATCACTTCTTGCGGACATTGCACATGCTTCGAGAAATTACCATGAATAC 422
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 302 GGTCCGCATGGATCACTTCTTGCGGACATTGCTCATGCTTCGAGAAACTACCATGAATAC 361
Query 423 CAGATTACTATGGGAGTGTTATGGAAACGTCTTAGTGACTCTGGAAAAAATTGGCGGCAT 482
||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 362 CAGCTGACCATGGGAGTATTATGGAAACGTCTTAGTGACTCTGGAAAAAATTGGCGCCAT 421
Query 483 GTCTATAAGGCATTGACAGTCTTGGAGTACATGGTAGGCCATGGATCAGAACGTGTCATA 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GTCTATAAGGCATTGACAGTCTTGGAGTACATGGTAGGCCATGGATCAGAACGTGTCATA 481
Query 543 GAAGAGGTTAAAGAACATGCATATCAAATTACGACATTATCTGGTTTTCAGTATATTGAT 602
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 482 GAAGAGATTAGAGAACATGCATATCAAATTACGACATTATCTGGCTTTCAGTATATTGAT 541
Query 603 TCCAGCGGTAAAGATCAAGGTAGCAATGTCAGGAAGAAGGCGCAGAGCCTTGTGGCTTTG 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TCCAGCGGTAAAGATCAAGGTAGCAATGTCAGGAAGAAGGCGCAGAGCCTTGTGGCTTTG 601
Query 663 GTTAATGACAAAGAAAGAATAACGGAGGTCAGAGAGAAGGCTGCTGCTAACAGAGATAAG 722
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 602 GTTAATGACAAAGAAAGAATAGCGGAGGTCAGAGAGAAGGCTGCTGCTAACAGAGACAAA 661
Query 723 TATCATAACTCAATGCATAGGCCGTCAGGAGGATATGGGGACAAATATGATTACGAAGGC 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TATCATAACTCAATGCATAGGCCGTCAGGAGGATATGGGGACAAATATGATTACGAAGGC 721
Query 783 CGCTATGGAGACAGAGATGAAGGGCGAAGTAGTTATGGGAAAGAGAGAGAATATGGTTAC 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 722 CGCTATGGAGACAGAGATGAAGGGCGAAGTAGTTATGGGAGAGAGAGAGAATATGGTTAC 781
Query 843 AGGGATGATGATAGAAATAGTCGTGATGGCGATCGTTATTCTAGAGACTCTGAAGACCGA 902
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 AGGGATGATGATAGAAATAGTCGTGACGGCGATCGTTATTCTAGAGACTCTGAAGACCGA 841
Query 903 TATGGAAGAGATGGTAACACGGATGACGAATACCGTGGAAGGAGCAGAAGTGTTGATAAT 962
||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TATGGAAGAGATGGTAACAGGGATGATGAATCCCGTGGAAGGAGCAGAAGTGTTGATAAT 901
Query 963 TACAATGGATCAAGAGGTAGGAGCTCGGACAGGGAACGGCCTATTGAGGATGATGGCCAA 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 TACAATGGATCAAGAGGTAGGAGCTCGGACAGGGAACGGCCTATTGAGGATGATGGCCAA 961
Query 1023 TCCTCATCGCGGGATAGTGGTGCGCCAGCTGATGATCATTCTCAAGATGGGAGAGGGGGG 1082
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TCCTCATCGCGGGACAGTGGTGCGCGAGCTGATGATCACTCTCAAGATGGGAGAGGGGGG 1021
Query 1083 CTAGAGAGAAAGTTCTCTGAACAAAATATTGGTGCTGCTCCACCTAGTTATGAAGAAGCT 1142
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CTAGAGAGGAAGTTCTCTGAACAAAATATTGGTGCTGCTCCACCTAGTTATGAAGAAGCT 1081
Query 1143 GTGAGTGAATCACGGAGCCCTGTATACAGTGAAAGGGATGGTGGAGAGACCCCACAAGTT 1202
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 GTCAGTGAATCACGGAGCCCTGTATACAGTGAAAGGGATGGTGGAGAGACCCCACAAGTT 1141
Query 1203 GCTCCTCCAGGAGCTGCTGCTTCTCCTCTTGCTGAAAACATCAGCGTGGACAACAAAGCT 1262
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1142 GCTCCTTCAGGAGCTGCTGCTTCTCCTCTTGCTGAAAACAGCAGCGTGGACAACAAAGCT 1201
Query 1263 GCTGATTTTGTTAATGAATCATCTCCTCAGCAAGTTGAGGCTTTTGATGAATTTGATCCA 1322
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GCTGATTTTGTTAATGAATCACCTCCTCAGCAAGTTGAGGCTTTTGATGAATTTGATCCA 1261
Query 1323 CGAGGTTCAGTTTCAGCAGCATGTGCACCTACAGCTGGTGCTTCGGTTCCTGCACCTATC 1382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1262 CGAGGTTCAGTTTCAGCAGCATGTGCACCTACAGCTGGTGCTTCGGCTCCTGCACCTATC 1321
Query 1383 CCACCAACAGTGGTTTCTACGCCTGCCCCGCCTGCCTCAATTAATGCAGAAATGGATTTG 1442
