BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G59420.1
Length=3395
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486409 jgi|Araly1|486409|fgenesh2_kg.5__2401__AT3G59420.1 5332 0.0
> Ahg486409 jgi|Araly1|486409|fgenesh2_kg.5__2401__AT3G59420.1
Length=3363
Score = 5332 bits (2887), Expect = 0.0
Identities = 3218/3375 (95%), Gaps = 34/3375 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCTAGCTCCTACTTTCATTACCCAA-TT-ACTCTCTCAACACTTCTTTAGTCGGCAGAA 58
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 CTCTAGCTCCTACTTTCATTACCCAATTTCTCTCTCTCAACACTTCTTTAGTCGGCAAAA 60
Query 59 AA-------GA-ttttttttttGAGAAGCTTAGCTTCAAAGGGTCTTTGGAGGATGTTAT 110
|| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 AACTTTTGCGAGATTTTTTTTTGAGAAGCTTAGCTTTAAAGGGTCTTT-GAGGATGTTAT 119
Query 111 GATGTTGTTACCTTGCGGTCTGAGATCTGAAAGGAGTAAGTGTTTTTGTTTTCGTTGCAG 170
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 GATGTTGTTACCTTGCGGTCTGAGATCTCAAAGGGGTAAGTGTTTTTGTCTTCGTTGCAG 179
Query 171 AAGAACAGAGAGACAAGAGGTCCTTCTTTGACTTGGTTGTCTGAATTTTCCACTTCAAGA 230
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 AAGAACAGAGAGACAAGAGGTTCTTCTTTGACATGGTTGTCTGAATTTGCCACTTCAAGA 239
Query 231 TTGTTTCCTACATCTCCGGAGATTGTCTGGCTGACGAGTCCTTTGTTTCTTCGTCACTAA 290
|||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 240 TTGTCTCCTACATCTTCGGAGGTTGTCTGGCTGACGAGTCCTCTGTTTCTTCGACACTAA 299
Query 291 TTCAGCTCTCATTGTTTGTAATTTCTATTCTTTTAGTTATTGCATGCCCTTGATTGCAGT 350
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTCAGCTCTCATTGTTTGAAATTTCAATTCTTTTAGTTATTGCATGCCCTTGATTGCAGT 359
Query 351 TCCACAGTTTTTGTGAACTTCGT-GTGACTCGTTTGCTATTTACTAATCAAGGG--TCAT 407
| ||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 360 TTCACAG-TTTTGTGAACTTC-TGGTGACTCCTTTGCTATTTACCAATCAAGGGTCTCAC 417
Query 408 ACTCTTAGTCACTCTGTGGAATGTCTCAGAAAGTGAAGACAGTAACTAAGAAGCGTGTGT 467
||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 418 ACTCTTAGTCAATCTATGGAATGTCTCTGAAAGTGAAGACAGTAGCTAAGAAGCGTGTGG 477
Query 468 GTTGACTTTGAAAAGAATGAGAATGTTCGAAACGAGAGCAAGGGAATGGATTCTCCTTGT 527
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GTTGACTTTGAAAAGAATGAGAATGTTCGAAAGGAGAGCAAGGGAATGGATTCTCCTTGT 537
Query 528 AAAGCTTGTGCTTTTCACTAGTATATGGCAGCTTGCTTCAGCTCTTGGTTCAATGTCTTC 587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 538 AAAGCTTGTGCTTTTCACTAGTATATGGCAGCTTGCTTCAGCTCTTGGTTCAATGTCCTC 597
Query 588 AATTGCAATTTCTTATGGAGAAGGTGGTTCTGTATTCTGTGGTCTGAAGTCTGATGGGTC 647
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 598 AATTGCAATTTCCTATGGAGAAGGTGGTTCTGTATTCTGTGGTCTGAAGTCTGATGGATC 657
Query 648 TCATCTTGTGGTTTGCTACGGATCGAACTCAGCAATCCTCTATGGGACTCCTGGTCATCT 707
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TCATCTTGTGGTTTGCTACGGATCGAACTCAGCGATCCTCTATGGGACTCCTGGTCATCT 717
Query 708 CCAGTTCATCGGTTTAACGGGTGGAGATGGGTTTATGTGTGGGCTTCTGATGCTATCTCA 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CCAGTTCATCGGTTTAACGGGTGGAGATGGGTTTATGTGTGGGCTTCTGATGCTATCTCA 777
Query 768 TCAGCCTTATTGTTGGGGAAACAGTGCATTTATTCAAATGGGAGTTCCTCAACCAATGAC 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TCAGCCTTATTGTTGGGGAAACAGTGCATTTATTCAAATGGGAGTTCCTCAACCAATGAC 837
Query 828 CAAAGGAGCTGAGTATTTAGAAGTTAGTGCTGGTGATTACCATCTTTGTGGTTTGAGGAA 887
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 838 CAAAGGATCTGAGTACTTAGAAGTTAGTGCTGGCGATTACCATCTCTGTGGTTTGAGGAA 897
Query 888 GCCAATAGTGGGAAGAAGAAA-GAACAGCAACATTAT-TTCCTCTTCTCTTGTTGATTGT 945
||||||||||||||||||||| | |||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 898 GCCAATAGTGGGAAGAAGAAAAGG-CAGCAACATT-TCTTCTTCTTCCCTTGTTGATTGT 955
Query 946 TGGGGTTACAATATGACAAGAAACTTTGTCTTTGATAAGCAGTTACATTCGCTTTCGGCT 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||
Sbjct 956 TGGGGTTACAATATGACAAGAAACTTTGTCTTTGATAAGAAGTTATATTCACTCTCGGCT 1015
Query 1006 GGTTCGGAGTTCAACTGCGCGCTGTCCTCTAAAGATAAGTCGGTTTTCTGTTGGGGAGAT 1065
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1016 GGCTCGGAATTCAACTGCGCGCTGTCCTCTAAAGACAAGTCTGTTTTCTGTTGGGGAGAC 1075
Query 1066 GAGAATAGTAGTCAAGTAATCAGTTTAATCCCCAAGGaaaaaaaGTTTCAGAAAATTGCA 1125
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1076 GAGAATAGCAGTCAAGTAATCAGTTTAATCCCAAAGGAAACAAAGTTTCAGAAAATTGCA 1135
Query 1126 GCTGGTGGATACCATGTTTGTGGCATTCTTGACGGGTTGGAATCGCGAGTGCTATGTTGG 1185
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1136 GCTGGTGGATACCATGTCTGTGGCATTCTTGACGGGTTGGAATCGCGAGTGCTCTGTTGG 1195
Query 1186 GGAAAGAGCTTAGAGTTCGAAGAGGAGGTTACAGGGACTTCTACAGAAGAAAAGATTCTT 1245
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1196 GGAAAGAGCTTAGAGTTCGAAGAGGAGATCACAGGGACTTCTACGGAAGAACAGATTCTT 1255
Query 1246 GATTTACCACCAAAAGAGCCACTCTTAGCAGTGGTAGGTGGGAAGTTTTATGCTTGTGGA 1305
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GATTTACCGCCAAAAGAGCCACTCTTGGCAGTGGTAGGTGGGAAGTTTTATGCTTGTGGA 1315
Query 1306 ATCAAACGCTATGATCATAGTGCGGTCTGTTGGGGTTTTTTCGTGAACAGGAGTACACCT 1365
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1316 ATCAAACGCTATGATCATAGTGCGGTTTGTTGGGGTTTTTTCGTGAACCGGAGTACACCT 1375
Query 1366 GCTCCTACAGGTATCGGCTTTTATGATCTTGCAGCGGGGAATTACTTCACTTGCGGAGTT 1425
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GCTCCTAAAGGTATAGGCTTTTATGATCTTGCAGCGGGGAATTACTTCACTTGCGGAGTT 1435
Query 1426 CTCACAGGGACTTCTATGTCACCTGTTTGTTGGGGTCTTGGTTTCCCTGCTTCTATCCCT 1485
||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CTCTCAGGGACTTCTATGTCACCGGTCTGTTGGGGTCTTGGTTTCCCTGCTTCTATCCCT 1495
Query 1486 TTAGCTGTCTCACCAGGACTCTGTATAGACACTCCTTGTCCACCAGGAACTCATGAACTC 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TTAGCTGTCTCACCAGGACTCTGTATAGACACTCCTTGTCCACCAGGAACTCATGAACTC 1555
Query 1546 AGTAACCAAGAA-AACTCGCCTTGCAAATTTACTGGCTCTCACATTTGCTTGCCCTGTAG 1604
||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AGTAACCAA-AACAACTCGCCTTGCAAAGTGACTGGCTCTCACATTTGCTTGCCCTGTAG 1614
Query 1605 CACCAGTTGCCCTCCTGGAATGTATCAGAAAAGCGTATGCACAGAGAGATCTGATCAAGT 1664