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1322 CCACCAACAGTGGTTTCTACGCCTGTTCCGCCTGCCCCAATTAATGCCGAAATGGATTTG 1381
Query 1443 CTTGGCTCTCTTTCAGATGTATTTTCACCAAATCCCTTGGCTATTGTAACATCTGATTCC 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 CTTGGCTCTCTTTCAGATGTATTTTCACCAAATCCCTTGGCTATTGTAACATCTGATTCT 1441
Query 1503 ACTTCTGTTGAAACCAATGGACAAGCAAACACTGGTTTAGCTCCATCGTTTTCTACTTCT 1562
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 ACTTCTGTTGAAACCAATGGACAAGCAAACGCTGGTCCAGCTCCATCGTTTTCTACTTCT 1501
Query 1563 CAGTCATCTACTCAGCCTTTTGATGATCCATTTGGTGACTCTCCTTTCAAAGCCATCACT 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 CAGTCATCTACTCAGCCTTTTGATGATCCATTTGGTGACTCTCCTTTCAAAGCCATCACT 1561
Query 1623 TCTGCTGACACTGAGACAAGCCAACATCAGAGTTTTGGAGTTCCTTTTCAGCCAACACCA 1682
|||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 TCTGCTGACACTGACCCAAGCCATCATCAGAGTTTTGGAGTTCCTTTTCAGCCAACACCA 1621
Query 1683 CCAACTTCAAATCCTAACAATGAACATAACTTTGGTTTTGGGGAAGCATTTTCAGCTGTT 1742
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 CCAACTTCAAATCCTGACAATGAACATAATTTTGGTTTTGGGGAAGCATTTTCAGCTGTT 1681
Query 1743 ACCGA-TTCTGAACCTGGCGTTCAAAATATGCAAGCTCCACCGAACTTATCCGTCTTTCC 1801
|| | ||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1682 -CCCAGTTCTGAACCTGGC--TC------T-CAAGCTCCACCGAACTCATCTGTCTTTCC 1731
Query 1802 TCAAGAGCAGTTTGATACATCGCAGAGCGAAATCGATATTCTTGCCGGCATTCTCCCACC 1861
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 TCAAGAGCAGTTCGATACATCGCAGAGCGAAATCGATATTCTTGCCGGCATTCTCCCACC 1791
Query 1862 ATCTGGACCGCCAGTTTCTCTGTCTCCACAACCAGATTCCACTATGCCAACATCCCAATT 1921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 ATCTGGACCGCCAGTTTCTCTGTCTCCACAACCAGATTCCACTATGCCAACATCCCAATT 1851
Query 1922 TCATCCCAATGGTAACTCCTATGAAAGCTATCATCATCAAGCCGCGCCTACAGATCTAAA 1981
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1852 TCCTCCCAATGGTAACTCCTATGAAAGCTATCATCATCAGGCAGCGCCTACAGATCTAAA 1911
Query 1982 CATGCAAGGACAAACACCGTTTGGTCAAGCTTCACAACAATTTAACATGGTTTCACATTC 2041
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1912 CATGCCAGGACAAACACCGTTTGGTCAAGCTTCACAACAATATAACATGGTTTCCCATTC 1971
Query 2042 ACAAAATCATCATGAAGGTATGCAATTCAACAATGGGGGCTTCACGCAACAGCCAGGCTA 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1972 GCAAAATCATCATGAAGGTATGCAATTCAACAATGGGGGCTTCACGCAACAGCCTGGCTA 2031
Query 2102 TGCAGGTCCAGCAACCTCTCAACCTCCACAATATACTCCTGGTGTATCTTCACACCCACC 2161
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2032 TGCAGGTTCAGCAACTTCTCAACCTCCACAATATACTCCTGGTGTATCTTCACACCCAAC 2091
Query 2162 AAGTGAGAGTTTTCCTCACCAACCAGGTTCTGCCACCTCAGCAAGCTCGCAAACTCCTTA 2221
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2092 AAGTGAGAATTTTCCTCACCAACCAGGTTCTGCCACCTCAGCAAGCTCGCAAAATCCTTA 2151
Query 2222 CGCTACTACACCCAATGTATCAGCTGGGCAGTTTGATGGTGGGAGTTTCATGACACAGCA 2281
|||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 2152 CGCTACTACATCCAAT-T--CAGCTGGTCAGTTTGAAGGTGGAAATTTTATGACACAGCA 2208
Query 2282 ACCTTATGGTGTGACACAACAAGTTCATGTTGTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCA 2341
|||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 ACCTTATGGTGTGACACAGCAAGTTCATGCTGCCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCA 2268
Query 2342 ATCTGGACCTGTTGCAGCGTTTGGGAATAATAACAATATCGTTGGAGATATGCACCAACC 2401
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 ATCTGGACCTGTTGCAGCGTACGGGAATAATAACAATATCGTTGGAGATATGCACCAACC 2328