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TACCAGTTGCCCTCCTGGAATGTATCAGAAAAGCGAATGCACAGAGAGATCTGATCAAGT 1674
Query 1665 TTGTGTTTACAACTGCTCCAGTTGTTCCTCACATGATTGCTCCTCAAACTGCTCTTCTTC 1724
||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TTGTGCTTATAACTGCTCGAGTTGTTCCTCACCTGACTGCTCCTCAAACTGCTCTTCTTC 1734
Query 1725 GGCTACCAGTGGAGGCAAGGAAAAAGGAAAGTTTTGGTCACTGCAGCTACCTATTGCAAC 1784
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GTCTACCAGTGGAGGCAAAGAAAAAGGAAAGTTTTGGTCACTGCAGCTACCTATTGCAAC 1794
Query 1785 TGCAGAGATTGGATTTGCTCTATTTTTGGTAGCGGTTGTCTCGATAACAGCGGCTTTATA 1844
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 TGCAGAGATTGGATTTGCTCTGTTTTTGGTAGCAGTTGTCTCGATAACAGCGGCTTTATA 1854
Query 1845 CATTAGGTACAGATTGAGGAATTGTAGGTGCTCAGAAAATGATACAAGGTCTTCTAAAGA 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1855 CATTAGGTACAGATTGAGGAATTGTAGGTGCTCAGAAAATGATGCAAGGTCTTCTAAAGA 1914
Query 1905 TTCAGCCTTTACGAAAGATAATGGCAAAATCCGTCCGGATCTTGATGAGCTGCAAAAGCG 1964
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1915 TTCAGCCTTTATGAAAGATAATGGCAAAATTCGTCCGGATCTCGATGAGCTACAAAAGCG 1974
Query 1965 CAGAAGGGCTAGAGTTTTCACTTATGAGGAACTTGAAAAAGCCGCTGATGGATTCAAAGA 2024
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1975 CAGAAGGGCTCGAGTTTTCACTTATGAGGAACTTGAAAAAGCCGCCGATGGATTCAAAGA 2034
Query 2025 AGAATCAATAGTGGGGAAAGGGAGTTTCTCATGTGTGTACAAAGGAGTACTGAGAGATGG 2084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AGAATCAATAGTGGGGAAAGGGAGTTTCTCATGTGTGTACAAAGGAGTACTGAGAGATGG 2094
Query 2085 AACCACTGTTGCAGTGAAGAGAGCGATAATGTCATCAGACAAACAGAAGAATTCAAATGA 2144
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 AACCACTGTTGCAGTGAAGAAAGCGATAATGTCATCAGACAAACAGAAGAATTCAAATGA 2154
Query 2145 GTTTCGCACGGAGCTTGATCTGTTATCAAGACTCAACCATGCTCATCTTCTTAGCCTTCT 2204
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GTTTCGCACGGAGCTGGATCTGTTATCAAGACTCAACCATGCTCATCTTCTTAGCCTTCT 2214
Query 2205 TGGATACTGTGAAGAATGTGGAGAAAGGCTTTTAGTTTATGAGTTTATGGCACACGGCTC 2264
|||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TGGATACTGTGAAGAAGGTGGAGAAAGGCTTCTGGTTTATGAGTTTATGGCACACGGCTC 2274
Query 2265 ACTGCACAACCATCTTCATGGAAAGAACAAGGCCTTGAAAGAGCAACTAGATTGGGTCAA 2324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 ACTGCACAACCATCTTCATGGAAAGAACAAGGCCTTGAAAGAGCAACTAGATTGGGTCAA 2334
Query 2325 AAGAGTAACGATTGCTGTCCAAGCTGCTAGAGGAATCGAATACTTGCATGGTTACGCTTG 2384
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2335 ACGAGTAACGATTGCTGTCCAAGCTGCTAGAGGAATCGAATACTTGCACGGTTATGCTTG 2394
Query 2385 CCCTCCCGTGATTCACCGGGATATTAAATCATCAAACATTCTTATAGATGAAGAACACAA 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 CCCTCCCGTGATTCACCGGGATATTAAATCATCAAACATTCTTATAGATGAAGAACACAA 2454
Query 2445 TGCTCGAGTAGCTGATTTTGGTCTCTCCTTACTTGGTCCTGTCGATAGCGGCTCTCCTTT 2504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2455 TGCTCGAGTAGCTGATTTTGGTCTCTCCTTACTTGGTCCTGTTGATAGCGGCTCTCCTTT 2514
Query 2505 GGCAGAACTACCAGCAGGAACTCTCGGTTACCTTGATCCCGAGTACTATCGACTTCACTA 2564