Query 2402 TGGTTCTACCCCCTCATCAAGCTCGCAAACTCCTTACCCTACTACGCCCAATGCACCAAG 2461
||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2329 TGGTTCTGCCCCGTCATCAAGCTCGCAAACCCCTTACCCTACCACGCCCAATGCACCA-G 2387
Query 2462 -TGGTCAGTTTGATGGTGGAAATTTTATGACACAACAACCTTATGGTGTGATACCGCAAG 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2388 CTGGTCAGTTTGATGGTGGAAATTTTATGACACAGCAACCTTATGGTGTGACACAGCAAG 2447
Query 2521 TTCATGGCGTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGCAGCGCACG 2580
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2448 TTCATGGTGTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGCGGCGCACG 2507
Query 2581 GGAATAGTAACAATGTTGTTGGGGATATGTTTTCACCAGCTGGACTAAGTTCCTTGGAGA 2640
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 GGAATAGTAACAATGTTGTTGGAGATATGTTTTCACCATCTGGACTAAGTTCCTTGGAGA 2567
Query 2641 CATCAGCATCGCAACCATCTCTCACACCTTTAACAGGAGCAATTGAAATTGTTCCCCAAA 2700
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2568 CATCAGCATCTCAACCATCTCTCACACCTTTAACAGGAGCAATTGAGATTGTTCCTCAAA 2627
Query 2701 ATCAGAAGAAGTTTGAGCCAAAATCAACAATTTGGGCTGATACATTAAGTAGAGGGCTAG 2760
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 2628 ATCAGAAAAAGTTTGAGCCAAAATCAACAATCTGGGCTGACACATTAAGCAGAGGGCTGG 2687
Query 2761 TTAACTTCAACATTTCTGGACCGAAAACAAATCCATTGGCGGATATAGGAGTTGACTTCG 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2688 TTAACTTCAACATTTCTGGACCGAAAACAAATCCATTGGCGGACATAGGAGTTGACTTCG 2747
Query 2821 AGGCAATCAACAGGAAAGAGAAACGGCTAGAGAAACCAACTATCACACAACAACAAGTAA 2880
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | || ||||||||||
Sbjct 2748 AGGCAATCAACAGGAAAGAGAAACGGCTAGAAAAACCAACTA-C-CGCA-CAACAAGTAA 2804
Query 2881 CATCAACTATCAACATGGGGAAAGCCATGGGATCTGGTACTGGCTTAGGTCGCGCTGGTG 2940
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2805 CATCAACTATCAACATGGGTAAAGCCATGGGATCTGGTACTGGCTTAGGCCGCGCTGGTG 2864
Query 2941 CAGGTGCTATGAGACCTCCAACAAATTCAATGGTAGGCTCAAGCATGCCCACGGGCATGA 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 CAGGTGCTATGAGACCTCCAACAAATTCAATGGTAGGCTCAAGCATGCCCACGGGCATGA 2924
Query 3001 ATGTTGGTGGCTATGGAGGCATGAACCAACACCAACCCATAGGCATGAACCAAAACCATC 3060
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2925 ATGTTGGTGGCTATGGAGGTATGAACCAACACCAACCCATGGGCATGAACCAAAACCATC 2984
Query 3061 CCATGGGCATGAACCAAAACCTTTCCATGGGAATGAACCAGAACTATCCCATGGGAATGA 3120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2985 CCATGGGCATGAACCAAAACCTTTCCATGGGAATGAACCAGAACCATCCCATGGGAATGA 3044
Query 3121 ACCAAAACTATCCAATGGGAATGGGCATGAACATGAACATGGGCGGGTATGGACAAGGGT 3180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3045 ACCAAAACTATCCAATGGGAATGGGCATGAACATGAACATGGGCGGGTATGGACAAGGCT 3104
Query 3181 ATCCGATGCAACCACAACAAGGAATGGGCATGGCTCCTCCTGGTGCACCACAAGGCATGA 3240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3105 ATCCGATGCAACCACAACAAGGAATGGGCATGGCTCCTCCTGGTCCACCACAAGGCATGA 3164
Query 3241 CCGGTGCCTATAATCCAATGATGGGTCAAGGCGGTTACAACCCTCAGCAGCAGCAACCAT 3300
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3165 CTGGTGCCTATAATCCGATGATGGGTCAAGGCGGTTACAACCCTCAGCAGCAGCAACCTT 3224
Query 3301 ATGGTGGAGGTTACCGGTAAGATTCGAGCCAATCACGGTTACCCATTTTACTTATCA--- 3357
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 ATGGTGGAGGTTACCGGTAAGATTCAAGCCAATCACAGTTACCCATTTTACTTATCACAC 3284
Query 3358 TGGTAAAAAGAGAAAACATCAAAGAACAGAACACAATCAGTTTGACCTGGATTTGTAAAT 3417
| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3285 TAGTAAAAA-AGAATA--TCAAAGAACAGAACACAATCATTTTGACCTGGATTTGTAAAT 3341
Query 3418 TTTATGGTCGGTTCAGGTAAGTTGGGGTTTGGTCAGTCATATTATTGGATTAATACCTCA 3477
||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3342 TTTTTGGTCGGTTCAGGTAAGTTGGG-TTTGGTCAGTCATATTATTGGATTAATACCTCG 3400
Query 3478 GCTTCATCAGTTATTTTGCTTTTTCTTTACAAAAA-TAATTCTCGACCAAATTGAGTTTT 3536
||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3401 GCTTCATCACTTATTTTGCCTTTTCTTTCCAAAAAATAATTCTCGACCAATTTGAGTTTT 3460
Query 3537 GTTAGGAATTTTGTAACGGGTAAAGAGAGAGACAGAGAGGCACAACCTTCACTCGGGGTT 3596
|||||||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3461 GTTAGGAAATTTGTATCGGGTAAAGAGAGAAAGAGAGGGGCACAACCTTCACTCGGGTTT 3520
Query 3597 TGCTATATACATATGTATTTTGATATTATACGTCTTTTT 3635
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3521 TGCTATATACATATGTATTTTGATATTATACATCTTTTT 3559
Score = 272 bits (147), Expect = 1e-71
Identities = 194/217 (89%), Gaps = 2/217 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2178 CACCAACCAGGTTCTGCCACC-TCAGCAAGCTCGCAAACTCCTTACGCTACTACACCCAA 2236
|||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||| |||| || |||||
Sbjct 2321 CACCAACCTGGTTCTGCC-CCGTCATCAAGCTCGCAAACCCCTTACCCTACCACGCCCAA 2379
Query 2237 TGTATCAGCTGGGCAGTTTGATGGTGGGAGTTTCATGACACAGCAACCTTATGGTGTGAC 2296
|| | ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380 TGCACCAGCTGGTCAGTTTGATGGTGGAAATTTTATGACACAGCAACCTTATGGTGTGAC 2439
Query 2297 ACAACAAGTTCATGTTGTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGC 2356
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440 ACAGCAAGTTCATGGTGTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGC 2499
Query 2357 AGCGTTTGGGAATAATAACAATATCGTTGGAGATATG 2393
||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2500 GGCGCACGGGAATAGTAACAATGTTGTTGGAGATATG 2536
Score = 257 bits (139), Expect = 3e-67
Identities = 192/217 (88%), Gaps = 5/217 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2394 CACCAACCTGGTTCTACCCCCTCATCAAGCTCGCAAACTCCTTACCCTACTACGCCCAAT 2453
|||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2108 CACCAACCAGGTTCTGCCACCTCAGCAAGCTCGCAAAATCCTTACGCTACTACATCCAAT 2167
Query 2454 GCACCAAGTGGTCAGTTTGATGGTGGAAATTTTATGACACAACAACCTTATGGTGTGATA 2513
|| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2168 TCAGC---TGGTCAGTTTGAAGGTGGAAATTTTATGACACAGCAACCTTATGGTGTGACA 2224
Query 2514 CCGCAAGTTCATGGC-GTCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGC 2572
| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 CAGCAAGTTCAT-GCTGCCCCTTCCCATATACCACAGCGAACTCAATCTGGACCTGTTGC 2283
Query 2573 AGCGCACGGGAATAGTAACAATGTTGTTGGGGATATG 2609
|||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||||||
Sbjct 2284 AGCGTACGGGAATAATAACAATATCGTTGGAGATATG 2320
> Ahg355876 jgi|Araly1|355876|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003049
Length=531
Score = 111 bits (60), Expect = 3e-23
Identities = 70/75 (93%), Gaps = 0/75 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 333 GTTCTAGATGCTACCAGCAATGAGTCCTGGGGTCCGCATGGATCACTTCTTGCGGACATT 392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 448 GTTCTAGATGCTACCAGCAATGAGTCCTGGGGTCCGAATGGATCACTTCTTGTGGACATT 507
Query 393 GCACATGCTTCGAGA 407
|| |||||| ||||
Sbjct 508 GCGTATGCTTGGAGA 522
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139404889899
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5