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2515 GGCAGAACTACCAGCAGGAACTCTCGGTTACCTTGATCCCGAGTACTATCGACTGCATTA 2574
Query 2565 TCTCACAACCAAATCCGATGTCTACAGCTTTGGAGTCCTGCTTCTCGAGATCCTAAGCGG 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2575 TCTCACAACCAAATCCGATGTCTACAGCTTTGGAGTCCTGCTTCTAGAGATCCTAAGTGG 2634
Query 2625 AAGAAAAGCCATTGACATGCACTACGAAGAAGGGAACATAGTAGAATGGGCAGTTCCTTT 2684
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2635 AAGAAAAGCCATAGACATGCACTACGAAGAAGGGAACATAGTAGAATGGGCGGTTCCTTT 2694
Query 2685 GATCAAAGCAGGAGATATAAACGCACTCTTGGACCCGGTCTTGAAACATCCATCTGAAAT 2744
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 GATCAAAGCTGGAGATATAAACGCACTCTTGGACCCGGTCTTGAAACATCCATCTGAAAT 2754
Query 2745 CGAAGCTTTGAAAAGAATCGTGAGTGTGGCTTGCAAATGCGTGAGAATGAGAGGGAAAGA 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2755 CGAAGCTTTGAAAAGAATCGTGAGTGTGGCTTGCAAATGCGTGAGGATGAGAGGGAAAGA 2814
Query 2805 TAGACCATCAATGGATAAAGTGACAACAGCATTGGAACGAGCGCTTGCACAGCTAATGGG 2864
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TAGACCATCGATGGATAAAGTGACAACATCATTGGAACGAGCGCTTGCACAGCTAATGGG 2874
Query 2865 AAACCCGAGCAGTGAGCAGCCAATATTACCAACAGAAGTGGTTCTTGGGAGCAGCAGAAT 2924
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 2875 AAACCCAAGCAGTGAGCAGCCAATATTACCAACAGAAGTAGTGCTCGGGAGCAGCAGAAT 2934
Query 2925 GCACAAGAAGTCATGGAGGATCGGTTCAAAAAGGTCTGGTTCCGAGAACACGGAATTCAG 2984
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2935 GCACAAGAAGTCATGGAGGATCGGTTCAAAAGGGTCTGGTTCCGAGAATACGGAATTTAG 2994
Query 2985 AGGCGGATCATGGATAACATTCCCGAGCGTGACATCATCGCAGAGGAGGAAA-TCATCGG 3043
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||
Sbjct 2995 AGGCGGATCATGGATAACTTTCCCGAGCGTGACATCATCGCAGAGGCG-AAAGTCGTCGG 3053
Query 3044 CATCTGAAGGAGATGTCGCAGAGGAGGAGGATGAAGGGAGGAAGCAACAAGAAGCATTGA 3103
|||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3054 CATCTGAAGGAGATGTAGCGGAGGAGGAGGATG--GG-AGGAAACAACAAGAAGCATTGA 3110
Query 3104 GGAGTCTTGAGGAAGAGATAGGGCCAGCTTCTCCTGGACAGAGCTTGTTCTTGCATCATA 3163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 GGAGTCTTGAGGAAGAGATAGGGCCAGCTTCTCCTGGACAGAGCTTGTTCTTGCATCATA 3170
Query 3164 ATTTCTGAAAACAAGTGTCTGTTTTCTCAAGTCTTTAGTAACTAATGACATATATAAG-A 3222
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 3171 ATTTCTGAAAACAAGTGT-TGTTTTCTCAAGTCTTTAGTAACCAATGACATATATAAGTA 3229
Query 3223 T-AT-TTTACTCTGATGTATAATGTGTTCCTTAAGGCAGGAAAGTAACAAAGAGGCAGAG 3280
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3230 AGATATTTACTCTGATGTATAATGTGTTCCTTAAGGCAGGAATGTAACAAAGAGGCAGAG 3289
Query 3281 AGACTCT-T-CAAGCAAGAATGTATCAAGtttttttttCAACTAATTATTACAAAGTTCT 3338
||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3290 AGACTCTCTTCAAGGAAGAATGTATCAAGTTTTTTTT-CAACTAATTATTACTAAGTTCT 3348
Query 3339 TTTGTATAAGTGAAC 3353
|||||| ||||||||
Sbjct 3349 TTTGTAGAAGTGAAC 3363
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128177905864
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5